とりさん@11月中旬に転職予定 (@biochem_fan)

投稿一覧(最新100件)

日本結晶学会誌「蛋白結晶質 (カツオ心筋中のチトクローム c 還元型分子) の X 線解析研究をめぐって」https://t.co/GZBS5lkyrM 1973 年の記事。1960 年に始まったプロジェクトが 2.3 Å のモデルに到達するまでの経緯。まだ重原子同系置換法しかない時代。カツオも三陸産とか小笠原産など検討している
日本結晶学会誌「たんぱくの一次構造と高次構造 (計算機による高次構造の組立てを中心にして)」https://t.co/h0jl51vYVn まだ 10 に満たない構造しか解かれていない 1969 年の記事だが、既に CG によるモデル表示や電子密度解釈が試みられ、コンピュータによる構造予測さえ考えられていたことが分かる
日本結晶学会誌「転移 RNA の結晶化」https://t.co/CLohAtkkD3 1970 年。tRNA の結晶は得られていたが、まだ低分解能で、構造決定に至っていなかった時代の記事。 PDB 検索によると、原子モデルの精密化まで行ったのは 1970 年代後半のようである。
日本結晶学会誌「共同研究の必要性とむずかしさ」https://t.co/uTdguAE4Yt 1969 年。共同研究は「結果的に双方がとくをしたと思う必要がある。……研究を始める前に、おたがいの要求をはっきりさせておくことが下手なため、後になって相手に利用されたというような誤解をまねくことも少な くない」
日本結晶学会誌「イギリスでの生体高分子構造解析の現況」https://t.co/arXl1sh1kP 1977 年の記事。Insulin 誘導体や glucagon の構造解析が進められていたようだ。
日本結晶学会誌「蛋白質構造解析プログラムシステム」https://t.co/vxyGwrbfND 1977 年に名古屋大学大型計算機センタに構築された解析プログラムの紹介。プログラム提供者として、今も CCP4BB で見かける Ian Tickle, Eleanor Dodson らの名前が見える。
日本結晶学会誌「ドイツでの生体高分子構造解析の現況」https://t.co/Dc4yno96Rm 1977 年の記事。ここに出てくるサンガーとは、サンガー法の Frederick Sanger ではなく、Wolfram Saenger https://t.co/UMMpUqYQDs。2010 年頃まで現役で、photosystem の構造解いたりしている。
日本結晶学会誌「X 線回折とコンピュータ・コントロール」https://t.co/6FgGhsrVWE 1971 年の記事。とりさんは、残念ながら実地では四軸回折計も Weissenberg camera も precession camera も使ったことがないので、当時どうやって軸立していたのかとかを知らない。
日本結晶学会誌「Göttingen に滞在して」https://t.co/EDODSQBaFo 1976 年の Göttingen における鉱物学の様子。東西ドイツ国境の描写(監視は厳格だが、国境を超えて通勤している人もいたらしい)や「夕方 6 時過ぎになると趣味のテレビ組立の材料を机に拡げる人」が興味深い。
日本結晶学会誌「グループ研究と個人のプライオリティー」https://t.co/ueFdkbiRHv 1971 年のエッセイだが、同じような専門性の人が集まって共同研究しても、互いに「自分ひとりで解けるはず」「相手に抜け駆けされぬか」などと考えてなかなかうまくいかないという話で、今に通じるものがある。
日本結晶学会誌「電子回折事始めの頃」https://t.co/TP8QbPgMYk 1970 年の菊池正士の回想。寺田寅彦の思い出や、電子回折装置を手作りしていた頃(1920, 30 年代)を振り返る。彼自身の興味は電子回折よりも素粒子・量子物理そのもので、菊池線の原理の解明は別の人が行ったようだ。

