著者

鐘ケ江 弘美 松下 景 林 武司 川島 秀一 後藤 明俊 竹崎 あかね 矢野 昌裕 菊井 玄一郎 米丸 淳一

出版者

日本育種学会

雑誌

育種学研究 (ISSN:13447629)

巻号頁・発行日

vol.24, no.2, pp.115-123, 2022-12-01 (Released:2022-12-22)

参考文献数

30

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作物の系譜情報は育種を行う上で必要不可欠であり,特に交配親の選定において極めて重要である.しかし,系譜情報の分析基盤や可視化ツールは少なく,育種家は範囲が限定された系譜図を使用せざるを得ない.本研究では,育種や作物データの解析に系譜情報を広く活用するため,系譜情報グラフデータベース「Pedigree Finder」(https://pedigree.db.naro.go.jp/)を構築した.系譜情報を整備するために語彙やデータフォーマットの統一を行うとともに,品種・系統の標準化されたIDを利用することにより,関連するゲノム情報および形質情報との紐づけを可能にした.系譜情報の整備にはデータモデルとしてリソース・ディスクリプション・フレームワーク(Resource Description Framework, RDF)を採用し,共通性と永続性を高めた上で,グラフデータベースを構築した.グラフデータベースの利用により,系譜情報をわかりやすく可視化し,セマンティック・ウエブ(Semantic Web)技術による外部データベースとの情報統合や高度な検索が可能である.本システムにより系譜情報を収集・可視化することで,系統の育成過程をたどり,遺伝的な近縁性を考慮した交配親の選定や系譜と特性との関係の把握など,品種育成や遺伝研究の意思決定における育種データの統合利用が可能になると期待される.

著者

田中 勲 小林 麻子 冨田 桂 竹内 善信 山岸 真澄 矢野 昌裕 佐々木 卓治 堀内 久満

出版者

日本育種学会

雑誌

育種学研究 = Breeding research (ISSN:13447629)

巻号頁・発行日

vol.8, no.2, pp.39-47, 2006-06-01

参考文献数

31

被引用文献数

18

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イネ日本型品種コシヒカリとアキヒカリの交雑F₁の葯培養に由来する半数体倍加系統群を用いて,食味に関与する量的形質遺伝子座(quantitative trait loci: QTLs)の検出を試みた.食味は食味官能試験による「外観」と「粘り」,アミロース含量およびビーカー法による炊飯光沢によって評価した.その結果,第2染色体のDNAマーカーC370近傍,OPAJ13および第6染色体のR2171近傍に,コシヒカリの対立遺伝子が食味官能試験の「粘り」を増加させるQTLが検出された.また,第2染色体のOPAJ13近傍にコシヒカリの対立遺伝子がアミロース含量を低下させるQTL,第2染色体のC1137近傍にコシヒカリの対立遺伝子が炊飯光沢を増加させるQTLが検出され,「粘り」を増加させるQTLとの関連が示唆された.以上の結果から,コシヒカリの良食味には,第2染色体に見いだされる一連のQTLが大きく影響していると推察された.<br>

著者

河野 いつみ 竹内 善信 島野 公利 佐々木 卓治 矢野 昌裕

出版者

日本育種学会

雑誌

育種学研究 (ISSN:13447629)

巻号頁・発行日

vol.2, no.4, pp.197-203, 2000-12-01 (Released:2012-01-20)

