rkakamilan (@rkakamilan)

投稿一覧(最新100件)

RT @iznaiy_emjawak: こちらは日本の医療大規模データベースを使った論文のレビュー。ご覧の通り圧倒的に病院ベースDBのDPCデータベースによる論文数が多いけど、これは「単一入院で完結するリサーチクエスチョンを扱ってるから」であり、長期追跡が必要な薬剤疫学に当ては…
RT @APlantScientist: 続・生物工学基礎講座-バイオよもやま話- AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測(基礎編) 富井 健太郎 https://t.co/PpKZ0T3yQh AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測(実践編) 大上 雅史 h…
RT @APlantScientist: 続・生物工学基礎講座-バイオよもやま話- AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測(基礎編) 富井 健太郎 https://t.co/PpKZ0T3yQh AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測(実践編) 大上 雅史 h…
RT @OrgchemWebinar: ほぼ時系列順で書かれており、学生・ポスドク時代のプロジェクトについても多く語られています。ここでは学生時代のお話を中心に、流れの紹介のみとなってしまいますが、全文オープンアクセスですので、詳細なエピソードについては是非原著をご覧ください。…
RT @tonets: 生物工学会誌2023年8月号に、「AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測(実践編)」を寄稿しました。 https://t.co/ujK0nXSCPf 先月号の富井先生の「基礎編」と合わせて、ぜひご覧ください!https://t.co/x6nKpL…
RT @cocoinit23: 小児歯科学会から、永久歯が生える年齢の平均と標準偏差 周りの子は生え変わり早いor遅いのに、自分の子は...と心配になるケースはよく聞く 5歳ぐらいで生え変わる子が早い時期に目立つけど、7歳ぐらいでも平均範囲内だよーというお話 https://…
RT @gggtta: Primers3編目は長崎大・三嶋さんによる「難病・希少疾患のためのゲノム医療とバイオインフォマティクス」です。難病及び希少疾患の理解に対し、ゲノム情報を調べることがどのように貢献できるか、どのようなバイオインフォマティクスが求められているかを解説いただ…
RT @gggtta: 総説1編目は、東大・山口さんらによる「タンパク質の言語モデル」です。大規模言語モデルが世間を賑わしていますが、言語モデルの応用は自然言語処理にとどまりません。本稿ではタンパク質に対しても言語モデルが利用でき、かつそのポテンシャルを解説いただきました。ht…
RT @yuuri_eguchi: 鳶巣 守「研究者の理想と現実」 https://t.co/Vu0zhqo98m 化学の第一線で活躍されている鳶巣先生だけれど、今に至るまでには理想の研究者像とのギャップに悩んだことも多くあったようだ。その時の気持ちが記されている。 「博…
MOE REINVENT I/F の紹介 https://t.co/tLayUR0r08 モルシス木村さんによる解説。これだけ読んでも最後に紹介されてるGraphINVENT、DockStreamやLibINVENTとか他にもカリキュラムラーニング等々のところに対応しているのかまではわからない
深層学習と木探索に基づく de novo 分子設計 https://t.co/WwdtsQPLpd ChemTS、最初は2.7で使いにくかったけどv2である程度使い勝手上がった
RT @biochem_fan: 日本結晶学会誌「フラグメント分子軌道計算による構造解析」https://t.co/6738DcDON3 MD 計算よりも正確なリガンド結合エネルギーを出せるという利点はよく伝わってきたが、相互作用を客観的にに指摘できるので「PDB への構造登録…
RT @biochem_fan: 日本結晶学会誌「創薬研究における X 線結晶学の強み」https://t.co/FewhcGjN9Q 以前、臨床系の人から「構造生物学の人は創薬に役立つとアピールするが、実際には薬につながってないですよね」と言われたことがあるが、今度そう言われ…
膵癌の初期発生とリキッドバイオプシーによる分子診断 https://t.co/DSzNVTnpHW
ゲノム解析を応用した膵癌遠隔転移制御の解明とその新規治療戦略 https://t.co/xacWXpLjHQ
Self-Attention Network を用いた無機化合物の物性値予測 https://t.co/vn3l0UbW9A

