著者

秋篠宮 文仁 アキシノノミヤ フミヒト Fumihito AKISHINONOMIYA

出版者

総合研究大学院大学

巻号頁・発行日

1996-09-30

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With the aim of elucidating the evolutionary origin of junglefowls and their domestication processes, I conducted molecular evolutionary analyses of mitochondrial DNAs for various kinds of birds belonging to the subfamily Phasianinae. I then found that the real matriarchic origin of all the domestic fowls examined in the present study was an Asian continental population of Gallus gallus gallus. The phylogenetic analysis conducted in this study also suggested that the continental population of Gallus gallus gallus is the monophyletic ancestor of all domestic fowls. These findings resolve the long-time controversy concerning monophyletic versus polyphyletic origin theories of domestic fowls. <br /> The present thesis is composed of four chapters. In Chapter 1, as an introduction, I described the evolutionary significance of the domestication processes of junglefowls and the overview of taxonomical problems of birds within the subfamily Phasianinae, particularly junglefowls and domestic fowls. <br /> In Chapter2, attention is focused on the molecular phylogeny of the subfamily Phasianinae. Comparisons of DNA sequences for mitochondrial control regions among 16 avian species belonging to the subfamily Phasianinae, revealed the following: (1) Generalized perdicine birds (quails and partridges) are descended from ancient lineages. Even the closest pair, the common quail of the Japanese subspecies (Coturnix coturnix japonica) and the Chinese bamboo partridge (Bambusicola thoracica), maintained only a 85.7l% identity. (2) The 12 species of phasianine birds previously and presently studied belong to three distinct branches. The first branch is made up exclusively of members of the genus gallus, while the second branch is made up of pheasants of the genera Phasianus, Chrysolophus and Syrmaticus. Gallopheasants of the genus Lophura are distant cousins to these pheasants. The great argus (Argusianus argus) and peafowls of the genus Pavo constitute the third branch. Members of the fourth phasianine branch, such as tragopans and monals, were not included in the present study. (3) The one perdicine species, Bambusicola thoracica, is more closely related to the phasianine genera Gallus and Pavo than to members of other perdicine genera. The above might indicate that Bambusicola belongs to one stem of the perdicine lineage which later split into two sublineages that yielded phasianine birds; one evolving to Gallus, while the other differentiated toward Pavo and related genera. (4) Tandem duplication of the 60-base unit was established as a trait unique to the genus Gallus, which is shared neither by pheasant nor by quail. <br /> In Chapter 3, I discuss evolutionary relationships between red and green junglefowls. The noncoding control region of the mitochondrial DNA of various gallinaceous birds was studied with regard to its RFLP (restriction fragment length polymorphism) and sequences of the first 400 bases. Unlike its close ally green junglefowl, the red junglefowl Gallus gallus is a genetically