1 0 0 0 OA 中国旅行記

日本結晶学会誌「中国旅行記」https://t.co/LuSsYcAvsb 1979 年の「第四次日本婦人科学者訪中団」が中国の化学系研究を視察した際の記事だが、今の科学における中国大躍進の種はこの頃から蒔かれていたのだなあと感じる。
日本結晶学会誌「結晶学の半世紀」https://t.co/qLyXZAfdHS 仁田勇による 1970 年の記事。古典的・肉眼的な鉱物学に端を発する結晶学が、原子レベルの構造解析手段へと進展していった過程を、1920 年ごろから描いている。
日本結晶学会誌「応力に対し変形する分子結晶:明確な結晶構造変化が鍵」https://t.co/6ZOPtKFh0J 双晶変形というのが面白かったが、超弾性と強弾性の定義はちゃんと書いておいてほしかった。
日本結晶学会誌「アンタゴニストによる TLR7 の阻害機構の構造基盤」https://t.co/yBvPOqdHMY 結晶では活性型 closed dimer 構造しか観察できなかったが、SPA では不活性型 open dimer 構造も観察できたというケース
日本結晶学会誌「非来所全自動測定を活用した DNA ものづくり」https://t.co/ZoiIzTlZhM うーん、この人の場合は構造決定はあくまで DNA デザインのための手段に過ぎないから、「自分が実験をしている」という感覚がなくなっても、構造解析技術がブラックボックス化しても構わないんだろうなあ
日本結晶学会誌「環状 βアミノ酸を含むペプチドフォルダマーによる 血液凝固因子 FXIIa 阻害の構造基盤」https://t.co/Kdm1lKqXpu 導入された環状非天然アミノ酸がいい感じに構造を固定していて、たしかに気持ちいい。
日本結晶学会誌「Photon Factory のタンパク質 X 線結晶構造解析ビームラインにおける全自動測定とリモート実験」https://t.co/7pWRHWj9s7 Nextcloud による回折データ自動ダウンロードを準備中というのは良いですね。非来所利用に伴う教育や交流面での懸念に言及しているのも好印象。
日本結晶学会誌「リモート・自動測定によるリン原子の異常分散効果を利用しての結晶構造解析」https://t.co/c8X2x5dZND in house 結晶スクリーニングをやめてどんどん撮るようにしたというが、深紫外レーザーアブレーションによる溶媒除去(1結晶10-20分)もやめ、たくさん撮ってマージすればいいのでは?
日本結晶学会誌「X 線結晶学者のためのクライオ電子顕微鏡解析の手引き(4) 電子線三次元結晶構造解析 / 3D ED/マイクロ ED」https://t.co/gPipEp6S3T 新しめの話題として、YOLO を用いた atlas と回折像からの(氷を拾わない)自動結晶選択 https://t.co/721E28boKB、DE64 を使った測定など。
結晶学会誌「全自動測定による高難度結晶からの構造解析」https://t.co/ZZodfLh869 可溶性蛋白質のクラスタ状微結晶でも、ZOO システムによる自動測定が有効であった 2 例が報告されている。
人工知能「AlphaGo の技術と対戦」https://t.co/VQbYCN3dH2 2016 年、AlphaGo Zero 登場前の解説だが、これまで読んだ解説の中で一番すっきりしていると感じた。
RT @tjmlab: 9pAJ-1 すべての光電子分光の否定理論(9pAJ 光電子分光(ARPES,表面・薄膜,強相関系),領域5(光物性)) https://t.co/HAGv2phBJD すべての光電子分光を否定していこうな https://t.co/rB7faliKMD
RT @LabInoue: 生物物理誌の最新号のトピックス新進気鋭シリーズに、東大濡木研の志甫谷さんの「非古典的ロドプシンの構造多様性」についての解説記事が掲載されています。ヘリオロドプシンやRh-PDEの構造解析について解説されていますので、ご興味のある方はぜひご一読下さい。…
日本結晶学会誌「収束電子回折法による結晶構造解析の進展」https://t.co/23rOikOpGh 電子線散乱で低分子有機化学物の absolute hand を決めたい場合、MicroED データを多重散乱の効果を入れて精密化した報告が数個出ているが、CBED とどちらがいいんだろうか。
日本結晶学会誌「細胞の酸化ストレス制御の構造生物学」https://t.co/iEiXdL4Hxv FeS cluster 合成系 SUF の話、catalase-peroxidase KatG の話、gamma glutamyl transferase (GGT) の話、bilirubin reducatse の話。SUF の話、ABC 輸送体との類似性は面白いが、一番謎が残る。
日本結晶学会誌「金属酵素の結晶構造化学的研究: ヒドロゲナーゼの反応機構について」https://t.co/FVZvG8I6G7 下で紹介したのは 2015 年のものだが、続報が出た。1100 L も培養する話とか、いろいろすごい。図 2 よりも図 9 から見たほうが分かりやすい。 https://t.co/abpzaWyDVm
日本結晶学会誌「クライオ電子顕微鏡で生体分子の構造解析をはじめよう」https://t.co/qKGwlsGrCD 同じ号のもう一つの入門記事と違って、こちらは引っかかる点が多数。「結晶」学会なので、きちんとした査読ができる人が少ないのかしら。以下、詳細。
日本結晶学会誌「クライオ電子顕微鏡単粒子解析の実際 ~試料調製から画像解析まで~」https://t.co/aH5wzmeZyv グリッドづくりやスクリーニングの重要性が詳述されており、良い解説となっている。
日本結晶学会「植物の重力屈性機構解明に向けた構造生物研究」https://t.co/9wvS7vLGw4 シグナル伝達に関わる蛋白質の一ドメインとペプチド末端が相互作用した部分構造を解いただけで、肝心の、重力を感知する仕組みや、下流の蛋白質が局在する仕組みをまったく説明できていないのが残念。
日本結晶学会誌「FUSの相分離制御の構造生物学的解析」https://t.co/wWSpWdzZTe うーん、相分離には弱い非特異的相互作用が中心になるし、実際、肝心なところはほとんど見えてないから、構造生物学が役に立つみたいな論調に持っていってるのに違和感。
日本結晶学会誌「タンパク質結晶化に応用可能な新規小型抗体フォーマット Fv-clasp の開発」https://t.co/rybl3I1AvD VC と VL を antiparallel helix bundle でつなぎ、S-S 結合も導入して、従来の Fv より安定化。結晶化シャペロンとして役立つことも実証。賢い。SPA にも応用中とのことで、楽しみ。
生物物理「1 分子観察から見えてきた大腸菌ヘリカーゼ UvrD の DNA 巻き戻し機能と多量体形成」https://t.co/EaOxamf3u5 読んだ。ふーんって感じ。 自分でもうまく説明できないんだけど、酵素化学の反応機構はすごく気になるのに、こういう系の動作機構は、なんか、どうでもいいと感じてしまう……
生物物理「アミロイド線維前駆中間体の観測とそれを標的とした線維形成阻害―インスリン由来モデルペプチドとフィブリノーゲンを用いた検証―」https://t.co/9tWHmbrjkm アミロイド関係の生物物理は興味深い報告が多いが、in vivo で年単位で生じる現象にどの程度まで適用できるかが課題だと思う。
生物物理「RNA 酵素とペプチドの相互作用から探る原始生命進化」https://t.co/zx9x6WLnL2 RNA だけだと負電荷で反発してしまうので、塩基性ペプチドが重要な役割を果たしていたのではという話。面白かった。 とりさんは、あらゆる遺伝子の系統樹を作ったら、根本はいくつあるのかが気になっている。
生物物理「細菌の祖先型イオンチャネルから探る、普遍的なカルシウム選択機構」https://t.co/w8nbWEuOqH うーん、選択性フィルタのアミノ酸配列と選択性を比べてるだけで、まだ構造情報も MD 計算もないから、ほとんど機構を説明できていない。
生物物理「私が影響を受けた論文 (10) イントロンの起源と蛋白質のモジュール構造」 https://t.co/8FWJ5aqQfZ 「原核生物は,モジュールの組み合わせを担うイントロンを持っていたが,速く遺伝子複製を行うために,その後,失ってしまったと想定できます」 えっ、そうだったの!?
生物物理「非古典的ロドプシンの構造多様性」https://t.co/DsrbbVX17K こういう non-canonical な変わり種って萌える。 今後 AlphaFold2 DB が非モデル生物まで拡大されたら、配列相同性ほとんど無しに構造が似ているような、非常に遠縁の蛋白質が続々発掘されそうで楽しみだ。
生物物理「学会におけるダイバーシティ (4) 人と学問の出会い」(朴三用) https://t.co/wNtCDVYHcm 古き良き時代の大阪大学や LMB の話がちょっと出ている。
生物物理「キャリアデザイン談話室(6) キャリアデザイン談話できません!」山下敦子(岡山大。甘味受容体などの構造生物学) https://t.co/RIl39YXX06 このエッセイの雰囲気がなんとなく好き。
