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Chocota (@nicoruSKY0703)

投稿一覧（最新100件）

6 0 0 0 OA 3Dプリンターを用いたタンパク質分子模型の製作とその利用

3Dプリンターを用いたタンパク質分子模型の製作とその利用, 川上　勝, 生物物理55, 2015 かなり前の記事だけど、興味ある方多いかなと思ったので 磁石は何かで穴を開けてはめるのかな？やったことない https://t.co/TfPelhCcYB

14 0 0 0 OA Snake cube puzzle and protein folding

スネークキューブパズルを蛋白質に見立てたフォールディングシミュレーション論文 著者は郷信広京大名誉教授 https://t.co/OczRnUu2dT 東工大の田口英樹教授による上記の論文解説 https://t.co/nuKtYTL5Te

お気に入り一覧（最新100件）

33 0 0 0 OA 蛋白質フォールディングの物理を探る

日本物理学会誌は宝の山。なぜタンパク質は正しく折り畳まれるのか。 https://t.co/8VEnSDe8ba タンパク質の機能はその形が決める。だが、決まった並びのタンパク質にも無数のエネルギー極小状態がある。エルゴード的に探していては基底状態にたどりつくのに宇宙年齢くらいかかる。どうなってるの？

1 0 0 0 OA ATP合成酵素から進化したマイコプラズマ滑走モーターの構造

生物物理学会誌 「ATP 合成酵素から進化したマイコプラズマ滑走モーターの構造」https://t.co/EYR764RK0I これは面白い。モータ部分と足蛋白質の動きの関係とか、今後の研究が楽しみだ。

32 0 0 0 OA AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測(基礎編)

続・生物工学基礎講座－バイオよもやま話－ AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測（基礎編） 富井 健太郎https://t.co/sHhlyggVO1

3 0 0 0 OA Collective motion of rod-shaped self-propelled particles through collision

高密度条件における棒状の自走粒子が形成するパターンの総説 伸長した大腸菌やダイニンで運ばれる微小管による並進や環状構造形成のパターンが紹介されており、その根本にある物理法則も紹介されている #BNTNJC https://t.co/l5rv7LYIWn

7 0 0 0 OA リレーエッセイ:私が影響を受けた論文(9) 生物ゆらぎと情報

「バイアスブラウン運動モデルでは，ミオシンはブラウン運動の右か左かを判断することで一方向の運動を生み出している」 「シラードエンジンの右左の判断をするデーモンの役割をミオシンが行っていたのです！ミオシンが情報とエネルギー（仕事）をつないでいたのです！」 https://t.co/j1boUV9wzm

43 0 0 0 OA 生きものが機械でもいいじゃない

生きものが機械でもいいじゃない https://t.co/OiuHS4D2nk

21 0 0 0 OA Why we are made of proteins and nucleic acids: Structural biology views on extraterrestrial life

生物はなぜタンパク質と核酸を構成因子とするのか？に関する総説 構造生物学的な観点から生体機能分子に成り得る分子の制約を考えた際、核酸であるDNAに情報を蓄積し、ペプチド鎖でできたタンパク質で様々な機能を果たす系は生物にとってかなりリーズナブルとのこと #BNTNJC https://t.co/nrX7x6zcOH

13 0 0 0 OA Why we are made of proteins and nucleic acids: Structural biology views on extraterrestrial life

[Review Article (Invited)] Why we are made of proteins and nucleic acids: Structural biology views on extraterrestrial life https://t.co/0iTgYh2bIQ 面白い。

44 0 0 0 OA グレリンの発見についての裏話

児島将康先生の『グレリンの発見についての裏話』って記事は、生物系で研究やったりする人は一度読んどくと良いかもしれませんね　https://t.co/TlSU61e3G3

10 0 0 0 OA 超解像蛍光顕微鏡の原理・限界と将来像

日本結晶学会誌「超解像蛍光顕微鏡の原理・限界と将来像」https://t.co/N9nAGwNDmk 実際に使われる光子数とか具体的でイメージしやすかった。でも、これはとりさんが、「電子顕微鏡なら ○ e/Å^2 くらい」という感覚を持っているからであって、そうでなければ数字は逆に鬱陶しかったかも。難しい。