very diverse species; a 7.0% sequence divergence was seen between those from Thailand (Gallus gallus gallus and Gallus gallus spadiceus) and that of the Indonesian island of Java(Gallus gallus bankiva). Furthermore, the divergence increased to 27.83% when each transversion was regarded as an equivalent of 10 transitions. On the other hand, a mere 0.5-3.0% difference (all transitions) separated various domestic breeds of chicken from two subspecies of Gallus gallus gallus of Thailand, thus indicating a single domestication event in the area inhabited by this subspecies, with the red junglefowl being the origin of all domestic breeds. Only transitions separated six diverse domesticated breeds. Nevertheless, a 2.75% difference was seen between RFLP type I breeds (white leghorn and nagoya) and a RFLP type VIII breed (ayam pelung). The above data suggest that although the mitochondrion of RFLP type V is the main contributor to domestication, hens of other RFLP types also contributed to this event. <br /> Finally, in Chapter 4, the evolutionary origin and dispersal patterns of domestic fowls are discussed from various .aspects of molecular evolution and human history. With the aim of elucidating in more detail, the genealogical origin of the present domestic fowls of the world, I determined mitochondrial DNA (mtDNA) sequences of the D-loop regions for a total of 21 birds which belong to the red junglefowl (Gallus gallus) comprising three subspecies (6 Gallus gallus gallus, 3 Gallus gallus spadiceus and 3 Gallus gallus bankiva) and 9 birds representing diverse domestic breeds (Gallus gallus domesticus) . I also sequenced mtDNAs from 4 green junglefowl (Gallus varius), 2 Cingalese junglefowl (Gallus lafayettei) and 1 grey junglefowl (Gallus sonnerati). I then constructed a phylogenetic tree for these birds using nucleotide sequences, choosing the Japanese quail (Coturnix coturnix japonica) as an outgroup. Moreover, I found that a continental population of Gallus gallus gallus was the real matriarchic origin of all the domestic species examined in the present study. It is also of particular interest to note that there were no discernible differences among Gallus gallus subspecies; Gallus gallus bankiva being a notable exception. This was because Gallus gallus spadiceus and a continental population of Gallus gallus gallus formed a single cluster in the phylogenetic tree. One obvious and distinct feature that customarily separates Gallus gallus gallus from Gallus gallus spadiceus is the color of their ear lobes: white for the former and red for the latter. The fact that domestic breeds of the chicken are of two kinds as to color of ear lobes is a clear reflection of the contribution made by Gallus gallus gallus as well as by Gallus gallus spadiceus to their ancestry. Gallus gallus bankiva, on the other hand, is a distinct entity, thus, deserving its subspecies status. This implies that a continental population of Gallus gallus gallus was the monophyletic ancestor of all domestic breeds. I also discuss the possible significance of the initial dispersal pattern of present domestic fowls, utilizing the phylogenetic tree.

