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Naoya KOBAYASHI (@kobnaoya)

投稿一覧（最新100件）

62 0 0 0 OA AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測(実践編)

RT @APlantScientist: 続・生物工学基礎講座－バイオよもやま話－ AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測（基礎編） 富井 健太郎 https://t.co/PpKZ0T3yQh AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測（実践編） 大上 雅史 h…

32 0 0 0 OA AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測(基礎編)

RT @APlantScientist: 続・生物工学基礎講座－バイオよもやま話－ AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測（基礎編） 富井 健太郎 https://t.co/PpKZ0T3yQh AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測（実践編） 大上 雅史 h…

62 0 0 0 OA AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測(実践編)

RT @tonets: 生物工学会誌2023年8月号に、「AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測（実践編）」を寄稿しました。 https://t.co/ujK0nXSCPf 先月号の富井先生の「基礎編」と合わせて、ぜひご覧ください！https://t.co/x6nKpL…

11 0 0 0 OA De novo設計ナノポアの創製

特集 ナノポア応用研究の最前線「De novo設計ナノポアの創製」新津 藍https://t.co/e5Q96IZPP0

14 0 0 0 OA 化学教育の回顧と展望

RT @yuuri_eguchi: Linus Pauling「化学教育の回顧と展望」 https://t.co/TEqDlWCBMV 1980年、日本化学会春季年会で行われた特別講演が4ページにまとめられている。 量子力学形成前後の化学について、そして初頭化学の教育に分子…

13 0 0 0 OA Why we are made of proteins and nucleic acids: Structural biology views on extraterrestrial life

[Review Article (Invited)] Why we are made of proteins and nucleic acids: Structural biology views on extraterrestrial life https://t.co/0iTgYh2bIQ 面白い。

47 0 0 0 OA タンパク質の言語モデル

RT @gggtta: 総説1編目は、東大・山口さんらによる「タンパク質の言語モデル」です。大規模言語モデルが世間を賑わしていますが、言語モデルの応用は自然言語処理にとどまりません。本稿ではタンパク質に対しても言語モデルが利用でき、かつそのポテンシャルを解説いただきました。ht…

13 0 0 0 OA Phone2SAS: 3D scanning by smartphone aids the realization of small-angle scattering

RT @LindorffLarsen: Phone2SAS—the small-angle scattering software you didn't know you needed

56 0 0 0 OA 深層学習を用いた構造モデリングと評価,その最近の展開

RT @d_kihara: 日本結晶学会誌に日本語でレビューを書きました。「深層学習を用いた構造モデリングと評価，その最近の展開」ということで、Alphafoldから始まり最近の我々の深層学習を使った電顕の構造モデリングを解説しました。 Wrote a review artic…

56 0 0 0 OA 深層学習を用いた構造モデリングと評価,その最近の展開

深層学習を用いた構造モデリングと評価，その最近の展開 寺師 玄記, 木原 大亮 https://t.co/qeju3FANBM

65 0 0 0 OA 生命の定義と生物物理学

RT @yuuri_eguchi: 学会誌「生物物理」は1961年の創刊号からのPDFが見られるので、時代を超えた様々の記事が読めておもしろいな。 今日は、郷先生の記事と同じ号に掲載されていた大島泰郎先生の「生命の定義と生物物理学」も楽しく読んだのだった☺︎ https:/…

7 0 0 0 OA MOLASS: Software for automatic processing of matrix data obtained from small-angle X-ray scattering and UV–visible spectroscopy combined with size-exclusion chromatography

RT @yonezawa_kento: 論文アクセプト SEC-SAXSをお使いの皆様、ご使用の程、よろしくお願いします！ https://t.co/MeDDL8BbdR

23 0 0 0 標的タンパク質の構造情報のみから結合タンパク質の設計が可能になった

標的タンパク質の構造情報のみから結合タンパク質の設計が可能になった https://t.co/rJbVbq9QZy ファルマシア誌のトピックスにCao L. et al., Nature 2022 "Design of protein-binding proteins from the target structure alone" https://t.co/fMHPpiKy41 を紹介する日本語の記事を書きました。

