著者

清水 敏之

出版者

公益社団法人 日本薬学会

雑誌

YAKUGAKU ZASSHI (ISSN:00316903)

巻号頁・発行日

vol.136, no.2, pp.173-178, 2016-02-01 (Released:2016-02-01)

参考文献数

16

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Toll-like receptors (TLRs) are a family of pattern-recognition receptors that recognize microbial components and initiate subsequent immune responses. TLR7 and TLR8 recognize single-stranded (ss)RNA and initiate innate immune responses. Moreover, several small-molecule compounds have been identified as TLR7 and TLR8 activators. We determined the crystal structures of unliganded and ligand-induced activated human TLR8 dimers. Upon ligand stimulation, the TLR8 dimer was reorganized such that the two C-termini were brought into proximity. Ligand binding induces reorganization of the TLR8 dimer, which enables downstream signaling processes. To elucidate how TLR8 recognizes its natural ligand, ssRNA, as well as how the receptor can be activated by ssRNA that is structurally and chemically very different from the chemical ligands, we performed crystallographic studies of TLR8 in complex with ssRNA. TLR8 recognizes, at distinct sites, uridine and small oligonucleotides derived from the degradation of ssRNA. Uridine bound the site on the dimerization interface where small chemical ligands are recognized, whereas short oligonucleotides bound a newly identified site. Based on structural information, new compounds have been developed. We describe the crystal structure of a newly developed agonist, C2-butyl furo[2,3-c]quinolone.

著者

石田 英子 大戸 梅治 清水 敏之

出版者

日本結晶学会

雑誌

日本結晶学会誌 (ISSN:03694585)

巻号頁・発行日

vol.59, no.2-3, pp.108-113, 2017-06-30 (Released:2017-07-01)

参考文献数

19

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Fertilization, the crucial step in sexual reproduction, requires the fusion of haploid sperm and egg to create a genetically distinct offspring. Despite many studies on mammalian fertilization, the molecular mechanisms underlining the membrane fusion remain largely unknown. At present, IZUMO1 on the sperm surface and JUNO on the egg surface are known as the only protein pair essential for fertilization. In this review, we focus on the crystal structures of human IZUMO1, JUNO and IZUMO1-JUNO complex. These structures reveal the molecular mechanism of mammalian gamete recognition, and provide information for development of non-hormonal contraceptive agents.

著者

宮崎 純 合田 和生 大塚 真吾 横山 昌平 吉田 尚史 北山 大輔 清水 敏之 戸田 浩之 山口 実靖

出版者

一般社団法人電子情報通信学会

雑誌

情報・システムソサイエティ誌 (ISSN:21899797)

巻号頁・発行日

vol.25, no.1, pp.4-9, 2020-05-01 (Released:2020-05-01)

著者

丹治 裕美 大戸 梅治 清水 敏之

出版者

日本結晶学会

雑誌

日本結晶学会誌 (ISSN:03694585)

巻号頁・発行日

vol.55, no.5, pp.285-289, 2013-10-31 (Released:2013-11-01)

参考文献数

16

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The Toll-like receptors(TLRs)are a family of pattern-recognition receptors that recognize pathogen-associated molecular patterns and activate innate immune system. TLR8 is activated by single-stranded RNA or synthetic imidazoquinoline compounds. We determined the crystal structures of unliganded and liganded TLR8 to clarify signaling and activation mechanism of TLR8.TLR8 monomer was ring-shaped structure in which N- and C-termini interacted directly. Both in the unliganded and liganded forms, TLR8 formed m-shaped dimer in which two C termini converged in the middle. Ligands were located in the two equivalent positions in the dimerization interface related by the non-crystallographic two-fold axis. The C-termini of the two TLR8 protomers were separated by 53 Å in the unliganded form; whereas, C-termini of the two monomers were brought into close proximity(~30 Å)in the liganded form, which would enable the subsequent dimerization of the TIR domains and downstream signaling.