著者

秋篠宮 文仁

出版者

総合研究大学院大学

巻号頁・発行日

1996

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With the aim of elucidating the evolutionary origin of junglefowls and their domestication processes, I conducted molecular evolutionary analyses of mitochondrial DNAs for various kinds of birds belonging to the subfamily Phasianinae. I then found that the real matriarchic origin of all the domestic fowls examined in the present study was an Asian continental population of Gallus gallus gallus. The phylogenetic analysis conducted in this study also suggested that the continental population of Gallus gallus gallus is the monophyletic ancestor of all domestic fowls. These findings resolve the long-time controversy concerning monophyletic versus polyphyletic origin theories of domestic fowls. <br /> The present thesis is composed of four chapters. In Chapter 1, as an introduction, I described the evolutionary significance of the domestication processes of junglefowls and the overview of taxonomical problems of birds within the subfamily Phasianinae, particularly junglefowls and domestic fowls. <br /> In Chapter2, attention is focused on the molecular phylogeny of the subfamily Phasianinae. Comparisons of DNA sequences for mitochondrial control regions among 16 avian species belonging to the subfamily Phasianinae, revealed the following: (1) Generalized perdicine birds (quails and partridges) are descended from ancient lineages. Even the closest pair, the common quail of the Japanese subspecies (Coturnix coturnix japonica) and the Chinese bamboo partridge (Bambusicola thoracica), maintained only a 85.7l% identity. (2) The 12 species of phasianine birds previously and presently studied belong to three distinct branches. The first branch is made up exclusively of members of the genus gallus, while the second branch is made up of pheasants of the genera Phasianus, Chrysolophus and Syrmaticus. Gallopheasants of the genus Lophura are distant cousins to these pheasants. The great argus (Argusianus argus) and peafowls of the genus Pavo constitute the third branch. Members of the fourth phasianine branch, such as tragopans and monals, were not included in the present study. (3) The one perdicine species, Bambusicola thoracica, is more closely related to the phasianine genera Gallus and Pavo than to members of other perdicine genera. The above might indicate that Bambusicola belongs to one stem of the perdicine lineage which later split into two sublineages that yielded phasianine birds; one evolving to Gallus, while the other differentiated toward Pavo and related genera. (4) Tandem duplication of the 60-base unit was established as a trait unique to the genus Gallus, which is shared neither by pheasant nor by quail. <br /> In Chapter 3, I discuss evolutionary relationships between red and green junglefowls. The noncoding control region of the mitochondrial DNA of various gallinaceous birds was studied with regard to its RFLP (restriction fragment length polymorphism) and sequences of the first 400 bases. Unlike its close ally green junglefowl, the red junglefowl Gallus gallus is a genetically very diverse species; a 7.0% sequence divergence was seen between those from Thailand (Gallus gallus gallus and Gallus gallus spadiceus) and that of the Indonesian island of Java(Gallus gallus bankiva). Furthermore, the divergence increased to 27.83% when each transversion was regarded as an equivalent of 10 transitions. On the other hand, a mere 0.5-3.0% difference (all transitions) separated various domestic breeds of chicken from two subspecies of Gallus gallus gallus of Thailand, thus indicating a single domestication event in the area inhabited by this subspecies, with the red junglefowl being the origin of all domestic breeds. Only transitions separated six diverse domesticated breeds. Nevertheless, a 2.75% difference was seen between RFLP type I breeds (white leghorn and nagoya) and a RFLP type VIII breed (ayam pelung). The above data suggest that although the mitochondrion of RFLP type V is the main contributor to domestication, hens of other RFLP types also contributed to this event. <br /> Finally, in Chapter 4, the evolutionary origin and dispersal patterns of domestic fowls are discussed from various .aspects of molecular evolution and human history. With the aim of elucidating in more detail, the genealogical origin of the present domestic fowls of the world, I determined mitochondrial DNA (mtDNA) sequences of the D-loop regions for a total of 21 birds which belong to the red junglefowl (Gallus gallus) comprising three subspecies (6 Gallus gallus gallus, 3 Gallus gallus spadiceus and 3 Gallus gallus bankiva) and 9 birds representing diverse domestic breeds (Gallus gallus domesticus) . I also sequenced mtDNAs from 4 green junglefowl (Gallus varius), 2 Cingalese junglefowl (Gallus lafayettei) and 1 grey junglefowl (Gallus sonnerati). I then constructed a phylogenetic tree for these birds using nucleotide sequences, choosing the Japanese quail (Coturnix coturnix japonica) as an outgroup. Moreover, I found that a continental population of Gallus gallus gallus was the real matriarchic origin of all the domestic species examined in the present study. It is also of particular interest to note that there were no discernible differences among Gallus gallus subspecies; Gallus gallus bankiva being a notable exception. This was because Gallus gallus spadiceus and a continental population of Gallus gallus gallus formed a single cluster in the phylogenetic tree. One obvious and distinct feature that customarily separates Gallus gallus gallus from Gallus gallus spadiceus is the color of their ear lobes: white for the former and red for the latter. The fact that domestic breeds of the chicken are of two kinds as to color of ear lobes is a clear reflection of the contribution made by Gallus gallus gallus as well as by Gallus gallus spadiceus to their ancestry. Gallus gallus bankiva, on the other hand, is a distinct entity, thus, deserving its subspecies status. This implies that a continental population of Gallus gallus gallus was the monophyletic ancestor of all domestic breeds. I also discuss the possible significance of the initial dispersal pattern of present domestic fowls, utilizing the phylogenetic tree.

