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Yu Nakajima (@nkjmu)

投稿一覧（最新100件）

18 0 0 0 OA Presence of a Haloarchaeal Halorhodopsin-Like Cl− Pump in Marine Bacteria

吉澤さんにご紹介いただいた、好塩菌っぽい性質を持つ、海洋細菌のロドプシンは https://t.co/rMCfdA8hMY に概要を載せています。 元論文は、 https://t.co/2MvlLjoUBo https://t.co/WkzkeHhRv6

5 0 0 0 OA カエルとヤモリが夜でも色が分かるワケ

RT @SATOShinya9: 桿体視細胞が色覚を担う特殊な例。カエル・ヤモリの暗所色覚の背後には桿体内のシグナルノイズ比を向上させる仕組みがあるらしく、本総説では視物質熱安定性の違いを論じている。 個人的には、視物質由来ノイズ低減に温度制御、膜脂質環境、シャペロン的な低分子…

8 0 0 0 OA TEMPURA: Database of Growth TEMPeratures of Usual and RAre Prokaryotes

@fuyunomaeni 培養株なら育ててみてみる、あるいはデータベースから探してきて予測するがfirst stepかなと。測り方自体はそんなに問題にならないような？

403 0 0 0 OA 難関大に進学する女子はなぜ少ないのか ――難関高校出身者に焦点をあてたジェンダーによる進路分化のメカニズム――

RT @m3_myk: 伊佐夏実さんの論文「難関大に進学する女子はなぜ少ないのか」、面白い。難関高校の女子たちは ・男子に比べ自尊感情低め ・浪人回避しがち でもそれ以上に ・偏差値の高さより「資格が取れる」＝働き続けられる職種に就く学部選択を重視 ゆえに難関校に行かない…

27 0 0 0 OA Deep Subseafloor Biogeochemical Processes and Microbial Populations Potentially Associated with the 2011 Tohoku-oki Earthquake at the Japan Trench Accretionary Wedge (IODP Expedition 343)

RT @1031kentakai: そして何より現時点で世界の最も深い場所（海面から6900mの水深と800mのコアを合わせて7700mの深さ）から分離された化学合成微生物＝酢酸菌（Acetobacterium）は可愛いし凄いンゴ。 https://t.co/mw8OEuR9nd

33 0 0 0 OA Light-driven Proton Pumps as a Potential Regulator for Carbon Fixation in Marine Diatoms

RT @qo_opYoshizawa: 珪藻の持つロドプシンの生理的役割を調べた論文が出版されました（Microbes Environ）！ Light-driven Proton Pumps as a Potential Regulator for Carbon Fixatio…

15 0 0 0 OA 自由集会「Ph.D. の育ちかた、育てかた。」を実施して

RT @kyogokujp: 「自由集会『Ph.D.の育ちかた、育てかた。』を実施して」京極・川津（2023）が公開されました。内容や誤字・脱字が気になる方はコチラへ→ https://t.co/sbgSKiljsF

3 0 0 0 OA VOL. 54 中島 悠「イケメンになりたい」

ということで、 中島悠「イケメンになりたい」 https://t.co/adPZKA7m1A および 中島&岩下による若手会開催報告(若手会紹介) https://t.co/YHkpnuKyrD です。

3 0 0 0 OA 微生物生態学@札幌大会での若手会開催報告

ということで、 中島悠「イケメンになりたい」 https://t.co/adPZKA7m1A および 中島&岩下による若手会開催報告(若手会紹介) https://t.co/YHkpnuKyrD です。

3 0 0 0 OA 日本海溝の深海微生物による炭酸暗固定

RT @qo_opYoshizawa: この航海で、日本海溝の微生物による二酸化炭素の取り込みを調べた論文がこれのようです。 ゾベル先生との共著論文。 Seki and ZoBell 1967 https://t.co/zhWh4ct157

10 0 0 0 OA 極小の生命体“CPR/DPANN”群とリボソーム

RT @amikura1986: 謎の極小微生物CPR/DPANNとリボソームについて、生物工学会誌のバイオミディアに書きました.分野発展の一助となれば幸いです.校閲者の先生方にはここで感謝申し上げます.尚,昨年はCPR/DPANN研究会が発足しました.会の情報交換用Slack…

