とりさん (@biochem_fan)

投稿一覧(最新100件)

日本 VR 学会論文誌 「ドラゴンアバタを用いたプロテウス効果の生起による高所に対する恐怖の抑制」https://t.co/vliwXFGieJ ワクワクする知見がたくさんあって面白かった。年齢・性別・種族が違うアバターのみならず、動物型やロボットのアバターにも身体所有感を誘起できるのってすばらしい。
BME 「宇宙へ行ったメダカ ―宇宙におけるライフサイエンス研究―」https://t.co/A5tRp4030d 宇宙でもきちんと姿勢を保てる系統を選抜したというのを初めて知った。その機構として、前庭系より視覚を優先するという仮説が述べられている。
生物物理学会誌 「アスガルドアーキアの持つ内向きプロトンポンプ型ロドプシン: シゾロドプシン」https://t.co/XhreqYBXnt 動物型と微生物型ロドプシンが進化的に独立って本当なのかしら。TM の配置がなんとなく似ているのも収斂進化!?
生物物理学会誌 「海外だより ~構造解析ソフトウェア開発の本場から~」 https://t.co/NQvVFuax6U 神のエッセイ。いろいろな国や専門の人がいることで「同じ背景が共有されていないことが,逆に心地よく思っています」というのは完全同意。 とりも帰国して 2 年半、均質性の高い周囲に退屈してきた。
生物物理学会誌 「統計熱力学計算と進化分子工学を用いた GPCR 安定化変異体の創出手法」https://t.co/6WrczihRmY 発現とスクリーニングに大腸菌や酵母を使っているが、これらではほとんど発現しない系だとどうするのか気になる。HEK や Sf9 でも同じことはできると思うけど。
生物物理学会誌 「ATP 合成酵素から進化したマイコプラズマ滑走モーターの構造」https://t.co/EYR764RK0I これは面白い。モータ部分と足蛋白質の動きの関係とか、今後の研究が楽しみだ。
生物物理学会誌 「呼吸鎖酵素に隠された新規アロステリーが導く特異的抗菌薬の創出」https://t.co/ornM1YpC5Z 日本でもこういう in silico と in vitro スクリーニング・構造解析・MD 計算などを連携させた研究をできる人がいることに驚いた。
生物物理学会誌 「キャリアデザイン談話室 (19) 一人の計算科学者の体験談」https://t.co/Gdr4WfVcsT REMD 法、MD 計算パッケージ GENESIS の開発などで知られる理研の杉田さんのエッセイ。知っている人の名前もいろいろ出てきて面白かった。

1 0 0 0 OA 今がチャンス!

