7 0 0 0 OA 遺伝子ネットワーク解析とその応用
- 著者
- 荒木 啓充 HURLEY Daniel CRAMPIN Edmund PRINT Cristin 久原 哲
- 出版者
- 一般社団法人 日本生物物理学会
- 雑誌
- 生物物理 (ISSN:05824052)
- 巻号頁・発行日
- vol.51, no.4, pp.182-185, 2011 (Released:2011-07-25)
- 参考文献数
- 18
- 被引用文献数
- 1
In the post-genome era, with the availability of high-throughput data, our biological focus makes a shift from a behavior of individual components to their regulatory/causative/interactive relationships. Gene network, which is inferred from microarray data by using reverse engineering algorithms, gives valuable information about the regulation of genes in the living cells under the certain conditions. In particular, this technology is applied to the biomedical research fields, e.g. identification of drug targets and prognosis markers. In this short review, we summarize what gene network is and how it is inferred. We also show our work that identified new drug target of well-known compound in human endothelial cells by gene network analysis.
7 0 0 0 OA SARS-CoV-2タンパク質構造モデルによる薬剤候補予測
- 著者
- 土方 敦司 塩生 くらら 中江 摂 塩生 真史 太田 元規 金谷 重彦 白井 剛
- 出版者
- 一般社団法人 日本生物物理学会
- 雑誌
- 生物物理 (ISSN:05824052)
- 巻号頁・発行日
- vol.61, no.2, pp.102-106, 2021 (Released:2021-03-25)
- 参考文献数
- 11
The novel coronavirus disease (COVID-19) pandemic has emerged in late 2019 and rapidly spread all over the world. In order to assist structure-based discovery efforts for repurposing drugs against the infectious disease, we constructed homology models of SARS-CoV-2 proteins. We identified several potential drugs by comparing the ligand molecules in the template structures with approved or experimental drugs and compounds of natural drugs, including carfilzomib, sinefungin, tecadenoson, and trabodenoson, that would be further investigated for their potential for treating COVID-19.
7 0 0 0 OA 酵素のダイナミクスは酵素反応の理解に重要か?
- 著者
- 森 俊文
- 出版者
- 一般社団法人 日本生物物理学会
- 雑誌
- 生物物理 (ISSN:05824052)
- 巻号頁・発行日
- vol.59, no.5, pp.271-272, 2019 (Released:2019-09-27)
- 参考文献数
- 7
7 0 0 0 OA 回転分子モーターの動作原理―F1モーターとV1モーターの違い―
- 著者
- 村田 武士
- 出版者
- 一般社団法人 日本生物物理学会
- 雑誌
- 生物物理 (ISSN:05824052)
- 巻号頁・発行日
- vol.54, no.2, pp.079-084, 2014 (Released:2014-03-28)
- 参考文献数
- 28
- 被引用文献数
- 1 1
F- and V-ATPases are unique bio- and nano-molecular rotary motors among many types of bioenergy-transducing machineries. The rotational catalysis of F1-ATPase has been investigated in detail, and the molecular mechanisms have been proposed on the basis of crystal structures of the complex and extensive single-molecule observation of the rotation. Recently, we have obtained crystal structures of bacterial V1-ATPase (A3B3 and A3B3DF complexes) with and without nucleotide. On the basis of these new structures, we present a novel model of the rotational catalytic mechanism for V1-ATPase, which is apparently different from those of F1-ATPases.
