著者

鐘ケ江 弘美 松下 景 林 武司 川島 秀一 後藤 明俊 竹崎 あかね 矢野 昌裕 菊井 玄一郎 米丸 淳一

出版者

日本育種学会

雑誌

育種学研究 (ISSN:13447629)

巻号頁・発行日

vol.24, no.2, pp.115-123, 2022-12-01 (Released:2022-12-22)

参考文献数

30

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作物の系譜情報は育種を行う上で必要不可欠であり,特に交配親の選定において極めて重要である.しかし,系譜情報の分析基盤や可視化ツールは少なく,育種家は範囲が限定された系譜図を使用せざるを得ない.本研究では,育種や作物データの解析に系譜情報を広く活用するため,系譜情報グラフデータベース「Pedigree Finder」(https://pedigree.db.naro.go.jp/)を構築した.系譜情報を整備するために語彙やデータフォーマットの統一を行うとともに,品種・系統の標準化されたIDを利用することにより,関連するゲノム情報および形質情報との紐づけを可能にした.系譜情報の整備にはデータモデルとしてリソース・ディスクリプション・フレームワーク(Resource Description Framework, RDF)を採用し,共通性と永続性を高めた上で,グラフデータベースを構築した.グラフデータベースの利用により,系譜情報をわかりやすく可視化し,セマンティック・ウエブ(Semantic Web)技術による外部データベースとの情報統合や高度な検索が可能である.本システムにより系譜情報を収集・可視化することで,系統の育成過程をたどり,遺伝的な近縁性を考慮した交配親の選定や系譜と特性との関係の把握など,品種育成や遺伝研究の意思決定における育種データの統合利用が可能になると期待される.

著者

法隆 大輔 林 武司

出版者

日本計量生物学会

雑誌

計量生物学 (ISSN:09184430)

巻号頁・発行日

vol.33, no.2, pp.125-143, 2013-02-28 (Released:2013-03-07)

参考文献数

23

被引用文献数

3 7

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Definition of similarity is required for clustering co-expressed genes or estimating gene regulatory network from gene expression data. Pearson correlation coefficient and mutual information are the popular measures to evaluate similarity between gene expression profiles. To investigate which measure is appropriate for evaluating similarity between gene expression profiles, we have compared these two measures using Gene ontology annotation similarity. Genes that have similar Gene ontology annotations can be interpreted that they have commonality in biological processes or molecular functions. The results showed that the better similarity measure is different depending on the purpose of the analysis or from which organism the data derived. In the case of evaluating similarities among more than three genes, mutual information was a better similarity measure for the data derived from multicellular organisms, though Pearson correlation coefficient was a better similarity measure for the data derived from unicellular organisms. In the case of finding genes whose transcripts have similar functions or genes that participate to similar processes, Pearson correlation coefficient was always a better measure.

著者

佐藤 李菜 林 武司

出版者

水文・水資源学会

雑誌

水文・水資源学会誌 (ISSN:09151389)

巻号頁・発行日

vol.25, no.1, pp.30-36, 2012-01-05 (Released:2012-02-06)

参考文献数

4

被引用文献数

1 1

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近年,多くの自治体で洪水ハザードマップが作成されている.ハザードマップの原図となる浸水想定区域図の作成に使用する地盤高データは50 mメッシュを基本としているが,日本の多くの都市が立地する低平地の地形を表現するには不十分と考えられる.そこで,秋田市茨島地区を対象に,洪水ハザードマップに使用されている浸水想定区域図の地盤高データの精度を検証し,地形情報の精度が浸水想定区域に及ぼす影響を明らかにした.結果,浸水想定区域図の地盤高データには実際の地形との誤差があり,洪水ハザードマップの浸水想定区域に誤差が生じていた.これにより,ハザードマップを使用する側が水害に対するリスク評価を誤って受け取る可能性が指摘された.