213 0 0 0 OA 将棋AI がプロ棋士の棋譜に与えた影響 ―定量的分析からの考察―

RT @tayayan_ts: 将棋AI がプロ棋士の棋譜に与えた影響 ―定量的分析からの考察― 興味深い論文ですね。直近10年における40手目以降の平均損失(1手平均でどれだけ将棋AI最善から評価値を落としたかの値。棋力と相関あり）は、A級棋士のみ有意に向上しており、その他の…

7 0 0 0 OA Genetic analysis of Bacillus subtilis stable L-forms obtained via long-term cultivation

RT @KomabaLab: D3の太田さんの論文が公開になりました。おめでとうございます！ 細胞壁を失った枯草菌変異体（L-form）を長期進化させてL-form状態で安定に増殖する変異体を得ました。普通の枯草菌では増殖に必須な遺伝子に結構変異が入っています。 https:/…

153 0 0 0 OA AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから

RT @biochem_fan: JSBi Bioinformatics Review「AlphaFold2 までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」https://t.co/klAz7cZOnG ありがちな内容かなと軽い気持ちで読み始めたら、evoformer や s…

153 0 0 0 OA AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから

RT @gggtta: 2編目は、東大・森脇さんによる「AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」です。急激な発展と展開を見せているタンパク質立体構造予測の関連問題に関して、トップランナーの森脇さんに歴史的経緯からこれからの展望までを執筆いただきました。…

62 0 0 0 OA リサーチ・クエスチョンの理論化

RT @tumada: 『残念なことに，自分の論文を数え切れないほど繰り返し見るというのが，私たちが行っている研究の本質なのである。それは同時に，数え切れないほど繰り返し論文を書き直すということでもある。というのも，残念なことに，それが良い論文を書くための唯一の方法だからである…

38 0 0 0 OA 細菌叢のシングルセル解析

RT @mahosokawa: 生物工学会誌の特集にて「細菌叢のシングルセル解析」が公開されました。最近話題の2cmの巨大細菌ですが、このゲノムは実はシングルセル解析で読まれています。今何ができるようになったのか、こちらから知っていただけば幸いです。https://t.co/s…

22 0 0 0 OA 低温電子顕微鏡単粒子解析法による高分解能構造解析

RT @biochem_fan: 日本結晶学会誌「低温電子顕微鏡単粒子解析法による高分解能構造解析」https://t.co/yPUXXxtRZJ 2018 年の総説の続編。SPA が原子分解能に到達するまでのハードウェアとソフトウェアの進展を紹介。

4 0 0 0 OA Information quantity for secondary structure propensities of protein subsequences in the Protein Data Bank

RT @kota_kasahara: 弊ラボ（元）院生R Kondoさんの論文がでました。 https://t.co/N4KU158tvH

53 0 0 0 5'-イノシン酸と5'-グアニル酸のうま味の発見

RT @sugargroove: 農芸化学界隈の人なら、なぜヤマサがシュードウリジン作ってるか分かる。関東支部参与会で何度かお話ししたことがある。 5’-イノシン酸と5'-グアニル酸のうま味の発見 國中 明 ヤマサ醤油(株)研究開発本部 化学と生物 47(4), 283-28…

2 0 0 0 OA たんぱくの一次構造と高次構造 (計算機による高次構造の組立てを中心にして)

RT @biochem_fan: 日本結晶学会誌「たんぱくの一次構造と高次構造 (計算機による高次構造の組立てを中心にして)」https://t.co/h0jl51vYVn まだ 10 に満たない構造しか解かれていない 1969 年の記事だが、既に CG によるモデル表示や電…

6 0 0 0 OA 非古典的ロドプシンの構造多様性

RT @biochem_fan: 生物物理「非古典的ロドプシンの構造多様性」https://t.co/DsrbbVX17K こういう non-canonical な変わり種って萌える。 今後 AlphaFold2 DB が非モデル生物まで拡大されたら、配列相同性ほとんど無し…