8 0 0 0 OA カナリヤ

RT @souyakuchan: 国試に臨むみなさん Good luck! 故人からの応援歌を貼っておく。 MEDCHEM NEWS 2002 年 12 巻 3 号 p. 1 カナリヤ 首藤 紘一 (1940-2021) https://t.co/rT6kPmKtSz
RT @K_Oisaki: 有機合成化学協会誌に掲載されている、福山透先生のラウンジ寄稿、長文かつ超マニアックですが、本当に素晴らしい。学生時代から聞いていた『自由は与えられるものではなく勝ち取るもの』は、まさにその通りで、今に至るまで座右の銘の一つになっています。 https…
RT @piyota0: Design, Synthesis, and Biological Evaluation of mTOR-Targeting PROTACs Based on MLN0128 and Pomalidomide https://t.co/HTjeRNgB…
Fragment Molecular Orbital based affinity prediction toward pyruvate dehydrogenase kinases: Insights into the charge transfer in hydrogen bond networks なんでCPBなんだろ https://t.co/xVss5LSxaT
RT @sugargroove: ・可逆的阻害(競合、不競合、非競合、混合) ・二基質(逐次、ピンポン、競合基質阻害) 著者は新潟大学の北岡本光先生です。 論文URLはこちら。スプレッドシートはSupplementary materialでDLできます。 https://t.…
RT @biochem_fan: JSBi Bioinformatics Review「AlphaFold2 までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」https://t.co/klAz7cZOnG ありがちな内容かなと軽い気持ちで読み始めたら、evoformer や s…
RT @biochem_fan: 日本結晶学会誌「3D 電子回折と固体 NMR」https://t.co/0zQFtJIraC H や N ならいいけど、C の固体 NMR (特に 2D)は天然同位体比だと C13 が少なすぎて DNP 使ったとしてもそれなりの試料量と測定時…
NMR結晶学:固体NMRと回折法(X線回折・microED)の融合 https://t.co/5gkDekqmPj
RT @biochem_fan: 生物物理学会誌「深層学習技術を用いたクライオ電子顕微鏡データに潜む タンパク質運動性情報の抽出」https://t.co/YkBlLYU7cd DEFmap の紹介。原著論文を読まずにこの紹介記事を読んだ限りの感想だが、多数の問題点があるよう…
副腎皮質癌 7 例の臨床病理学的特徴と予後の検討 https://t.co/O5PHNXlLRA