生物物理学会誌 「今がチャンス!」https://t.co/HSQKjBtiBb 雑事を AI に任せる・あるい補助してもらうことでより本質的なことに専念できるというよく見かける論調には概ね同意するものの、何が雑事で何が本質的なことかは人によって異なるという点にも注意したい。
科学基礎論研究 "科学的理解の観点から見た有機電子論" https://t.co/cPkVk3lVvh 科学哲学なんて今まで完全に無視していたが、とても面白かった。De Regt の intelligibility の概念、とくに CIT1 「厳密な計算を行わなくても科学者が理論 T の特徴的な帰結を定性的に認識できる」には納得感がある。
生物物理学会誌 "キャリアデザイン談話室 (18) アンチによる近視眼礼讃" https://t.co/YMTXgxIDDQ 冒頭でいきなり「日本人男性の平均寿命は」と始まり、女性研究者を無視するかのような書きぶりに「何だこいつ」と思ったが、その先はわりとまともなことを言っている。
RT @tjmlab: 常圧下での室温超伝導体の実現 https://t.co/1LmsYw4fGK 秋光先生を信じろ!
日本結晶学会誌「二酸化炭素固定酵素の X 線構造解析による構造―機能相関の解明」https://t.co/F8zXjK96fH 数日前紹介したのと同じ著者の 15 年前の総説。こちらは PEPC が話題の中心。 白黒でスキャンされているため図が見にくいのが残念。図 3、CO2 が CH2 になっている。 https://t.co/YtjavuYdjj
日本結晶学会誌「時計タンパク質 KaiC の構造にみる概日リズムの起源」https://t.co/8hBuNGKS7S シアノバクテリアの時計遺伝子 KaiABC の Kai が「回転」に由来するとは知らなかった。
日本結晶学会誌「甲斐泰先生を偲ぶ」https://t.co/OC6dYpzLrs 上の記事の著者の学生時代の指導教官の追悼記事。
日本結晶学会誌「光合成における炭素同化反応の構造生物学研究」https://t.co/0XhhxkHdne とりさんはテルペノイド萌えかつトンネルのある酵素萌えなので、trans-polyisoprene synthase (TPS) と farnesyl-pyrophosphate synthase (FPS) の比較の話が面白かった。
日本結晶学会誌「機械的刺激に応答する多成分有機結晶の発光色変化」https://t.co/uT6NGPCSLe 結晶パッキングが変わったり非晶質に相転移することで色が変わる色素たちの紹介。 こういう系の研究に、粉末のまま構造解析できる MicroED は有用だろう。
日本結晶学会誌「聴覚を支えるモーター分子prestinの構造解析」https://t.co/0QS9dIrKZe うーん、電位によって構造変化する、しかも 80 kHz なんて高速(= 12.5 usec)で応答できるという肝心の部分の解明には至っていない気がする。
生物物理学会誌「生物界最速のミオシンの構造-機能相関」https://t.co/k13XnnbcLB 植物や藻類の巨大細胞では拡散による物質混合が遅いから高速なミオシンでオルガネラを引っ張ってかき混ぜる必要があり、それが原形質流動だという話は、いかにも生物物理という感じで非常に興味深かった。
生物物理学会誌「DNA ナノチューブのレール上をプログラム通りに自走するナノマシン」https://t.co/aUBjt9cz1j 少し前に話題になった論文の、著者自身による解説。ただ面白いものを作りましたというだけでなく、これがナノマシン動作原理に迫る上での実験系として使えることも強調している。
生物物理学会誌 "「競争」から「共創」へ" https://t.co/5b2tOiNgmR 読んだ。
生物物理学会誌「コンビニエントな RNA 切断ツール CRISPR Cas7-11 のクライオ電子顕微鏡構造解析」https://t.co/tMp96IxXlr INS ドメイン削ると duplex と触ってる部分が減るけど、認識できる長さが変わったりしないのかな。
生物物理学会誌「病原菌の生存戦略: ヘム濃度センサータンパ ク質 PefR の作動メカニズム」https://t.co/5pXQpwcB72 ヘム蛋白質萌えなので面白かった。 蛋白質 N 末端のアミノ基が axial ligand になるとは珍しい。こういうの、不用意に末端に精製用タグをつけると活性がなくなって苦労するんだよね。
生物物理学会誌「海外だより: ~スタンフォードでの研究と生活~」https://t.co/EUNXHiXzmg Diversity & inclusion についての講習を研究所が主催してメンバに参加させるのはよくあるけど、ラボが自主的にやってるってのは、すごく意識が高いな。
生物物理学会誌「キャリアデザイン談話室 (16) キャリアパスの中程から」https://t.co/VINyQhObkq 気負わない感じのエッセイで読みやすかった。
生物物理学会誌「Large pore channel の構造とチャネルの開閉メカニズム」https://t.co/Z1dUaI73yP 興味深かった。Pore 部分に脂質二重膜が侵入することが本当に閉塞機構だとするなら、脂質の出入りの経路はもちろんのこと、チャネルが開く時に「押し出す」エネルギーがどこから来るかが問題だろう。
生物物理学会誌「液液相分離が見せる細胞骨格と核酸と脂質の離合集散」 https://t.co/DnqcsRbey3 あくまでモデル系ではあるが、現象は興味深い。 ただ、2.2 節の枯渇効果や混合エントロピーの議論が初学者としては分かりにくかった。