RT @skm58: 休学352日目、論文が出ました! Rosettaを使ったフラグメントアッセンブリによる主鎖構造構築だと作りにくい構造があることに気づき、原因を調べました。 J-STAGE Articles - Limitations of the ABEGO-based…
RT @kivantium: 非公開URLと不正アクセス行為概念 : いわゆるZoom-bombing問題を契機として https://t.co/OZndRa9q4P 適当な条件を満たす場合は非公開URLによるアクセスは不正アクセス行為に該当するとのこと。
RT @ttsukaza: 生物物理 / 61 巻 (2021) 3 号 「 MATEタンパク質の構造生物学 」 草木迫 司 さんによるMATEの解説です。 https://t.co/WiDe7Yw25L
生物物理学会誌「粗視化生体分子シミュレーション法」https://t.co/7pj4h8gvnJ coarse grained MD の力場をどう設計するかという理論と、有名な力場の紹介。
RT @ryotaiino: 生物物理誌の巻頭言に寄稿させて頂きました。よろしければご一読ください。 「生きものが機械でもいいじゃない」 https://t.co/HG9srEz13e pdf直リンク https://t.co/L57nojsQKv https://t.co/J…
RT @ryotaiino: 生物物理誌の巻頭言に寄稿させて頂きました。よろしければご一読ください。 「生きものが機械でもいいじゃない」 https://t.co/HG9srEz13e pdf直リンク https://t.co/L57nojsQKv https://t.co/J…
生物物理学会誌「生体 2 光子イメージングでみるインフルエンザウイルス感染肺」https://t.co/NRLQx9uP7c レーザを BSL3 の外から導入しているのは面白いけど、現時点では特に面白い知見はなかった。
生物物理学会誌「新型コロナウイルスの超高感度測定」https://t.co/3X8naD17n8 時間に対して二次でシグナルが増幅される ELISA 法。少し面白い。
生物物理学会誌「SARS-CoV-2タンパク質構造モデルによる薬剤候補予測」https://t.co/WvfXWwv9dN うーん、有望なのは見つかっていない印象……
生物物理学会誌「生きものが機械でもいいじゃない」(飯野亮太 @ryotaiino) https://t.co/taYmfAas1C とりさんも、こういう世界観に共感できる。
生物物理学会誌「キャリアデザイン談話室(3) キャリアの分岐点で考えたこと」(木原大亮 @d_kihara) https://t.co/T4iVu2GlYw 連載の 1 つ前の回。自分が今まさに分岐点にいるのでどちらも参考になった。 自分が最優先するのは「居心地の良さ」かなあ。居心地が良ければ、テーマは二の次。
生物物理学会誌「キャリアデザイン談話室(4) 研究分野を変える「勇気」~自身の研究ワールドを築こう~」(稲葉謙次) https://t.co/GoTVxFzEW1 Cambridge の Alan Fersht のラボにいたらしいが、「スタッフを合わせると 50 人を超える大所帯」と LMB では考えにくい状況。大学側と兼任だったのかな。
日本結晶学会誌「ソフトクリスタル: 高秩序で柔軟な応答系としての集積発光性白金(II)錯体」https://t.co/DLgh8HCUiv ガス分子の侵入等で結晶中の Pt-Pt 距離が変化することで色が変わる。面白い。
生物物理学会誌「Snake Cube Puzzleとタンパク質フォールディング」https://t.co/b8OPLtaMHh 郷モデルとか整合性原理についてこれまでモヤモヤしたものを感じていたが、この本人による解説を読んで大分すっきりしたし、単純なモデルから複雑な性質が出てくるという統計力学的な面白さも実感できた。
日本結晶学会誌「金属タンパク質のX線結晶構造解析: ヘム分解酵素の反応中間体」https://t.co/4J0igkPt8W 面白かった。分解される基質である heme 自身の鉄の上に peroxide anion ができて、自分自身を破壊していく。
日本結晶学会誌「バクテリアにおけるヘムの獲得と輸送の構造生物学」https://t.co/bN0dYT0OLR heme 蛋白質萌え。平面に芳香環がたくさんあって見た目が萌えるし、結合時に変形して平面性が崩れるのも萌えるし、蛋白質に埋もれてるのも溶媒に露出してるのも萌えるし、酸化還元電位が調節されるのも萌え
生物物理「光合成生物における開環テトラピロール結合型光受容体」https://t.co/i2eUbnbRZC この記事は吸収波長調節が主題だが、光による chromophore 異性化と下流のシグナル伝達(各種酵素の活性調節)の連関の仕組みってどこまで分かったんだろう。
日本結晶学会誌「キナーゼを標的とした構造生物学および創薬の現状」https://t.co/saPLXYbhHD よい解説だった。しかし、電子版なのに図が白黒なのは残念。
生物物理「Cl– ポンプロドプシンの分子機構と H+ ポンプへの機能変換」https://t.co/efA0y6oRQE ロドプシン系の論文、いつもモヤモヤが残るんだけど、これは話が明瞭で楽しめた。MrHR が H+ pump から Cl- pump へ変化する途中のあまり最適化されていない状態というのが面白い。
生物物理「表現型システムの生物物理」https://t.co/D3cUWGhRpy 面白そうなテーマなのに解説が抽象的で消化不良。とくに、要素の相互作用をどう定義しているのか分からなかった。蝶の羽の模様の例を詳しく書いてほしかった。
生物物理「単一分子蛍光分光で見える光合成アンテナ系の揺らぐエネルギー移動経路」https://t.co/Dj69bgq6VG エネルギー地形を漏斗状にせずあえて平らにすることで揺らぎの影響を拡大し、特定経路にエネルギーが集中して損傷するのを防ぐという考察は面白い。 なぜ分子によって揺らいでないやつがいる?
生物物理「繊毛ダイニン軽鎖と重鎖微小管結合部位の複合体構造―見えてきた軽鎖 LC1 の役割―」https://t.co/Cl7XaAO1hh 読んだ。ふむ、って感じ。
生物物理「統合情報理論を用いた鮎の群れの中の因果構造の分類」https://t.co/4AO09USNJD 統合情報理論は意識の由来を説明しようとする野心的(かつ controversial) なものらしいが、それを群れの解析に使うことが十分に正当化されるのか気になった。
日本結晶学会誌「多極子展開法による電子密度分布解析と化学結合の評価」https://t.co/bL0aAnwjcj 多極子展開が最適なモデル化なのか疑問。原子座標が決まれば量子化学計算で電子密度は分かるはずなので、本質的な自由度は座標だけでは。量子計算からの電子密度で Fcalc を得て Fobs と比較すればよい
日本結晶学会誌「P. Coppensの化学結晶学に対する貢献」https://t.co/Z8ggVtt5mv 低分子の超高分解能結晶構造解析から電荷分析、時分割解析を開拓した人らしい。ここで紹介されている論文を読みたい。
日本結晶学会誌「ヒドロゲナーゼの超高分解能 X 線結晶構造解析」https://t.co/6VLFlmXNqy 0.89 Å。差フーリエ図での水素のピーク位置について言及がある。hydride と proton の帰属の正当化はこれでいいのか納得しきれない。図 5, DFT 計算とわりとズレがあるように見えるが、誤差範囲内なのか?
生物物理「分子動力学シミュレーションとNMR法で迫るべん毛モーターの回転制御機構」https://t.co/cjNfBehESp NMR はミリ秒オーダの変化を示唆しているのに、MD 計算は 500 ns しかやっていないので、2 つの関連付けは自明ではないのでは? あと α1 は位置が固定されるのに、なぜ NMR シグナルが消失?
生物物理「タンパク質ダイナミクスを利用した動的な 光合成光保護機構」https://t.co/RItJkmSG9z LHCSR1 の単分子蛍光解析。制御理論との類似も面白い。
日本結晶学会誌「単結晶中性子回折による地球深部含水鉱物の結晶構造解析」https://t.co/HPYYSkiV4l 中性子回折だってビームも検出器も質がいまいちなのに R がきちんと下がっているのを見ると、電子回折の R が下がらないのは、やはり検出器やゴニオじゃなくて多重散乱のせいなのかなと思う
生物物理「光第二高調波によるタンパク質構造解析」 https://t.co/ItMZ1UMHQM うーん、構造変化の指標としてダイナミクス研究にこういうのを使うのはいいと思うけど、構造そのものを観測しているわけでもないのに、「構造解析」と呼ぶのには違和感がある。
生物物理「大声を生み出すセミの原動機」https://t.co/rwjRyXpEWn 昆虫には、神経インパルス 1 つで 1 度収縮する同期型と、何度も収縮する非同期型という、二種類の筋肉があるのが面白い。その判別に議論があるなら、セミは大きいんだから、電極刺して鳴いてるときの活動電位を観察すればよいのでは
