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松本 (@gggtta)

投稿一覧（最新100件）

18 0 0 0 OA クライオEMにおける生体分子構造のモデル評価とモデリング手法

総説2編目は、パデュー大・寺師さんらによる「クライオEMにおける生体分子構造のモデル評価とモデリング手法」です。発展著しいクライオ電子顕微鏡とその解析のための計算科学の手法を解説いただきました。https://t.co/LK5GSnJhdS

5 0 0 0 OA ゲノム医療と日本における取り組みについて

総説1編目は、京大・鎌田さんらによる「ゲノム医療と日本における取り組みについて」です。ゲノム医療の現在の潮流および今後の展開を、日本における取り組みと課題も併せながら解説いただきました。https://t.co/ndowYBkY9q

35 0 0 0 OA メタゲノムデータからのウイルス探索とバイローム構築

Primers1編目は、総研大・西村さんらによる「メタゲノムデータからのウイルス探索とバイローム構築」です。メタゲノムデータからウイルスを見つけるためのバイオインフォ技術を広く解説いただきました。https://t.co/WUrV0uWKqC

25 0 0 0 OA 難病・希少疾患のためのゲノム医療とバイオインフォマティクス

RT @mishimahryk: JSBi Bi Rev誌に「 #難病 ・ #希少疾患 のための #ゲノム医療 と #バイオインフォマティクス 」を寄稿しました。 章立ては、 ①難病・希少疾患はまれな疾病ではない、 ②希少疾患の診断の難しさ、 ③今後の難病・希少疾患のゲノム医療…

47 0 0 0 OA タンパク質の言語モデル

総説1編目は、東大・山口さんらによる「タンパク質の言語モデル」です。大規模言語モデルが世間を賑わしていますが、言語モデルの応用は自然言語処理にとどまりません。本稿ではタンパク質に対しても言語モデルが利用でき、かつそのポテンシャルを解説いただきました。https://t.co/8cdjtV2MjV

10 0 0 0 OA ゲノムワイド関連解析のその先へ:統計的fine-mappingの基礎と発展

Primers4編目は、東大・王さんによる「ゲノムワイド関連解析のその先へ：統計的fine-mappingの基礎と発展」です。GWASで検出される関連ゲノム領域を精緻に理解するためのfine-mappingの技術と、これからの話をしていただきました。過去の遺伝統計学の記事と合わせてぜひ！https://t.co/eHPLlrMLin

25 0 0 0 OA 難病・希少疾患のためのゲノム医療とバイオインフォマティクス

Primers3編目は長崎大・三嶋さんによる「難病・希少疾患のためのゲノム医療とバイオインフォマティクス」です。難病及び希少疾患の理解に対し、ゲノム情報を調べることがどのように貢献できるか、どのようなバイオインフォマティクスが求められているかを解説いただきました。https://t.co/YfdycNFkFh

32 0 0 0 OA COVID-19パンデミック下におけるウイルスゲノム疫学の発展

Primers2編目は、早稲田大・川崎さんらによる「COVID-19パンデミック下におけるウイルスゲノム疫学の発展」です。昨今のパンデミックに伴うウイルスゲノム疫学の発展を概観していただきました。https://t.co/jhWpUJEfeE https://t.co/vPGkT5dkNv

8 0 0 0 OA ChIP-Atlas 〜転写制御ランドスケープの歩き方〜

Primers1編目は、京大・鄒さんらによる「ChIP-Atlas 〜転写制御ランドスケープの歩き方〜」です。単にChIP-seqなどのデータを収集したデータベースにとどまらない、ChIP-Atlasの秘めた力の片鱗をご覧ください。これを読めば、皆さんの解析の幅が広がること間違いなしです！https://t.co/reSQJ2HDpI

141 0 0 0 OA 生物多様性と文化へと繋がるバイオインフォマティクス

おまたせしました、Primersに追加記事として、東海大・松前さんらによる「生物多様性と文化へと繋がるバイオインフォマティクス」を公開しました。様々な広がりを見せる生物多様性情報や文化情報の研究に関する非常に充実した紹介記事となっています。 https://t.co/wlrzDJouXI

9 0 0 0 OA がんゲノム研究における変異シグネチャー解析の展開

4編目は、早稲田大・松谷さんによる「がんゲノム研究における変異シグネチャー解析の展開」です。がんゲノムにおける変異のパターンである変異シグネチャーに関し、その歴史から生物学的意義、最新の手法に渡って解説いただきました。https://t.co/VRRXEd3ZCS

53 0 0 0 OA シングルセル解析の動向と展望

3編目は、東大・仲嶋さんによる「シングルセル解析の動向と展望」です。1細胞RNA-seqに求められる一通りの解析を、現在利用される多様なツールを列挙いただきながらい解説いただきました。https://t.co/Cct50ROlJ6

