著者

小原 雄治 加藤 和人 川嶋 実苗 豊田 敦 鈴木 穣 三井 純 林 哲也 時野 隆至 黒川 顕 中村 保一 野口 英樹 高木 利久 岩崎 渉 森下 真一 浅井 潔 笠原 雅弘 伊藤 武彦 山田 拓司 小椋 義俊 久原 哲 高橋 弘喜 瀬々 潤 榊原 康文

出版者

国立遺伝学研究所

雑誌

新学術領域研究(研究領域提案型)『学術研究支援基盤形成』

巻号頁・発行日

2016

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①総括支援活動では、支援課題の公募を行い、領域外有識者による審査委員会により選考し、支援を行った。経費上限設定など多くの採択ができるように努めた結果、応募188件、採択93件(採択率49.5%)となった。支援の成果として2017年度に54報の論文発表がなされた。②大規模配列解析拠点ネットワーク支援活動においては、最先端技術を提供するためにそれらの整備や高度化を進めた。遺伝研拠点では染色体の端から端までの連続した配列完成を目指して、ロングリードシーケンサー(PacBio Sequel)、長鎖DNA試料調製技術、さらに1分子ゲノムマッピングシステム(Irysシステム)の最適化を進め、実際の試料に応用した。東大柏拠点では、1細胞解析技術を整備し支援に供するとともに、Nanopore MinIONを用いた一連の要素技術開発を進めた。九大拠点では微生物ゲノムのNGS解析最適化を進めた。札幌医大拠点ではLiquid Biopsyによる体細胞における低頻度変異検出技術開発を進めた。③高度情報解析支援ネットワーク活動では、支援から浮かび上がった課題を解決するソフトウェアの開発を進めた。支援で特に活用されたものは、真核2倍体用denovoハプロタイプアセンブラPlatanus2(東工大)、染色体大規模構造変異高精度検出アルゴリズムCOSMOS、変異解析結果の信頼性を評価するソフトウェアEAGLE(以上、産総研)、エクソン・イントロン境界におけるスプライソソーム結合頻度の解析パイプライン(東大)、であった。また、CLIP-seqデータの解析パイプライン、高速オルソログ同定プログラムSonicParanoid、ロングリード向けアラインメントツールminialign(以上、東大)は今後の活用が予想される。高度化等の成果として48報の論文発表がなされた。

著者

山田 拓司

出版者

公益財団法人 日本ビフィズス菌センター

雑誌

腸内細菌学雑誌 (ISSN:13430882)

巻号頁・発行日

vol.29, no.1, pp.19-22, 2015 (Released:2015-01-27)

参考文献数

13

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ヒト腸内細菌解析は近年の次世代シーケンサーの爆発的な進歩により飛躍的な発展を遂げている.本稿では菌叢解析法としてメタゲノム解析に焦点を当て,実験的及び情報解析のパイプラインの概要を紹介する.現在まさに発展途上の技術であり,様々な側面においてその利点と問題点を紹介していく.

著者

齋藤 滋 山田 拓司

出版者

富山大学

雑誌

挑戦的萌芽研究

巻号頁・発行日

2014-04-01

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早産ならびに子宮内膜炎は炎症性疾患である。最近の研究により炎症性疾患では腸内細菌叢が変化し炎症を惹起させることが判ってきた。そこで両疾患の腸内細菌叢をメタゲノム解析した。群間比較では有意な変化を示すgenus/speciesは検出できなかったが、早産例でEscherichia/Shigellaが多い症例が一部認められ、子宮内膜症ではMegamonasの増加やParabacteroidesの減少が認められる例もあった。今後、病態との関連性を明らかにしていく必要がある。

著者

藤田 直也 山田 拓司 野村 孝泰 牧野 泰子 村田 水紀 竹中 学 村田 浩章 竹内 幸 長崎 理香 金子 幸栄 伊藤 剛 柴田 麻千子 小山 典久 鈴木 賀巳

出版者

一般社団法人 日本小児腎臓病学会

雑誌

日本小児腎臓病学会雑誌 (ISSN:09152245)

巻号頁・発行日

vol.17, no.1, pp.27-31, 2004 (Released:2006-12-15)

参考文献数

12

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新生児の急性腎不全に対する腹膜透析 (PD) ではしばしば除水が困難である。我々は過去に, 腹腔内に少量の腹膜灌流液を貯留した状態を維持しつつ持続的に注排液を行う手法で, 新生児の急性腎不全例を良好に管理できる可能性があることを報告してきた。しかし注液側も排液側も流量を機械的に調節する手法では, 腹腔内に常時適当な量の腹膜灌流液を貯留しておくことが困難であった。今回は新たな試みとして, 排液側の回路をやや挙上することによって腹腔内に常時一定量の腹膜灌流液を貯留した状態を維持しつつ, 持続的に灌流する方法でPDを施行した。すべて既存の物品を用いて実施が可能であり, より簡便に一定の貯留液量を保ちながら持続灌流が可能で, しかも大量の透析液を灌流しても, 全く問題なく治療が可能であった。新生児のPDは, その手法にまだ改善の余地があり, 改良することで, より良好な治療ができる可能性があるものと考えられた。