2 0 0 0 OA Limitations of the ABEGO-based backbone design: ambiguity between αα-corner and αα-hairpin

Limitations of the ABEGO-based backbone design: ambiguity between αα-corner and αα-hairpin https://t.co/n7l1Lt2SKI おお！

お気に入り一覧（最新100件）

1419 0 0 0 OA 顧客の名字がブランド選択に及ぼす影響 ― 視覚情報としての文字に注目して ―

太田（おおた）さんは，大田（おおた）さんや多田（おおた）さんよりも，太田胃散を購入しやすい。 https://t.co/jklIjHjBjN

10 0 0 0 OA Molecular dynamics analysis of biomolecular systems including nucleic acids

核酸のMDシミュレーションに関する総説 広く利用されるMDシミュレーションの原理が概説された後、核酸への応用に際した現状のボトルネック、塩基のメチル化やDNAのヌクレオソームからの解離をシミュレーションした例が紹介されている #BNTNJC https://t.co/znU6pELmrp

62 0 0 0 OA AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測(実践編)

続・生物工学基礎講座－バイオよもやま話－ AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測（基礎編） 富井 健太郎 https://t.co/PpKZ0T3yQh AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測（実践編） 大上 雅史 https://t.co/SqdpB8fhwk AFについて、基礎から実戦までわかりやすく記されていて勉強になりました。

32 0 0 0 OA AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測(基礎編)

続・生物工学基礎講座－バイオよもやま話－ AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測（基礎編） 富井 健太郎 https://t.co/PpKZ0T3yQh AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測（実践編） 大上 雅史 https://t.co/SqdpB8fhwk AFについて、基礎から実戦までわかりやすく記されていて勉強になりました。

62 0 0 0 OA AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測(実践編)

生物工学会誌2023年8月号に、「AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測（実践編）」を寄稿しました。 https://t.co/ujK0nXSCPf 先月号の富井先生の「基礎編」と合わせて、ぜひご覧ください！https://t.co/x6nKpLKCPG

7 0 0 0 OA バイオものづくり 成功のためのコンパス

事業内容、研究チームの構成や雰囲気は、こちらの記事で概要を説明しています https://t.co/v5OxFbmKk8

913 0 0 0 OA 物理ができないとはどういうことなのか(はじめての講義)

#寝る前に論文読む 14 関野恭弘(2015)「物理ができないとはどういうことなのか(はじめての講義)」 https://t.co/CVvNFxAmWZ 学部1年生向けに行った力学の講義から、特に"物理ができない"学生に焦点を当てた報告 レベルの低さに驚かされるも、こういった学生を対象とする調査の重要性・意義を再認識 https://t.co/O7cPze8lEf

14 0 0 0 OA 化学教育の回顧と展望

Linus Pauling「化学教育の回顧と展望」 https://t.co/TEqDlWCBMV 1980年、日本化学会春季年会で行われた特別講演が4ページにまとめられている。 量子力学形成前後の化学について、そして初頭化学の教育に分子軌道法を導入することの是非について語られていて、興味深く読んだのだった。

9 0 0 0 OA How evolution builds up complexity?: In vitro evolution approaches to witness complexification in artificial molecular replication systems

古林も「進化はいかに単純系に複雑性を付与するのか？」をテーマに一本書かせて頂いております

47 0 0 0 OA タンパク質の言語モデル

総説1編目は、東大・山口さんらによる「タンパク質の言語モデル」です。大規模言語モデルが世間を賑わしていますが、言語モデルの応用は自然言語処理にとどまりません。本稿ではタンパク質に対しても言語モデルが利用でき、かつそのポテンシャルを解説いただきました。https://t.co/8cdjtV2MjV

13 0 0 0 OA Why we are made of proteins and nucleic acids: Structural biology views on extraterrestrial life