141 0 0 0 OA 生物多様性と文化へと繋がるバイオインフォマティクス

RT @gggtta: おまたせしました、Primersに追加記事として、東海大・松前さんらによる「生物多様性と文化へと繋がるバイオインフォマティクス」を公開しました。様々な広がりを見せる生物多様性情報や文化情報の研究に関する非常に充実した紹介記事となっています。 https:…

10 0 0 0 OA 高校の探究活動における生徒のNOS理解の深まり ―質的データ分析法を用いた生徒の発話分析―

RT @_littlewoods: 論文が公開されました。 データ収集から分析まで２年近くかかった質的研究の結果をまとめています。 質的研究のまとめかたってこれでいいの？って悩みながら書いたものですが、よければご笑覧ください。 J-STAGE Articles - 高校の探究…

3 0 0 0 OA 動物オプシンの機能特性を光操作ツールとして活かす

RT @LabTsuka: 「比較生理生化学」誌に総説を掲載していただきました。オープンアクセスになっています。　https://t.co/FOSRJ40NbN

1 0 0 0 OA 変わりゆく細菌学名との上手な付き合い方

久々にいくつかバイオミディアを見てみたが、大坪さんのこの記事、グッとくるなぁ。 https://t.co/ewJSg2Vxxi

38 0 0 0 OA 細菌叢のシングルセル解析

RT @mahosokawa: 生物工学会誌の特集にて「細菌叢のシングルセル解析」が公開されました。最近話題の2cmの巨大細菌ですが、このゲノムは実はシングルセル解析で読まれています。今何ができるようになったのか、こちらから知っていただけば幸いです。https://t.co/s…

3 0 0 0 OA 大学院生出張授業プロジェクト(BAP) : 9年間の継続的活動を通じた分析と展望

やっていた活動全体については、すでに2017年報告済みです。 https://t.co/TlTAYFI49Z

60 0 0 0 OA ヒトゲノム計画とヒトゲノム完全解読

RT @atsushi_ngs: ４月のヒトゲノム配列の完全解読の一連のツイートから始まった総説執筆ですが公開されました。 少し専門性が高い部分もありますが、一読いただけますと幸いです。本誌はOAですので無料で他の記事も読めます。若い雑誌で掲載数は少ないですが興味深い論文があり…

5 0 0 0 OA マニアの社交場「BAP cafe」 : “狭く深いサイエンスカフェ”の魅力

@saoresearch 院生(同士)との交流の場にもなってたように思いますね。 やはり修士で入ってきて、その後運営に、となると博士課程の学生がいることが継続の条件なのですが、なかなか難しいですね…。 もしよろしければ、我々の和文も是非… https://t.co/YXUePBn1Jz https://t.co/4Y5akF1QuZ

3 0 0 0 OA 大学院生出張授業プロジェクト(BAP) : 9年間の継続的活動を通じた分析と展望

@saoresearch 院生(同士)との交流の場にもなってたように思いますね。 やはり修士で入ってきて、その後運営に、となると博士課程の学生がいることが継続の条件なのですが、なかなか難しいですね…。 もしよろしければ、我々の和文も是非… https://t.co/YXUePBn1Jz https://t.co/4Y5akF1QuZ

4 0 0 0 OA メタゲノムデータ解析から見る環境微生物像

RT @gggtta: Primers1編目は、新潟大・奥田さんによる「メタゲノムデータ解析から見る環境微生物像」です。次世代DNAシークエンサーを用いて環境微生物を研究するメタゲノム解析（およびメタ16S解析）における必要不可欠なデータ解析の目的と手法が簡潔にまとめられていま…

277 0 0 0 OA 分子系統解析の最前線

RT @gggtta: 総説2篇目は、東大・松井さんによる「分子系統解析の最前線」です。分子系統樹推定に関わる様々なトピックを包括的にまとめられており、推薦図書や参考文献も多くまとめらているので、これから系統解析を勉強する人に絶対オススメです。https://t.co/eqSf…