5 0 0 0 OA BioSAXSを活用した生体高分子の溶液構造状態推定

日本結晶学会誌 / 65 巻 (2023) 1 号 特集　X線の次 BioSAXSを活用した生体高分子の溶液構造状態推定 清水 伸隆 https://t.co/snp76Xk5on

86 0 0 0 OA オリゴヌクレオチド(プライマー)合成,早さの秘密

これは全員読むべし。 オリゴヌクレオチド（プライマー）合成，早さの秘密 https://t.co/zqqybph5Y2

1 0 0 0 OA 1アミノ酸変異によって光サイクル型視覚ロドプシンを創製する

生物物理学会誌「1 アミノ酸変異によって光サイクル型視覚ロドプシンを創製する」https://t.co/Uap8f9rsNQ この前 melanopsin の話題があったが、Opn5L1 は正真正銘のサイクル型で、retinal が外れず元に戻る(しかも all-trans が安定)だという。こういう変わり種はとても好き。

4 0 0 0 OA 複眼のタイルパターンを決める幾何学機構

生物物理学会誌「複眼のタイルパターンを決める幾何学機構」https://t.co/Kqp5zpFc5x 昆虫の複眼は六角形タイルとは限らず、正方形タイルになる変異体があって、どちらになるかはボロノイ分割で説明できるという。興味深い。

1 0 0 0 OA 生体膜上で形成される低親和性タンパク質間相互作用の構造生物学的研究

日本結晶学会誌「生体膜上で形成される低親和性タンパク質間相互作用の構造生物学的研究」https://t.co/cFRhhR6Znh 膜内プロテアーゼ RseP は基質膜蛋白質を helix から sheet に変化させて認識・切断するとか、とても面白い。ただ KkRseP 構造は変性してるのを無理やり議論してる感が否めない。

23 0 0 0 標的タンパク質の構造情報のみから結合タンパク質の設計が可能になった

標的タンパク質の構造情報のみから結合タンパク質の設計が可能になった https://t.co/rJbVbq9QZy ファルマシア誌のトピックスにCao L. et al., Nature 2022 "Design of protein-binding proteins from the target structure alone" https://t.co/fMHPpiKy41 を紹介する日本語の記事を書きました。

9 0 0 0 OA 深層学習によるタンパク質の機能予測と設計

生物工学会誌の創立100周年記念企画「機械学習とバイオテクノロジー」に寄稿しました。「深層学習によるタンパク質の機能予測と設計」と題して、タンパク質工学における言語モデル、配列探索、構造と配列の同時探索（ハルシネーション）などについて書きました。 https://t.co/ZvILM6sUDY

153 0 0 0 OA AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから

2編目は、東大・森脇さんによる「AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」です。急激な発展と展開を見せているタンパク質立体構造予測の関連問題に関して、トップランナーの森脇さんに歴史的経緯からこれからの展望までを執筆いただきました。https://t.co/dwU5lGqB77

62 0 0 0 OA リサーチ・クエスチョンの理論化

『残念なことに，自分の論文を数え切れないほど繰り返し見るというのが，私たちが行っている研究の本質なのである。それは同時に，数え切れないほど繰り返し論文を書き直すということでもある。というのも，残念なことに，それが良い論文を書くための唯一の方法だからである』 https://t.co/h4kVo5eKah

1 0 0 0 OA 龍涎香の人工合成系の確立に向けて 新規アンブレイン合成酵素の創出

化学と生物「龍涎香の人工合成系の確立に向けて: 新規アンブレイン合成酵素の創出」https://t.co/syZhZ7mYyS テルペン環化酵素を改変して、マッコウクジラの腸管結石であり香料として重宝される竜涎香の有用成分 ambrein を squalene から人工合成。

1 0 0 0 OA 超好熱性サチライシンをモデルにみるタンパク質フォールディングの高温環境適応戦略 Tk-subtilisinと3つの挿入配列

化学と生物「超好熱性サチライシンをモデルにみるタンパク質フォールディングの高温環境適応戦略」https://t.co/XO79TR9qix fold した蛋白質の耐熱性をあげる機構とは別に高温下での folding を助ける仕組みがあるとは知らなかった。 Subtilisin の b って黙字とは思わないのだが、なぜサチライシン?

