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投稿一覧（最新100件）

1 0 0 0 OA 光合成光化学系II における水分解・酸素発生の反応メカニズム

@qo_opYoshizawa 水分解に関してはこの沈先生の日本語の総説が詳しいです。Mnクラスターの周囲に水分子がない理由についても考察されています。「光合成光化学系 II における水分解・酸素発生の反応メカニズム - J-Stage」 https://t.co/6oplPYwVnv

1180 0 0 0 OA 育児休業のすすめ:ニューヨークで専業主夫になった物理学者

RT @kaekorin: 育児休業のすすめ： ニューヨークで専業主夫になった物理学者 https://t.co/DNK54jAFF7 最初の方、典型的ろくでもない京大生感満載でニヤニヤしてしまったけど、文才ありすぎ。めっちゃおもろい。多才な物理学者さんだなー

1271 0 0 0 OA Notes on Japanese Plants, XIX

RT @BSJ_pr: 牧野先生が「#植物学雑誌」に発表したムジナモの図です。内容はリンクからPDFをダウンロードしてご覧ください。 #朝ドラらんまん #らんまん https://t.co/4hEiEom5AB https://t.co/OH7xOMjvub

277 0 0 0 OA 分子系統解析の最前線

朝の勉強会で（分子系統樹を作成中の）院生さんと「分子系統解析の最前線」を一緒に読みましたが、とても勉強になりました。 https://t.co/OPNgoFF1mB

お気に入り一覧（最新100件）

277 0 0 0 OA 分子系統解析の最前線

RTで知ったこちら、 分子系統解析について基礎から最前線まで、本当にとてもよくまとめられていると思います。 図９には系統樹推定手法の選択指針も載っていますし、表２には系統解析ソフトウェア一覧も。勉強になります。 J-STAGE Articles - 分子系統解析の最前線 https://t.co/U5DihkKPCS

277 0 0 0 OA 分子系統解析の最前線

最近何回も見てるけど改めて情報の充実度とわかりやすさピカイチのレビューだと思う。 日本語で無料なのもありがたい。 https://t.co/gbY0vmMbw5

62 0 0 0 OA AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測(実践編)

続・生物工学基礎講座－バイオよもやま話－ AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測（基礎編） 富井 健太郎 https://t.co/PpKZ0T3yQh AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測（実践編） 大上 雅史 https://t.co/SqdpB8fhwk AFについて、基礎から実戦までわかりやすく記されていて勉強になりました。

32 0 0 0 OA AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測(基礎編)

続・生物工学基礎講座－バイオよもやま話－ AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測（基礎編） 富井 健太郎 https://t.co/PpKZ0T3yQh AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測（実践編） 大上 雅史 https://t.co/SqdpB8fhwk AFについて、基礎から実戦までわかりやすく記されていて勉強になりました。

1180 0 0 0 OA 育児休業のすすめ:ニューヨークで専業主夫になった物理学者

育児休業のすすめ： ニューヨークで専業主夫になった物理学者 https://t.co/DNK54jAFF7 最初の方、典型的ろくでもない京大生感満載でニヤニヤしてしまったけど、文才ありすぎ。めっちゃおもろい。多才な物理学者さんだなー

1271 0 0 0 OA Notes on Japanese Plants, XIX

牧野先生が「#植物学雑誌」に発表したムジナモの図です。内容はリンクからPDFをダウンロードしてご覧ください。 #朝ドラらんまん #らんまん https://t.co/4hEiEom5AB https://t.co/OH7xOMjvub

32 0 0 0 OA 物理屋のための深層学習

日本物理学会誌は宝の山。私には一番しっくりくる機械学習の解説。https://t.co/jtrJzklULk 結局は大規模なフィットの問題で、いつもやるように勾配降下法を使う。データを部分に分けて順番に最適化する作戦も。全データを同時に使うと進みが遅くなる。高次元ランダムウォークの問題。親近感ありあり。

