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Yongchan Lee (@YongChan_zzz)

投稿一覧（最新100件）

6 0 0 0 OA キャリアデザイン談話室(19) 一人の計算科学者の体験談

RT @biochem_fan: 生物物理学会誌 「キャリアデザイン談話室 (19) 一人の計算科学者の体験談」https://t.co/Gdr4WfVcsT REMD 法、MD 計算パッケージ GENESIS の開発などで知られる理研の杉田さんのエッセイ。知っている人の名前…

3 0 0 0 OA 学会におけるダイバーシティ(4) 人と学問の出会い

RT @biochem_fan: 生物物理「学会におけるダイバーシティ (4) 人と学問の出会い」(朴三用) https://t.co/wNtCDVYHcm 古き良き時代の大阪大学や LMB の話がちょっと出ている。

17 0 0 0 OA 低温電子顕微鏡による単粒子解析法の最前線

MRC分子生物学研究所の中根さんによる単粒子解析法の解説。訳語にこだわった「物理の教科書」的な文章が大変気持ち良いです。ぜひ今後も日本語で解説、ひいては教科書を書いていただきたいところです。 https://t.co/JYPcQd2M5u

お気に入り一覧（最新100件）

9 0 0 0 OA 電子顕微鏡発達史

電子顕微鏡を発明したRuskaが書いた「電子顕微鏡発達史」の和訳 PDF → https://t.co/acYFSdZYGB https://t.co/2riB1eF0Tr

2 0 0 0 OA アスガルドアーキアの持つ内向きプロトンポンプ型ロドプシン:シゾロドプシン

生物物理学会誌 「アスガルドアーキアの持つ内向きプロトンポンプ型ロドプシン: シゾロドプシン」https://t.co/XhreqYBXnt 動物型と微生物型ロドプシンが進化的に独立って本当なのかしら。TM の配置がなんとなく似ているのも収斂進化!?

10 0 0 0 OA 海外だより ~構造解析ソフトウェア開発の本場から~

生物物理学会誌 「海外だより ~構造解析ソフトウェア開発の本場から~」 https://t.co/NQvVFuax6U 神のエッセイ。いろいろな国や専門の人がいることで「同じ背景が共有されていないことが，逆に心地よく思っています」というのは完全同意。 とりも帰国して 2 年半、均質性の高い周囲に退屈してきた。

1 0 0 0 OA 統計熱力学計算と進化分子工学を用いたGPCR安定化変異体の創出手法

生物物理学会誌 「統計熱力学計算と進化分子工学を用いた GPCR 安定化変異体の創出手法」https://t.co/6WrczihRmY 発現とスクリーニングに大腸菌や酵母を使っているが、これらではほとんど発現しない系だとどうするのか気になる。HEK や Sf9 でも同じことはできると思うけど。

3 0 0 0 OA 呼吸鎖酵素に隠された新規アロステリーが導く特異的抗菌薬の創出

生物物理学会誌 「呼吸鎖酵素に隠された新規アロステリーが導く特異的抗菌薬の創出」https://t.co/ornM1YpC5Z 日本でもこういう in silico と in vitro スクリーニング・構造解析・MD 計算などを連携させた研究をできる人がいることに驚いた。

6 0 0 0 OA キャリアデザイン談話室(19) 一人の計算科学者の体験談

生物物理学会誌 「キャリアデザイン談話室 (19) 一人の計算科学者の体験談」https://t.co/Gdr4WfVcsT REMD 法、MD 計算パッケージ GENESIS の開発などで知られる理研の杉田さんのエッセイ。知っている人の名前もいろいろ出てきて面白かった。

7 0 0 0 人工DNAナノ粒子モーターの高速化戦略/Strategy for acceleration of artificial DNA-nanoparticle motor