参考文献数

32

被引用文献数

15 21

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DNAマーカーによる連鎖地図作成は有用形質に関与する遺伝子のマッピングに不可欠である. 本研究では連鎖地図作成に有効なDNAマーカーを明らかにするために, 遺伝的多様性の低い日本型品種間におけるDNAマーカーの多型検出頻度を比較した. 多型検出には制限酵素断片長多型 (RFLP), 任意増幅断片長多型 (RAPD), 増幅断片長多型 (AFLP) および単純反復配列 (SSR) マーカーを用いた. 日本型15品種間の多型検出頻度は, RFLPマーカーで7.5~17.6%(プローブあたり), RAPDでは4.1~9.4 (増幅断片あたり), AFLPでは1.2~3.9%(増幅断片あたり), SSRでは11.4~34.3%(プライマー組み合わせあたり) となり, マーカーの種類により大きな差が認められた. 多型検出頻度はSSRおよびRFLPマーカーで高く, AFLPでは著しく低かった-RFLPとSSRマーカーにおいては複数の対立遺伝子を検出することができた. 検出される対立遺伝子数を比較すると, RFLPマーカーでは3個以下であったのに対して, SSRでは5~6個の対立遺伝子を識別できるマーカーが存在した. 以上の結果から, 多型検出頻度が比較的高く, 染色体上の位置情報が明らかなRFLPマーカーとSSRマーカーを組み合わせた利用が, 日本型品種間の連鎖解析に有効であると示唆された.

著者

関口 博史 佐藤 毅 木内 均 野々上 慈徳 竹内 善信 安藤 露 林 少楊 矢野 昌裕 藤野 賢治

出版者

日本育種学会・日本作物学会北海道談話会

雑誌

日本育種学会・日本作物学会北海道談話会会報 44 (ISSN:24320307)

巻号頁・発行日

pp.15-16, 2003 (Released:2017-04-28)

著者

斎藤 彰 矢野 昌裕 岸本 直己 中川原 捷洋 吉村 淳 斎藤 浩二 久原 哲 鵜飼 保雄 河瀬 真琴 長峰 司 吉村 智美 出田 収 大沢 良 早野 由里子 岩田 伸夫 杉浦 巳代治

出版者

日本育種学会

雑誌

育種学雑誌 (ISSN:05363683)

巻号頁・発行日

vol.41, no.4, pp.665-670, 1991-12-01

被引用文献数

23 92

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Restriction Fragment Length Polymorphism(RFLP)法を用いて,主にインド型イネ,Kasalathと日本型イネ,遺伝子標識系統FL134の間でRFLPを示すDNA断片を検索し両品種を親とするF_2集団144個体の分離調査から,遺伝子連鎖地図を作成した.この地図の全長は1,836cMであり,従来の形態,生理-生化学的遺伝子地図(木下1990)及びこれまでに発表されているRFLP地図(McCOUCH et al1988)よりそれぞれ58.5%および32.2%長い.従って,これらのRFLP・DNAマーカーを用いてすでにマップされている遺伝子や末だマップされていない遺伝子を今後効率的に,正確にマップできると推定された.

著者

常松 浩史 吉村 淳 春島 嘉章 長村 吉晃 倉田 のり 矢野 昌裕 佐々木 卓治 岩田 伸夫

出版者

日本育種学会

雑誌

Breeding science (ISSN:13447610)

巻号頁・発行日

vol.46, no.3, pp.279-284, 1996-09-01

被引用文献数

15

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RI系統群は遺伝的に固定しているので分離することなくその増殖と配布が可能である.さらに,そのRI系統群を用いて連鎖解析を行えば,現在それぞれ独立している地図情報を統合することや新しく単離された分子マー力-の連鎖地図上での位置を容易に推定することができる.そこで,本研究ではイネにおけるRI系統群の作出とそれを用いたRFLP骨格地図の作成を行った. 日本型品種「あそみのり」とインド型品種「IR24」のF_2個体から単粒系統法を用いて自殖を重ね,F_6世代で165系統からなるRI系統群を作出した.この中の71系統をF_6とF_7でRFLPマッピングに供試した.マッピングにはSaito et al(1991)およびKurata et al(1994)によるRFLPクローンを用いた.連鎖分析の結果,構築されたRFLP連鎖地図は375個のマーカーからなり,その全地図距離は1275cMであった(Fig.1).また,染色体ユ,3,6,11,12においてはマーカーの分離のひずみが観察され(Fig.1),そのすべてにおいて日本型親の「あそみのり」の遺伝子頻度が減少していた.F_6におけるヘテロ接合体領域の割合はO%から19.3%で,その平均は3.6%であった.また,F_7におけるヘテロ接合体領域の割合はO%から5.5%で,その平均は1.9%であった(Fig2).