14 0 0 0 OA M&E編集長から

RT @tonets: これを出版して許されるのが凄い (全文はこちら https://t.co/QmWizlRBOP ) https://t.co/P4DFK0Desi
構造生成器による医薬品分子設計の新展開  海東 和麻, 山西 芳裕 https://t.co/7JbiMuLwbc
RT @TJO_datasci: にしても、後期高齢者76歳の実家の親父ですらPythonを新たに学んでコードを書いて挙げ句の果てに学会発表までできるのだから、「未経験からデータサイエンティスト・機械学習エンジニア志望」の若者たちはたかがPythonぐらいさっさと覚えろって話な…
RT @Tatsu_Fujimoto: ナルコレプシーに閉塞性睡眠時無呼吸(OSA)が合併している場合, ナルコレプシーの診断が遅れる, もしくは見落とされる可能性がある. OA治療後に残遺眠気を訴える患者は,OSA に他の睡眠障害を合併している可能性を考慮し,PSG および…
ニューラルネットワークポテンシャルによる金–リチウム合金化過程の解析 https://t.co/98t0D2AXNA
これが2004か かなり前だな https://t.co/ggPSupRCg9
材料化学における実利用へ向けたグラフ生成アルゴリズムを基礎とする分子生成モデル https://t.co/PYdhgbPQDH 構造式
RT @Tatsu_Fujimoto: 神林先生の元論文を見ると特発性過眠症の朝の起床困難にも低用量アリピプラゾールが有効らしい! https://t.co/6u3bcwp2XT 「延長した夜間睡眠が短縮するために、不登校に併存した睡眠相後退症候群や長時間睡眠者にも有効。長時間…
RT @msrmz: 「セシウムは年々土壌に固定され稲に吸収されにくくなる」 ふくしま再生の会と東大農学部で地道に続けてきた研究の成果が論文公開されました。 https://t.co/m3UH5HY3X5
RT @fmkz___: X = calc.pandas(mols).astype('float').dropna(axis=1)って落とせばいいやんって気づくのに時間を費やしたのでReadmeとかに書いておいてもらえるとよいと思いました。 https://t.co/GnpqL…
RT @resnant: 深層学習を用いた新物質探索に関して、情報処理学会の論文誌に日本語サーベイを書きました(阪大 奥野くん、佐々木先生との共著)。マテリアルズインフォマティクスの具体的な部分を知りたい方にはちょうどよいと思います。ぜひご高覧ください https://t.co…
RT @BiotechMania: 生命科学インスティテュート:急性心筋梗塞を対象としたMuse細胞(CL2020)の探索的臨床試験の結果論文。 有効性は声高に主張していないにせよ、3人に投与しただけで安全性を示したと言えるのだろうか? 天下の三菱ケミカル系でもこの状況、、
RT @upura0: Yahooニュース見出しのCTR予測にNGBoostを使った発表が面白かった。信頼度付きなので、編集者支援の文脈で価値があるとのこと。比較実験でOptuna LightGBM Tunerが出てきて驚いた。 [4M2-GS-5-03] 自然勾配ブースティ…
KAKEN — 研究課題をさがす | ショウジョウバエ消化管の左右性を制御する遺伝的機構に関する研究 (KAKENHI-PROJECT-16027249) "平成16年度までの研究によって、およそ80%の頻度で、中腸と後腸が同調した逆位を示すMyo31DF^<souther>突然変異を同定している。" マジか https://t.co/nZc2PZAmyw
Revolution of Small Molecule Drug Discovery by Affinity Selection-Mass Spectrometry Technology https://t.co/edj1w3viS5
MolGAN の拡張による文章グラフを用いた 文章生成手法の提案 https://t.co/YsNqqPhb0k
このときから一人著者増えてる https://t.co/H9DKUabvlq
モンテカルロ木探索を用いた有機低分子化合物誘導体生成手法の開発. 関嶋先生たちだ https://t.co/hdEunHL7GP
ナルコレプシーの主症状であるカタプレキシーと睡眠覚醒の分断化におけるオレキシン受容体サブタイプの役割 https://t.co/7xXBhbAEMP
エッジ特徴によるグラフ分散表現の改良 https://t.co/Rg4yI8w9Tm
Strategies for Design of Molecular Structures with a Desired Pharmacophore Using Deep Reinforcement Learning https://t.co/yighASj24q CPB...久々に見た
RT @souyakuchan: 実際、Ace2 ノックアウトマウスでは SARS 感染が起きづらくなったという知見もあり (参考: 総説 https://t.co/SIHBwGbCSe)、スパイクが細胞表面に付着できなくすることも1つの治療戦略たりうるかもしれない。と、いうわ…
RT @tonets: 秋山研M1松野さんの卒業研究の成果をまとめた論文がBPPB誌よりpublishされました! Multidomain protein structure prediction using information about residues intera…
J-STAGE Articles - 日本皮膚科学会ケミカルピーリングガイドライン(改訂第3版) https://t.co/0wGxUnhmoC (2008)
RT @m_sekijima: ”Predicting Strategies for Lead Optimization via Learning to Rank”が、IPSJ Transactions on Bioinformaticsの2019年11月に最も読まれた論文でし…
RT @ceekz: 興味深い研究。学歴や収入の影響が大きいらしい。 「労働時間や夫婦間関係の親密さ(会話頻度,セックスの頻度),子どもの数は「不倫」行動の発生に効果を与えないことが示された.」 / 誰が「不倫」をするのか https://t.co/IQrv39Z4x9
Scratch を経由する機械学習教材の開発の試み https://t.co/nkMLGfgCas わざわざdeepchem使ったのか
Medicinal ChemistryへのAIの活用 | 芹沢 貴之 https://t.co/uwyvoH3KNx
構造特徴とグラフ畳み込みを用いた ネットワークの半教師あり学習 https://t.co/RwfN2NfzON
RT @m_sekijima: @maskot1977 @fmkz___ この程度しか出来ないことを既に知っているはず。。。 https://t.co/fQMg1sVqFw
RT @m_sekijima: ちなみに、machine learning lead optimization をググると最初に出るのは、多分僕たちの論文です。 https://t.co/1vBUJfG5NV 武田の実際のリード最適化のプロジェクトのフィンガープリントを相手にや…