18 0 0 0 OA Presence of a Haloarchaeal Halorhodopsin-Like Cl− Pump in Marine Bacteria

ま、Chitinophagaは、自分の論文の系統樹の中に入れてるんですけどねw https://t.co/2MvlLjFXDo

7 0 0 0 OA 黄砂バイオエアロゾル学:大気中を浮遊する微生物

@avecmesailes 代謝とか増殖しているとかそういう意味で使っています。つまり巻き上げられた（海の表面からの波飛沫とかも含む）あと、上空で積極的に生命活動しているか、芽胞のように「耐え忍んでいるか」というと微妙なラインやろうし、後者のイメージやなぁと。 金沢大はそれで有名。 https://t.co/yfGXbtX4Qx

28 0 0 0 OA VOL. 48 長谷川 万純

RT @chome0509: 微生態の和文誌に、恐れ多くもイケジョとして寄稿しました。自分に自信がなく「なんとなく」過ごしていた高校時代から、博士課程に進もうと思った経緯を書きました。私のように博士進学を考えていなかった学生さんが、1人でも多く博士課程に興味を持ってもらえたら嬉…

24 0 0 0 OA 日本産淡水海綿の概説および日本産の種について

カイメンの本読んでて、ふと「淡水種ってどれくらいおるんやろ？」と思ったら、(資料は古いけど)国内25種、世界でも150種くらいと、非常に限られてるみたい。 https://t.co/OfNqVMJswl 琵琶湖にもおるみたいやし、(1度しか採取記録はないが)オオツカイメンという固有種もいると

14 0 0 0 OA 湖沼の微生物生態系が教えてくれること

RT @yokadzaki: 微生態学会の和文誌に寄稿しました。湖水の微生物多様性研究について日本語で何か書いておきたいなとずっと思っていたのでよかったです pdf: https://t.co/MTAsbNo87Z

2 0 0 0 OA M&E編集委員長から

RT @1031kentakai: 日本微生物生態学会誌の名物コラム 「M&E編集委員長からのラブレター」の最新話だお。 https://t.co/tzEuTeukCz

18 0 0 0 OA Presence of a Haloarchaeal Halorhodopsin-Like Cl− Pump in Marine Bacteria

既に見解は示されているものの、当論文におけるFig.4やTable1、Fig6のRubricoccus, Ruvrivirgaの活性測定、分光学的解析はNakajima et al. 2018 https://t.co/jnmKoIuJeF で示しているので、color turningの話やとしても、引用されいいのではと読んでいて思いました。 非常に残念です。 https://t.co/iBUiuobx2W

18 0 0 0 OA Bacterium Lacking a Known Gene for Retinal Biosynthesis Constructs Functional Rhodopsins

Our paper has been published!! 論文が公開になりました！ https://t.co/GcD15aQgoL "Bacterium Lacking a Known Gene for Retinal Biosynthesis Constructs Functional Rhodopsins" (1/7)

18 0 0 0 OA Presence of a Haloarchaeal Halorhodopsin-Like Cl− Pump in Marine Bacteria

シアノロドプシンの隣、シアノバクテリアルハロロドプシンは、論文自体で触れられているけど、実は、Nakajima et al. 2018で報告した海洋細菌の配列も含まれているクラスターなんで、みんな！忘れないでね！RmHR https://t.co/2MvlLjFXDo https://t.co/gjVVyXWwEP

44 0 0 0 OA 運動能の系統樹 ―生命の系統樹における運動システム進化についての提案―

RT @miyata_makoto: 「運動能の系統樹―生命の系統樹における運動システム進化についての提案―」を生物物理学会の邦文誌で発表しました．いろんな方に楽しんでいただけると思います．英語論文の日本語紹介ビデオもあります． https://t.co/gPs3Xw0z7N…

6 0 0 0 OA Library Construction from Subnanogram DNA for Pelagic Sea Water and Deep-Sea Sediments

いよいよ、もうすぐ環境サンプルにも手を出すということで、昨日教えてもらったHirai et al. 2017(https://t.co/6cHdCDL2fV)の、 超微量環境DNAサンプルをつかったサンプル調整、シーケンスバイアスに関する論文読む