著者

岡 孝夫 天野 卓 林 良博 秋篠宮 文仁

出版者

Yamashina Institute for Ornitology

雑誌

山階鳥類学雑誌 (ISSN:13485032)

巻号頁・発行日

vol.35, no.2, pp.77-87, 2004-03-20 (Released:2008-11-10)

参考文献数

40

被引用文献数

1 4

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セキショクヤケイ(G.gallus)の亜種認識に関する統一の見解は現在も得られていない。一般にセキショクヤケイの亜種は生息地,羽装,耳朶色などによって分類される。また,その広大な生息地にはさまざまな気候や植生が存在する。このような環境条件は草むらに身を隠す習性をもつセキショクヤケイの羽装に影響を与えている可能性が考えられる。さらに羽装は繁殖季節によって影響を受けやすい形質であり,また観察条件や観察者の主観によっても異なる。耳朶色に関しても,赤色と白色の2形質が亜種分類の基準にされてきたが,白耳朶は単一遺伝子により発現する形質ではないことが報告されている。従来の分類ではG.g.murghi,G.g.jabouilleiおよびG.g.bankivaの3亜種は大きさや羽装によって明確に分類されている。G.g.gallusとG.g.spadiceusの分類に関しては,G.g.gallusに完全白耳朶と不完全白耳朶の2型の存在が認められているが,現在ではそれらを一括してG.g.gallusとし,赤耳朶のG.g.spadiceusとは耳朶色のみによって区別している。タイとマレーシアのG.g.gallusにおいて,タイのG.g.gallusは完全白耳朶,マレーシアのG.g.gallusは不完全白耳朶を呈し,両者の生息地はG.g.spadiceusの生息地によって分断されている。もし白耳朶形質の完全,不完全を亜種分類の根拠とするならば,G.g.gallusはさらに2つのグループに分類することもできる。さらにmtDNA情報を用いたいくつかの研究においても,この分類を示唆する結果が報告されている。したがってセキショクヤケイの亜種分類は,これまでの形態学的手法を新たな視点で見直すとともに,最新の空間分析や分子遺伝学などの手法などを用いることが望ましいと考えられる。

著者

遠藤 秀紀 森 健人 細島 美里 MEKWICHAI Wina 小川 博 恒川 直樹 山崎 剛史 林 良博 秋篠宮 文仁

出版者

日本野生動物医学会

雑誌

Japanese journal of zoo and wildlife medicine = 日本野生動物医学会誌 (ISSN:13426133)

巻号頁・発行日

vol.17, no.3, pp.131-138, 2012-09-01

参考文献数

13

被引用文献数

4

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軍鶏,タイゲーム(カイ・チョン),ソニア,ファヨウミ,ロードアイランドレッドに関して筋肉重量を比較し,闘鶏用を含む直立型ニワトリ品種における筋肉系の形態学的特徴と機能的意義を検討した。軍鶏とタイゲームに関して,闘鶏用品種の筋肉系の機能形態学的特徴を以下のようにまとめることができた。1)ソニア,ファヨウミ,ロードアイランドレッドよりも軍鶏やタイゲームにおいて,体重に占める骨格筋の総重量比が大きかった。2)軍鶏とタイゲームにおいて,筋肉重量は後肢に集中し,走行,跳躍,直立姿勢に適応していた。3)闘鶏において柔軟で速い頸部の運動が要求されるが,軍鶏とタイゲームの頸部構造における筋重量比や筋重量指数は他品種に比べて小さかった。4)軍鶏とタイゲームの間では,検討した各筋肉の筋重量比や筋重量指数は類似していた。

著者

秋篠宮 文仁 秋道 智彌 長谷川 政美

出版者

総合研究大学院大学

雑誌

総研大ジャーナル

巻号頁・発行日

vol.7, pp.26-31, 2005-05-10

著者

岡部 篤行 佐藤 俊明 岡部 佳世 中川 貴之 今村 栄二 松下 和弘 長野 一博 石渡 祥嗣 飴本 幸司 林 良博 秋篠宮 文仁

出版者

Yamashina Institute for Ornitology

雑誌

山階鳥類学雑誌 (ISSN:13485032)