7 0 0 0 OA 分子はどこまで正確に情報を伝えられるのか
- 著者
- 海津 一成 高橋 恒一
- 出版者
- 一般社団法人 日本生物物理学会
- 雑誌
- 生物物理 (ISSN:05824052)
- 巻号頁・発行日
- vol.56, no.6, pp.324-326, 2016 (Released:2016-11-29)
- 参考文献数
- 8
7 0 0 0 OA ENCODEプロジェクトの衝撃
- 著者
- 中井 謙太
- 出版者
- 一般社団法人 日本生物物理学会
- 雑誌
- 生物物理 (ISSN:05824052)
- 巻号頁・発行日
- vol.53, no.5, pp.272-273, 2013 (Released:2013-09-25)
- 参考文献数
- 7
6 0 0 0 OA キャリアデザイン談話室(19) 一人の計算科学者の体験談
- 著者
- 杉田 有治
- 出版者
- 一般社団法人 日本生物物理学会
- 雑誌
- 生物物理 (ISSN:05824052)
- 巻号頁・発行日
- vol.63, no.5, pp.282-284, 2023 (Released:2023-11-25)
- 参考文献数
- 5
6 0 0 0 OA 広がる生物物理学の研究対象
- 著者
- 岡田 眞里子 津本 浩平 永井 健治 野地 博行 坂内 博子 須藤 雄気 柳澤 実穂
- 出版者
- 一般社団法人 日本生物物理学会
- 雑誌
- 生物物理 (ISSN:05824052)
- 巻号頁・発行日
- vol.61, no.4, pp.256-264, 2021 (Released:2021-07-30)
6 0 0 0 OA 表現型主導の進化モデル
- 著者
- 西川 建 金城 玲
- 出版者
- 一般社団法人 日本生物物理学会
- 雑誌
- 生物物理 (ISSN:05824052)
- 巻号頁・発行日
- vol.55, no.4, pp.212-215, 2015 (Released:2015-07-31)
- 参考文献数
- 9
6 0 0 0 OA 花の器官数を決める数理
- 著者
- 北沢 美帆 藤本 仰一
- 出版者
- 一般社団法人 日本生物物理学会
- 雑誌
- 生物物理 (ISSN:05824052)
- 巻号頁・発行日
- vol.59, no.5, pp.266-270, 2019 (Released:2019-09-27)
- 参考文献数
- 11
Component number of flowers is an important aspect to capture floral morphology. Beside the diversity of floral shapes, basic numbers of the components are restricted to several numbers associated with the major clades of flowering plants. The developmental and evolutionary reason of such restriction has been a question for centuries. To answer this, we employed mathematical models developed for phyllotaxis, i.e., arrangement of leaves around the stem. The model showed that basic numbers of four and five, the major numbers in the largest clade of flowering plants, appeared spontaneously and stably, suggesting that preferences in developmental process underlie the restriction.
6 0 0 0 OA 植物に脳はあるか?
- 著者
- 遠藤 求
- 出版者
- 一般社団法人 日本生物物理学会
- 雑誌
- 生物物理 (ISSN:05824052)
- 巻号頁・発行日
- vol.56, no.1, pp.033-035, 2016 (Released:2016-01-27)
- 参考文献数
- 10
6 0 0 0 OA 深層学習技術を用いたクライオ電子顕微鏡データに潜むタンパク質運動性情報の抽出
- 著者
- 松本 篤幸 寺山 慧 奥野 恭史
- 出版者
- 一般社団法人 日本生物物理学会
- 雑誌
- 生物物理 (ISSN:05824052)
- 巻号頁・発行日
- vol.62, no.3, pp.193-197, 2022 (Released:2022-07-25)
- 参考文献数
- 9
- 被引用文献数
- 1
タンパク質機能を理解する上で,その動的振る舞いを知ることは極めて重要である.我々は近年発展目覚ましいクライオ電子顕微鏡単粒子解析によって得られる3次元密度マップから,深層学習技術を利用して直接的に運動性の情報を抽出する手法DEFMapを開発した.本稿ではその概説と構造生物学への展開について紹介する.
6 0 0 0 OA アミロイドの代謝制御と構造多型
- 著者
- 玉井 真悟 仲本 準 田中 元雅
- 出版者
- 一般社団法人 日本生物物理学会
- 雑誌
- 生物物理 (ISSN:05824052)
- 巻号頁・発行日
- vol.60, no.4, pp.236-240, 2020 (Released:2020-07-29)
- 参考文献数
- 15
Propagation of amyloid is achieved by the combination of amyloid formation and disaggregation. Although both processes in the cell are regulated by molecular chaperones such as Hsp104 and Hsp70, the underlying molecular mechanism has remained elusive. Here we review a recent progress of metabolic regulation of amyloid fibrils, and discuss about the effects of dynamic conformational fluctuation of monomeric proteins on structural polymorphism of amyloid. The detailed analysis of the processes of amyloid formation and disaggregation by biophysical methods will provide important mechanistic insights into the cellular process responsible for amyloid propagation.