9 0 0 0 OA Recent Topics on Deep-Sea Microbial Communities in Microbes and Environments

RT @1031kentakai: おお、年末から新年にかけての怒濤のただ働き（原稿）第1弾がでてる〜。最近のMicrobes & Environmentsに掲載された論文をピックアップエッセイすることでアレをアレする所業。2回連続で編集長（ワイ）が書いた。希望者おらんか。 h…

3 0 0 0 OA 大学院生出張授業プロジェクト(BAP) : 9年間の継続的活動を通じた分析と展望

アウトリーチについて、まさしく！という文章やった>RT。 ちなみに「院生→中高生」の構図に関してのアウトリーチについては、比較的、中島ら2017(https://t.co/TlTAYFZ7bZ)に書いたつもりやし、「研究者による最先端の内容を一般向けに」というのは菊池ら2017(https://t.co/9PPstItgeM)にある。

5 0 0 0 OA マニアの社交場「BAP cafe」 : “狭く深いサイエンスカフェ”の魅力

アウトリーチについて、まさしく！という文章やった>RT。 ちなみに「院生→中高生」の構図に関してのアウトリーチについては、比較的、中島ら2017(https://t.co/TlTAYFZ7bZ)に書いたつもりやし、「研究者による最先端の内容を一般向けに」というのは菊池ら2017(https://t.co/9PPstItgeM)にある。

18 0 0 0 OA Presence of a Haloarchaeal Halorhodopsin-Like Cl− Pump in Marine Bacteria

M&E掲載された2018年度論文の委員会推薦優秀論文の1つに選んで頂きました！ ありがとうございます！ https://t.co/BlE6CDloEl (結果講評) https://t.co/jnmKoIMkDf (論文 open access)

18 0 0 0 OA Presence of a Haloarchaeal Halorhodopsin-Like Cl− Pump in Marine Bacteria

このグループがどんなロドプシンを持ってるかというのと16S rRNA系統樹については、 https://t.co/jnmKoIuJeF こういうのがありまして。 （系統樹とかロドプシンの情報、もう少し更新したデータはNCBI内なども含めアップデートはされているけど）

16 0 0 0 OA Presence of a Haloarchaeal Halorhodopsin-Like Cl– Pump in Marine Bacteria

RT @BejaLab: WOW! Presence of a haloarchaeal #halorhodopsin-like Cl– pump in marine bacteria!! https://t.co/CigIXSueeo https://t.co/GrIxoEj…

16 0 0 0 OA Presence of a Haloarchaeal Halorhodopsin-Like Cl– Pump in Marine Bacteria

論文が早期アクセスで公開となりました。 https://t.co/xIaFg9T7uP 今回、新規のCl-を輸送(ポンプ)するロドプシンを海洋細菌Rubricoccus marinus, Rubrivirga marinaから発見しました。Cl-ポンプは高塩分環境に生息する好塩古細菌・細菌が持つハロロドプシン(HR)が最初に知られており、（続）

402 0 0 0 5373 京都・鴨川河川敷に坐る人々の空間占有に関する研究

@yukiku0927 @ikuehirata 論文よんで落ちつこ・・・ｸﾞﾊｯ http://t.co/y29EOAZYDD

8542 0 0 0 皇居におけるタヌキの食性とその季節変動

RT @takaike: 天皇陛下が書いた論文出てきたｗｗｗｗすっげえｗｗｗｗ所属が「御所」になっとるｗｗｗｗ　http://t.co/hjNkJUGv

お気に入り一覧（最新100件）

2 0 0 0 OA 絶対的菌寄生菌 Cryptomycocolax sp. の培養系の確立とその分類学的研究

Colacosomeと言えば、亡くなった後輩が扱っていたCryptomycocolax。皆で大騒ぎしたのが懐かしい。 https://t.co/PJg4iJmqcy

