著者
小原 雄治 加藤 和人 豊田 敦 鈴木 穣 三井 純 林 哲也 時野 隆至 黒川 顕 野口 英樹 中村 保一 高木 利久 岩崎 渉 森下 真一 浅井 潔 笠原 雅弘 伊藤 武彦 山田 拓司 小椋 義俊 久原 哲 高橋 弘喜 瀬々 潤 榊原 康文
出版者
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
雑誌
新学術領域研究(研究領域提案型)『学術研究支援基盤形成』
巻号頁・発行日
2016 (Released:2016-12-27)

①総括支援活動では、支援課題の公募を行い、領域外委員を多数とする審査委員会により選考し支援を行った。応募245件、採択95件(採択率38.8%)であった。②大規模配列解析拠点ネットワーク支援活動においては、1)長鎖シーケンシングのためにSequel (PacBio)、2)ハプロタイプ解析・フィニッシングのためにクロミウム、GemCodeシステム(10XGenomics)、Irysテクノロジー(BidNano Genomics)、3) 1分子シーケンシングのためにMInION(Oxford Nanopore)、4) 1細胞解析のためにC1システム(Fluidigm)の試行や条件検討を行い、技術支援者の訓練も進めて、支援に使えるように努めた。③高度情報解析支援ネットワーク活動においては、A) 基盤的解析パイプラインによる支援と高度化開発として、DDBJ解析ワークフロー「Pitagora-Galaxy」の実装、微生物ゲノムアノテーションパイプライン「DFAST」の開発、B) 総合的ゲノムアノテーションの支援と高度化開発として、真核生物ゲノムアセンブリ結果評価ツール「CEGMA」の開発、オーソログ遺伝子解析ツール「SonicParanoid」の開発、ミニアライメントツール「minialign」の開発、メタゲノムアセンブリツール「metaplatanus」の開発、Illumina+PacBioハイブリッドアセンブリツールの開発、アンプリコンメタゲノムクラスタリングツール「SaturnCluster」の開発、メニーコア超高速相同性検索ツール「PZLAST」の開発、C) 多層統合ゲノム情報解析技術を駆使した支援と高度化開発として、MiniIONでのRNA-seq解析技術の開発、TC conversionを考慮に入れた検索ツール「LAST」の拡張、3C解析技術の高度化、を進めた。成果論文欄には支援による成果と支援技術高度化等の関連成果論文を挙げた。
著者
木下 政人 豊田 敦 家戸 敬太郎 吉浦 康寿
巻号頁・発行日
2014-04-01 (Released:2014-04-04)

ミオスタチン遺伝子をCRISPR/Cas9を用いて破壊したマダイを約40個体作出し、これらのマダイの鰭からゲノムDNAを抽出し、同遺伝子の破壊を確認したところ、概ね全ての個体で何らかの変異を確認し、その中にプレームしふと変異を有する個体を確認した。これらのマダイ数尾を用い、各組織別の同遺伝子の変異導入状況を確認したところ、変異の頻度は異なるものの、含まれる変異のパターンは組織間で多くね一致していた。4尾については、精液に含まれる細胞からミオスタチン遺伝子が破壊されていることを確認した。また、トラフグにおいていもCRISPR/Cas9による同遺伝子の破壊を開始し、筋肉量が増加した個体の作出に成功した。
著者
豊田 敦 近藤 伸二
出版者
国立遺伝学研究所
雑誌
新学術領域研究(研究領域提案型)
巻号頁・発行日
2010-04-01 (Released:2010-08-23)

本研究では、次世代型シーケンサー(Illumina)を利用してパーソナルゲノム上の多型を検出するための技術開発を行い、その技術を用いておもに家系情報のある脳神経疾患(アルツハイマー病、パーキンソン病、筋萎縮性側索硬化症、脊髄小脳変性症、統合失調症など)患者の全ゲノム配列決定を実施した。筋萎縮性側索硬化症については、新規原因遺伝子であるERBB4(ALS19)を同定した。また、繰り返し配列の異常伸長や遺伝子コピー数多型、大きな挿入・欠失などの構造多型を精度高く検出するために、ロングリード(PacBio)の鋳型調製法や解析技術の開発を実施した。
著者
長谷部 光泰 倉谷 滋 嶋田 透 藤原 晴彦 川口 正代司 深津 武馬 西山 智明 岡田 典弘 阿形 清和 河田 雅圭 郷 通子 豊田 敦 藤山 秋佐夫 望月 敦史 矢原 徹一
出版者
基礎生物学研究所
雑誌
新学術領域研究(研究領域提案型)
巻号頁・発行日
2010-04-01 (Released:2010-08-23)

本領域の目的である、多様な研究から「複合適応形質進化の共通メカニズム」を推定するという総合的研究を展開する、進化生物学とゲノム生物学を融合させる、を実現するため総括班を有機的に組織し、下記の活動を行い、効率的に連携できた。(1)領域会議を年2回、インフォマティクス情報交換会を5年で18回、ニュースレターを5年で63号発行し、領域内での情報共有、共通意識形成を行った。(2)ゲノム支援活動として実験方法のアドバイス、ゲノム配列決定支援、外部委託についてのアドバイス、各班のインフォマティクス担当者などに指導を行った。(3)形質転換実験技術支援を行った。(4)国内、国際シンポジウムをほぼ毎年開催した。