巻号頁・発行日

vol.38, no.1, pp.30-39, 2006

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当報告書は,無線LAN位置システム(以下システム)を放し飼いニワトリの軌跡追跡に適用可能かどうかを調べた結果を報告するものである。システムは,連続的な地面上にいるニワトリの位置を1 mのグリッド交差点上の点として表し,ニワトリの軌跡はその点列として表す。システムは,ニワトリの位置を1秒ごとに記録することができる。実験は8羽のニワトリと2羽のホロホロチョウを170 m×90 mの広さの公園に放って5日間にわたりその軌跡を観察した。分析に利用可能なデータは3日間得られた。システムによって得られる位置のデータは雑音を含むため,位置データは確率変数として扱った。データ分析により,位置の精度は,確率0.95で2.6 m,すなわち,真の位置が,観察された位置を中心に半径2.6 mの円の中にある確率が95%であると判明した。ニワトリの生活圏は,その場所にニワトリがいた確率密度関数として表現した。その関数はバンド幅が2.6 mのカーネル法で推定をした。軌跡は移動平均で推定した。実験の結果,システムは放し飼いニワトリの軌跡追跡に適用できることが判明した。

著者

赤木 攻 秋道 智彌 秋篠宮 文仁 高井 康弘

出版者

国立民族学博物館

雑誌

国立民族学博物館研究報告 (ISSN:0385180X)

巻号頁・発行日

vol.21, no.2, pp.293-344, 1996

被引用文献数

4

著者

髙田 勝 田原 岳 天野 卓 野村 こう 高橋 幸水 古川 力 秋篠宮 文仁

出版者

日本養豚学会

雑誌

日本養豚学会誌 (ISSN:0913882X)

巻号頁・発行日

vol.55, no.1, pp.12-20, 2018-03-09 (Released:2018-06-30)

参考文献数

28

被引用文献数

1 1

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琉球豚は中国豚由来であり,黒色を有するアグーと白斑を有するアヨーがある。アグーはバークシャー種との交雑により改良されたと報告されているが,西洋系豚や中国系豚との分子遺伝学的類縁関係は明らかでない。そこで,アグー系とアヨー系を系統内交配により維持している今帰仁アグー集団の繁殖豚AG (B),AG (R),AG (W) とその交雑集団AG (O) およびこれらの祖先集団AG06,AY06,さらに西洋系豚,中国系豚について,マイクロサテライト30座位の遺伝子型を解析することにより,琉球豚の遺伝的多様性とともに西洋系豚,中国系豚との類縁関係および遺伝的構造を明らかにすることを目的とした。有効対立遺伝子数,アレリックリッチネス,多型情報量などの遺伝的多様性の指標値は,いずれもAG (W) が最も小さくAG (O) が最も大きく,AG (O) の多様性は西洋系と同程度であった。今帰仁アグー各系統は西洋系品種に比べてヘテロ接合度の観測値が期待値よりも大きい傾向にあり,FIS は負の値を示して,近親交配を避けた交配が行われていたことが示唆された。品種·系統間の遺伝的関係では,主座標分析から,琉球豚,中国系,西洋系が二次元上にそれぞれのクラスターを形成することが明らかとなった。遺伝的距離にもとづく系統樹からは,AG (B) はAG06と近縁であり,AG (W) はAY06と近縁であることが示され,これらを含む琉球豚は中国系とクラスターを形成した。遺伝的構造の解析からも,琉球豚は中国豚と共通する祖先に由来することが示されたが,AG (B) とAG (R) はバークシャー種と共通する祖先集団由来の遺伝子を有すると推察された。この結果はこれまでの琉球豚の由来の記述を裏付けるものであった。

著者

秋篠宮 文仁

出版者

生き物文化誌学会

雑誌

Biostory = ビオストーリー : 生き物文化誌 : 人と自然の新しい物語

巻号頁・発行日

vol.29, pp.58-63, 2018-06

著者

吉田 彰 秋篠宮 文仁 山岸 哲 谷田 一三

出版者

公益財団法人 山階鳥類研究所

雑誌

山階鳥類学雑誌 (ISSN:13485032)