5 0 0 0 OA カエルとヤモリが夜でも色が分かるワケ

桿体視細胞が色覚を担う特殊な例。カエル・ヤモリの暗所色覚の背後には桿体内のシグナルノイズ比を向上させる仕組みがあるらしく、本総説では視物質熱安定性の違いを論じている。 個人的には、視物質由来ノイズ低減に温度制御、膜脂質環境、シャペロン的な低分子の関与を疑う https://t.co/ce2hhl5YL3

4 0 0 0 OA The insights into calcium ion selectivity provided by ancestral prokaryotic ion channels

電位依存性Caチャネルの細菌での発見とイオン選択性理解への貢献に関する総説 原核生物ではNa透過型しか知られてなかったが、祖先型に近い一群からCa透過型を発見し、真核生物のホモログにも保存されながら見逃されていたグリシンのイオン選択性への寄与が発見された #BNTNJC https://t.co/jwrw5A4JQW

27 0 0 0 OA Deep Subseafloor Biogeochemical Processes and Microbial Populations Potentially Associated with the 2011 Tohoku-oki Earthquake at the Japan Trench Accretionary Wedge (IODP Expedition 343)

そして何より現時点で世界の最も深い場所（海面から6900mの水深と800mのコアを合わせて7700mの深さ）から分離された化学合成微生物＝酢酸菌（Acetobacterium）は可愛いし凄いンゴ。 https://t.co/mw8OEuR9nd

33 0 0 0 OA Light-driven Proton Pumps as a Potential Regulator for Carbon Fixation in Marine Diatoms

珪藻の持つロドプシンの生理的役割を調べた論文が出版されました（Microbes Environ）！ Light-driven Proton Pumps as a Potential Regulator for Carbon Fixation in Marine Diatoms https://t.co/kPFPClxlYR

47 0 0 0 OA タンパク質の言語モデル

総説1編目は、東大・山口さんらによる「タンパク質の言語モデル」です。大規模言語モデルが世間を賑わしていますが、言語モデルの応用は自然言語処理にとどまりません。本稿ではタンパク質に対しても言語モデルが利用でき、かつそのポテンシャルを解説いただきました。https://t.co/8cdjtV2MjV

10 0 0 0 OA 極小の生命体“CPR/DPANN”群とリボソーム

謎の極小微生物CPR/DPANNとリボソームについて、生物工学会誌のバイオミディアに書きました.分野発展の一助となれば幸いです.校閲者の先生方にはここで感謝申し上げます.尚,昨年はCPR/DPANN研究会が発足しました.会の情報交換用Slackに興味ある方は連絡いただければ嬉しいです.https://t.co/cokn4N70sB

1 0 0 0 OA マコガレイの視感度特性の成長変化

@nkjmu こちらはマコガレイの例。最大応答波長は生息水深が深くなる（太陽からの赤の光が減ってくる）ほど短波長側に寄ります。ご参考まで。

1 0 0 0 OA 魚類の生息環境と色覚

@nkjmu 例えばこんな文献がありますね（リンク先はPDFです）。第2図のグラフが興味深い。 https://t.co/7LHZXPzvZb

141 0 0 0 OA 生物多様性と文化へと繋がるバイオインフォマティクス

おまたせしました、Primersに追加記事として、東海大・松前さんらによる「生物多様性と文化へと繋がるバイオインフォマティクス」を公開しました。様々な広がりを見せる生物多様性情報や文化情報の研究に関する非常に充実した紹介記事となっています。 https://t.co/wlrzDJouXI

10 0 0 0 OA 高校の探究活動における生徒のNOS理解の深まり ―質的データ分析法を用いた生徒の発話分析―

論文が公開されました。 データ収集から分析まで２年近くかかった質的研究の結果をまとめています。 質的研究のまとめかたってこれでいいの？って悩みながら書いたものですが、よければご笑覧ください。 J-STAGE Articles - 高校の探究活動における生徒のNOS理解の深まり https://t.co/YdVSjGLVTL