Happy to share my review published in BPPB, "Why we are made of proteins and nucleic acids: Structural biology views on extraterrestrial life." I really enjoyed writing this and hope you will also enjoy reading it :) https://t.co/6PhaKPlryU

4 0 0 0 OA 生物界最速のミオシンの構造-機能相関

生物物理学会誌「生物界最速のミオシンの構造－機能相関」https://t.co/k13XnnbcLB 植物や藻類の巨大細胞では拡散による物質混合が遅いから高速なミオシンでオルガネラを引っ張ってかき混ぜる必要があり、それが原形質流動だという話は、いかにも生物物理という感じで非常に興味深かった。

13 0 0 0 OA 非線形性とくりこみ

これ読んでいた。響いてきた… https://t.co/GMKl9xeF98

56 0 0 0 OA 深層学習を用いた構造モデリングと評価,その最近の展開

日本結晶学会誌に日本語でレビューを書きました。「深層学習を用いた構造モデリングと評価，その最近の展開」ということで、Alphafoldから始まり最近の我々の深層学習を使った電顕の構造モデリングを解説しました。 Wrote a review article in Japanese. https://t.co/UuNPhLIbTS https://t.co/4Z2NMWy9LV

56 0 0 0 OA 深層学習を用いた構造モデリングと評価,その最近の展開

リンクがうまく張れていませんでした。　 https://t.co/UuNPhLIbTS

1 0 0 0 OA 50%生物学

ChatGPT時代の中、以前生物物理学会誌で書かれた神田大輔先生の『50%生物学』の記事が思い出される。記事の趣旨とは異なるが、別の意味での50%生物学が生み出されつつある。 J-STAGE Articles - 50%生物学 https://t.co/BUWcEtKPGK

65 0 0 0 OA 生命の定義と生物物理学

学会誌「生物物理」は1961年の創刊号からのPDFが見られるので、時代を超えた様々の記事が読めておもしろいな。 今日は、郷先生の記事と同じ号に掲載されていた大島泰郎先生の「生命の定義と生物物理学」も楽しく読んだのだった☺︎ https://t.co/MtBtgqM0ot

213 0 0 0 OA 将棋AI がプロ棋士の棋譜に与えた影響 ―定量的分析からの考察―

将棋AI がプロ棋士の棋譜に与えた影響 ―定量的分析からの考察― 興味深い論文ですね。直近10年における40手目以降の平均損失(1手平均でどれだけ将棋AI最善から評価値を落としたかの値。棋力と相関あり）は、A級棋士のみ有意に向上しており、その他のクラスでは差がないと。 https://t.co/LO0w8Pi5hq

7 0 0 0 OA Genetic analysis of Bacillus subtilis stable L-forms obtained via long-term cultivation

D3の太田さんの論文が公開になりました。おめでとうございます！ 細胞壁を失った枯草菌変異体（L-form）を長期進化させてL-form状態で安定に増殖する変異体を得ました。普通の枯草菌では増殖に必須な遺伝子に結構変異が入っています。 https://t.co/Os2NTnKovq

153 0 0 0 OA AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから

JSBi Bioinformatics Review「AlphaFold2 までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」https://t.co/klAz7cZOnG ありがちな内容かなと軽い気持ちで読み始めたら、evoformer や structure module など仕組みにも踏み込んでいるし、AlphaFold2 以前・以後のツールもよく紹介した大作で関心した。

153 0 0 0 OA AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから

2編目は、東大・森脇さんによる「AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」です。急激な発展と展開を見せているタンパク質立体構造予測の関連問題に関して、トップランナーの森脇さんに歴史的経緯からこれからの展望までを執筆いただきました。https://t.co/dwU5lGqB77

62 0 0 0 OA リサーチ・クエスチョンの理論化

『より良い研究のための助言を強いて挙げるとすれば，それは「とにかく論文を読め（“Read more”）」ということ』 https://t.co/h4kVo5eckJ