153 0 0 0 OA AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから

2編目は、東大・森脇さんによる「AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」です。急激な発展と展開を見せているタンパク質立体構造予測の関連問題に関して、トップランナーの森脇さんに歴史的経緯からこれからの展望までを執筆いただきました。https://t.co/dwU5lGqB77

9 0 0 0 OA 行列・テンソル分解によるヘテロバイオデータ統合解析の数理 ―第4回 質的データ、距離、グラフ―

1編目は、理研・露崎さんによる「行列・テンソル分解によるヘテロバイオデータ統合解析の数理―第4回 質的データ、距離、グラフ―」です。今回はこれまでの記事で扱わなかった特殊なデータ構造に焦点を当てた記事です。ぜひ第1回からお楽しみください。https://t.co/ET6bahqVVS

15 0 0 0 OA 行列・テンソル分解によるヘテロバイオデータ統合解析の数理 ―第3回 テンソル分解―

@simizut22 行列分解から始まり、こちらの日本語総説記事に完結にまとまってます！（シリーズ物で別れていて、かつまだ未完結ですが） https://t.co/2N2cuN2Bzk

15 0 0 0 OA 行列・テンソル分解によるヘテロバイオデータ統合解析の数理 ―第3回 テンソル分解―

総説1篇目は、理研・露崎さんによる「行列・テンソル分解によるヘテロバイオデータ統合解析の数理―第3回 テンソル分解―」です。今回からついに皆様お待ちかねのテンソル分解です！本連載を読まれたことがない方はぜひ第1回からお楽しみください。https://t.co/1wz8JuBs6m

60 0 0 0 OA ヒトゲノム計画とヒトゲノム完全解読

2篇目は岩手医科大・清水さんによる「ヒトゲノム計画とヒトゲノム完全解読」です。ヒトゲノム完全解読論文が公開されたことを受け、ヒトゲノム計画の発足から完全解読に至るまでの経緯を解説いただきました。急遽の執筆にも関わらずとてもわかりやすく読み応え抜群です。 https://t.co/M3YPOXn3Ck

5 0 0 0 OA 大規模配列データにより加速するノンコーディングRNA研究

Primers1篇目は東大・岩切さんによる「大規模配列データにより加速するノンコーディングRNA研究」です。ノンコーディングRNAに関して、歴史的な経緯を踏まえつつその種類や機能に関してわかりやすく概説したいただきました。本総説を読んでncRNA研究を始めましょう！ https://t.co/Pj5sKEgwjs

3 0 0 0 OA 糖鎖関連インフォマティクスへの入り口

総説5篇目は、創価大・細田さん、木下さんによる「糖鎖関連インフォマティクスへの入り口」です。糖鎖インフォを牽引する先生方に、糖鎖インフォの現状および具体的なツールなどを丁寧に解説いただきました。これを読んで糖鎖インフォ研究をはじめましょう!！https://t.co/gTg9oRRIli

12 0 0 0 OA タンパク質立体構造情報を用いた薬剤バーチャルスクリーニング

総説4篇目は、東工大・柳澤さんによる「タンパク質立体構造情報を用いた薬剤バーチャルスクリーニング」です。基礎的でありながら、しかし非常に具体的かつ詳しい解説が各種ソフトウェアやDB含め的確に解説されているので、初学者から実務家までみなさんぜひご一読を。https://t.co/uqYOMZA5Jh

4 0 0 0 OA エピゲノムワイド関連研究(EWAS)による形質関連DNAメチル化サイトの探索

総説3篇目は、名古屋大・中杤さんによる「エピゲノムワイド関連研究（EWAS）による形質関連DNAメチル化サイトの探索」です。EWASの理念から具体的な解析上の話まで幅広く丁寧に説明されているので、これからEWAS研究する人も既にしている人にもオススメです。https://t.co/atz32XCvgb

277 0 0 0 OA 分子系統解析の最前線

総説2篇目は、東大・松井さんによる「分子系統解析の最前線」です。分子系統樹推定に関わる様々なトピックを包括的にまとめられており、推薦図書や参考文献も多くまとめらているので、これから系統解析を勉強する人に絶対オススメです。https://t.co/eqSf0htR3n

11 0 0 0 OA 行列・テンソル分解によるヘテロバイオデータ統合解析の数理 ―第2回 行列同時分解―

総説1篇目は、理研・露崎さんによる「行列・テンソル分解によるヘテロバイオデータ統合解析の数理―第2回 行列同時分解―」です。前号に引き続き、行列分解のトピックを解説いただきましたので、前号の記事と合わせてお楽しみください。https://t.co/LbmdpEjT2y