生物物理学会誌「プロスタグランジン受容体の構造生物学」https://t.co/wq7UDvDIRi 図 2、Fab とか BRIL とかは除外するか説明したほうが分かりやすいのでは。「図 3A: 点線で共役する G タンパク質の 種類ごとに囲っている」とあるが、これは図 2 のことでは。
生物物理学会誌「海外だより ~違う「常識」を理解する~」https://t.co/bESDtUIjhL スイス(Zurich)の話。スイスはとりさんの中ではわりと好印象な国だけど、研究所は micromanagement だという話も耳にする。機関によるのか、概してそうなのか?
生物物理学会誌「ポリアミン輸送体 ATP13A2 の構造基盤」https://t.co/ZgqUI1uG09 E2 state の議論が面白い。 図 1B で、A, P ドメインのアルファベットが消えて「ドメイン」だけになってしまっている。あと、spermine の density の上部が変な風に削れている。
生物物理学会誌「キャリアデザイン談話室 (15) 好きなことを仕事にする」https://t.co/FALBzukYPe 楽しんでるのが伝わってきて好印象。
日本結晶学会誌「フラグメント分子軌道計算による構造解析」https://t.co/6738DcDON3 MD 計算よりも正確なリガンド結合エネルギーを出せるという利点はよく伝わってきたが、相互作用を客観的にに指摘できるので「PDB への構造登録前の FMO 計算が有用であることを強調したい」というのは言い過ぎでは。
日本結晶学会誌「超解像蛍光顕微鏡の原理・限界と将来像」https://t.co/N9nAGwNDmk 実際に使われる光子数とか具体的でイメージしやすかった。でも、これはとりさんが、「電子顕微鏡なら ○ e/Å^2 くらい」という感覚を持っているからであって、そうでなければ数字は逆に鬱陶しかったかも。難しい。
日本結晶学会誌「創薬研究における X 線結晶学の強み」https://t.co/FewhcGjN9Q 以前、臨床系の人から「構造生物学の人は創薬に役立つとアピールするが、実際には薬につながってないですよね」と言われたことがあるが、今度そう言われた時の返答のヒントとして参考になった。 ただ全体的に日本語が変。
日本結晶学会誌「アジア結晶学連合(Asian Crystallographic Association: AsCA)の第13代会長に就任して」https://t.co/WroDBTAt9P 「会長は、任期の前後に副会長、前会長を各3年務めるので都合9年間AsCAの運営に携わる」のは負担が大きいし、やったら合わなかったということもあるから柔軟にすべきでは
生物工学会誌「オリゴヌクレオチド(プライマー)合成,早さの秘密」https://t.co/ADgly3gXU1 合成の化学よりも生産管理の話が中心だったが面白かった。
RT @Dr_majio: これは全員読むべし。 オリゴヌクレオチド(プライマー)合成,早さの秘密 https://t.co/zqqybph5Y2
アンサンブル「分子動力学法を用いた抗菌ペプチドによる膜細孔形成過程の研究」https://t.co/rIIJOdHOpu 興味深いが、最初に troidal mode と carpet mode とは何か書いておいてほしかった。あと、∑ の平均値(∑0)が、どの分布に対する平均なのかよく分からなかった。
アンサンブル「分子動力学法ソフトウェア GENESIS の紹介」https://t.co/R3hR0zZEIu 久しぶりに見に行ったら tutorial https://t.co/Wro0uz4ICL も充実していた。
生物物理学会誌「1 アミノ酸変異によって光サイクル型視覚ロドプシンを創製する」https://t.co/Uap8f9rsNQ この前 melanopsin の話題があったが、Opn5L1 は正真正銘のサイクル型で、retinal が外れず元に戻る(しかも all-trans が安定)だという。こういう変わり種はとても好き。
生物物理学会誌「複眼のタイルパターンを決める幾何学機構」https://t.co/Kqp5zpFc5x 昆虫の複眼は六角形タイルとは限らず、正方形タイルになる変異体があって、どちらになるかはボロノイ分割で説明できるという。興味深い。
生物物理学会誌「海外だより ~ニュージーランドから~」https://t.co/NZzVkHgm88 ニュージーランドが原住民マオリ族の伝統的知識(スピリチュアル系)を尊重しようと、教育において科学と "equal status" を与えようとしたのに反対した教授らが民族差別だと炎上した事件を紹介。https://t.co/3Ancy5TB5W
生物物理学会誌「キャリアデザイン談話室 14: プランド・ハップンスタンス理論のすすめ」https://t.co/3wnIiNIfOu 石谷氏のエッセイ。Planned Happenstance なる言葉を知れたのは良かったが、ちゃんと提唱者や参考文献を示しておいてほしかった。
生物物理「ラマン光学活性によるプロテオロドプシン中のレチナール色素の構造解析」https://t.co/kygPNtW5ok プロテオロドプシンって NMR 構造だけで結晶構造ないとは知らなかった。Retinal 構造変化による ROA を QM 計算と比べているけど、蛋白質を無視して retinal だけで計算して大丈夫なのかしら