著者

山田 拓司

出版者

日本外科代謝栄養学会

雑誌

外科と代謝・栄養 (ISSN:03895564)

巻号頁・発行日

vol.55, no.4, pp.51, 2021 (Released:2021-11-15)

著者

山田 拓司

出版者

日本乳酸菌学会

雑誌

日本乳酸菌学会誌 (ISSN:1343327X)

巻号頁・発行日

vol.27, no.2, pp.87-92, 2016-06-26 (Released:2017-07-15)

参考文献数

18

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ヒト腸内環境研究は、腸内細菌由来の遺伝子配列を用いたメタゲノム解析や、低分子化合物を網羅するメタボローム解析を基盤としたビッグデータ解析の時代となっている。生み出される大量の遺伝子配列データに対して、それらがどのような機能を持つかを類推すること、すなわち、機能アノテーションには KEGG や COG といったリファレンスとなるデータベースを用いる。近年のライフサイエンスにおいてこれらのリファレンスデータベースは欠かすことのできない要素であり、格納されているデータの正確性と、その継続的な更新および新規データ蓄積が、新たに生産される配列データに価値を与える。本総説においては、メタゲノム配列解析、そして遺伝子機能アノテーションのためのデータベース、代謝機能データベースを紹介する。腸内細菌メタゲノムデータは数多くの新規遺伝子を含むため、KEGG や COG などの既存パスウェイデータベース、オーソログデータベースでは対応することができない場合が多い。この問題の解決を目指し、メタゲノム配列由来の新規の配列データに対応するために筆者らのグループが開発したデータベースも併せて紹介する。

著者

山田 拓司

出版者

公益社団法人 日本農芸化学会

雑誌

化学と生物 (ISSN:0453073X)

巻号頁・発行日

vol.51, no.12, pp.802-808, 2013-12-01 (Released:2014-12-01)

参考文献数

27

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ヒトには1,000種,100兆細胞を超える細菌が共生していると言われている.特に腸管内に共生する腸内細菌叢(腸内マイクロバイオーム)は,もう一つの臓器とも呼ばれており,ヒトの健康状態やさまざまな疾病に関与していることが示唆されている.近年,細菌群集を研究する新たな方法として,メタゲノム解析と呼ばれる新たな研究手法が開発され,ヒト共生細菌研究は大きな飛躍を見せている.特に共生微生物研究が医療分野に与える影響とその可能性には大きな期待が寄せられている.本報ではこれまでの研究成果を踏まえ,①メタゲノム解析と腸内マイクロバイオーム,②近年の国内外の動向や発見,③医療との関係,さらに,④実際の応用に向けての可能性,について紹介していきたい.

著者

林 治助 山田 拓司 渡辺 貞良

出版者

繊維学会

雑誌

繊維学会誌 (ISSN:00379875)

巻号頁・発行日

vol.30, no.5-6, pp.T190-T198, 1974-05-10 (Released:2008-11-28)

参考文献数

9

被引用文献数

2 4

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It was found that there was a difference between X-ray diffractograms of Na-Cellulose I derived from the cellulose I family (I and IIII) and that from the cellulose II family (II, IIIII and IVII), and we calssified them as Na-Cellulose II and Na-Cellulose III, respectively. Both Na-Cellulose II and III regenerated cellulose II by washing with cold water. When decomposed with hot water, however, Na-Cellulose II regenerated mixture of cellulose I and II, and Na-Cellulose III regenerated cellulose II. Namely, Na-Cellulose has memory of the crystalline structure of the original cellulose.As described in our previous paper, the chain conformation of cellulose is thought to be a difference between cellulose I and II families, the former has “bent” type and the latter has “bent and twisted” type comformation.The memory of the original structure may be due to the retaining of chain conformation during meroerization and regeneration. When Na-Cellulose II is decomposed by cold water, the chain conformation is changed from “bent” to more stable “bent and twisted” type owing to strong swelling and hydration, and cellulose II was regenerated.

著者

山田 拓司 五斗 進

出版者

物性研究刊行会

雑誌

物性研究 (ISSN:07272997)

巻号頁・発行日

vol.87, no.3, pp.420-426, 2006-12-20

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この論文は国立情報学研究所の電子図書館事業により電子化されました。

著者

松隈 英治 畔柳 佳幸 山田 拓司 後藤 芳充

雑誌

日本小児腎不全学会雑誌 : 小児腎不全研究会記事 (ISSN:13415875)

巻号頁・発行日

vol.30, pp.165-166, 2010-08-31