著者

川崎 永大 富樫 結 小林 武司 佐藤 惇司 山本 優一 藤田 貴昭 蛯名 葉月 大河内 香奈 佐藤 達夫 大槻 剛智

出版者

JAPANESE PHYSICAL THERAPY ASSOCIATION

雑誌

日本理学療法学術大会

巻号頁・発行日

vol.2010, pp.EbPI1421-EbPI1421, 2011

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【目的】<BR> 日本人の死亡因子の上位である脳卒中は、心筋梗塞の発症率と比較し高い罹患率にある。また、脳卒中後の後遺症は健常者と比較し転倒リスクを高めるため、内・外的因子を踏まえた上で介入方法を随時検討する事は周知の通りである。<BR> 脳卒中後の後遺症により歩行障害を呈した対象者の足関節背屈機能の低下は特徴的で、歩行能力低下の一因子となる。麻痺側下肢の足関節背屈機能の低下は、麻痺側立脚期の前方推進力を非効率的なものとし、健側下肢は各動作において多彩なパフォーマンスが要求され努力的な歩行を強いられる。<BR> そこで、本研究では慢性期脳卒中患者を対象とし、足関節背屈機能の代償が期待される転倒予防靴下の有効性をこの場にて検証した。<BR>【方法】<BR> 慢性脳卒中患者7名(年齢62~86歳 男性4名 女性3名 発症期間3.0±1.2年 Stroke Impairment Assessment Set平均52±9点)を対象とした。明らかな高次脳機能障害や足関節拘縮が認められず杖を用いれば監視下にて歩行可能な対象者とし装具は装着していない。<BR> 検査者は対象者の10m最大歩行を自覚的な疲労に応じ1~3回実施し、裸足、市販靴下+ルームシューズ、転倒予防靴下+ルームシューズの3条件で異なった歩行様式から歩行時間と歩数を記録した。<BR> 統計処理として対象者の歩行時間と歩数をFriedman検定および多重比較試験(Bonferroniの不等式)にて統計処理を行い有意水準は5%未満とした。<BR>【説明と同意】<BR> すべての対象者には、慢性期脳卒中患者を対象とした研究と説明した上でヘルシンキ宣言に則り書面にて同意を得ることができている。<BR>【結果】<BR>10m最大歩行は平均値にて裸足22.8±10.4秒、市販靴下+ルームシューズ22.8±9.3秒、転倒予防靴下+ルームシューズ18.7±9.3秒となり、裸足と転倒予防靴下+ルームシューズの間に有意差が認められた(p<0.01)。平均歩数は裸足28±4歩、市販靴下+ルームシューズ28±5歩、転倒予防靴下+ルームシューズ27±5歩となり裸足と転倒予防靴下+ルームシューズの間で有意差が認められた(p<0.01)。<BR>【考察】<BR> 片麻痺患者の歩行特性の一つとして、歩行時の足関節背屈機能の低下が問題とされる。転倒予防靴下は健常成人を対象とした研究において、歩行または段差昇降における高いtoe clearanceを保ち足関節の背屈機能を代償するとされている。<BR> 本研究では3種類の条件が異なった歩行において転倒予防靴下+ルームシューズの組み合わせが最も高い歩行能力を発揮した。歩行時の足関節背屈機能の改善は、床反力の前後成分を変化させ、床反力の制動成分を減少し、立脚初期より後方に位置する身体重心を効率よく前方へ推進させ全体的に歩行時間及び歩数の減少に至ったと考える。しかし、その他の群間検定においては有意差がみられなかったが、持参していただいたルームシューズの素材や形態が異なり、靴着用時に足部より受ける床反力を定量化できなかった事が問題であり今後の検討課題としたい。<BR>【理学療法学研究としての意義】<BR> 転倒予防靴下は脳卒中患者の足関節の機能を代償し歩行能力を改善させるため、リハビリテーションのみならず屋外歩行での積極的な利用が進められると推察される。

著者

鵜飼 保雄 大澤 良 斉藤 彰 林 武司

出版者

日本育種学会

雑誌

Breeding science (ISSN:13447610)

巻号頁・発行日

vol.45, no.1, pp.139-142, 1995-03-01

被引用文献数

10

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核DNAの制限酵素断片長多型(RFLP)やランダム増幅多型DNA(RAPD)などのDNA多型を利用して,多くの作物で連鎖地図の作成が進められている.またDNA多型連鎖地図を利用して量的形質遺伝子座(QTL)の解析をおこなう方法がいくつか開発されている (Lander and Green1987,Lander and Botstein1989). 連鎖地図作成はDNA多型でも通常の形質の場合(Bai1ey1959)でも原理的には同じである.しかし,前者では利用できるマーカー数が著しく多いうえに,それらの同時分離データが得られるので,それらの情報を総合的に活用してきわめて詳細な連鎖地図を作成することが可能となっている.しかしマーカー数が多いので単にマーカー間で組換価を求めるだけでも莫大な計算量が必要となる.またマー力一の連鎖群内順序の決定などでは大行列の逆行列や固有値の計算が含まれる.さらにQTL解析には,収束した推定値を得るまでに大量の反復計算が要求される.このようなことからDNA多型利用による連鎖地図作成とその育種的利用にはコンピュータ支援が不可欠である.