2 0 0 0 OA 思春期

生物物理学会誌「巻頭言: 思春期」https://t.co/kujitY2DjP ラボ運営で筆者があれこれ考えていることのエッセイ。PI は大変ですね。
生物物理学会誌「メラトニン受容体の活性化における構造基盤」https://t.co/44WeFKW2Ti GPCR 構造には食傷気味で、最近は原著論文も読んでいないが、この解説は MT1R の特徴をしっかり伝えていてよかった。ただ、文中で言及された側鎖なのに図にないものがあったのは残念。
生物物理学会誌「クライオ電顕構造で見えてきたV/A型ATPaseの回転メカニズム」https://t.co/Ru12eDWFEF こういう基質濃度を極端にしてトラップするやつ、生理的には存在しない state を作り出さないか心配になるけど、とりはそういう実験上のことは専門外なので判断できない。
日本結晶学会誌「溶液 NMR 法による GPCR の活性と直結する動的構造平衡の解明」https://t.co/Fh1DgDxdQ2 「活性型 2 (高活性) 」がどこから出てきたのか分からない。あと、各状態で見えている NMR peak が別状態を表すのか二状態の平均なのかは交換速度によると思うが、本文だけからはよく分からず。
日本結晶学会誌「生体膜上で形成される低親和性タンパク質間相互作用の構造生物学的研究」https://t.co/cFRhhR6Znh 膜内プロテアーゼ RseP は基質膜蛋白質を helix から sheet に変化させて認識・切断するとか、とても面白い。ただ KkRseP 構造は変性してるのを無理やり議論してる感が否めない。
日本結晶学会誌「Humid Air and Glue-coating method (HAG 法) を用いた 生理学的環境での銅含有アミン酸化酵素の構造解析」https://t.co/WuY9ilw7KB TPQamr は溶液中より結晶中でパッキングによって安定化されるが、TPQsq はそうでないという議論がよく分からなかった。こういう論法は一般的なの?
日本結晶学会誌「X 線自由電子レーザーを用いた 高速分子動画解析法の開発と展望」https://t.co/OjHyLQ6wIu Mix and inject serial crystallography は遅延時間が長いので本当に cryotrap じゃダメなのか、とりさんとしては納得していない。温度ジャンプ実験は実際面白いと思う。あと文献 18, 19 が逆
日本結晶学会誌「放射光を用いた室温シリアル結晶構造解析」https://t.co/B9OVeRhRqK 研究の流れがうまく紹介できている。ただ、常温と凍結状態で側鎖の状態が違うとしても、それが蛋白質機能の解釈に影響を与えるとは限らないので、何でもかんでも常温測定が必要 and/or望ましいとは思わない。
日本結晶学会誌「植物のケイ酸チャネルの構造と機能」https://t.co/0pwtVse3Op Lsi1 チャネルの結晶解析。Lattice-translocation disorder を強度補正したうえで精密化していて興味深い。生データ見てみたい。
日本結晶学会誌「カラメルに含まれるオリゴ糖を分解する酵素の構造生物学的な洞察」https://t.co/qQTWZnLAEj 以前に生物物理学会誌に出ていた話だが、こちらのほうが構造解析の情報が少し多い。遠いモデルでの分子置換後、モデル改善に苦労したようだが、SHELXE は効かなかったのかしら。
RT @tombo512: 機械学習に詳しくないのだが、こういう「機械学習でノイズ除去したデータ」を「計測データ」として扱って良いという保証はどのようにすれば良いのだろうか。アニメの高画質化ならいいけど、計測データは「それっぽく見える」だけでは不十分だと思うんだが。 https…
生物物理「パルス EPR 法による光合成電子伝達鎖の研究―河盛阿佐子氏 IES fellow 受賞に寄せて―」https://t.co/FA3FmQL6Hz 知らない人だったが読んだ。
生物物理「筋小胞体カルシウムポンプにおける構造変化と自由エネルギー解析」https://t.co/oIaWc1w9xZ タイトルに「自由エネルギー解析」と書いてあるが、本文中には自由エネルギー地形の議論がない……
生物物理「RRF と tRNA によるリボソームリサイクリングに関する構造的洞察」https://t.co/4cYBMjNsbS EF-G, RRF 結合かつ ribosomal subunits 解離前の状態は捕捉しにくいとあるのに、今回構造解析に成功する上で重要だった工夫は何なのか、肝心なところがよく分からなかった。
("HIV 陰性 HHV‐8陰性患者の心嚢液に発生した原発性浸出液リンパ腫の1例" https://t.co/5jEygZTANx による) "心嚢ドレナージのみで消退傾向を示した心嚢水 Primary Effusion Lymphoma-like Lymphoma の 1 例" https://t.co/DkTvUaX17u なんてのもある。
JSBi Bioinformatics Review「AlphaFold2 までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」https://t.co/klAz7cZOnG ありがちな内容かなと軽い気持ちで読み始めたら、evoformer や structure module など仕組みにも踏み込んでいるし、AlphaFold2 以前・以後のツールもよく紹介した大作で関心した。
RT @gggtta: 2編目は、東大・森脇さんによる「AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」です。急激な発展と展開を見せているタンパク質立体構造予測の関連問題に関して、トップランナーの森脇さんに歴史的経緯からこれからの展望までを執筆いただきました。…
生物物理「速度論的・熱力学的解析によるタンパク質凝集・アミロイド線維化機構の解明」 https://t.co/XBYKOWTbpw in vitro で凝集させたアミロイド線維と病理組織から抽出したもので構造が違う例が多数指摘されている今、こういう解析の relevance はどうなんだろう。
生物物理「有機硫黄化合物を測定対象とする無磁場固体核磁気共鳴(NMR)法の応用」https://t.co/F3Lh75P8Ic 四極子核では電場勾配によって核スピンのエネルギー準位が分裂することを利用するらしい。こんな手法があることを初めて知った。
生物物理「生体分子機能を有する新物質への有機合成化学によるアプローチ」https://t.co/s7D2Qp0evA こんな単純な構造で、リガンドや膜電位や膜張力への応答性が出せるというのは面白い。ただ、pore helix が完全に疎水性なのは天然のチャネルと異なるところ。
生物物理「クマムシの乾燥耐性の仕組み~水分消失に伴うタンパク質の繊維化~」https://t.co/PeHtWWjOrA NMR 信号の消失は、凝集して分子量が増えたからということでいいのかな? Amyloid と違い α helix で線維化するのは面白いが、この知見から細胞保護作用へつなげるまでには大きな溝があると感じた