81 0 0 0 OA カドミウム極低吸収品種「コシヒカリ環1号」の育成

コシヒカリ環1号。カドミウムをほとんど含まず、併せて無機ヒ素も低減できるすばらしい品種。これとの交配で、新しい品種が各地で続々生まれつつあるとのこと。誹謗中傷に負けず、評価されてほしい、普及につながればよいなあ、と思います。https://t.co/ApeA5GfTKC

5 0 0 0 OA 観戦記者・倉島竹二郎

拙稿「観戦記者・倉島竹二郎」は以下よりお読みいただけます。 論文というより読み物ですが

14 0 0 0 OA 植物の形態形成を操る微生物ファイトプラズマ

この時期よくみるポインセチアは、マイコプラズマ(ファイトプラズマ)感染のため、叢生（枝が短くなってどん詰まりの形）なのだそうだ。植物病理研の方に教わったトリビア。https://t.co/aFb3Rv7SdO https://t.co/qYpR8ZiDAY

1 0 0 0 OA パルスEPR法による光合成電子伝達鎖の研究―河盛阿佐子氏IES fellow受賞に寄せて―

生物物理「パルス EPR 法による光合成電子伝達鎖の研究―河盛阿佐子氏 IES fellow 受賞に寄せて―」https://t.co/FA3FmQL6Hz 知らない人だったが読んだ。

153 0 0 0 OA AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから

JSBi Bioinformatics Review「AlphaFold2 までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」https://t.co/klAz7cZOnG ありがちな内容かなと軽い気持ちで読み始めたら、evoformer や structure module など仕組みにも踏み込んでいるし、AlphaFold2 以前・以後のツールもよく紹介した大作で関心した。

153 0 0 0 OA AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから

2編目は、東大・森脇さんによる「AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」です。急激な発展と展開を見せているタンパク質立体構造予測の関連問題に関して、トップランナーの森脇さんに歴史的経緯からこれからの展望までを執筆いただきました。https://t.co/dwU5lGqB77

11 0 0 0 OA 生体内でのクリック反応による生物活性化合物の合成

今年のノーベル化学賞に関係しそうなのは ファルマシア57巻11号（来月からフリーに読めるはず） 特集:生体直行型反応 https://t.co/Mq17boefDW 53巻8号 生体内でのクリック反応による生物活性化合物の合成 https://t.co/ahvHzj2Xhv とかでしょうか。

2 0 0 0 オウレン:生合成研究から創薬へ

ファルマシア「オウレン: 生合成研究から創薬へ」https://t.co/HR8XIhTSvi Benzylisoquinoline alkaloid 生合成経路の研究対象としてのオウレンの面白さは分かるが、オウレンそのものが創薬シーズとして有望だとは思えなかった。

1 0 0 0 OA 光化学系II 酸素発生中心の反応機構

アンサンブル「光化学系 II 酸素発生中心の反応機構」https://t.co/ThVYWtNkKo さっき紹介した論文だと Mn 単核錯体の量子計算ですら課題がいろいろあるようだったのに、これは PS II を QM/MM で考察している。素人目には、その辺が妥当なのか判断できない。

1 0 0 0 OA 光合成酸素発生中心CaMn4O5 クラスターでのMn-OH とMn=O 構造間の相対安定性 −hybrid DFT 法を越えてLPNO-CC, DMRG CAS, MR-DFT 法へ−

アンサンブル「光合成酸素発生中心 CaMn4O5 クラスターでの Mn-OH と Mn=O 構造間の相対安定性 −hybrid DFT 法を越えてLPNO-CC, DMRG CAS, MR-DFT 法へ−」https://t.co/MdYKkZrPx3 難しい系で様々な発展的手法を試したのは分かるんだけど、実験的に得られた「正解」なしでやるのはどうなんだろう。

1 0 0 0 シベリヤ探検記 : マンモスを求めて

紹介されている Eugen Wilhelm Pfizenmayer の「マンモスを求めて」は、"Mammutleichen und Urwaldmenschen in Nordost-Sibirien" かな。 言及されている日本語への抄訳は、国会図書館個人向けデジタル送信サービスで読める。 https://t.co/hNdJIvxwVU