生物物理年会でラボから３件発表。是非！ 2SEA-5 分子モーターの1分子イメージングとエンジニアリング https://t.co/9VXIaIqr0l 2Pos065 人工DNAナノ粒子モーターの高速化戦略 https://t.co/Ejq1dBEoYG 2Pos084 腸球菌由来V-ATPaseはナトリウムイオン駆動力でATPを合成する https://t.co/VEYMvMBhmw https://t.co/Js4pzeNIr7

7 0 0 0 腸球菌由来V-ATPaseはナトリウムイオン駆動力でATPを合成する/<i>Enterococcus hirae</i> V-ATPase synthesizes ATP driven by the sodium ion motive force

生物物理年会でラボから３件発表。是非！ 2SEA-5 分子モーターの1分子イメージングとエンジニアリング https://t.co/9VXIaIqr0l 2Pos065 人工DNAナノ粒子モーターの高速化戦略 https://t.co/Ejq1dBEoYG 2Pos084 腸球菌由来V-ATPaseはナトリウムイオン駆動力でATPを合成する https://t.co/VEYMvMBhmw https://t.co/Js4pzeNIr7

7 0 0 0 分子モーターの1分子イメージングとエンジニアリング/Single-molecule imaging and engineering of molecular motors

生物物理年会でラボから３件発表。是非！ 2SEA-5 分子モーターの1分子イメージングとエンジニアリング https://t.co/9VXIaIqr0l 2Pos065 人工DNAナノ粒子モーターの高速化戦略 https://t.co/Ejq1dBEoYG 2Pos084 腸球菌由来V-ATPaseはナトリウムイオン駆動力でATPを合成する https://t.co/VEYMvMBhmw https://t.co/Js4pzeNIr7

59 0 0 0 OA 科学的理解の観点から見た有機電子論

科学基礎論研究 "科学的理解の観点から見た有機電子論" https://t.co/cPkVk3lVvh 科学哲学なんて今まで完全に無視していたが、とても面白かった。De Regt の intelligibility の概念、とくに CIT1 「厳密な計算を行わなくても科学者が理論 T の特徴的な帰結を定性的に認識できる」には納得感がある。

62 0 0 0 OA AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測(実践編)

生物工学会誌2023年8月号に、「AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測（実践編）」を寄稿しました。 https://t.co/ujK0nXSCPf 先月号の富井先生の「基礎編」と合わせて、ぜひご覧ください！https://t.co/x6nKpLKCPG

11 0 0 0 OA De novo設計ナノポアの創製

特集 ナノポア応用研究の最前線「De novo設計ナノポアの創製」新津 藍https://t.co/e5Q96IZPP0

10 0 0 0 OA 低臭納豆の開発

におわなっとう®︎ の開発も似たような流れ。 https://t.co/9FmxS8zixm https://t.co/AUl1NfhWzG

355 0 0 0 OA エントロピーとモデルの尤度(<講座>物理学周辺の確率統計)

日本物理学会誌は宝の山。よく聞くようになった AIC、ご本人による解説。https://t.co/x0LFQihyZK 確率とは不確実性の下での決定の評価という主観的、心理的な側面をもつ。ボルツマンは統計的分布と確率との橋渡しをした。物理を超えて人類の知的活動の全分野におよぶ。 これ理解しなきゃ。

13 0 0 0 OA Why we are made of proteins and nucleic acids: Structural biology views on extraterrestrial life

みんな田上くんのレビューを引用しような！ "Why we are made of proteins and nucleic acids: Structural biology views on extraterrestrial life" https://t.co/oFyWdKGTVV https://t.co/PMtDpfpoYU

47 0 0 0 OA タンパク質の言語モデル

タンパク質の言語モデル https://t.co/3tG06ZRnlG

4 0 0 0 OA 生物界最速のミオシンの構造-機能相関

生物物理学会誌「生物界最速のミオシンの構造－機能相関」https://t.co/k13XnnbcLB 植物や藻類の巨大細胞では拡散による物質混合が遅いから高速なミオシンでオルガネラを引っ張ってかき混ぜる必要があり、それが原形質流動だという話は、いかにも生物物理という感じで非常に興味深かった。