1 0 0 0 OA 羅馬史略

「羅馬史略」 明治時代に書かれたローマ史の本。こんなものがあるんだ。 カエサルが塞撒(「セサル」と振り仮名)など、人名も地名も漢字なのが読みにくい。文語だが漢文訓読調ではないので、さすがに中国史を呼んでいるような錯覚は起きないものの、不思議な気分になる。 https://t.co/t5TP7WdO4g
アンサンブル「ab initio 分子軌道法で分子間相互作用を計算する (5)イオンと中性分子の相互作用」https://t.co/Rwm3df3bO3 benzene と Mg2+ の cation-pi 相互作用が -100 kcal/mol を超えていて驚いた。そんなに強いのか。
アンサンブル「ab initio 分子軌道法で分子間相互作用を計算する (4) π/π 相互作用の精密計算」https://t.co/OZoYFP35tq MP2 でも厳しくて CCSD(T) が必要なのはしんどいな。MP2 で basis set limit を補外したあと、小さめの基底で MP2 と CCSD(T) の差を求めて、そこから予測する方法を紹介してる。
アンサンブル「ab initio 分子軌道法で分子間相互作用を計算する (3) 近似のレベルが飽和炭化水素、水素結合の計算に与える影響」 https://t.co/3cE3kOXbFn 各場合に、基底関数や手法の選択が精度にどういう影響を及ぼすか、実例で紹介しており参考になる。ただ DFT も入れてほしかった。
ファルマシア「オウレン: 生合成研究から創薬へ」https://t.co/HR8XIhTSvi Benzylisoquinoline alkaloid 生合成経路の研究対象としてのオウレンの面白さは分かるが、オウレンそのものが創薬シーズとして有望だとは思えなかった。
アンサンブル「分子動力学シミュレーションにおける温度・圧力制御第 1 回: 能勢の熱浴と能勢・フーバー熱浴」https://t.co/qbDLXXxv1D すべての式を手で追ったわけではないが、考え方は分かったつもり。 鈴木-Trotter の式 42 は、実際に展開してみたら(形式的には)確認できた。
ふと思いついて検索したら、全部、国会図書館個人向けデジタル化資料送信サービスで読めることが分かった。 飛行機の設計より生産まで https://t.co/I5V5L5TqzU 航空無線の話 https://t.co/f0obsOJxqg 飛行機構造 https://t.co/2PJF6QusnX 飛行機工作法 https://t.co/oVj7xo95B7 https://t.co/hPxlXsxRri
ふと思いついて検索したら、全部、国会図書館個人向けデジタル化資料送信サービスで読めることが分かった。 飛行機の設計より生産まで https://t.co/I5V5L5TqzU 航空無線の話 https://t.co/f0obsOJxqg 飛行機構造 https://t.co/2PJF6QusnX 飛行機工作法 https://t.co/oVj7xo95B7 https://t.co/hPxlXsxRri