3 0 0 0 OA 動物オプシンの機能特性を光操作ツールとして活かす

「比較生理生化学」誌に総説を掲載していただきました。オープンアクセスになっています。　https://t.co/FOSRJ40NbN

73 0 0 0 OA 真核生物の高次分類体系の改訂―Adl et al. (2019)について―

真核生物の高次分類体系の改訂―Adl et al. (2019)について― https://t.co/e8akUPGFg9

38 0 0 0 OA 細菌叢のシングルセル解析

生物工学会誌の特集にて「細菌叢のシングルセル解析」が公開されました。最近話題の2cmの巨大細菌ですが、このゲノムは実はシングルセル解析で読まれています。今何ができるようになったのか、こちらから知っていただけば幸いです。https://t.co/spwnS4Hux5

60 0 0 0 OA ヒトゲノム計画とヒトゲノム完全解読

４月のヒトゲノム配列の完全解読の一連のツイートから始まった総説執筆ですが公開されました。 少し専門性が高い部分もありますが、一読いただけますと幸いです。本誌はOAですので無料で他の記事も読めます。若い雑誌で掲載数は少ないですが興味深い論文がありますのでぜひ。 https://t.co/PJQ66zdbma

96 0 0 0 OA Phenotypic systems biology for organisms: Concepts, methods and case studies

論文が出ました Phenotypic systems biology for organisms: Concepts, methods and case studies 表現型システム生物学：概念、方法、ケーススタディ https://t.co/WAYmUQnYf3 遺伝子中心のシステム生物学を、表現型（形態、行動、生活史など）に拡張する野心的な試みです。新分野の創出を目論みます https://t.co/JC8nJpfuQr

14 0 0 0 OA 湖沼の微生物生態系が教えてくれること

微生態学会の和文誌に寄稿しました。湖水の微生物多様性研究について日本語で何か書いておきたいなとずっと思っていたのでよかったです pdf: https://t.co/MTAsbNo87Z

18 0 0 0 OA Bacterium Lacking a Known Gene for Retinal Biosynthesis Constructs Functional Rhodopsins

とある微生物は既知のレチナール合成遺伝子を持たないのに、レチナールを合成してちゃんとロドプシンを機能させるらしい 未知のレチナール合成遺伝子があるかもしれないとな https://t.co/YTLxtR3Xsp

18 0 0 0 OA Bacterium Lacking a Known Gene for Retinal Biosynthesis Constructs Functional Rhodopsins

Bacterium Lacking a Known Gene for Retinal Biosynthesis Constructs Functional Rhodopsins https://t.co/aNQTorppfw

18 0 0 0 OA Bacterium Lacking a Known Gene for Retinal Biosynthesis Constructs Functional Rhodopsins

既知レチナール合成遺伝子を持たないバクテリアが作るロドプシンは働くのか？働かないのか？ その一つの答えになる論文が出版されました。 Bacterium Lacking a Known Gene for Retinal Biosynthesis Constructs Functional Rhodopsins https://t.co/IXrx65GZhQ

9 0 0 0 OA Recent Topics on Deep-Sea Microbial Communities in Microbes and Environments

おお、年末から新年にかけての怒濤のただ働き（原稿）第1弾がでてる〜。最近のMicrobes & Environmentsに掲載された論文をピックアップエッセイすることでアレをアレする所業。2回連続で編集長（ワイ）が書いた。希望者おらんか。 https://t.co/akkBLSnodN

19 0 0 0 バイオイメージインフォマティクスにおける機械学習技術の活用

もう１個あります。 バイオイメージインフォマティクスにおける機械学習技術の活用 https://t.co/ax6RIyboDb

16 0 0 0 OA Presence of a Haloarchaeal Halorhodopsin-Like Cl– Pump in Marine Bacteria

WOW! Presence of a haloarchaeal #halorhodopsin-like Cl– pump in marine bacteria!! https://t.co/CigIXSueeo https://t.co/GrIxoEjYxb

35 0 0 0 OA Three New Shallow Species of Taeniogyrus and Rowedota (Echinodermata: Holothuroidea: Apodida: Chiridotidae: Taeniogyrinae) from Southern Japan

共著論文が出版されました！ 砂の隙間から見つかったナマコを3新種記載した論文です。成熟個体でも1 cmあるかないかくらいの極小ナマコです。OPEN ACCESSです→ https://t.co/Dhcj7EcMSV

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