RT @August27331: @fmkz___ QSPは難しくて、あまり分かっていませんが、MID3白書にはあらかたモデルについて載っているので、もしかしたら欲しい情報が載っているかもしれません。 あと、ご存知かもしれませんがファイザーの大石さんはM&Sについてよく講演して…
RT @m_sekijima: 私たちが12月に出した論文がTBIOでMost viewed articles Jan.2019になっていました。小さな一歩ですが嬉しいです。 /J-STAGE Articles - Predicting Strategies for Lead…
RT @ykamit: 「生態学における AIC の誤用ーAIC は正しいモデルを選ぶためのものではないので正しいモデルを選ばない」 https://t.co/7T7ESJJrbB 神経科学でも同様の誤用を見かけます
RT @iwatobipen: Lead optimizationの化合物のランキングを学習する #cbiwakate https://t.co/JWBbzRvCX9
RT @m_sekijima: 武田薬品工業株式会社との共同研究で、過去のリード最適化のプロジェクトのデータを学習することで別のプロジェクトの最適化を予測できるか、という論文を書きました。この時は、ECFPを用いました。 / Predicting Strategies for…
RT @Yh_Taguchi: Tensor-train分解アルゴリズムによる薬物応答遺伝子発現データからの創薬 https://t.co/kdfWfLlovZ
RT @ecochem: 中村春木,栗栖源嗣『データサイエンスと日本蛋白質構造データバンクPDBj の活動』(生物物理,2018)[PDF] https://t.co/2A3NyE1UR1 “日本では,1975年頃から,東京大学理学部の故島内武彦名誉教授と田隅三生名誉教授が文部…
一般行動および抑うつ様行動の評価法 尾懸垂試験か https://t.co/seo1exhizM
RT @fmkz___: 触媒インフォマティクス https://t.co/JkBIYTU50W
RT @Yh_Taguchi: 第41回日本分子生物学会年会(パシフィコ横浜)でポスター発表します。 「テンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法のバイオインフォマティクスへの応用」 https://t.co/s1ybFUR27f 2018年11月29日(木) 2P-07…
Mixed Realityを用いたタンパク質構造描画システムの開発 https://t.co/nwvAuaKy3E #taikai18
#taikai18 相互作用エネルギーベクトルの距離を用いたタンパク質-リガンド間ドッキングのリランキング https://t.co/ckI3k9su1x
FMOプログラムABINIT-MPの開発状況と機械学習との連携 https://t.co/OxTA2rm63W #taikai18
グラフ畳み込みネットワークモデルを用いた化学構造への深層学習の適用 https://t.co/jkPg1xlc86
RT @ogawa_tter: "深層ニューラルネットの積分表現理論"、園田 翔、博士論文、2017年2月、早稲田大学 https://t.co/MCIyuOs36X 「深層ニューラルネットの中で何が起きているのか,なぜ深層にした方が良いのかという問題に対して」 https:/…
J-STAGE Articles - ナフタレンを環成分とするシクロファン類の合成とその構造特性 https://t.co/b6vNA3R7LN ”ナフタレノファン”って表現使うのか
RT @n0rr: このD論が詳しく調べているからこっちを読むべき https://t.co/SvDbF3LI4e https://t.co/6e1BYv04ti
RT @bot_tips: 【統計検定を理解せずに使っている人のためにⅠ〜Ⅲ】 東北大学の池田郁男 先生による生物実験でよく用いる統計検定法を原理から、どのように使い分けるかまで数学が苦手な人(僕)でもわかるようにまとめられている。 https://t.co/QsmVMxh1f…
RT @bot_tips: 【統計検定を理解せずに使っている人のためにⅠ〜Ⅲ】 東北大学の池田郁男 先生による生物実験でよく用いる統計検定法を原理から、どのように使い分けるかまで数学が苦手な人(僕)でもわかるようにまとめられている。 https://t.co/QsmVMxh1f…
RT @bot_tips: 【統計検定を理解せずに使っている人のためにⅠ〜Ⅲ】 東北大学の池田郁男 先生による生物実験でよく用いる統計検定法を原理から、どのように使い分けるかまで数学が苦手な人(僕)でもわかるようにまとめられている。 https://t.co/QsmVMxh1f…
RT @antiplastics: p値ボロクソに言われててわろす https://t.co/wSDDBOvzgR
FMO創薬を加速する大規模データ解析 https://t.co/9X3myAzjrM
オープン創薬コンテストで検証:ターゲットに特化した“薬らしさ”の評価手法と実験条件を考慮した薬剤活性予測モデル https://t.co/UuwrLg5hDD
RT @hayashiyus: 園田翔さんの博士論文『深層ニューラルネットの積分表現理論』を勉強させていただいている。①無限個の中間層素子をもつNNは万能近似能力をもつ、②近似対象 f(x) を積分変換すると中間層素子のパラメータ分布が得られる、③輸送解釈に基づくDNNの積分表…
RT @piyota0: 興味深い記事 第3回 大規模製薬企業とバイオベンチャーの評価は互いに相容れないことを知る 髙橋 義仁 日本薬学会誌ファルマシア54 巻 (2018) 2 pp160-162 https://t.co/oWqsI1eLYf
人為的ユビキチン化修飾による細胞機能の制御 https://t.co/0YWXKhAZLb
ブリッジ人材って普通に使われてるんですね https://t.co/f6gMCaEoI8
RT @bonohu: “「情報管理」誌はこのような時代の変化,社会環境の変化の中で60年の歩みを重ね,誌面の充実や電子版の発刊などに取り組んでまいりましたが,本誌を取り巻く環境の変化に鑑み,このたび2018年3月をもって休刊” / “「情報管理」誌休…” https://t.…
RT @orenotwitter: J-STAGE Articles - 「情報管理」誌休刊のお知らせ https://t.co/gfFeYhvy16
RT @piyota0: 『ヘルスリテラシー:健康教育の新しいキーワード』https://t.co/9goNEaVLZb ニセ健康科学に騙されないリテラシーを養うと、結果的に、生活習慣病の予防にもなり、平均寿命も健康寿命も延びる、ということか。
RT @iNut: 女性研究者のリアル その1 出産育児と不妊治療 https://t.co/s3Hn9voIq9
富士通の人のトポロジカルデータアナリシスのペーパー出てた https://t.co/Jqu8w6wwfq
RT @tonets: 人工知能学会の学会誌「人工知能」に生命情報科学若手の会の紹介記事が掲載されました。https://t.co/pTIntDWxXZ https://t.co/IMVQENGgVj (PDF)
RT @tonets: 人工知能学会の学会誌「人工知能」に生命情報科学若手の会の紹介記事が掲載されました。https://t.co/pTIntDWxXZ https://t.co/IMVQENGgVj (PDF)

