著者

中村 春木 栗栖 源嗣

出版者

一般社団法人 日本生物物理学会

雑誌

生物物理 (ISSN:05824052)

巻号頁・発行日

vol.58, no.2, pp.071-077, 2018 (Released:2018-03-31)

参考文献数

31

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These days, “Data Science” becomes a new trend of science by accumulation and analysis of scientific big data. This data science is considered to provide a very useful approach for, in particular, biological science because of its very diversed characters. Here, we point out the essential issues in biological data science, and how they could be solved in the PDB (Protein Data Bank) archive, which the authors manage as PDBj (PDB Japan), one of the wwPDB (world wide PDB) members with the global cooperation.

著者

伊達 進 奥村 利幸 秋山 豊和 下條 真司 松田 秀雄 中村 春木

出版者

一般社団法人情報処理学会

雑誌

情報処理 (ISSN:04478053)

巻号頁・発行日

vol.44, no.6, pp.601-607, 2003-06-15

参考文献数

5

被引用文献数

2

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バイオグリッドプロジェクトは文部科学省のITプログラム「スーパーコンピュータネットワークの構築」として平成14年から5カ年計画で始まったプロジェクトである.

著者

笠原 浩太 椎名 政昭 肥後 順一 緒方 一博 中村 春木

出版者

分子シミュレーション学会

雑誌

アンサンブル (ISSN:18846750)

巻号頁・発行日

vol.20, no.4, pp.253-259, 2018-10-31 (Released:2019-10-31)

参考文献数

14

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蛋白質における天然変性領域(IDR)は特定の立体構造をもたないフレキシブルな領域であり,リン酸化などの化学修飾を受けて蛋白質の機能制御を行うなど,重要な役割を果たしている.本研究では重要なDNA 結合蛋白質であるEts1 に着目し,そのIDR がリン酸化を受けることでDNA 結合親和性を低下させる制御メカニズムを理論と実験の両面から明らかにした.独自のマルチカノニカル分子動力学法(McMD)を用いて求められたリン酸化Ets1 および非リン酸化Ets1 のIDR の構造アンサンブルより,リン酸基がDNA 結合領域へ接触することで競争的にDNA 結合を阻害するメカニズムが示唆された.ここで明らかとなった重要なアミノ酸残基に関する種々の変異体について実験的な結合解離速度測定を行い,計算結果と整合することを確かめた.

著者

中村 春木

出版者

一般社団法人 日本生物物理学会

雑誌

生物物理 (ISSN:05824052)

巻号頁・発行日

vol.60, no.3, pp.190-191, 2020 (Released:2020-05-27)

参考文献数

10

著者

中村 春木 近藤 裕郷

出版者

一般社団法人 日本生物物理学会

雑誌

生物物理 (ISSN:05824052)

巻号頁・発行日

vol.59, no.1, pp.040-042, 2019 (Released:2019-01-26)

著者

中村 春木

出版者

公益社団法人 日本薬理学会

雑誌

日本薬理学雑誌 : FOLIA PHARMACOLOGICA JAPONICA (ISSN:00155691)

巻号頁・発行日

vol.116, pp.18P-22P, 2000-11-01

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ゲノム、プロテオーム、フィジオームという、全体とネットワークとを解析する"-ome"研究が意味を持つのは、たとえばプロテオーム研究においては、素子としての個々の蛋白質分子と、素過程としての分子間相互作用がそれぞれ物理化学的に詳細に明らかにされていることが前提である。単なる部品の名前と結果としての各部品の機能だけでは、モデルとしてのネットワークを超えることはできない。そのための実体を明らかにする研究こそが、構造生物学およびそのゲノム・スケールでの構造ゲノム科学であり、創造的な薬物設計につながる。

著者

伊藤 暢聡 楠木 正巳 中村 春木

出版者

公益社団法人 日本化学会・情報化学部会

雑誌

日本化学会情報化学部会誌 (ISSN:09133747)

巻号頁・発行日

vol.21, no.1, pp.20-20, 2003 (Released:2003-01-30)

参考文献数

5

被引用文献数

1

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著者

森本 幸生 柳田 敏雄 津田 基之 中村 春木 宮野 雅司 箱嶋 敏雄 佐藤 衛 山口 宏 中迫 雅由 山本 雅貴 渡邉 信久 八木 直人

出版者

日本放射光学会

雑誌

放射光 (ISSN:09149287)

巻号頁・発行日

vol.12, no.3, pp.208-218, 1999-06-30

著者

中村 春木

出版者

一般社団法人 日本生物物理学会

雑誌

生物物理 (ISSN:05824052)

巻号頁・発行日

vol.53, no.1, pp.044-046, 2013 (Released:2013-01-29)

参考文献数

10

被引用文献数

2

著者

山﨑 秀樹 鷹野 優 中村 春木

出版者

一般社団法人 日本生物物理学会

雑誌

生物物理 (ISSN:05824052)

巻号頁・発行日

vol.49, no.2, pp.084-085, 2009 (Released:2009-03-25)

参考文献数

5

著者

中村 春木 SAVINI Gianluca

出版者

大阪大学

雑誌

特別研究員奨励費

巻号頁・発行日

2008

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アルツハイマー病やパーキンソン病などの神経疾患は、アミロイド繊維形成をもたらす蛋白質のミスフォールディングによって引き起こされている。アミロイド繊維は、その繊維構造の多様性を示すが分子レベルでの特徴的な構造をもち、その顕著な安定性と分解されにくい強い抵抗性を持つ。実際、アミロイド繊維は、鉄に類似した強度をもち、また構造上の類似物である絹と同様の物性を示す。この研究の目的は、この並はずれたアミロイド繊維の力学的性質について、分子レベルでの理解と整理とを行うことである。具体的には、1)GROMACSプログラムを用いて分子動力学のシミュレーション計算を実施し、そのペプチド分子の長さ、側鎖、配向等に依存したアミロイド繊維を形成するペプチドの構造形成と、ヘリックスの相対的なねじれ角について調べた。2)上記の構造モデルを用いて、異なる変形に対するアミロイド繊維の力学的特性を研究した。アミロイドを形成する短いペプチドとしてX線回折構造が既知のNNQQおよびGNNQQYの2つに対して研究を行った。これらのモデルは、5本のβ構造を持つペプチドからなる2枚のシートからなっている。構造変形をモニターした結果、アミロイド繊維は徐々にねじれがほぐれていき、最終的にβシートが完全に並置されて破壊されており、ヘリックスのねじれがアミロイド繊維の安定性と力学的な強度に寄与していることを示唆している。自由エネルギー計算からは、単一のペプチドは繊維に比べて不安定であり、アミロイド繊維がすぐに伸長することを示している。アミロイド繊維が破壊される値として極限応力0.23-0.25GPaが得られ、圧力-歪曲線の傾きからヤング率9.18GPaが得られた。これらの値は、実験誤差内の値となっている。さらに、平均して1-10分以内に10マイクロメータの長さの繊維は自発的に破壊されることが我々の計算から示唆された。