3 0 0 0 飛行機構造

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ふと思いついて検索したら、全部、国会図書館個人向けデジタル化資料送信サービスで読めることが分かった。 飛行機の設計より生産まで https://t.co/I5V5L5TqzU 航空無線の話 https://t.co/f0obsOJxqg 飛行機構造 https://t.co/2PJF6QusnX 飛行機工作法 https://t.co/oVj7xo95B7 https://t.co/hPxlXsxRri
アンサンブル「電位依存性カリウムチャネル Kv1.2 の変異体における不活性化の分子機構の解析」https://t.co/cYlUdCJV4g 電場をかけた MD 計算で、C 型不活性化を起こす変異体の挙動をよく再現できている。しかし、開状態と不活性状態のエネルギー的な関係や、それへの変異の影響は説明できていない。
アンサンブル「ab initio 分子軌道法で分子間相互作用を計算する (2): 基底関数、電子相関の補正方法の選択」https://t.co/TMXxhJRPjq 本当の初学者にはちょっときついと思うが、ある程度分かった上で復習するにはよい感じ。
アンサンブル「ab initio 分子軌道法で分子間相互作用を計算する(1) 計算の利点と分子間力の種類について」https://t.co/wElLSKTjeN 連載を読み始めた。平易な語り口で良い。アセチレンが四重極子相互作用で T 字型に並ぶのが安定なのは知らなかった。
アンサンブル「自然知能が提示する究極のエネルギー変換、光合成」https://t.co/mBf3SVhh1n 「自然知能」なんて変な言葉を作って思想的なことを書いたり、わざわざ電子移動を正孔なんて固体物理的な表現にしたりしなくてもいいのに……
アンサンブル「低酸化状態の Mn4CaO5 錯体構造より水分解反応機構を展望する」https://t.co/jS7uif7lYp S0 → S1 遷移における H+ 放出は O5 ではなく O4 から起きるという主張。他の論文をかなり強く批判している。
アンサンブル「光化学系 II 酸素発生中心の反応機構」https://t.co/ThVYWtNkKo さっき紹介した論文だと Mn 単核錯体の量子計算ですら課題がいろいろあるようだったのに、これは PS II を QM/MM で考察している。素人目には、その辺が妥当なのか判断できない。
アンサンブル「光合成酸素発生中心 CaMn4O5 クラスターでの Mn-OH と Mn=O 構造間の相対安定性 −hybrid DFT 法を越えてLPNO-CC, DMRG CAS, MR-DFT 法へ−」https://t.co/MdYKkZrPx3 難しい系で様々な発展的手法を試したのは分かるんだけど、実験的に得られた「正解」なしでやるのはどうなんだろう。
J. Comp. Chem. Japan 「量子化学計算によるフェニルイソシアネート 275 nm 第一吸収帯の帰属」https://t.co/r2Fwa58J73 専門外のものを勉強のために読んだが、帰属の根拠が分からない。Oscillator strength が強くて、波長も近い excited state 4 じゃなくて 3 が選ばれてるのはなぜ?
化学と生物「龍涎香の人工合成系の確立に向けて: 新規アンブレイン合成酵素の創出」https://t.co/syZhZ7mYyS テルペン環化酵素を改変して、マッコウクジラの腸管結石であり香料として重宝される竜涎香の有用成分 ambrein を squalene から人工合成。
化学と生物「超好熱性サチライシンをモデルにみるタンパク質フォールディングの高温環境適応戦略」https://t.co/XO79TR9qix fold した蛋白質の耐熱性をあげる機構とは別に高温下での folding を助ける仕組みがあるとは知らなかった。 Subtilisin の b って黙字とは思わないのだが、なぜサチライシン?
化学と生物「アロイドとサイカドから切り拓く発熱植物の新たな世界 発熱植物とは? —種類,特徴,発熱の基本原理から生理意義に至るまで—」https://t.co/exeCvsPgb7 単純に alternative oxidase 経路で uncouple してるだけというわけでもないし、生態学的意義にも謎が多いのか。
ファルマシア「分子ひずみを持つ中員環の化学」https://t.co/W01bCkWnIN 反応性もさることながら、trans cyclooctene が面不斉を持つというのが面白かった。
ファルマシア「ジャガイモとトマトはおいしい野菜だが、毒がある?」https://t.co/IV4GbVf591 ジャガイモの芽などに含まれる steroidal glycoalkaloid 毒素の生合成に関わる遺伝子を同定したあと、ゲノム編集で潰している。
通信ソサイエティマガジン 「無線通信はどこまで高速化できるか?」https://t.co/wp1eODkvhT 無線通信の速度が何で規定され、どう高速化できるかの分かりやすい解説。これは 2009 年の記事で 2020 年には 10 Gbps 達成の見込みを示しているが、今の 5G でも届いていない。ちょっと楽観的すぎたね。
生物物理学会誌「脂質交換タンパク質が司るナノスケールの脂質膜環境」https://t.co/xiQgGo2Rg4 PS やステロールによって PIP5K の酵素活性が上昇するというのが、ここで議論されている両親媒性 helix による局在だけの効果なのか、それとも allosteric な構造変化が起きるのかがよく分からなかった。
生物物理学会誌「細菌べん毛輸送装置の膜電位に依存した活性化機構」https://t.co/222lazUwZ3 内容は意外性もあって面白いが、読みにくかった。 動力源が膜電位であるという表現が出てくるが、結局はその膜電位によって生じた PMF で駆動されているという意味?
日本結晶学会誌「小胞体ジスルフィド結合形成ネットワークを支える酵素群の構造基盤」https://t.co/UbaEDEVFZa どうやって間違った S-S 結合が解除されて 正しい S-S 結合が形成されるのか説明できてない気がする。無作為に切ったりつなげたりしてるうちに最安定構造に落ちていくということなのかなあ
日本結晶学会誌「分子の知恵の輪で作る多孔性結晶と力学的特性」https://t.co/mRk6OaWQSn Catenane で MOF を作ってみたという話。結晶性を保ったまま温度依存的に pore サイズが変わるのが面白い。
日本結晶学会誌「高分解能中性子構造から明らかになったタンパク質中のペプチド結合における新しい描像」https://t.co/PlJuUSk6Ba ペプチド結合の平面性の崩れを、中性子回折による amide proton の可視化によって検討している。
日本結晶学会誌「3D 電子回折と固体 NMR」https://t.co/0zQFtJIraC H や N ならいいけど、C の固体 NMR (特に 2D)は天然同位体比だと C13 が少なすぎて DNP 使ったとしてもそれなりの試料量と測定時間がかかるから、MicroED が必要になるような微量しか得られない天然物での実用性はどうなんだろう。
日本結晶学会誌「泉 富士夫先生を偲ぶ」https://t.co/Qygi2ulpgF この泉氏は、一時期はオープンソース運動に賛同していたはずなのに、晩年は完全に方針転換して秘密主義となり、OSS を揶揄するようなことを言っていたのが残念である。とりさんとは TL 上で論争になり、最終的にブロックされてしまった
紹介されている Eugen Wilhelm Pfizenmayer の「マンモスを求めて」は、"Mammutleichen und Urwaldmenschen in Nordost-Sibirien" かな。 言及されている日本語への抄訳は、国会図書館個人向けデジタル送信サービスで読める。 https://t.co/hNdJIvxwVU
日本結晶学会誌「有機粉末構造解析をはじめよう! 実空間法による構造決定」https://t.co/cG24Izznce 単結晶の場合でも MicroED だと 1.0 - 1.2 Å くらいのデータの場合や多重度が低い場合に直接法が失敗することがあるが、実空間法なら解けるのだろうか。
RT @polan9009: またこのサイトが参考にしている、上野達弘さんの『情報解析と著作権──「機械学習パラダイス」としての日本』では、具体例を用いて単刀直入に説明しているのでリプライに引用しておきます。 https://t.co/McgH1zQUNh