日本物理学会誌「量子臨界現象―秩序と無秩序の狭間に現れる面白い物理」https://t.co/6GdZBAWZfi RKKY 相互作用や近藤効果についても学ばねば。
日本結晶学会誌「X 線分光法による価数揺動現象およびそれを起源とする量子臨界現象の機構解明」 https://t.co/kmItkQbP2x これは自分にはちょっと難しかった。もっと磁性について学びたい。 Quantum Critical Point, Kadowaki-Woods plot, Metamagnetism など。
日本結晶学会誌「計算化学手法を用いた結晶構造の精密化」https://t.co/Egr1rQB6vS 電子密度を見るXRDでは水素やハロゲンなど結合電子が分極すると原子座標が不正確に。共有結合距離を過小、分子間距離を過大、分子間反発を過小評価。 量子化学計算で構造精密化してからエネルギーを評価しようという話
日本結晶学会誌「親水性一次元ナノ細孔中の水クラスターの抜けやすい水」https://t.co/7iiv7ktTzT 特殊な環境下で非典型的な構造(entactic)を取る。M2 proton channel 中の水の様子が温度によって変わるという話を思い出させる。
生物物理「3 次元 NMR 測定による変性蛋白質の信号連鎖帰属において問題となる化学シフト縮重を解く方法」https://t.co/1uQzdwjMnA 三次元 (HN)CO(CO)NH 測定や (H)N(COCO)NH 測定で主鎖 carbonyl 炭素の scalar 結合を観測。隣だけだと縮重が問題だが、もっと遠くまで見れば一意になるという仕掛け
生物物理「固体NMRによる膜タンパク質の立体構造解析」https://t.co/hbQ8kavNeL 5 年前の記事だが一読した。構造を解くのは諦めて(他の手法に任せて)ダイナミクス研究に専念した場合、対象にできる分子量や要求されるサンプル量や必要な測定時間といった制約はどのくらい緩和できるんだろう。
生物物理「ミトコンドリアタンパク質搬入ゲートTOM複合体の立体構造」https://t.co/tlA86Xciq0 Nature の元論文が消化不良だったので日本語解説を読んだが、結局、たくさんのサブユニットの位置関係が分かったという段階に留まっていて、構造による機構の理解は達成できていない印象。
生物物理「ウシ心筋シトクロム酸化酵素の活性化型単量体構造」https://t.co/Y2nJ1ym668 単量体を安定化する界面活性剤を合成して新たな結晶型を得ている。活性測定は amphipol。結論は面白いけど、ミトコンドリアでの生理的な状態と、これらの可溶化状態・結晶構造が同じと確実に言うのは難しそう。
日本結晶学会誌「原子分解能分析電子顕微鏡法を用いた金属/窒化物ヘテロ界面の原子レベル構造解析」https://t.co/4Cu6YVPuz5 STEM-EDF mapping による分析。生成経路の考察や、DFT 計算結果ともうまく整合しているのがよい。
日本結晶学会誌「交流電場下X線回折による鉱物圧電振動子の時分割結晶構造解析」https://t.co/91ZnxY7ldt 面白い。共振させることで、変位を観測可能なレベルまで増幅している。 圧電性を示すには、点群が反転対称を持ってはいけないらしい https://t.co/X4NU98L8DA
日本結晶学会誌「PF6- を対アニオンとしたイミダゾリウム系イオン液体の複雑な熱的相挙動とその分子レベルでの理解」https://t.co/JsaSUIP7BU 結晶中での運動性と安定性の関係が見えているのが面白い。
日本結晶学会誌「キラルらせん磁性体 CsCuCl3 の結晶学的・磁気的キラリティーの検証」https://t.co/j1N8jbJMbr スピン偏極中性子の回折で、結晶中の磁場によってスピンが反転するのを利用して、磁場の様子を調べられるのか。磁気秩序の周期は結晶格子よりも長いせいで、衛星反射として現れる。面白い
日本結晶学会誌「ユニークな機能性をもつ有機金属系イオン液体の開発」https://t.co/gEKHk8Fbmz ferrocene, cobaltocene などを含むイオン液体。
日本結晶学会誌「特異な秩序構造と電子構造をもつ天然ヒ素結晶」https://t.co/VMHVJNnqDL 結晶の中でわずかだが電荷分離しているのが面白い。 DFT 計算には SPARC https://t.co/tlED9Z0X2L という OSS を使っているようだ。
日本結晶学会誌「DNA結合活性をもつプロテアーゼ様タンパク質の構造解析」https://t.co/q0rSMVetCo 原著論文には書いてあるのかもしれないけど、intersubunit interface のところに DNA が結合することを直接的には示せてないのでは?
日本結晶学会誌「リチウムに富む含水準輝石族新鉱物「村上石」の結晶化学」https://t.co/giTeqPjqSk アルカリ金属である Na と Li の置換なんてただ置き換わるだけだと思っていたが、イオン半径の違いから配位数まで変わるのか。
日本結晶学会誌「金属補因子である鉄硫黄クラスターの機能と生合成メカニズム」https://t.co/rtyXw49K3Y SufBCD 複合体には ABC 輸送体様の NBD があって、開閉することで Fe-S クラスタを受け渡すというのは面白い。SufSE との複合体構造なども期待される。
日本結晶学会誌「構造生命科学を支えつづける結晶学」https://t.co/Zf8ihUtcay 三次元どころか二次元・一次元結晶ですらないものまで「結晶学」と呼ぶのは、とりさんとしては違和感。 ここでも紹介されている結晶に電場をかけて時分割するやつ、面白いと思うんだけどあまり続報を聞かないな……
日本結晶学会誌「電子線が拓く結晶学の未来」https://t.co/TFSKbiWvE8 やっぱり物質科学領域の電顕は、たくさん dose 入れられるから面白いことができてるんだなあ。
日本結晶学会誌「近未来の構造生物学」https://t.co/91KdGifLZa 大仰なタイトルだが、いつもの通り、XFEL と電顕での photosystem 研究の紹介をしてるだけ。
日本結晶学会誌「結晶学とベイズ理論:強度補正や構造パラメーター推定から 回折データの統計モデリングまで」 https://t.co/j7S9trA4qy 豪華なタイトルだが、やったのは B factor の推定に過ぎない。completeness が低く原子モデル精密化できぬ場合でもベイズ理論で推定可能というが、何の意義が?
生物物理「神経変性疾患における銅・亜鉛スーパーオキシドディスムターゼのミスフォールディング」https://t.co/zmpZWMX3DC 構造を解いているわけではないが興味深かった。患者体内で生じる misfolding と in vitro の misfolding が異なりうるというのは、実際 tau や α-synuclein で問題となっている
生物物理「整合性原理に基づくタンパク質デザイン」https://t.co/n2Jc4egdN0 native 構造の安定化だけでなく、non-native な構造の不安定化も重要という視点は面白かった。
生物物理「PET分解酵素Cut190の構造基盤と高機能化」https://t.co/8Yl29QoFU4 興味深いが、肝心の金属結合部位の側鎖を表示してほしいし、図 2 の surface は半透明にして中身を見せてほしい。あと PDB ID も併記してあったほうが親切。
生物物理「私が影響を受けた論文(6) らせん対称超分子の立体構造」難波啓一 https://t.co/E6X77jz4GV 線維回折に重原子で位相付けて構造を解く技術、今でも引き継いでる人いるんだろうか。こういうの失いたくないなあ。
生物物理「巻頭言 装置の共同利用と研究」https://t.co/QWfhXUQ8Qt とりさんも装置をブラックボックスにしないほうが、「電顕に興味を持ってその技術開発などを行いたいと考える研究者が増え」ると思うが、最近の流れは反対(施設管理者どころか電顕メーカも軸合わせ等を触れなくしている)なのが懸念
一方、博士論文「Au/InSb{111}A,B系における界面反応過程の原子レベル評価」https://t.co/GvIKrvBomx の 2 章では、物質中で V > 0 、波長が短くなるとしている点では同じだが、その結果「物体内で位相が進む」としており、式 2.20 の符号は正、exp(iσ ∫ Vdz) である。こちらが正しく感じられる。
顕微鏡「高分解能電子顕微鏡像のシミュレーション」https://t.co/1FmC1dceWn では、物質中の静電ポテンシャル V は正で、電子の波長が真空中より短くなるとしているが、式 4 で位相項が exp(- iσ ∫ Vdz)) となっており、位相が遅れることになる。波長が短いなら、同じ点での位相は進むんじゃないの?
SP8 が当初、陽電子リングになりそうだったという話を、とりさんはつい先週知って驚いた。教えていただいた文献: - https://t.co/oWsE6aINMP - https://t.co/oRDQymbeq6 - https://t.co/wF7yBwAn4i - https://t.co/yaHfgHTUPq https://t.co/8pEvdFzPUy