1180 0 0 0 OA 育児休業のすすめ:ニューヨークで専業主夫になった物理学者

昔から何かと凄かった研究室の一つ上の大先輩がめちゃくちゃ面白くてためになる記事を書かれてます。とにかく文才がすごい(語彙力なくてすみません)。子育て研究者はご一読を「育児休業のすすめ：ニューヨークで専業主夫になった物理学者」: https://t.co/Hxg1SBMs6K

56 0 0 0 OA 深層学習を用いた構造モデリングと評価,その最近の展開

AlphaFold2の登場で深層学習による構造モデリングの有用性が広く知られるようになりました。そうした発展を学べる日本語で書かれた総説で、AlphaFold2の原理と限界についても解説されています。 https://t.co/z4gNd22fSd

265 0 0 0 OA レクチャーシリーズ:「シンギュラリティとAI」〔第7 回〕将来の機械知性に関するシナリオと分岐点

２つ目の可能性が正しい場合には、当面は際限なく性能が向上するように見えるだろう。その場合、計算力に関する物理的な制約がクリティカルになることは何度か紹介している私の2018年の論文でシナリオ整理している通り( https://t.co/Lz2OdXsr8k )。(12/15)

56 0 0 0 OA 深層学習を用いた構造モデリングと評価,その最近の展開

日本結晶学会誌に日本語でレビューを書きました。「深層学習を用いた構造モデリングと評価，その最近の展開」ということで、Alphafoldから始まり最近の我々の深層学習を使った電顕の構造モデリングを解説しました。 Wrote a review article in Japanese. https://t.co/UuNPhLIbTS https://t.co/4Z2NMWy9LV

86 0 0 0 OA オリゴヌクレオチド(プライマー)合成,早さの秘密

これは全員読むべし。 オリゴヌクレオチド（プライマー）合成，早さの秘密 https://t.co/zqqybph5Y2

3 0 0 0 OA 分子動力学法ソフトウェアGENESIS の紹介

アンサンブル「分子動力学法ソフトウェア GENESIS の紹介」https://t.co/R3hR0zZEIu 久しぶりに見に行ったら tutorial https://t.co/Wro0uz4ICL も充実していた。

23 0 0 0 標的タンパク質の構造情報のみから結合タンパク質の設計が可能になった

標的タンパク質の構造情報のみから結合タンパク質の設計が可能になった https://t.co/rJbVbq9QZy ファルマシア誌のトピックスにCao L. et al., Nature 2022 "Design of protein-binding proteins from the target structure alone" https://t.co/fMHPpiKy41 を紹介する日本語の記事を書きました。

153 0 0 0 OA AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから

JSBi Bioinformatics Review「AlphaFold2 までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」https://t.co/klAz7cZOnG ありがちな内容かなと軽い気持ちで読み始めたら、evoformer や structure module など仕組みにも踏み込んでいるし、AlphaFold2 以前・以後のツールもよく紹介した大作で関心した。

153 0 0 0 OA AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから

2編目は、東大・森脇さんによる「AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」です。急激な発展と展開を見せているタンパク質立体構造予測の関連問題に関して、トップランナーの森脇さんに歴史的経緯からこれからの展望までを執筆いただきました。https://t.co/dwU5lGqB77

2 0 0 0 OA [6]abinitio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(5)イオンと中性分子の相互作用

アンサンブル「ab initio 分子軌道法で分子間相互作用を計算する (5)イオンと中性分子の相互作用」https://t.co/Rwm3df3bO3 benzene と Mg2+ の cation-pi 相互作用が -100 kcal/mol を超えていて驚いた。そんなに強いのか。

3 0 0 0 OA アミノ酸を指定する遺伝暗号の構造の解明

西村暹先生はKhorana博士のもとで合成DNAからin vitroで作ったRNAをもとにしたコドン暗号の解読に多大な貢献をされています。 1966年に生物物理に書かれた日本語の総説にその詳細が書かれています。 https://t.co/Tsw1HQcCMj

