著者

馬渕 浩司 瀬能 宏 武島 弘彦 中井 克樹 西田 睦

出版者

日本魚類学会

雑誌

魚類学雑誌 (ISSN:00215090)

巻号頁・発行日

vol.57, no.1, pp.1-12, 2010 (Released:2014-03-05)

参考文献数

22

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A recent mitochondrial (mt) DNA survey revealed that the native Japanese population of the common carp has been endangered by the introduction of non-native domesticated strains: more than half of the haplotypes detected so far in Japanese waters originated from Eurasian strains. In expectation that Lake Biwa, the largest freshwater body in Japan, contains a relatively pure native population, we conducted a survey of mtDNA haplotypes in the lake, collecting 856 common carp from 40 localities in the lake. Of these, 606 specimens were caught by various nets (gill net, set net, net trap, etc.) used at depths from 1 to 5 m, 148 specimens were caught by a trawl net used at depths from 30-70 m, and 102 specimens that had washed ashore during mass mortality caused by Koi herpes virus (KHV) in 2004 were collected by hand. For each of the specimens, the mitochondria- encoded cytochrome b gene was genotyped (Japanese native or non-native haplotypes) by PCR using allele-specific primers. Analysis of haplotype frequencies showed that the native Japanese haplotype was significantly more frequent in deep off-shore waters and waters along the steep northern coast of the North Basin (about 80% on average), than in shallow coastal waters in the South Basin and waters along the eastern coast of the North Basin (less than 50% on average). These results indicate that the deep waters of the lake may contain a relatively pure native population that is of prime importance for conserving the native Japanese common carp. Among the results, it is notable that more than 90% of the KHV-killed specimens had native Japanese haplotypes.

著者

渡辺 勝敏 高橋 洋 北村 晃寿 横山 良太 北川 忠生 武島 弘彦 佐藤 俊平 山本 祥一郎 竹花 佑介 向井 貴彦 大原 健一 井口 恵一朗

出版者

The Ichthyological Society of Japan

雑誌

魚類学雑誌 (ISSN:00215090)

巻号頁・発行日

vol.53, no.1, pp.1-38, 2006-05-25 (Released:2010-06-28)

参考文献数

247

被引用文献数

6

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The biogeography of freshwater fishes in Japan was reviewed in terms of achievements and perspectives. In the last three decades, biogeographic studies have changed from earlier descriptions of the freshwater fish fauna, based on the Linnean classification system, to phylogenetic approaches using various molecular markers. Especially, the phylogeographic approach, which explores the formation of geographic distribution patterns of genealogical lineages within species, has become predominant. Analyses of genuine freshwater fishes have disclosed their speciation and dispersal patterns throughout temperate East Asia since the Neogene, along with the formation of the Japanese Archipelago. In particular, molecular clocks of mitochondrial DNA have played an important role in examinations of biogeographic relationships between the Japanese Archipelago and Chinese continent/Korean Peninsula, and vicariance by Fossa Magna in central Honshu Island. Patterns of range expansion through the sea and landlocking in coldtemperature euryhaline fishes have indicated their speciation and distribution dynamics under the fluctuating climatic conditions of the Plio-Pleistocene. Likewise, phylogeographic implications of unusual biological entities arising from interspecific hybridization or gynogenesis have been discussed. Nevertheless, despite the emphases given to some groups, the present knowledge of phylogeographic patterns of Japanese freshwater fishes is for the most part still insufficient for quantitative analyses of the overall history of the freshwater fish fauna and geographic regions of Japan. Improved research techniques and methodologies for the integration of findings from multiple taxa and/or genes are essential. Further, evolutionary formation of distributional ranges should be considered together with ecological biogeography, including the processes of local adaptation, interspecific interaction and extinction. Modern day disturbances of freshwater fish distributions, including fish transportation, are rapidly leading to artificial distribution patterns and extinctions. Exhaustive phylogeographic analyses should be necessary as a primary requirement for conserving freshwater fish biodiversity in Japan.