5 0 0 0 OA エピジェネティクス今昔:新しい解像度へ

Primers2篇目は、慶応大・小田さんによる「エピジェネティクス今昔：新しい解像度へ」です。特に発生・分化の観点から、最新の計測技術を含め、エピジェネティクスとはなにかをわかりやすく解説いただきました。https://t.co/xfuvj5IMzZ

4 0 0 0 OA メタゲノムデータ解析から見る環境微生物像

Primers1編目は、新潟大・奥田さんによる「メタゲノムデータ解析から見る環境微生物像」です。次世代DNAシークエンサーを用いて環境微生物を研究するメタゲノム解析（およびメタ16S解析）における必要不可欠なデータ解析の目的と手法が簡潔にまとめられています。https://t.co/2rJcAUjuUX

3 0 0 0 OA 生物画像とインフォマティクス

５編目は阪大の繁田さんによる「生物画像とインフォマティクス」です。顕微鏡画像などのイメージング技術の進歩と、それらイメージを解析するバイオイメージインフォマティクスの近年の動向を、わかりやすくまとめていただきました。 https://t.co/VaoIy3xPAN

15 0 0 0 OA 複数の表現型を用いた人類遺伝統計学の大規模情報解析

４編目はスタンフォードの谷川さんによる「複数の表現型を用いた人類遺伝統計学の大規模情報解析」です。多様かつ大規模化しているジェノタイプ及びフェノタイプデータを活用する代表的な解析手法及び近年の発展をまとめていただきました。 https://t.co/p4bi4HW6tw https://t.co/shdA2Rt8XM

11 0 0 0 OA 有用物質生産のための代謝ネットワーク設計

３編目は京大の田村さんによる「有用物質生産のための代謝ネットワーク設計」です。目的物質を生体内で合成させるよう生物機能をデザインする上で数理モデルがどのように活用されるかを、シンプルな例を使って数理的側面を解説いただきました。 https://t.co/Wn74csM04q https://t.co/9L8CNYqPK0

23 0 0 0 OA ネットワーク伝播による生物ネットワーク解析

２編目は九工大の千代丸さんと竹本さんによる「ネットワーク伝播による生物ネットワーク解析」です。半教師あり学習であるネットワーク伝播に関し解説いただきました。ヘテロなネットワークへの応用もあり１編目とあわせてお楽しみください。 https://t.co/wGYIxbxO1u https://t.co/xq7uV2DCPz

9 0 0 0 OA 行列・テンソル分解によるヘテロバイオデータ統合解析の数理 ―第1回 行列分解―

１編目は理研の露崎さんによる「行列・テンソル分解によるヘテロバイオデータ統合解析の数理―第1回 行列分解―」です。ヘテロなデータ解析に有効な行列・テンソル分解に関し連載していただく予定で、今回は行列分解を多角的に解説していただきました。 https://t.co/fBoE3RTyUJ https://t.co/n9lacA1rOH

46 0 0 0 OA 表現型システムの生物物理

RT @HomareZuki: 生物物理学会誌 「表現型システムの生物物理」 https://t.co/A8MDduTpHY 生物の複雑な形態がもつ普遍的な原理をどのように目指すべきか？ ・多要素構造 ・表現型の要素とは？ ・要素間ネットワーク ・要素群の進化組立順序 蝶の擬態…

13 0 0 0 OA 竹内時男と人工放射性食塩事件 : 1940年代初めの科学スキャンダル

RT @hideshiyamane: これ最高に面白い。 竹内時男と人工放射性食塩事件 : 1940年代初めの科学スキャンダル 伊藤 憲二 https://t.co/OYZaOvXo3W

12 0 0 0 OA 逆イジング法の生命情報データ解析への応用

RT @fukunagaTsu: JSBi Bioinformatics Reviewにて和文総説「逆イジング法の生命情報データ解析への応用」を執筆いたしました。https://t.co/ejomBOVnHt 行列データの相関分析に興味のある方は是非ご覧ください

26 0 0 0 OA ゲノム情報全盛のいま使える分子系統解析のエッセンス

RT @phyloinfokobe: テクニカルノート「ゲノム情報全盛のいま使える分子系統解析のエッセンス」というのを少し前に出しました。PDFがフリーでとれるようになっていることに今気づいたのでここでお伝えしておきます。今ふと考えると、タイトル通りの内容になっているか、自信は…

266 0 0 0 OA 応用数理の遊歩道(26) : 情報幾何の生い立ち

RT @sosuke110: 甘利さんの「情報幾何の生い立ち」 https://t.co/dpyiWlrUkd における 5. 大型プロジェクト研究と個人の創意 の章を読もう