6 0 0 0 OA 情報高分子の連携によるベシクルの成長と分裂
- 著者
- 栗栖 実 今井 正幸 WALDE Peter
- 出版者
- 一般社団法人 日本生物物理学会
- 雑誌
- 生物物理 (ISSN:05824052)
- 巻号頁・発行日
- vol.61, no.6, pp.378-381, 2021 (Released:2021-11-25)
- 参考文献数
- 10
6 0 0 0 OA キャリアデザイン談話室(7) キャリアデザインって何だっけ?
- 著者
- 井上 裕一
- 出版者
- 一般社団法人 日本生物物理学会
- 雑誌
- 生物物理 (ISSN:05824052)
- 巻号頁・発行日
- vol.61, no.5, pp.340-342, 2021 (Released:2021-09-28)
6 0 0 0 OA 非古典的ロドプシンの構造多様性
- 著者
- 志甫谷 渉
- 出版者
- 一般社団法人 日本生物物理学会
- 雑誌
- 生物物理 (ISSN:05824052)
- 巻号頁・発行日
- vol.61, no.4, pp.251-252, 2021 (Released:2021-07-30)
- 参考文献数
- 7
6 0 0 0 OA 細胞膜受容体の集合とシグナル伝達の3色同時蛍光1分子イメージングによる解析
- 著者
- 吉村 英哲
- 出版者
- 一般社団法人 日本生物物理学会
- 雑誌
- 生物物理 (ISSN:05824052)
- 巻号頁・発行日
- vol.61, no.4, pp.245-247, 2021 (Released:2021-07-30)
- 参考文献数
- 7
- 被引用文献数
- 1
6 0 0 0 OA 神経変性疾患における銅・亜鉛スーパーオキシドディスムターゼのミスフォールディング
- 著者
- 古川 良明
- 出版者
- 一般社団法人 日本生物物理学会
- 雑誌
- 生物物理 (ISSN:05824052)
- 巻号頁・発行日
- vol.60, no.6, pp.338-341, 2020 (Released:2020-11-28)
- 参考文献数
- 20
Mutations in the gene coding Cu/Zn-superoxide dismutase (SOD1) are known to cause amyotrophic lateral sclerosis (ALS), a neurodegenerative disease with no cures. SOD1 is a highly stable enzyme where copper and zinc ions bind and a disulfide bond forms, but is also known to accumulate as misfolded forms in spinal motoneurons of ALS. A key to understand such pathological changes in SOD1 is the contribution of metal binding as well as disulfide formation to the conformational stability of SOD1. In this review, I will summarize mechanisms of SOD1 misfolding in ALS where the metal binding and/or disulfide formation go awry.
6 0 0 0 OA 若手の会だより ~第60回生物物理若手の会夏の学校開催報告~
- 著者
- 石坂 優人
- 出版者
- 一般社団法人 日本生物物理学会
- 雑誌
- 生物物理 (ISSN:05824052)
- 巻号頁・発行日
- vol.60, no.6, pp.367-368, 2020 (Released:2020-11-28)
- 参考文献数
- 1
- 被引用文献数
- 3
6 0 0 0 OA 3Dプリンターを用いたタンパク質分子模型の製作とその利用
- 著者
- 川上 勝
- 出版者
- 一般社団法人 日本生物物理学会
- 雑誌
- 生物物理 (ISSN:05824052)
- 巻号頁・発行日
- vol.55, no.2, pp.104-107, 2015 (Released:2015-03-31)
- 参考文献数
- 4
- 被引用文献数
- 1 1