5 0 0 0 OA Diversity of Na+ allocation in salt-tolerant species of the genus Vigna

論文がオンラインで公開されました。放射性ナトリウムを使って、海辺に適応したアズキの仲間のナトリウム吸収や蓄積部位を調べてみたら、種によって全然違うパターンになったよという話です。 https://t.co/WAXdTvTRYb

9 0 0 0 OA A multimodal metabolomics approach using imaging mass spectrometry and liquid chromatography-tandem mass spectrometry for spatially characterizing monoterpene indole alkaloids secreted from roots

大変光栄なことに日本植物バイオテクノロジー学会の論文賞をいただくことになりました。編集委員の先生方をはじめ、前職の同僚の皆様、斉藤和季先生には厚く御礼申し上げます。メタボロミクスの色々を足した技術論文ですが、植物バイテクに貢献できれば嬉しいです！ https://t.co/DeHNUqoIpC https://t.co/qesMwAVB2W

3 0 0 0 OA 水産登録保留基準の現状と課題

例えばメトフルトリンだとLC50がオオミジンコで0.001ppmとかになる ヌマエビは合ピレの感受性がミジンコと同じかちょっと高い（https://t.co/730W9UwwwP）から、10L水槽でも原液？で0.01μl入ればきついことになる？ けっこう厳しいね

22 0 0 0 OA 低温電子顕微鏡単粒子解析法による高分解能構造解析

日本結晶学会誌「低温電子顕微鏡単粒子解析法による高分解能構造解析」https://t.co/yPUXXxtRZJ 2018 年の総説の続編。SPA が原子分解能に到達するまでのハードウェアとソフトウェアの進展を紹介。

45 0 0 0 OA 計測・解析技術の進歩とサイエンス

生物物理学会誌「計測・解析技術の進歩とサイエンス」https://t.co/fN312X6eGS 測定機器や解析ソフトウェアのブラックボックス化に対する懸念。同意。

66 0 0 0 OA ブナにみられる葉面積のクラインについて

ブナの葉面積は、日本海指数を年平均気温で割った「環境傾度指数」なるものと綺麗に相関するらしい。この指数は覚えておこう。https://t.co/YSxOzSWKQs https://t.co/P0IlTV3yF1

3 0 0 0 OA 透過型電子顕微鏡用カメラの基礎と技術動向

顕微鏡「透過型電子顕微鏡用カメラの基礎と技術動向」https://t.co/EinJF43Mw0 Gatan の人による解説。 CCD の黎明期には直接検出だったのがダイナミックレンジ等の問題で間接検出になり、CMOS の登場で直接検出が実用的になったのか。

1 0 0 0 OA 単粒子解析におけるタンパク質構造分類のための深層学習アプローチの動向

顕微鏡「単粒子解析におけるタンパク質構造分類のための深層学習アプローチの動向」https://t.co/rlczt0iL9o うまくまとまっていると思う。 しかし CTF 補正が前処理の一部であるかのような記述と図 1 はダメ。切り出し時に phase flip してた時代ならともかく、今の CTF 補正は三次元再構成の一部。

277 0 0 0 OA 分子系統解析の最前線

「分子系統解析の最前線」 こういう日本語総説が昔から探していた。原理からメジャーなソフトウェアまで網羅。 https://t.co/02oarLaTgt

10 0 0 0 OA 生物物理学の概念と展望

生物物理学会誌「60 周年記念 連続座談会Ⅲ 生物物理学の概念と展望」https://t.co/o2TksDxfnm 「古い疑問を新しい技術で見直すことが秘訣」「例外が一般性を獲得していくことで新しい概念ができる」というあたりは、とりさんの考え方に近い。

3 0 0 0 OA 年会の国際化

生物物理学会誌「年会の国際化」https://t.co/cj6zDdfVKE やはり今後の学会はハイブリッドであるべきだと思う。視聴は無料にして、参加費は発表とか現地での対面コミュニケーションといった部分に対して徴収すべき。

