RT @J_191206: ワークショップでは、JSBi Bioinformatic Reviewに掲載いただいたウイルスゲノム疫学の話題を中心に、将来のパンデミックに備えるための展望までをお話しできればと思います。https://t.co/UzRF85eedk

RT @Shigeru0701: 対面で口頭発表するの久しぶりすぎてとても緊張していますが、頑張ります！ 参加される方はぜひコメントや質問などいただけると嬉しいです

早稲田大学の川崎純菜さんと、ウイルスゲノム疫学についての総説を執筆し、JSBi Bioinformatics Review @npoJSBi に上梓しました。 G2P-Japanで行った、SARS-CoV-2次期流行株の超早期予測と、進化パターンの解析について書いています。 オープンアクセスです、ぜひご一読を！ https://t.co/QPNyf86Xs2 https://t.co/tw2strxENd

ワークショップでは、JSBi Bioinformatic Reviewに掲載いただいたウイルスゲノム疫学の話題を中心に、将来のパンデミックに備えるための展望までをお話しできればと思います。https://t.co/UzRF85eedk

対面で口頭発表するの久しぶりすぎてとても緊張していますが、頑張ります！ 参加される方はぜひコメントや質問などいただけると嬉しいです

総説1編目は、東大・山口さんらによる「タンパク質の言語モデル」です。大規模言語モデルが世間を賑わしていますが、言語モデルの応用は自然言語処理にとどまりません。本稿ではタンパク質に対しても言語モデルが利用でき、かつそのポテンシャルを解説いただきました。https://t.co/8cdjtV2MjV

今度から修士に上がる、卒研生の大井さんと、『脊椎動物の嗅覚系の進化的起源と多様化』という和文総説を書きました。 大井さんとはヌタウナギの嗅覚受容の研究をしています。今後も乞うご期待！ https://t.co/RrsDyY5uOc

生態学におけるバイオインフォマティクス研究についてリソースやツールを日本語でまとめた総説が発表されました。タダで読めます。 https://t.co/eGAEO06LbL

AlphaFold2について、日本語で書かれたオープンアクセスの総説が発表されました。AF2が登場する前の手法も含めて詳細に解説されています。 https://t.co/vXvPprumC3

JSBi Bioinformatics Review「AlphaFold2 までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」https://t.co/klAz7cZOnG ありがちな内容かなと軽い気持ちで読み始めたら、evoformer や structure module など仕組みにも踏み込んでいるし、AlphaFold2 以前・以後のツールもよく紹介した大作で関心した。

生物工学会誌の特集にて「細菌叢のシングルセル解析」が公開されました。最近話題の2cmの巨大細菌ですが、このゲノムは実はシングルセル解析で読まれています。今何ができるようになったのか、こちらから知っていただけば幸いです。https://t.co/spwnS4Hux5

論文が出ました Phenotypic systems biology for organisms: Concepts, methods and case studies 表現型システム生物学：概念、方法、ケーススタディ https://t.co/WAYmUQnYf3 遺伝子中心のシステム生物学を、表現型（形態、行動、生活史など）に拡張する野心的な試みです。新分野の創出を目論みます https://t.co/JC8nJpfuQr

かなり重要な情報が詰まっているので因果推論界隈は必読です。 二宮(2022)"傾向スコア解析のための三重頑健情報量規準"https://t.co/ZdIAF82irY

日本微生物生態学会誌にて、私の研究紹介記事を書かせていただきました。 「バイオインフォマティクスでポストコッホ生態系を解き明かす」 https://t.co/KCeQID2gXa 同号に掲載の、菅野菜々子先生と増田幸子先生の記事や、岩崎渉先生の総説も必読です！ https://t.co/zvsQxFeUdE

RNA Virosphere in a Marine Zooplankton Community in the Subtropical Western North Pacific https://t.co/EQq5EREl41

原始生命を模した分子複製システムの進化と改良　 https://t.co/qthnYOAoSp 今年3月の講演＠生命の起源および進化学会についての解説記事 (日本語総説) が学会誌に掲載されました。原始生命の進化を紐解くための一つのアプローチについて簡単にまとめています。よろしければご覧ください。

私が執筆した「分子系統学」の総説が出版になりました！ https://t.co/q0G3cJS3hE… 分子系統学の基礎から始まり、ソフトウェアの紹介、最近の議論のまとめなど、分子系統学に入門し、より良い系統樹推定をするために必要な知識をぎゅっとまとめています。ぜひ、ご一読いただけましたら幸いです。

論文が出ました！生態学の大きな流れになっている共存理論についての総説（和文！）を書きました。 なかなか難しいですが、頑張って勉強すると群集生態学の解像度が100倍ぐらい上がります。これがそのきっかけになれば嬉しいです！！ 群集生態学における共存理論の現代的統合 https://t.co/LcZjWIi3oC

早期公開されていた傾向スコアのチュートリアル論文、校正を経て綺麗な完全体になって公開された模様

千代丸さん（博士学生）によるネットワーク伝播の総説が公開されました。ネットワーク伝播は、理論が平易、異質データの取り扱いが簡単、様々な問題設定に使える、結果の解釈性が高いなどの利点から、近年注目されています。コードもありますので、ご参考頂ければ幸いです。 https://t.co/euj6GPWglG

Y，X1，X2が，添付の図の関係にあるとします．X1からYへの効果を知りたいとき，X2は中間変数なので，モデルに入れてはいけません．一方，X2からYへの効果を知りたいとき，X1は交絡因子なので，モデルに入れなければいけません．詳しくは，岩崎（2021, p.376）もご覧ください． https://t.co/KK4mgxj7KO https://t.co/Cijp5XB3LF

生物物理学会誌 「表現型システムの生物物理」 https://t.co/A8MDduTpHY 生物の複雑な形態がもつ普遍的な原理をどのように目指すべきか？ ・多要素構造 ・表現型の要素とは？ ・要素間ネットワーク ・要素群の進化組立順序 蝶の擬態（枯葉、岩、地衣類など）を題材にしています。 表紙にもなりました。 https://t.co/zpLEj98MLD

テクニカルノート「ゲノム情報全盛のいま使える分子系統解析のエッセンス」というのを少し前に出しました。PDFがフリーでとれるようになっていることに今気づいたのでここでお伝えしておきます。今ふと考えると、タイトル通りの内容になっているか、自信はありません。https://t.co/BqhXOIeI9G