お気に入り一覧(最新100件)

生物物理誌の最新号のトピックス新進気鋭シリーズに、東大濡木研の志甫谷さんの「非古典的ロドプシンの構造多様性」についての解説記事が掲載されています。ヘリオロドプシンやRh-PDEの構造解析について解説されていますので、ご興味のある方はぜひご一読下さい。 https://t.co/pXVx17JEAx
非公開URLと不正アクセス行為概念 : いわゆるZoom-bombing問題を契機として https://t.co/OZndRa9q4P 適当な条件を満たす場合は非公開URLによるアクセスは不正アクセス行為に該当するとのこと。
休学352日目、論文が出ました! Rosettaを使ったフラグメントアッセンブリによる主鎖構造構築だと作りにくい構造があることに気づき、原因を調べました。 J-STAGE Articles - Limitations of the ABEGO-based backbone design: ambiguity between αα-corner and αα-hairpin https://t.co/bsfIclfiPk
わあ出てる。 https://t.co/ieBSUqozfE 「和文論文誌をいつまで続けるべきか」 (副音声:今すぐ止めても良いのでは?) これは誰かに説得されるのであればそれはそれでよいと思っている意見なので、誰か僕に人工知能分野の和文論文誌の重要性を説いてください。
生物物理誌の巻頭言に寄稿させて頂きました。よろしければご一読ください。 「生きものが機械でもいいじゃない」 https://t.co/HG9srEz13e pdf直リンク https://t.co/L57nojsQKv https://t.co/J6AytfYjyy
生物物理誌の巻頭言に寄稿させて頂きました。よろしければご一読ください。 「生きものが機械でもいいじゃない」 https://t.co/HG9srEz13e pdf直リンク https://t.co/L57nojsQKv https://t.co/J6AytfYjyy
フォールディング関係だと金城さんが2006年に書いた総説が今読んでも面白いしおすすめ。 https://t.co/w96cB0IZcA
国内誌?に寄せた文章に"We are currently developing a new method, named Image Based Structure Analysis (IBSA), together with a new cryo-EM instrument."とありますが、特に新しいアルゴリズムも公開しないまま、なんでこういう宣伝をするのだろうか? https://t.co/wbthycnRfR
渡邉先生追悼記事.涙なしには読めない….本当に惜しい人をなくしてしまったhttps://t.co/dk0rxlMdsh