お気に入り一覧(最新100件)

常圧下での室温超伝導体の実現 https://t.co/1LmsYw4fGK 秋光先生を信じろ!
これは全員読むべし。 オリゴヌクレオチド(プライマー)合成,早さの秘密 https://t.co/zqqybph5Y2
機械学習に詳しくないのだが、こういう「機械学習でノイズ除去したデータ」を「計測データ」として扱って良いという保証はどのようにすれば良いのだろうか。アニメの高画質化ならいいけど、計測データは「それっぽく見える」だけでは不十分だと思うんだが。 https://t.co/3ZPuT9apHg
2編目は、東大・森脇さんによる「AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」です。急激な発展と展開を見せているタンパク質立体構造予測の関連問題に関して、トップランナーの森脇さんに歴史的経緯からこれからの展望までを執筆いただきました。https://t.co/dwU5lGqB77
またこのサイトが参考にしている、上野達弘さんの『情報解析と著作権──「機械学習パラダイス」としての日本』では、具体例を用いて単刀直入に説明しているのでリプライに引用しておきます。 https://t.co/McgH1zQUNh
この7月から週2回ほど元ボスにラボに来てもらっているが、その際に講義の内容などについて話すことが多い。その際、元ボスから聞いた「果物はなぜ冷やすと甘いか」という話がとても面白い。こちらの総説の解説が分かりやすい。このネタ、2年生向け生化学の講義に取り入れよう https://t.co/tlh2cSS8bu

2 0 0 0 OA 西洋日本昔噺

国立国会図書館デジタルコレクションで見られる『西洋日本昔噺』の挿絵愛らしい。 Tシャツにしたい。 https://t.co/uG16F9P9q5 https://t.co/nEO2Dv6YBl
こんな物が金になる - 国立国会図書館デジタルコレクション 著者 読売新聞社便利部 編 出版年月日 昭11 https://t.co/1P4NCBOIZG どのじだいもなにがどうたかくれるとかはおなじまんまなんだろうか
やさしいラテン語読本 : 全訳・註解 https://t.co/hHHTTzLsy6 ラテン語四ケ年 https://t.co/gVi3RrvtKS 羅甸語四週間 https://t.co/zAADvs8NBu ギリシア・ラテン引用語辞典 https://t.co/CEPctnFaPM ギリシヤ・ローマ古詩鈔 https://t.co/NeqU4EWoj5
やさしいラテン語読本 : 全訳・註解 https://t.co/hHHTTzLsy6 ラテン語四ケ年 https://t.co/gVi3RrvtKS 羅甸語四週間 https://t.co/zAADvs8NBu ギリシア・ラテン引用語辞典 https://t.co/CEPctnFaPM ギリシヤ・ローマ古詩鈔 https://t.co/NeqU4EWoj5
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戦前のエラい人の脳を解剖して調べてみた調査報告書、なかなか面白い(収録されてるののは政治家の桂太郎と濱口雄幸) 傑出人脳の研究. 第1輯 - 国立国会図書館デジタルコレクション https://t.co/WcQdI8g10e
国会図書館で東郷堂『写真上達の手引き』が一般公開(登録不要)で読めますが、写真やカメラの歴史や原理、芸術写真や新興写真といった当時の動向、各ジャンル、専門用語を「初心者目線」でまとめた本はなかなかなく貴重。ほぼ毎年ペースで重版したらしく隠れたベストセラー。https://t.co/X6WfwzKhYH

1 0 0 0 OA 証文の書方

戦前の娼妓には「自由廃業」という契約反古(権?)があったようだが、下記の『証文の書方』という本には、契約上「自由廃業」を予防(?)する手段が手ほどきされている。
国会図書館デジタルコレクションありがたい・・・ 昭和3年「ノビレ少将北極探検記」を読んでいます。 この本をデータ化してくれた職員様・・・ 大変よく読めます・・・ https://t.co/pwTWvOV9e6