62 0 0 0 OA リサーチ・クエスチョンの理論化

『残念なことに，自分の論文を数え切れないほど繰り返し見るというのが，私たちが行っている研究の本質なのである。それは同時に，数え切れないほど繰り返し論文を書き直すということでもある。というのも，残念なことに，それが良い論文を書くための唯一の方法だからである』 https://t.co/h4kVo5eKah

1 0 0 0 OA 分子の知恵の輪で作る多孔性結晶と力学的特性

日本結晶学会誌「分子の知恵の輪で作る多孔性結晶と力学的特性」https://t.co/mRk6OaWQSn Catenane で MOF を作ってみたという話。結晶性を保ったまま温度依存的に pore サイズが変わるのが面白い。

38 0 0 0 OA 細菌叢のシングルセル解析

生物工学会誌の特集にて「細菌叢のシングルセル解析」が公開されました。最近話題の2cmの巨大細菌ですが、このゲノムは実はシングルセル解析で読まれています。今何ができるようになったのか、こちらから知っていただけば幸いです。https://t.co/spwnS4Hux5

60 0 0 0 OA ヒトゲノム計画とヒトゲノム完全解読

４月のヒトゲノム配列の完全解読の一連のツイートから始まった総説執筆ですが公開されました。 少し専門性が高い部分もありますが、一読いただけますと幸いです。本誌はOAですので無料で他の記事も読めます。若い雑誌で掲載数は少ないですが興味深い論文がありますのでぜひ。 https://t.co/PJQ66zdbma

22 0 0 0 OA 低温電子顕微鏡単粒子解析法による高分解能構造解析

日本結晶学会誌「低温電子顕微鏡単粒子解析法による高分解能構造解析」https://t.co/yPUXXxtRZJ 2018 年の総説の続編。SPA が原子分解能に到達するまでのハードウェアとソフトウェアの進展を紹介。

5 0 0 0 OA 電子線と放射光での結晶化学

日本結晶学会誌「電子線と放射光での結晶化学」https://t.co/VAohBf4vBy 単に結晶が小さいだけなら、MicroED よりも高輝度放射光を使ったほうが高精度だし解析も簡単な場合があろうと指摘しているのは健全。とりさんも同意する。

53 0 0 0 5'-イノシン酸と5'-グアニル酸のうま味の発見

農芸化学界隈の人なら、なぜヤマサがシュードウリジン作ってるか分かる。関東支部参与会で何度かお話ししたことがある。 5’-イノシン酸と5'-グアニル酸のうま味の発見 國中 明 ヤマサ醤油(株)研究開発本部 化学と生物 47(4), 283-285, 2009 https://t.co/c6KK2TBb0a

2 0 0 0 OA たんぱくの一次構造と高次構造 (計算機による高次構造の組立てを中心にして)

日本結晶学会誌「たんぱくの一次構造と高次構造 (計算機による高次構造の組立てを中心にして)」https://t.co/h0jl51vYVn まだ 10 に満たない構造しか解かれていない 1969 年の記事だが、既に CG によるモデル表示や電子密度解釈が試みられ、コンピュータによる構造予測さえ考えられていたことが分かる

6 0 0 0 OA 非古典的ロドプシンの構造多様性

生物物理「非古典的ロドプシンの構造多様性」https://t.co/DsrbbVX17K こういう non-canonical な変わり種って萌える。 今後 AlphaFold2 DB が非モデル生物まで拡大されたら、配列相同性ほとんど無しに構造が似ているような、非常に遠縁の蛋白質が続々発掘されそうで楽しみだ。

8 0 0 0 OA TEMPURA: Database of Growth TEMPeratures of Usual and RAre Prokaryotes

揚げたての天ぷらならぬ、上げたてのTEMPURA(原核生物の生育温度データベース)です。是非ご賞味ならぬ、ご活用ください！ Our new paper has been published online! "TEMPURA: Database of Growth TEMPeratures of Usual and RAre Prokaryotes" (https://t.co/XZQNy8lTWc) Please use this♪

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