2 0 0 0 独逸日記

@biochem_fan https://t.co/i6qDjfcioX を見るかぎり、国会図書館にあるのは戦後に出版されたもののようですね。書かれた時期との年代差からして、きっと著作権が存続中の解説がついていたりするのではないでしょうか。
MRC分子生物学研究所の中根さんによる単粒子解析法の解説。訳語にこだわった「物理の教科書」的な文章が大変気持ち良いです。ぜひ今後も日本語で解説、ひいては教科書を書いていただきたいところです。 https://t.co/JYPcQd2M5u
Recent Developments of Single Particle Analysis with Cryoelectron Microscopy (Japanese) https://t.co/cVoa1rVpGW

73 0 0 0 OA 法令全書

@sasamotoU1 明治の初期は文芸書に限らずこういう二重ルビが普通に使われてたそうです。 これは明治七年の海上衝突予防規則(かいじやうしやうとつよばうきそく/うみのうへつきあたりようじんのきまり)です。 https://t.co/z9cGdLxD5k
アニメ動画の音声とキャスト情報を用いた声優認識 https://t.co/r8CKlPbNgI 電子ジャーナルが見当たらなかったから図書館で探してコピーしてきた。探すの大変だった。
『斜方晶系』をやめて『直方晶系』を使おう https://t.co/jiDwnqUyy3 Orthorhombicの訳語が正式に直方になった話.結晶外形が菱形になるから斜方と呼ばれていたけど結晶学の興味が外形より中身に移ったので,問題になった…と.面白かった.
書きました。 >福井健策「知のインフラ整備とデジタル著作権の挑戦」 Information infrastructure and digital copyright http://t.co/tAstvNdJ7x

フォロー(3849ユーザ)の投稿一覧(直近7日間)