巻号頁・発行日

vol.36, no.2, pp.136-140, 2005-03-20 (Released:2008-11-10)

被引用文献数

1 1

著者

岡部 篤行 佐藤 俊明 岡部 佳世 中川 貴之 今村 栄二 松下 和弘 長野 一博 石渡 祥嗣 飴本 幸司 林 良博 秋篠宮 文仁

出版者

公益財団法人 山階鳥類研究所

雑誌

山階鳥類学雑誌 (ISSN:13485032)

巻号頁・発行日

vol.38, no.1, pp.30-39, 2006-09-30 (Released:2009-02-13)

参考文献数

5

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当報告書は,無線LAN位置システム(以下システム)を放し飼いニワトリの軌跡追跡に適用可能かどうかを調べた結果を報告するものである。システムは,連続的な地面上にいるニワトリの位置を1 mのグリッド交差点上の点として表し,ニワトリの軌跡はその点列として表す。システムは,ニワトリの位置を1秒ごとに記録することができる。実験は8羽のニワトリと2羽のホロホロチョウを170 m×90 mの広さの公園に放って5日間にわたりその軌跡を観察した。分析に利用可能なデータは3日間得られた。システムによって得られる位置のデータは雑音を含むため,位置データは確率変数として扱った。データ分析により,位置の精度は,確率0.95で2.6 m,すなわち,真の位置が,観察された位置を中心に半径2.6 mの円の中にある確率が95%であると判明した。ニワトリの生活圏は,その場所にニワトリがいた確率密度関数として表現した。その関数はバンド幅が2.6 mのカーネル法で推定をした。軌跡は移動平均で推定した。実験の結果,システムは放し飼いニワトリの軌跡追跡に適用できることが判明した。

著者

岡 孝夫 井野 靖子 高橋 幸水 野村 こう 花田 博文 天野 卓 寒川 清 秋篠宮 文仁

出版者

東京農業大学

雑誌

東京農業大学農学集報 (ISSN:03759202)

巻号頁・発行日

vol.53, no.4, pp.363-367, 2009-03-16

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龍神地鶏は和歌山県の旧龍神村(現在の田辺市)で少数が維持されている集団であり,同地で古くから飼養されているものである。1994年には村内で30数羽が飼養されていたが,近年では個体数が減少し,遺伝的多様性の減少が懸念されている。そこで本研究では1994年および2007年に採血された龍神地鶏(1994年12羽,2007年2集団各18羽,7羽)について,ISAG/FAO推奨の30座位のマイクロサテライトマーカーを用いて遺伝的多様性の経時的な比較と他の日本鶏品種との遺伝的類縁関係を明らかにすることを目的とした。龍神地鶏3集団において30座位中12座位で多型が認められず,5座位で対立遺伝子の消失が認められた。さらに6座位においては遺伝子頻度0.5以上の主要な対立遺伝子が変化していた。その他の座位の対立遺伝子数は2から3の範囲であった。龍神地鶏各集団の平均対立遺伝子数およびヘテロ接合体率は既報の他の日本鶏品種よりも低い値を示した。次に,日本鶏品種内における龍神地鶏の遺伝的な位置を明確にするため,他品種の解析データを加えてD^A遺伝距離にもとづく近隣結合系統樹を作成した。その結果,龍神地鶏は比較に用いたどの品種ともクラスターを形成せず,高いブートストラップ値で他の品種から分かれる結果となった。以上の結果より,龍神地鶏は地域に固有の品種である一方,小集団で長く維持されてきたため近交がすすみ,遺伝的多様性が低くなった集団であると考えられた。今後この品種を維持するためには,現在残されている2つの集団のみならず,県の試験場等を含めて十分な集団サイズを確保し,集団間の系統的維持が必要であると考えられた。