1 0 0 0 不等間隔サンプリングデータによるシステム同定のための繰り返し核ノルム最小化法

@pyoko_pon @supoyogu １年くらい前にこんな話を聞いたことはあるな。資料は見れないが。https://t.co/azTu5bsfWq

2 0 0 0 ユーラシア大陸におけるモンシロチョウ雌翅の「まぼろし色」の地理的分布と進化

モンシロチョウの羽の紫外色の話、おもろいな。http://t.co/6LG7m701

お気に入り一覧（最新100件）

35 0 0 0 OA メタゲノムデータからのウイルス探索とバイローム構築

バイオインフォマティクスを駆使したウイルス探索やバイロームに関する初学者向けの日本語総説をボスの井ノ上先生と執筆しました

18 0 0 0 OA クライオEMにおける生体分子構造のモデル評価とモデリング手法

最近のうちのラボの主な研究プロジェクトである、クライオ電子顕微鏡のための構造モデリングの日本語の総説です。主な手法を網羅していますので見てみてください。 Japanese review of our cryo-EM tools. 「クライオEMにおける生体分子構造のモデル評価とモデリング手法」https://t.co/oRaOw6QBZQ https://t.co/q3UUezrID6

32 0 0 0 OA COVID-19パンデミック下におけるウイルスゲノム疫学の発展

早稲田大学の川崎純菜さんと、ウイルスゲノム疫学についての総説を執筆し、JSBi Bioinformatics Review @npoJSBi に上梓しました。 G2P-Japanで行った、SARS-CoV-2次期流行株の超早期予測と、進化パターンの解析について書いています。 オープンアクセスです、ぜひご一読を！ https://t.co/QPNyf86Xs2 https://t.co/tw2strxENd

32 0 0 0 OA COVID-19パンデミック下におけるウイルスゲノム疫学の発展

「COVID-19パンデミック下におけるウイルスゲノム疫学の発展」を東京大学 伊東潤平先生 @jampei2 と執筆し、JSBi Bioinformatics Review @npoJSBi に掲載していただきました。大規模シークエンス時代におけるウイルス学と生命情報科学の融合を考えるきっかけとなれば幸いです！https://t.co/ZcvRAYTvQd

1 0 0 0 OA スマート育種ツールの利用に関するワークショップ

「スマート育種ツールの利用に関するワークショップ」 22年秋の育種学会でのワークショップ 育種情報管理支援システム「BRIMASS」 系譜情報データベース「Pedigree Finder」 有用遺伝子の品種間多型情報を整理した有用遺伝子カタログと可視化ツール「アリルグラフ」 を紹介 https://t.co/pZTdQ2JDRT

9 0 0 0 OA 深層学習によるタンパク質の機能予測と設計

生物工学会誌の創立100周年記念企画「機械学習とバイオテクノロジー」に寄稿しました。「深層学習によるタンパク質の機能予測と設計」と題して、タンパク質工学における言語モデル、配列探索、構造と配列の同時探索（ハルシネーション）などについて書きました。 https://t.co/ZvILM6sUDY

23 0 0 0 OA ネットワーク伝播による生物ネットワーク解析

千代丸さん（博士学生）によるネットワーク伝播の総説が公開されました。ネットワーク伝播は、理論が平易、異質データの取り扱いが簡単、様々な問題設定に使える、結果の解釈性が高いなどの利点から、近年注目されています。コードもありますので、ご参考頂ければ幸いです。 https://t.co/euj6GPWglG

15 0 0 0 OA 複数の表現型を用いた人類遺伝統計学の大規模情報解析

「複数の表現型を用いた人類遺伝統計学の大規模情報解析」の執筆の機会をいただき、 #DNADay21 の週末に出版となりました。GWAS, polygenic risk score, 高次元データセットでの penalized regression (Lasso など) にご興味があればぜひご覧ください:https://t.co/EuUsGa4Lsd https://t.co/hZAk4zbSRi

11 0 0 0 OA 有用物質生産のための代謝ネットワーク設計

「有用物質生産のための代謝ネットワーク設計」というタイトルで日本語解説記事を書きました。隣接分野の学生さんでも読めると思います。 https://t.co/5uAm4ex9D1

26 0 0 0 OA ゲノム情報全盛のいま使える分子系統解析のエッセンス

テクニカルノート「ゲノム情報全盛のいま使える分子系統解析のエッセンス」というのを少し前に出しました。PDFがフリーでとれるようになっていることに今気づいたのでここでお伝えしておきます。今ふと考えると、タイトル通りの内容になっているか、自信はありません。https://t.co/BqhXOIeI9G

19 0 0 0 バイオイメージインフォマティクスにおける機械学習技術の活用

日本画像学会誌に寄稿しました「バイオイメージインフォマティクスにおける機械学習技術の活用」が出版されました。 https://t.co/ax6RIysZuJ

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