著者

小原 雄治 加藤 和人 川嶋 実苗 豊田 敦 鈴木 穣 三井 純 林 哲也 時野 隆至 黒川 顕 中村 保一 野口 英樹 高木 利久 岩崎 渉 森下 真一 浅井 潔 笠原 雅弘 伊藤 武彦 山田 拓司 小椋 義俊 久原 哲 高橋 弘喜 瀬々 潤 榊原 康文

出版者

国立遺伝学研究所

雑誌

新学術領域研究(研究領域提案型)『学術研究支援基盤形成』

巻号頁・発行日

2016

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①総括支援活動では、支援課題の公募を行い、領域外有識者による審査委員会により選考し、支援を行った。経費上限設定など多くの採択ができるように努めた結果、応募188件、採択93件(採択率49.5%)となった。支援の成果として2017年度に54報の論文発表がなされた。②大規模配列解析拠点ネットワーク支援活動においては、最先端技術を提供するためにそれらの整備や高度化を進めた。遺伝研拠点では染色体の端から端までの連続した配列完成を目指して、ロングリードシーケンサー(PacBio Sequel)、長鎖DNA試料調製技術、さらに1分子ゲノムマッピングシステム(Irysシステム)の最適化を進め、実際の試料に応用した。東大柏拠点では、1細胞解析技術を整備し支援に供するとともに、Nanopore MinIONを用いた一連の要素技術開発を進めた。九大拠点では微生物ゲノムのNGS解析最適化を進めた。札幌医大拠点ではLiquid Biopsyによる体細胞における低頻度変異検出技術開発を進めた。③高度情報解析支援ネットワーク活動では、支援から浮かび上がった課題を解決するソフトウェアの開発を進めた。支援で特に活用されたものは、真核2倍体用denovoハプロタイプアセンブラPlatanus2(東工大)、染色体大規模構造変異高精度検出アルゴリズムCOSMOS、変異解析結果の信頼性を評価するソフトウェアEAGLE(以上、産総研)、エクソン・イントロン境界におけるスプライソソーム結合頻度の解析パイプライン(東大)、であった。また、CLIP-seqデータの解析パイプライン、高速オルソログ同定プログラムSonicParanoid、ロングリード向けアラインメントツールminialign(以上、東大)は今後の活用が予想される。高度化等の成果として48報の論文発表がなされた。

著者

齋藤 秀之 瀬々 潤 小倉 淳

出版者

北海道大学

雑誌

挑戦的萌芽研究

巻号頁・発行日

2014-04-01

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ブナ目を代表してブナのゲノム構築法について検討を行い、ドラフトゲノムを構築した。ゲノム配列をアセンブリするソフトウェアはPlatanusが最良であった。ブナゲノムは対立する遺伝子座のヘテロ配列が大きく頻度が高い特徴をもつことが示唆された。RNA-seqのDe novoアセンブリは遺伝子の配列決定において配列数が収束せず、遺伝子推定にはゲノム配列情報が必須と考えられた。遺伝子ファミリー内での遺伝子の機能予測には、塩基配列情報に加えて遺伝子発現パターンが補助情報として有用であることが示唆された。最終的に523Mbp(カバー率96.9%)が完成した。

著者

瀬々 潤

雑誌

研究報告バイオ情報学(BIO)

巻号頁・発行日

vol.2014-BIO-40, no.4, pp.1-5, 2014-12-11

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遺伝子網羅的に発現量を観測するマイクロアレイが超並列シーケンサを利用する RNA-seq になり,遺伝子発現の解析に新たな統計手法が必要となっている.要因の一例として,マイクロアレイでは相対的な発現量として採取されいた遺伝子発現量に関し,計数による計量が行える定量性の高さが挙げられる.また,反復実験が一般的となり,発現量の変化を統計的指標に基づいて検出する傾向が高まっている.このような実験の変化に対して,新たに考慮すべき統計解析が存在し,RNA-seq の発現量解析には,Cuffdiff,edgeR, DESeq など独特のソフトウエアが利用されている.本発表では,これらで利用されている統計解析についてレビューを行う.

著者

山崎 文敬 中川 友紀子 秋田 純一 名塚 一郎 本間 淳 瀬々 潤 坂 敏秀 北野 宏明

雑誌

人工知能学会全国大会論文集 = Proceedings of the Annual Conference of JSAI (ISSN:09144293)

巻号頁・発行日

vol.12, pp.94-95, 1998-06-16

参考文献数

2

著者

中澤 里奈 伊藤 貴之 瀬々 潤 寺田 愛花

出版者

社団法人 可視化情報学会

雑誌

可視化情報学会論文集 (ISSN:13465260)

巻号頁・発行日

vol.33, no.11, pp.25-32, 2013 (Released:2013-11-30)

参考文献数

15

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遺伝子機能や他の遺伝子との関係性の解析のための情報共有手段として,各遺伝子をノード,遺伝子間相互作用をエッジとした遺伝子ネットワークが利用されている.しかし,遺伝子ネットワークのノードやエッジの数は非常に膨大であり,既存の可視化手法では複雑なネットワーク構造による重なりが視認性を妨げることがある.そこで本論文では,遺伝子オントロジーで定義された遺伝子機能の属性をノードに付与した遺伝子ネットワークを可視化する一手法を提案する.各ノードに遺伝子機能情報を付与し,重なりを回避しつつ線情報を要約することにより,機能情報と関係性に関する視認性を向上させている.

著者

秋山 泰 瀬々 潤 関嶋 政和

出版者

東京工業大学

雑誌

基盤研究(A)

巻号頁・発行日

2012-04-01

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本研究では、無限次数多重検定法(LAMP)を開発し、ヒト乳がん細胞等における制御因子の同定に適用した。形状相補性に基づくドッキング手法MEGADOCKを発展させ、キナーゼ等の標的タンパク質の網羅的解析を実施し、結果をデータベース化した。また化合物プレ・スクリーニングを行うSpressoシステムを開発した。分子動力学計算により熱揺らぎに基づく結合ポケットの変形を評価することにより、バーチャルスクリーニングの性能が向上することも見出した。