9 0 0 0 OA NLP 若手の会

RT @unnonouno: NLP若手の会(YANS)の活動報告を寄稿しました.私が大学院生の頃に発足して実に10年以上,中心メンバーをずっと変えながら継続できたのは世代を超えた価値観を共有しつつ,参加者に求められるものを追ってきたからなのかなと思います https://t.…
Protein Fold Recognition with Representation Learning and Long Short-Term Memory https://t.co/UKczXhFssL
データの形が教えてくれること -トポロジカル・データ・アナリシスとその応用- 富士通の人の論文出てた https://t.co/uSLc3HjlzA
RT @m_sekijima: ちなみに、紹介記事のほかに、ご存知の通り論文も出ています。 https://t.co/CayDx7mhcz https://t.co/VrykAnOv0F

お気に入り一覧(最新100件)

日本結晶学会誌「フラグメント分子軌道計算による構造解析」https://t.co/6738DcDON3 MD 計算よりも正確なリガンド結合エネルギーを出せるという利点はよく伝わってきたが、相互作用を客観的にに指摘できるので「PDB への構造登録前の FMO 計算が有用であることを強調したい」というのは言い過ぎでは。
日本結晶学会誌「創薬研究における X 線結晶学の強み」https://t.co/FewhcGjN9Q 以前、臨床系の人から「構造生物学の人は創薬に役立つとアピールするが、実際には薬につながってないですよね」と言われたことがあるが、今度そう言われた時の返答のヒントとして参考になった。 ただ全体的に日本語が変。
有機合成化学協会誌に掲載されている、福山透先生のラウンジ寄稿、長文かつ超マニアックですが、本当に素晴らしい。学生時代から聞いていた『自由は与えられるものではなく勝ち取るもの』は、まさにその通りで、今に至るまで座右の銘の一つになっています。 https://t.co/wpgaYiTtmG https://t.co/JDTOMMXowF
@maskot1977 @fmkz___ この程度しか出来ないことを既に知っているはず。。。 https://t.co/fQMg1sVqFw
ちなみに、machine learning lead optimization をググると最初に出るのは、多分僕たちの論文です。 https://t.co/1vBUJfG5NV 武田の実際のリード最適化のプロジェクトのフィンガープリントを相手にやった研究です。今見ると、kaggleのコンテストみたいですね。 https://t.co/loz5IWakez

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