2 0 0 0 OA リレーエッセイ:私が影響を受けた論文(12) 生物学の引力と斥力

生物物理学会誌「リレーエッセイ：私が影響を受けた論文(12): 生物学の引力と斥力」https://t.co/WBCiXdeIhp Jacques Monod の Chance and Necessity の紹介。生物学現象が「第一原理と両立はしても, それらの原理から演繹されることはなく, したがって本質的に予見不能」という表現には共感する。

7 0 0 0 OA 若手の会だより 第61回生物物理若手の会夏の学校開催報告

生物物理学会誌「若手の会だより 第61回生物物理若手の会夏の学校開催報告」https://t.co/cHEO9Xm5Gz 本当に裾野を広げるなら、講演ビデオは後で公開したらいいのにと思う。

16 0 0 0 OA KEKの共同利用型クライオ電子顕微鏡の利用方法

日本結晶学会「KEK の共同利用型クライオ電子顕微鏡の 利用方法」https://t.co/WxaXQNd1x9 電顕の経験がない状況で、ここまでユーザフレンドリな形で共同利用の仕組みを立ち上げたのは大したものだと思う。4 節のサンプル最適化のコツも有用。 Falcon4 導入によるスループット向上で今後も期待できる。

277 0 0 0 OA 分子系統解析の最前線

私が執筆した「分子系統学」の総説が出版になりました！ https://t.co/q0G3cJS3hE… 分子系統学の基礎から始まり、ソフトウェアの紹介、最近の議論のまとめなど、分子系統学に入門し、より良い系統樹推定をするために必要な知識をぎゅっとまとめています。ぜひ、ご一読いただけましたら幸いです。

3 0 0 0 OA 褐色の光合成~緑色との違いと利点~

生物工学会誌のバイオメディアに寄稿しました。 https://t.co/A4G6jJofkb

198 0 0 0 OA ポスドクからポストポスドクへ(<シリーズ>"ポスドク"問題 その12)

ポスドク出身の作家の円城塔さんが10年以上前に物理学会誌に寄せたエッセイ。私と同じ氷河期世代であり、当時から今に続く若手の任期制等、研究者の低待遇について言及。昨今中国等海外へ流出している研究者に氷河期世代が多いのも偶然ではないでしょう。#基礎研究の危機 https://t.co/PjSC80lpF7

5 0 0 0 OA クライオ電子顕微鏡で生体分子の構造解析をはじめよう

日本結晶学会誌「クライオ電子顕微鏡で生体分子の構造解析をはじめよう」https://t.co/qKGwlsGrCD 同じ号のもう一つの入門記事と違って、こちらは引っかかる点が多数。「結晶」学会なので、きちんとした査読ができる人が少ないのかしら。以下、詳細。

3 0 0 0 OA クライオ電子顕微鏡単粒子解析の実際~試料調製から画像解析まで~

日本結晶学会誌「クライオ電子顕微鏡単粒子解析の実際 ～試料調製から画像解析まで～」https://t.co/aH5wzmeZyv グリッドづくりやスクリーニングの重要性が詳述されており、良い解説となっている。

5 0 0 0 OA A multimodal metabolomics approach using imaging mass spectrometry and liquid chromatography-tandem mass spectrometry for spatially characterizing monoterpene indole alkaloids secreted from roots

前職で投稿しておりました論文が公開されました！ A multimodal metabolomics approach using imaging mass spectrometry and liquid chromatography-tandem mass spectrometry for spatially characterizing monoterpene indole alkaloids secreted from roots https://t.co/5vVNZ41xCU

5 0 0 0 OA 単一分子蛍光分光で見える光合成アンテナ系の揺らぐエネルギー移動経路

生物物理「単一分子蛍光分光で見える光合成アンテナ系の揺らぐエネルギー移動経路」https://t.co/Dj69bgq6VG エネルギー地形を漏斗状にせずあえて平らにすることで揺らぎの影響を拡大し、特定経路にエネルギーが集中して損傷するのを防ぐという考察は面白い。 なぜ分子によって揺らいでないやつがいる?