著者

岩井 儀雄 松村 朱里 伊藤 陽生 清水 敏之 不殿 健治 横地 裕次 山崎 隆一 山本 隆史 村山 健二 池田 聖

出版者

一般社団法人電子情報通信学会

雑誌

電子情報通信学会技術研究報告. PRMU, パターン認識・メディア理解 (ISSN:09135685)

巻号頁・発行日

vol.101, no.525, pp.125-132, 2001-12-14

被引用文献数

6

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本パターン知識・メディア理解(PRMU)研究専門委員会では、平成9年度から研究活動の一環として、若手研究者の発掘・育成と活性化を目的としたアルゴリズムコンテストを実施している。5回目の今年は、4月から公募を開始し、9月に情報・システムソサイエティ大会併催事業として、審査結果の発表と表彰、講演会を実施した。今回のテーマは、画像処理・パターン認識の基本的な問題としてCG画像の道路交通標識の認識、実画像の標識認識、実画像中からのセグメンテーションに挑戦するものである。問題の困難さに応じて3つの課題レベルを設定した。その実施報告を前半に行ない、後半には入賞したアルゴリズムについて入賞者らが詳細を紹介する。

著者

清水 敏之 寺田 憲正 吉川 正俊

出版者

一般社団法人情報処理学会

雑誌

情報処理学会論文誌データベース(TOD) (ISSN:18827799)

巻号頁・発行日

vol.48, no.11, pp.224-234, 2007-06-15

被引用文献数

2

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利用者が文書に対して検索を行う際に,検索要求が検索結果文書中のどの部分と関連しているのかが分かることは有用である.たとえば,大量の学術論文の中から,ある話題に関連する章や節などの部分文書のみを拾い読みしたいという要求は高いと考えられる.近年,様々な文書がXMLで構造化されている.XML文書の構造を利用することで部分文書も対象とする検索が可能となる.そのため,XML文書に対する情報検索に関する研究がさかんになってきた.そこで我々はXML文書に対してキーワード集合による検索を行うシステムであるKikori-KSを開発した.キーワード検索は,XML文書のスキーマを知っている必要がなく,XML専用の問合せ言語に対する知識も必要ないため,多くの一般的な利用者が利用可能である.検索結果として入れ子するXML部分文書を単位として用いるため,我々は検索結果提示インタフェースが重要であると考え,今回開発したKikori-KSでは,XML文書検索のための検索結果表示インタフェースを用意した.キーワード検索に必要な情報は関係データベースに格納し,利用者が入力したキーワード集合に対して関連するXML部分文書を取得し,インタフェースを通じて利用者に提示する.我々は大量のXML部分文書を効率的に扱うために,実体化結合ビューを生成して検索の高速化を実現した.広く利用されている関係データベースを用いることで汎用性の高いシステムが構築できる.INEXテストコレクションを利用した実験では,Kikori-KSが実用的な検索速度と比較的高い適合性を持つことを確認した.Identifying meaningful document fragments is a major advantage achieved by encoding documents in XML. In scholarly articles, such document fragments include sections, subsections and paragraphs. XML information retrieval systems need to search document fragments relevant to queries from a set of XML documents. We present Kikori-KS, an effective and efficient XML information retrieval system for XML documents. Kikori-KS accepts a set of keywords as a query. This form of query is simple yet useful because users are not required to understand XML query languages or XML schema. To meet practical demands for searching relevant fragments in XML documents, we have developed a user-friendly interface for displaying search results. Kikori-KS was implemented on top of a relational XML database system developed by our group. By carefully designing the database schema, Kikori-KS handles a huge number of document fragments efficiently. Our experiments using INEX test collection show that Kikori-KS achieved an acceptable search time and with relatively high precision.

著者

本村 徹太郎 清水 敏之 吉川 正俊

雑誌

研究報告データベースシステム(DBS)

巻号頁・発行日

vol.2010-DBS-151, no.29, pp.1-8, 2010-11-05

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近年,多くの XML データが蓄積されるにつれ,XML キーワード検索が重要になっている.有用な結果を得るためには,効果的な検索結果を効率的に求めることだけでなく,検索結果を理解できるような情報を付加することが望ましい.我々は,検索結果の理解支援のために,検索結果と同じ結果を返す代替問合せを取得する方法を提案する.代替問合せは検索結果の異なる側面を表しているため,利用者は検索結果の隠れた関係を推測することで検索結果を深く理解する,あるいは利用者自身の問合せを洗練することなどが可能となる.

著者

吉川 正俊 馬 強 浅野 泰仁 清水 敏之 岩井原 瑞穂 鈴木 優

出版者

京都大学

雑誌

基盤研究(B)

巻号頁・発行日

2008

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Webサーバにおいて高品質な情報を管理するために,情報の注釈データの管理手法を開発すると共に,構造化文書の照応解析技術を開発した.知識資源を表現するRDFデータの格納及び検索システムを構築すると共に,検索エンジンと利用者生成型知識資源Wikipediaの統合利用システムを開発した.また,複数ニュースソースデータの統合利用手法として整合性提示機能提供システムおよび因果関係ネットワーク漸増構築法を開発した.