J-STAGE Articles - 現代日本社会を生きる主夫たちの男性性――8人の主夫のライフストーリーを手がかりに―― https://t.co/enkPNkbZ3W これ知らなかったけど、男性学的にはとても大事な論文だった
今日仕事中に発見し、某氏の2本目のD論かと思ってしまった案件。 斎藤稔『興奮性脂質膜を用いた人工神経素子モデルの研究』 https://t.co/KoAuymAsM9
RT @Banjin_S: @oishii_elms 日本人は独身でもわりかし平気という研究もあるようです https://t.co/BfLB2d1bCI https://t.co/qjUQYY4XNH
RT @Banjin_S: @oishii_elms 日本人は独身でもわりかし平気という研究もあるようです https://t.co/BfLB2d1bCI https://t.co/qjUQYY4XNH
RT @ronbuntter: こんな論文どうですか? ミルククラウン形成過程における重力加速度の影響について(渡 健介ほか),2007 https://t.co/J3XEMG1qny 資料番号: AA0063349019…

2 2 2 0 OA 現行法令輯覧

国立図書館サーチだと、「○○への感染」については、基本的に「○○」は宿主側の用例ばかりやな。 S17の法令で「蚊ヘノ感染」というのが出てきたので、一瞬「おっ?」と思ったけど、黄熱について「発病後5日以内の患者は蚊への感染を避けるよう隔離」というものだった。 https://t.co/KORNmuNFGm
国立国会図書館デジタルコレクションで見てみると、 谷川操 著『系統的数学科受験提要』や『系統的数学科平解』は「文化庁長官裁定を受けて公開」されていますね。 https://t.co/d214mNFGGB https://t.co/wOMuIHRtCz
国立国会図書館デジタルコレクションで見てみると、 谷川操 著『系統的数学科受験提要』や『系統的数学科平解』は「文化庁長官裁定を受けて公開」されていますね。 https://t.co/d214mNFGGB https://t.co/wOMuIHRtCz
「逐次的なアルゴリズム一般について,学習を停止するタイミングは重要な問題である.」 - 停止基準 J-STAGE Articles - 能動学習:問題設定と最近の話題 https://t.co/RA7d6bmmNw
科学教育における量の計算法について https://t.co/tooACOQ0uD
@shomotsubugyo 『郷土史研究者名簿 昭和三年十一月現在』https://t.co/3IUbrDJJHl京都帝大農學部農林經濟學科農史研究室(黒正巖)編 『郷土研究家名簿 昭和五年一月』https://t.co/2i7L9ELSwI農村教育研究會(大西伍一編) 『郷土史家名簿 昭和九年五月』https://t.co/zDInFtswju日本經濟史研究所(黒正巖主宰)

6 3 3 0 OA 郷土史家名簿

@shomotsubugyo 『郷土史研究者名簿 昭和三年十一月現在』https://t.co/3IUbrDJJHl京都帝大農學部農林經濟學科農史研究室(黒正巖)編 『郷土研究家名簿 昭和五年一月』https://t.co/2i7L9ELSwI農村教育研究會(大西伍一編) 『郷土史家名簿 昭和九年五月』https://t.co/zDInFtswju日本經濟史研究所(黒正巖主宰)
@shomotsubugyo 『郷土史研究者名簿 昭和三年十一月現在』https://t.co/3IUbrDJJHl京都帝大農學部農林經濟學科農史研究室(黒正巖)編 『郷土研究家名簿 昭和五年一月』https://t.co/2i7L9ELSwI農村教育研究會(大西伍一編) 『郷土史家名簿 昭和九年五月』https://t.co/zDInFtswju日本經濟史研究所(黒正巖主宰)
中根榮https://t.co/ImIPV6ORB2の著は犬關聯書ばかり八册以上https://t.co/Uj9Lyhi7pT、愛犬家に非ざれば關心無けれどhttps://t.co/i3eEoSBf6H、後年かの『日本新聞廣告史 電通創立四十周年記念』(日本電報通信社1940.11)https://t.co/10BiaNvDFCの編者たりし一事のみにても記憶に留むべき人なり。
RT @hayashiyus: 深層学習の場合,適当な仮定のもとで,もっとタイトな不等式が導けますよ,ということがこちらの文献で紹介されている. 統計的学習理論とその深層学習への応用 https://t.co/h6ClmjoDpD
深層学習の場合,適当な仮定のもとで,もっとタイトな不等式が導けますよ,ということがこちらの文献で紹介されている. 統計的学習理論とその深層学習への応用 https://t.co/h6ClmjoDpD
あ、ちょっと違うのか。微生物由来の脂肪を単細胞油脂、という意味でSingle Cell使うってことね。 https://t.co/FL5IvPKvpT バクテリアって言いたくないからこうなったってことかな。
RT @Clazylazyeizy: 最近の研究から 複雑な運動の新しい見方――時間に依存してゆらぐポテンシャルと拡散係数 畝山 多加志https://t.co/kLBYf8KKrx 日本物理学会誌の畝山さんの解説です。ここ最近私も一緒にやっている“揺らぐ拡散係数”に関する内容…
輻射熱伝達って熱源→固体はわかるけど、熱源→空気を直接温める、って成分はどれくらいあるんだろう?(家庭用ヒーター程度の低温熱源で) これ https://t.co/pxCBEpIhVE を見ると水蒸気などで多少効くけどほぼ無視できるっぽいか…輻射といっても結局は対流なのね。
長く研究をしていると、珍しい研究書を入手することもある。持っている研究書で一番珍しいのは、故不破浩子氏の「箋注倭名類聚抄の研究」だ。箋注に更に注を付けたガリ版刷の未完の大著だ。たまに引くと気持ちが引き締まる本である。9巻全巻そろっている大学はほとんどない。https://t.co/aeIfuWHhSb

フォロワー(4846ユーザ)の投稿一覧(直近7日間)