323 0 0 0 OA 宝塚歌劇集

https://t.co/rY6rMEM9UG 1919年に出たルサンクのようなもの(台本集)らしいが、所々に「◯◯な天津乙女様」って落書きがある。100年前のヅカオタのうわ言が未来永劫残ってしまう
今年も柿の季節になったので毎年恒例の、柿を食べすぎて胃に「柿胃石」が出来た爺さんが、コカコーラを大量に飲んで石を溶かす治療を受けたけど、飲むのがキツくて炭酸抜いたの飲んでたのが医者にバレて怒られた話を置いておきます。https://t.co/yuSI6ZQjWy https://t.co/OeChGY6Pvt
生物物理誌の最新号のトピックス新進気鋭シリーズに、東大濡木研の志甫谷さんの「非古典的ロドプシンの構造多様性」についての解説記事が掲載されています。ヘリオロドプシンやRh-PDEの構造解析について解説されていますので、ご興味のある方はぜひご一読下さい。 https://t.co/pXVx17JEAx
わあ出てる。 https://t.co/ieBSUqozfE 「和文論文誌をいつまで続けるべきか」 (副音声:今すぐ止めても良いのでは?) これは誰かに説得されるのであればそれはそれでよいと思っている意見なので、誰か僕に人工知能分野の和文論文誌の重要性を説いてください。
生物物理誌の巻頭言に寄稿させて頂きました。よろしければご一読ください。 「生きものが機械でもいいじゃない」 https://t.co/HG9srEz13e pdf直リンク https://t.co/L57nojsQKv https://t.co/J6AytfYjyy
生物物理誌の巻頭言に寄稿させて頂きました。よろしければご一読ください。 「生きものが機械でもいいじゃない」 https://t.co/HG9srEz13e pdf直リンク https://t.co/L57nojsQKv https://t.co/J6AytfYjyy
フォールディング関係だと金城さんが2006年に書いた総説が今読んでも面白いしおすすめ。 https://t.co/w96cB0IZcA
国内誌?に寄せた文章に"We are currently developing a new method, named Image Based Structure Analysis (IBSA), together with a new cryo-EM instrument."とありますが、特に新しいアルゴリズムも公開しないまま、なんでこういう宣伝をするのだろうか? https://t.co/wbthycnRfR
渡邉先生追悼記事.涙なしには読めない….本当に惜しい人をなくしてしまったhttps://t.co/dk0rxlMdsh

2 0 0 0 独逸日記

@biochem_fan https://t.co/i6qDjfcioX を見るかぎり、国会図書館にあるのは戦後に出版されたもののようですね。書かれた時期との年代差からして、きっと著作権が存続中の解説がついていたりするのではないでしょうか。
MRC分子生物学研究所の中根さんによる単粒子解析法の解説。訳語にこだわった「物理の教科書」的な文章が大変気持ち良いです。ぜひ今後も日本語で解説、ひいては教科書を書いていただきたいところです。 https://t.co/JYPcQd2M5u
Recent Developments of Single Particle Analysis with Cryoelectron Microscopy (Japanese) https://t.co/cVoa1rVpGW

78 0 0 0 OA 法令全書

@sasamotoU1 明治の初期は文芸書に限らずこういう二重ルビが普通に使われてたそうです。 これは明治七年の海上衝突予防規則(かいじやうしやうとつよばうきそく/うみのうへつきあたりようじんのきまり)です。 https://t.co/z9cGdLxD5k
『斜方晶系』をやめて『直方晶系』を使おう https://t.co/jiDwnqUyy3 Orthorhombicの訳語が正式に直方になった話.結晶外形が菱形になるから斜方と呼ばれていたけど結晶学の興味が外形より中身に移ったので,問題になった…と.面白かった.
書きました。 >福井健策「知のインフラ整備とデジタル著作権の挑戦」 Information infrastructure and digital copyright http://t.co/tAstvNdJ7x

87 0 0 0 OA 悪の華 : 詩集

http://t.co/Pj8DyLIwTF 国会図書館蔵「惡の華」(大正8年)の落書きの主は、訳者が相当に気に入らなかったようで、あちこちに悪口を書いている。訳者序文に対して「馬鹿」「誰かに頼めばいいのにさ」「よせばいいのに」他のページで「悪譯」 #惡の華 #akunohana

87 0 0 0 OA 悪の華 : 詩集

http://t.co/YyjonibbM2 国会図書館蔵の大正8年「惡の華」は他にも落書き多数。「かくてボオドレヱルは死してまた悲愴である。何故なら真に彼を理解し得るものは極めてまれである」と、95年後のアニメの主人公と同じような意見が書いてある #惡の華 #akunohana

87 0 0 0 OA 悪の華 : 詩集

http://t.co/XuB5V6E96n 国会図書館の近デジで、大正8年発行の「惡の華」が読めるのだが、ボードレールの肖像画が破り取られており、次ページに「寫眞を破いたのは誰ぞ―永遠に呪いあれ!」と中二病的な落書きがしてあって吹いた。 #惡の華 #akunohana

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