著者

望月 祐志 中村 昇太 山中 正浩 山田 康之 工藤 光子 常盤 広明 川上 勝 北本 俊二

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.15, no.3, pp.66-67, 2016 (Released:2016-10-08)

参考文献数

9

被引用文献数

1

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Recently, technologies and applications of 3D-printers have attracted practical interests in the contexts of manufacturing and research developments. In contrast, the educational usages have still been underway. In this Letter, we report a variety of demonstrative 3D-printed molecular models used for education of chemistry and biology in our faculty of Science.

著者

中村 昇太

出版者

公益社団法人 日本生物工学会

雑誌

生物工学会誌 (ISSN:09193758)

巻号頁・発行日

vol.99, no.5, pp.242-245, 2021-05-25 (Released:2021-05-25)

参考文献数

5

著者

泰地 美沙子 山崎 俊正 河原 一樹 元岡 大祐 中村 昇太 豊島 正 大久保 忠恭 小林 祐次 西内 祐二

出版者

天然有機化合物討論会実行委員会

雑誌

天然有機化合物討論会講演要旨集

巻号頁・発行日

vol.53, pp.199-204, 2011

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Marinostatin (MST) isolated from a marine organism is a serine protease inhibitor consisting of 12 amino acids with two internal ester linkages formed between the β-hydroxyl and (β-carboxyl groups, Thr^3-Asp^9 and Ser^8-Asp^<11>. MST was synthesized by regioselective intramolecular esterification employing two sets of orthogonally removable side chain protecting groups for Ser/Thr and Asp. SAR study revealed that the ester linkage with Thr^3-Asp^9, the cis-conformation at Pro^7 and the N-terminal Phe^1-Ala^2 are the structural requirements for expression of the inhibitory activity. These findings were also supported by analyzing the solution and enzyme-bound structures of MST. Of particular note is that cis-Pro^7 may promote the internal hydrogen bond between the NH proton of Are and the carbonyl oxygen atom of the ester linkage with Thr^3-Asp^9 to protect its scissile bond of Met^4-Arg^5. This could be responsible for enhancing the potency. To elucidate the importance of backbone conformation at position 7, 16 and cis/trans-olefin analogs 17/18, in which cis/trans-olefins are substituted for the amide bond of Tyr^6-Ala^7, were synthesized. Although Ala^7 in 16 takes a trans-conformation in the solution structure, it takes a cis-conformation in the enzyme-bound structure. This implies that Ala^7 would isomerize from a trans to cis conformation when it binds to an enzyme, resulting in a certain inhibitory potency. However, the trans-olefin analog 18 lost the potency while the cis-olefin analog 17 displayed almost the same potency as that of MST. These results clearly indicated that the cis-conformation at position 7 is indispensable for binding to an enzyme in a canonical manner. By applying the structural motif of MST, we were able to rationally design protease inhibitory specificities that differed from those of the natural product.

著者

平井 啓久 古賀 章彦 岡本 宗裕 安波 道朗 早川 敏之 宮部 貴子 MACINTOSH Andrew カレトン リチャード 松井 淳 中村 昇太

出版者

京都大学

雑誌

基盤研究(A)

巻号頁・発行日

2012-04-01

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病原体が通常宿主特異性を持つために、宿主と病原体は頑健な宿主寄生体関係を示す。これを病態生理的発現型と見なすことができる。その特性を基盤にして、アジアの霊長類(特に多様性の高いテナガザル類ならびにマカク類)に焦点をあて、これらに感染する病原体(ウイルス(サルレトロウイルス)、細菌(ヘリコバクター)、寄生虫(マラリア原虫))との共進化を以下の項目からひもとく。(1)双方の遺伝子の分化機構を明確にする。(2)霊長類の生物地理学的分化との総合的見知から、病原体と宿主霊長類の双方の進化史を描く。(3)宿主応答機構ならびにゲノム内分化機構から宿主寄生体関係史を遺伝生理学的に明らかにする。

著者

田辺 和裄 平井 誠 本間 一 堀井 俊宏 美田 敏宏 中村 昇太

出版者

大阪大学

雑誌

挑戦的萌芽研究

巻号頁・発行日

2011

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本研究では、DNAポリメラーゼδの校正機能を欠損させることによって高頻度に突然変異を発生するネズミマラリア原虫Plasmodiumberghei(ミューテーター原虫)を用い、原虫の進化を予測する進化モデル実験系の構築を目指した。ミューテーター原虫に生じた変異をゲノムワイドに解析した結果、変異率は対照原虫よりも75-100倍上昇していた。また、サルファ剤耐性試験の結果から、ミューテーター原虫は薬剤耐性の予測を可能にする新たな研究手法となり得ることが明らかになった。

著者

左近 直美 上林 大起 中田 恵子 駒野 淳 中村 昇太

出版者

大阪府立公衆衛生研究所

雑誌

基盤研究(C)

巻号頁・発行日

2013-04-01

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ノロウイルスの長期にわたるシステマティックな疫学研究により、ノロウイルスに対する免疫は集団レベル、個体レベルともに遺伝子型特異的であり、その持続期間は2~3年であることを示した。また、繰返される感染によって免疫は増強されることが推察された。多様な遺伝子型の存在下で、年齢や感染歴を背景にダイナミックにヒトの中で流行している。これらはノロウイルスワクチンの基礎的知見となる。