RT @Banjin_S: @oishii_elms 日本人は独身でもわりかし平気という研究もあるようです https://t.co/BfLB2d1bCI https://t.co/qjUQYY4XNH
今日仕事中に発見し、某氏の2本目のD論かと思ってしまった案件。 斎藤稔『興奮性脂質膜を用いた人工神経素子モデルの研究』 https://t.co/KoAuymAsM9
個人のエピソード記憶を意識的/無意識的に想起する回想に嗅覚刺激を用いると精神的な健康維持に有用と報告されていますが、MMSEの天井効果や既報の時間依存的手法により、認知機能に対する効果は示されていません。 https://t.co/D6LKoPASAt https://t.co/IaoNHZSkxN
RT @Banjin_S: @oishii_elms 日本人は独身でもわりかし平気という研究もあるようです https://t.co/BfLB2d1bCI https://t.co/qjUQYY4XNH
RT @Banjin_S: @oishii_elms 日本人は独身でもわりかし平気という研究もあるようです https://t.co/BfLB2d1bCI https://t.co/qjUQYY4XNH
RT @itsudemoiikana: @hikeshi @parasitology_as ある論文によれば、北海道からペット犬を持ち帰るケースで感染をひろげていることが確認されていて、犬の数は年間1万頭で感染率は1%。別のニュースではその犬の散歩・野犬化が原因と疑われています…
RT @Banjin_S: @oishii_elms 日本人は独身でもわりかし平気という研究もあるようです https://t.co/BfLB2d1bCI https://t.co/qjUQYY4XNH
RT @Banjin_S: @oishii_elms 日本人は独身でもわりかし平気という研究もあるようです https://t.co/BfLB2d1bCI https://t.co/qjUQYY4XNH
RT @Banjin_S: @oishii_elms 日本人は独身でもわりかし平気という研究もあるようです https://t.co/BfLB2d1bCI https://t.co/qjUQYY4XNH
RT @Banjin_S: @oishii_elms 日本人は独身でもわりかし平気という研究もあるようです https://t.co/BfLB2d1bCI https://t.co/qjUQYY4XNH
RT @Matsubayashi_J: 特集1「ナノマシン」がひらく新たな医療 早期発見、治療で健康を当たり前に https://t.co/GRFakQwhPU
RT @ronbuntter: こんな論文どうですか? ミルククラウン形成過程における重力加速度の影響について(渡 健介ほか),2007 https://t.co/J3XEMG1qny 資料番号: AA0063349019…

698 689 689 172 OA 源頼光 : 鬼賊退治

RT @UMIKUMADOJI: この本ね。ネットで無料で読めるよ https://t.co/YbhwUwFdzb https://t.co/pWGFy33a4I
RT @QmHSxpgqThzrxfk: これに関しては、こんな論文が出てたりしますね 丸島和洋「敢えて実名を記す ー「二字書」という書札礼」 (『古文書研究』88号 2019年) https://t.co/S55xpyZK8T
「逐次的なアルゴリズム一般について,学習を停止するタイミングは重要な問題である.」 - 停止基準 J-STAGE Articles - 能動学習:問題設定と最近の話題 https://t.co/RA7d6bmmNw
同種であっても地域毎に遺伝的な背景が異なるのが普通です.現在,緑化を行う際も地域性種苗を利用するなど,遺伝的多様性を守る取り組みが行われています.ドングリをつける植物も地域性があることがわかっています.むやみに他の地域にドングリを送らないようにしましょう.https://t.co/GPr41dVHnh
@EKPxrVBXdka46QJ 源氏物語は作り話ですが当時の高い妊産婦死亡率を示すのに良い史料なので説明によく使います。 具体的な数値がなかなか論文が見つからないですが、江戸時代も妊産婦の死亡率は高いです。 https://t.co/VyzVvF1qwv
RT @TYK92069037: 排泄量から推定と聞くとこの話が思い出されます
RT @hangui_: これ、論文あるんです。 『アイガモ栽培による米の食味とPlacebo効果』 https://t.co/toyrb0ioQu
TTRのこの本知らなかった。読んでみたら田中一次の話とかあってかなり良かった https://t.co/NFepjyoOzD
化学肥料の消費量、40年前より減ってますからね。面積あたりで。 https://t.co/ur1GLpANy5 https://t.co/i7ZwuWlEZ1
RT @2000grips: 元駐アイルランド大使で元国連局軍縮室長の数原孝憲大使の、軍縮室長時代のメモ帳をPDF化し、オーラルヒストリーの別冊としてGRIPSレポジトリで公開致しました。NPTの批准をめぐる動きを知る貴重な史料だと思いますので、是非ご活用ください。https:…
超オントンジャワ仮説の検証 https://t.co/3ex1rKXVvl
そういえば、マッシブデータフローとかはどうなったんだっけと思って検索したらちょうど。 https://t.co/1IxwnBKWfF
「新興技術を社会実装すること」 https://t.co/ThZKNMQtJ8 おもしろい。昆虫食とその関連技術を「新興技術」だとするとこれが大事だけど、それだけだと昆虫食の未来を語るには片手落ち。 この図、どこにエビデンスがあるかわからないけど、 わかるーって感じ。はやく幻滅期に入ってほしいなぁ。 https://t.co/Pb80pRVQo1
RT @waki1711: 岸本充生・阪大教授の論考。面白かった。岸本先生に、日本において、とりわけ食品分野で、ホライズン・スキャニングをどのように行ってゆくべきか、じっくり話を聞いてみたい。https://t.co/AmotkVm8ml
RT @Clazylazyeizy: 最近の研究から 複雑な運動の新しい見方――時間に依存してゆらぐポテンシャルと拡散係数 畝山 多加志https://t.co/kLBYf8KKrx 日本物理学会誌の畝山さんの解説です。ここ最近私も一緒にやっている“揺らぐ拡散係数”に関する内容…
RT @tadasunakaragi: 日本荘園史研究の簡単な見取り図が見れる論文は以下である(最もこれも大分前のものなので最新研究はさらに進展しているであろう)。 岡野友彦「日本の荘園はなぜ教えにくいか 」 https://t.co/rxZbZ1jQHi