1 0 0 0 OA 整合性原理に基づくタンパク質デザイン

生物物理「整合性原理に基づくタンパク質デザイン」https://t.co/n2Jc4egdN0 native 構造の安定化だけでなく、non-native な構造の不安定化も重要という視点は面白かった。

7 0 0 0 OA 酵素のダイナミクスは酵素反応の理解に重要か?

生物物理学会誌「酵素のダイナミクスは酵素反応の理解に重要か?」https://t.co/EnONI6eJO0 面白かった。酵素が基底状態からゆらいで反応 ready な状態になってから、一気に進む。

16 0 0 0 OA 四国におけるニホンカワウソの生息状況の変遷および海岸線と人口との関連

実は2015年に高知大学&龍谷大学の学生さんが高知県の土佐清水市や須崎市で一度環境DNAを用いてニホンカワウソの検出に挑戦していました (ちょっとだけアドバイスしました)。しかし、その時の調査ではニホンカワウソは検出できませんでした。https://t.co/luHcPSnmu5 https://t.co/gkdgcvdHSa

1 0 0 0 OA 水中の健康関連微生物リスク研究の歴史的変遷と最先端

小学校時代の塾友が、以下の文献をfbで紹介していた。下水のウイルス分析自体は以前から試みられていたみたいね。因みに最終著者の村上くんが塾友。めっちゃいっぱい論文を書いていてとても優秀な方。 https://t.co/SBCHCEPmbj

9 0 0 0 OA Acclimation process of the chlorophyll d-bearing cyanobacterium Acaryochloris marina to an orange light environment revealed by transcriptomic analysis and electron microscopic observation

何せ、自分が最終・責任著者論文で、シアノバクテリアの写真が載った論文（https://t.co/RVBzdQzwYn）よりも、マウスの写真が載った論文（https://t.co/ue9SOJwe1K）の方が先に出版されていますからねww https://t.co/HeSULWB5ml

5 0 0 0 OA リブロースジリン酸カルボキシラーゼ(RuBisCO)をめぐって

ルビスコ機能強化は古くから試みられてきたが、当初から劇的改善は難しいされ、実際に芳しくないのが現状。以下2つの総説が分かりやすい。後者で言及されている「炭酸固定反応の比活性とO2に対するCO2の基質特異性にトレードオフの関係」がネックか https://t.co/72lQlIm1pz https://t.co/4ZjHi1vSt5 https://t.co/bPdFLyhTd0

6 0 0 0 OA 『プランクトン ハンドブック 淡水編』,中山 剛・山口晴代 著,文一総合出版 ISBN 978-4-8299-8154-2 1,800 円+税

花田先生の書評を読むと、みんな「プランクトンハンドブック淡水編」を買いたくなるからぜひに https://t.co/4XDvSdIGU0

17 0 0 0 OA 低温電子顕微鏡による単粒子解析法の最前線

MRC分子生物学研究所の中根さんによる単粒子解析法の解説。訳語にこだわった「物理の教科書」的な文章が大変気持ち良いです。ぜひ今後も日本語で解説、ひいては教科書を書いていただきたいところです。 https://t.co/JYPcQd2M5u

5 0 0 0 OA 日本における分子ロボティクスの責任あるイノベーション

論文が公開されました。JST-RISTEXのプロジェクト間共同の論文で東工大の小長谷先生のグループとご一緒させていただいたものになります。”Responsible innovation in molecular robotics in Japan” https://t.co/q1tZyPanjd

22 0 0 0 OA 「インパクト」を評価する : 科学技術政策・研究評価

なんとなくこちらにも流しておくか。去年書いたものの一つでこんなんあります。　「「インパクト」を評価する―科学技術政策・研究評価―」（国立国会図書館調査及び立法考査局冷戦後の科学技術政策の変容 : 科学技術に関する調査プロジェクト報告書）　https://t.co/B2YpPDprLe

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