著者

竹崎 あかね 大浦 裕二 河野 恵伸 木浦 卓治 林 武司

出版者

農業情報学会

雑誌

農業情報研究 (ISSN:09169482)

巻号頁・発行日

vol.25, no.1, pp.47-58, 2016

被引用文献数

1

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農産物関連の代表的なテキストデータであり,今後テキストマイニングの必要性が高まるであろうインターネット通販の野菜商品レビューを対象に,付属辞書を参照した形態素解析結果からレビュー内容を把握する際の問題点を明らかにした.付属辞書を参照した形態素解析では語の分割精度が低いこと,出現頻度が高い同義語が別語と扱われること,否定概念が欠落すること,形容詞の対象が不明確であることでテキストからの概念抽出精度が低くなると判断した.これらの問題解決のために,自然言語処理済みテキストから抽出すべき構文解析情報等を提案し,以下の概念抽出工程を提示した.1)解析対象に合致した参照辞書を構築して形態素解析を行う.2)構文解析後,動詞"する"は,その直前に出現する名詞と一語に集約し,具体的動作を示す動詞に変換する.3)否定概念を付与するために,助動詞"ぬ",接頭辞"無"・"不"・"低"・"未"・"非",接尾辞"ない"について語の変換,集約処理をする.4)同義語を正規化する.5)解析対象に合わせて係り受け関係の語を抽出する.

著者

茅野 千春 丸山 隆久 小林 武司 相澤 孝夫 武井 学

出版者

公益財団法人 日本心臓財団

雑誌

心臓 (ISSN:05864488)

巻号頁・発行日

vol.33, no.9, pp.719-724, 2001-09-15 (Released:2013-05-24)

参考文献数

7

被引用文献数

3

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向精神薬の長期服用中に,著明な低酸素血症と肺高血圧症を呈した慢性血栓塞栓性肺高血圧症を経験した.症例Iは58歳,女性.分裂病で抗精神薬の長期服用歴あり.平成8年より労作性の息切れ,呼吸困難が出現.動脈血酸素分圧47.4mmHg,肺動脈圧75/28(45)mmHg.肺血流シンチで両側肺野に多発性に集積低下,欠損像を認め,右下肢深部静脈血栓症も認めたことより,慢性血栓塞栓性肺高血圧症と診断した.下大静脈フィルターの留置,抗凝固療法,在宅酸素療法,t-PAの静脈内投与を行った.平成10年3月右心不全で死亡.診断後約1年6カ月の経過だった.剖検で肺動脈内に血栓閉塞と再疎通所見,血栓の器質化による血管腔の狭小化,著明な右室肥大(500g)を認めた.症例IIは63歳,女性.トリアゾラムの長期服用歴あり.平成10年に顔面の浮腫で発症.動脈血酸素分圧38.1mmHg,肺動脈圧97/40(62)mmHg.肺血流シンチで両側肺野に集積低下,欠損像を認め,肺動脈造影で主幹部の拡張と末梢での途絶,消失像を認めた.下肢静脈瘤あり.平成12年1月呼吸不全で死亡.発症約2年の経過だった.ともに小太りの初老の女性で,下肢の静脈異常を有し,向精神薬の長期の服用歴があった.発症に向精神薬の関連が示唆された.

著者

田山 智規 鈴木 啓一 美川 智 粟田 崇 上西 博英 林 武司 前田 高輝 加地 拓己 上本 吉伸 鹿野 裕志 柴田 知也 児嶋 千尋 西田 朗

出版者

日本養豚学会

雑誌

日本養豚学会誌 (ISSN:0913882X)

巻号頁・発行日

vol.43, no.4, pp.187-194, 2006-12-26 (Released:2007-08-10)

参考文献数

15

被引用文献数

1 1

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抗病性に関与する遺伝子を特定するために,ランドレース種について,免疫形質と慢性疾病病変に関する品種内QTL解析を行った。用いた集団は,慢性疾病病変を選抜形質としたランドレース種系統造成の選抜第2世代までの育成豚と調査豚519頭(基礎世代44頭,第一世代205頭,第二世代310頭)である。7週齢時と体重105kg時で採血し,補体別経路活性,貪食能,顆粒球・リンパ球比,総白血球数,羊赤血球に対する抗体産生能などの免疫形質を測定した(抗体産生能は105kg時のみ)。また,各世代の調査豚267頭についてブタ萎縮性鼻炎(AR)と肺の病変を測定し,スコア化した。常染色体18本に合計107個のDNAマイクロサテライトマーカーを配置し,それらの多型判定は,353頭(基礎世代の雌の一部25頭と第1世代204頭,第2世代調査豚124頭)について行った。解析にはIdentical-by-decent(IBD)行列を利用した分散成分分析法を用いた。まず,IBD行列をLOKIプログラムにて推定した。分散成分分析法はSOLARプログラムを用いて行った。解析の結果,総白血球数と貪食能,そして肺の病変に関する有意なQTLが検出された。