16 0 0 0 OA Effects of Dietary Vitamin D Deficiency on Markers of Skeletal Muscle Mitochondrial Biogenesis and Dynamics

アクセプトされた論文が公開されました。Free accessになっていますので興味のある方は覗いてみてください。 https://t.co/AXppOQdtkk ビタミンD欠乏食が骨格筋のミトコンドリアに及ぼす影響を検証しました。 https://t.co/i84LGWSS85

9 0 0 0 OA Servalcatによるクライオ電子顕微鏡単粒子解析の構造精密化とマップ計算

Servalcatによるクライオ電子顕微鏡単粒子解析の構造精密化とマップ計算 https://t.co/WGb4QpB95N

9 0 0 0 OA Servalcatによるクライオ電子顕微鏡単粒子解析の構造精密化とマップ計算

日本結晶学会誌「Servalcat によるクライオ電子顕微鏡単粒子解析の構造精密化とマップ計算」https://t.co/W24Fly8rDQ 電顕マップの sigma 値は box size に依存してしまうから、論文の図で ○ sigma と書く時は注意が必要という指摘は、言われてみればそうだが、気づかずにいた。

22 0 0 0 OA 低温電子顕微鏡単粒子解析法による高分解能構造解析

日本結晶学会誌「低温電子顕微鏡単粒子解析法による高分解能構造解析」https://t.co/yPUXXxtRZJ 2018 年の総説の続編。SPA が原子分解能に到達するまでのハードウェアとソフトウェアの進展を紹介。

48 0 0 0 OA 薬学・科学で用いられる英単語の接尾語に関する基本的理解の試み

科学用語については、接頭辞や接尾辞などに精通し、英単語をいくつかに分解して理解すると良いと思っているが、こちらの二つのPDFには接頭辞と接尾辞がそれぞれまとまっていて素敵 https://t.co/3VIpPCYrTB https://t.co/uT8DnLlA2q

44 0 0 0 OA 薬学・科学に用いられる英単語の接頭語に関する基本的検討

科学用語については、接頭辞や接尾辞などに精通し、英単語をいくつかに分解して理解すると良いと思っているが、こちらの二つのPDFには接頭辞と接尾辞がそれぞれまとまっていて素敵 https://t.co/3VIpPCYrTB https://t.co/uT8DnLlA2q

16 0 0 0 OA KEKの共同利用型クライオ電子顕微鏡の利用方法

日本結晶学会「KEK の共同利用型クライオ電子顕微鏡の 利用方法」https://t.co/WxaXQNd1x9 電顕の経験がない状況で、ここまでユーザフレンドリな形で共同利用の仕組みを立ち上げたのは大したものだと思う。4 節のサンプル最適化のコツも有用。 Falcon4 導入によるスループット向上で今後も期待できる。

277 0 0 0 OA 分子系統解析の最前線

私が執筆した「分子系統学」の総説が出版になりました！ https://t.co/q0G3cJS3hE… 分子系統学の基礎から始まり、ソフトウェアの紹介、最近の議論のまとめなど、分子系統学に入門し、より良い系統樹推定をするために必要な知識をぎゅっとまとめています。ぜひ、ご一読いただけましたら幸いです。

2 0 0 0 OA たんぱくの一次構造と高次構造 (計算機による高次構造の組立てを中心にして)

日本結晶学会誌「たんぱくの一次構造と高次構造 (計算機による高次構造の組立てを中心にして)」https://t.co/h0jl51vYVn まだ 10 に満たない構造しか解かれていない 1969 年の記事だが、既に CG によるモデル表示や電子密度解釈が試みられ、コンピュータによる構造予測さえ考えられていたことが分かる

