著者

鎌田 真由美 河合 洋介

出版者

特定非営利活動法人 日本バイオインフォマティクス学会

雑誌

JSBi Bioinformatics Review (ISSN:24357022)

巻号頁・発行日

vol.4, no.2, pp.81-90, 2023 (Released:2023-11-01)

参考文献数

39

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ゲノムの違いを診断や治療方針決定に活用するゲノム医療が臨床に実装され、身近なものになっている。ゲノム医療では、ゲノム解析で検出されるゲノムの違いに対し、臨床的な解釈を行うことが重要となる。この解釈にはゲノムデータベースが活用されている。一方、これまでに蓄積されているゲノムデータには民族集団の偏りがあることが指摘されており、様々な地域でゲノムデータの多様性を高めるための取り組みが進められている。本稿では、ゲノム医療の背景と解析の流れ、検出されるバリアントをどのように解釈し医療に応用していくのについて概説するとともに、日本におけるゲノム医療促進のための取り組みについて紹介する。

著者

長尾 知生子 鎌田 真由美 中津井 雅彦 深川 明子 片山 俊明 川島 秀一 水口 賢司 安倍 理加

出版者

一般社団法人 日本医薬品情報学会

雑誌

医薬品情報学 (ISSN:13451464)

巻号頁・発行日

vol.24, no.4, pp.187-195, 2023-02-28 (Released:2023-04-07)

参考文献数

8

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Objective: Pharmaceutical documents such as the common technical document, package inserts (PIs), and interview forms (IFs) are available at the website of the Pharmaceuticals and Medical Devices Agency. However, because these documents were created with an emphasis on human readability in paper form, it is difficult to use the information included and interoperate these documents with computers. Using IFs, we will investigate how to structure pharmaceutical documents in the AI era to achieve both human and machine readability.Design/Methods: The IFs of arbitrary selected ten drugs were structured into Resource Description Framework (RDF) according to the Drug Interview Form Description Guidelines 2018 (updated version in 2019). The data were manually extracted from the IFs and entered into a spreadsheet before being converted to RDF by a written script. The PIs were converted to RDF in addition to the IFs. To examine the linkage with external databases, IDs in ChEMBL, which is a manually curated database of bioactive molecules with drug-like properties, were embedded in the RDF.Results: We demonstrated that the conversion of IFs and PIs into RDF makes it possible to easily retrieve the corresponding part of the PIs cited in the IFs. Furthermore, we quickly obtained the relevant data from ChEMBL, demonstrating the feasibility of linking IFs with an external database. Our attempt to RDFization of IFs is expected to encourage the development of web applications for healthcare professionals and the development of datasets for AI development.Conclusion: We could easily interoperate IFs with other pharmaceutical documents and an external database by converting IFs into RDF following the description guidelines. However, problems such as how to deal with items that were not described in the description guidelines were indicated. We hope that discussions will grow based on this effort and that related industries will move toward accomplishing effective use of these documents.

著者

中津井 雅彦 鎌田 真由美 荒木 望嗣 奥野 恭史

出版者

公益社団法人 日本薬理学会

雑誌

日本薬理学雑誌 (ISSN:00155691)

巻号頁・発行日

vol.149, no.6, pp.281-287, 2017 (Released:2017-06-14)

参考文献数

7

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医薬品研究開発プロセスの効率化によって研究開発コストを抑制することは製薬業界にとっての急務であり,人工知能(AI)や分子シミュレーションの技術を駆使した「インシリコ創薬」に大きな期待が寄せられている.しかし,これまでの「インシリコ創薬」においては,主に計算機性能の不足により,①膨大な化合物ライブラリから疾患原因タンパク質と結合する化合物を網羅的に探索できない,②医薬品候補化合物の薬理活性を正確に予測することが難しい,といった課題があった.本稿では,これらの課題の解決を目指して筆者らが取り組んできた,スーパーコンピュータ「京」を活用した世界最大規模の高速・超並列バーチャルスクリーニング,および大規模分子動力学シミュレーションを活用したタンパク質-化合物結合親和性の高精度予測について紹介するとともに,次期のスーパーコンピュータであるポスト「京」の圧倒的な計算性能が実現するインシリコ創薬の未来を展望する.

著者

鎌田 真由美

雑誌

情報処理

巻号頁・発行日

vol.49, no.4, pp.347-356, 2008-04-15

著者

鎌田 真由美

出版者

京都大学

巻号頁・発行日

2013

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博士論文

著者

藤本 尚 金谷 美希 田中 恵美 八木 亜希子 平山 奈美 大谷 亜衣 前田 基子 鎌田 真由美 森若 治 神谷 博文

雑誌

日本受精着床学会雑誌 (ISSN:09146776)

巻号頁・発行日

vol.27, no.1, pp.115-118, 2010-03-20

参考文献数

14

著者

竹内 広宜 中村 大賀 荻野 紫穂 水野 謙 岩間 太 鎌田 真由美

出版者

日本ソフトウェア科学会

雑誌

コンピュータ ソフトウェア (ISSN:02896540)

巻号頁・発行日

vol.30, no.1, pp.1_53-1_64, 2013-01-25 (Released:2013-03-25)

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ソフトウェア開発プロジェクトにおいて文書成果物は重要な役割を担っている.一方,大規模なシステム構築プロジェクトでは様々な文書成果物が大量に作られ,人手による品質分析には限界がある.近年,開発プロジェクトで作成される文書成果物に対して,文書構造分析,文字列解析,自然言語処理といった技術を適用する研究が行われている.本論文では,これらの技術によって実現される文書成果物の分析と活用方法について概観する.