著者

高橋 洋 中山 耕至 竹下 直彦 武島 弘彦 橋口 康之 田上 英明

出版者

国立研究開発法人水産研究・教育機構

雑誌

基盤研究(B)

巻号頁・発行日

2017-04-01

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種内の遺伝的多様性は種の存続に不可欠と考えられている。本研究は,その遺伝的多様性が脊椎動物中最も低いレベルであるにもかかわらず,長期間絶滅せずに存続してきた魚類の一種“アカメ”のゲノム分析を行った。ゲノムデータからもアカメの遺伝的多様性が現時点でゲノムが解読されている脊椎動物の中で最も低いことが示されたが,一部の領域が高いヘテロ接合度を示すことが明らかになり,選択圧によって一部の領域に遺伝的多様性が維持されている可能性が示唆された。

著者

井口 恵一朗 武島 弘彦

出版者

Fisheries Research Agency

雑誌

Bulletin of Fisheries Research Agency. Supplement (ISSN:13469894)

巻号頁・発行日

no.5, pp.187-195, 2006-03

著者

井口 恵一朗 武島 弘彦

出版者

Fisheries Research Agency

巻号頁・発行日

no.5, pp.187-195, 2006 (Released:2011-09-09)

著者

渡辺 勝敏 馬渕 浩司 小北 智之 武島 弘彦

出版者

京都大学

雑誌

基盤研究(B)

巻号頁・発行日

2014-04-01

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温帯古代湖である琵琶湖のユニークな魚類相における固有種の起源と適応進化の遺伝基盤を明らかにするために、複数の固有種群を対象に、形態分析や次世代シーケンサーを用いたミトゲノム、発現遺伝子解析、ゲノムワイド多型分析等を行った。それらにより、4つの柱で研究を展開し、琵琶湖固有種の適応進化に関する理解を深めた。(1)湖適応に関する形態および遺伝子発現を含む表現型を明確化にした。(2)ミトゲノムや核ゲノムの遺伝変異を用いて強固な系統関係と人口学的歴史を推定した。(3)適応関連候補遺伝子のスクリーニングに基づき、種群間の共通性と多様性を明らかにした。(4)QTL分析に基づき、適応関連領域を検出した。

著者

井口 恵一朗 武島 弘彦

出版者

Fisheries Research Agency

雑誌

水産総合研究センター研究報告 (ISSN:13469894)

巻号頁・発行日

pp.187-195, 2006-03

被引用文献数

3

著者

馬渕 浩司 瀬能 宏 武島 弘彦 中井 克樹 西田 睦

出版者

日本魚學振興會

雑誌

魚類学雑誌 (ISSN:00215090)

巻号頁・発行日

vol.57, no.1, pp.1-12, 2010-04-26

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琵琶湖に生息するコイの中には、ユーラシア大陸のコイとはミトコンドリア(mt)DNAの塩基配列で明瞭に異なる個体が存在することが、2005年に明らかにされた。これらの個体が保有するmtDNAは、当初は琵琶湖固有のハプロタイプと考えられたが、その後の研究で、近縁あるいは同じハプロタイプが国内の他の水域からも発見され、現在では、日本在来のハプロタイプ(在来型ハプロタイプ)の一つであると考えられている。在来型ハプロタイプの存在は、「日本のコイはすべて中国から移殖したものである」としたJordan and Fowlerへの強力な反証であり、古琵琶湖層からの咽頭歯化石の発見や、縄文遺跡からの咽頭歯の出土と併せて、日本には有史以前から在来のコイが分布し、現在もそれに由来するコイが生息することの明白な証拠となっている。本研究では、琵琶湖内における在来系統の分布状況を知る第一歩として、湖内の各所から採集された750個体以上のコイについてmtDNAの型判別を行い、各生息場所における在来型、導入型ハプロタイプの出現頻度を調べた。また、2004年に猛威をふるったKHVの在来系統への影響を評価するため、蔓延時に湖岸で斃死していた100個体を超えるコイのmtDNA型判別も行い、上の結果と比較した。