266 0 0 0 OA 応用数理の遊歩道(26) : 情報幾何の生い立ち

甘利俊一氏、 情報幾何の生い立ち https://t.co/4koDBgQ8OT より： 「大型研究は，大勢の人を結集し指導者の構想の下に人々を歯車のように使い，3年とか5年の短期間で勝負をつけようとする．こうした研究も必要であろう．また，この中から優秀な人材が育つこともあるだろう…（続く）

2 0 0 0 OA 環状βアミノ酸を含むペプチドフォルダマーによる血液凝固因子FXIIa阻害の構造基盤

日本結晶学会誌「環状 βアミノ酸を含むペプチドフォルダマーによる 血液凝固因子 FXIIa 阻害の構造基盤」https://t.co/Kdm1lKqXpu 導入された環状非天然アミノ酸がいい感じに構造を固定していて、たしかに気持ちいい。

1 0 0 0 OA タンパク質結晶化に応用可能な新規小型抗体フォーマットFv-claspの開発

日本結晶学会誌「タンパク質結晶化に応用可能な新規小型抗体フォーマット Fv-clasp の開発」https://t.co/rybl3I1AvD VC と VL を antiparallel helix bundle でつなぎ、S-S 結合も導入して、従来の Fv より安定化。結晶化シャペロンとして役立つことも実証。賢い。SPA にも応用中とのことで、楽しみ。

3 0 0 0 OA RNA酵素とペプチドの相互作用から探る原始生命進化

生物物理「RNA 酵素とペプチドの相互作用から探る原始生命進化」https://t.co/zx9x6WLnL2 RNA だけだと負電荷で反発してしまうので、塩基性ペプチドが重要な役割を果たしていたのではという話。面白かった。 とりさんは、あらゆる遺伝子の系統樹を作ったら、根本はいくつあるのかが気になっている。

3 0 0 0 OA 学会におけるダイバーシティ(4) 人と学問の出会い

生物物理「学会におけるダイバーシティ (4) 人と学問の出会い」(朴三用) https://t.co/wNtCDVYHcm 古き良き時代の大阪大学や LMB の話がちょっと出ている。

3 0 0 0 OA Snake Cube Puzzleとタンパク質フォールディング

生物物理学会誌「Snake Cube Puzzleとタンパク質フォールディング」https://t.co/b8OPLtaMHh 郷モデルとか整合性原理についてこれまでモヤモヤしたものを感じていたが、この本人による解説を読んで大分すっきりしたし、単純なモデルから複雑な性質が出てくるという統計力学的な面白さも実感できた。

1 0 0 0 OA リレーエッセイ:私が影響を受けた論文(6) らせん対称超分子の立体構造

生物物理「私が影響を受けた論文(6) らせん対称超分子の立体構造」難波啓一 https://t.co/E6X77jz4GV 線維回折に重原子で位相付けて構造を解く技術、今でも引き継いでる人いるんだろうか。こういうの失いたくないなあ。

11 0 0 0 OA タンパク質の立体構造情報はどのようにアミノ酸配列に埋めこまれているか?

フォールディング関係だと金城さんが2006年に書いた総説が今読んでも面白いしおすすめ。 https://t.co/w96cB0IZcA

6 0 0 0 OA 海水淡水化技術の動向と課題

僕らの偉大なる祖父が令和元年秋の勲章、瑞宝章中綬章を受章しました。 逆浸透膜の研究に一生を捧げ、中東や沖縄の海水淡水化施設に利用される技術の基礎を作りました。 https://t.co/c8Y9ylElmD 研究を通じて人類に貢献した祖父を尊敬します。 おめでとう！

55 0 0 0 OA 生物物理学事始(6.生物物理学への発展,学問の系譜-アインシュタインから湯川・朝永へ-,研究会報告)

生物物理学へ 生物物理学事始 - J-Stage https://t.co/7vZHcvjOZ0 大沢文夫 著 - 2006（座長　佐々真一）

17 0 0 0 OA 低温電子顕微鏡による単粒子解析法の最前線

Recent Developments of Single Particle Analysis with Cryoelectron Microscopy (Japanese) https://t.co/cVoa1rVpGW

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