1 0 0 0 OA 分子の知恵の輪で作る多孔性結晶と力学的特性

日本結晶学会誌「分子の知恵の輪で作る多孔性結晶と力学的特性」https://t.co/mRk6OaWQSn Catenane で MOF を作ってみたという話。結晶性を保ったまま温度依存的に pore サイズが変わるのが面白い。

3 0 0 0 OA 高分解能中性子構造から明らかになったタンパク質中のペプチド結合における新しい描像

日本結晶学会誌「高分解能中性子構造から明らかになったタンパク質中のペプチド結合における新しい描像」https://t.co/PlJuUSk6Ba ペプチド結合の平面性の崩れを、中性子回折による amide proton の可視化によって検討している。

1 0 0 0 OA 研究資金「おそざき」はどうかな

おそざきは吉田先生のアイデアだったりする https://t.co/FhR1foLiVG

3 0 0 0 OA クモ糸高機能発現メカニズムの解明:人工クモ糸の強度を倍化するSpiCEの発見

J-STAGE Articles - クモ糸高機能発現メカニズムの解明：人工クモ糸の強度を倍化するSpiCEの発見 https://t.co/NmNxWhl7U8

334 0 0 0 OA 「スイーツや料理をおいしく感じる」科学

この7月から週2回ほど元ボスにラボに来てもらっているが、その際に講義の内容などについて話すことが多い。その際、元ボスから聞いた「果物はなぜ冷やすと甘いか」という話がとても面白い。こちらの総説の解説が分かりやすい。このネタ、2年生向け生化学の講義に取り入れよう https://t.co/tlh2cSS8bu

3 0 0 0 OA クモ糸高機能発現メカニズムの解明:人工クモ糸の強度を倍化するSpiCEの発見

生物物理学会誌「クモ糸高機能発現メカニズムの解明: 人工クモ糸の強度を倍化する SpiCE の発見」https://t.co/YRcx4DaQQw これの線維構造とか解析したら面白そうだと思ったが、機能発現には多階層での構造が重要となるとやっかいだな……

5 0 0 0 OA ヨーグルトの美味しさを決めるもの

生物工学の記事めっちゃ面白いの多いね。生態学ともマッチングめっちゃよさそう。 『ヨーグルトの美味しさを決めるもの』 山本 恵理 https://t.co/O6uV1irlEX

38 0 0 0 OA 細菌叢のシングルセル解析

生物工学会誌の特集にて「細菌叢のシングルセル解析」が公開されました。最近話題の2cmの巨大細菌ですが、このゲノムは実はシングルセル解析で読まれています。今何ができるようになったのか、こちらから知っていただけば幸いです。https://t.co/spwnS4Hux5

22 0 0 0 OA 低温電子顕微鏡単粒子解析法による高分解能構造解析

日本結晶学会誌「低温電子顕微鏡単粒子解析法による高分解能構造解析」https://t.co/yPUXXxtRZJ 2018 年の総説の続編。SPA が原子分解能に到達するまでのハードウェアとソフトウェアの進展を紹介。

1 0 0 0 OA NMRから見たアミロイドβペプチドの線維化機構解析

生物物理学会誌「NMR から見たアミロイド β ペプチドの線維化機構解析」https://t.co/5YhoAFtzAl 線維、あるいはそこに至る中間体とは別のオリゴマーに毒性があると考えるなら、病理組織由来の線維と構造比較で検証できないから、なおさら in vitro で観察したオリゴマーが細胞内のものと同一か懸念。

14 0 0 0 OA 原始生命を模した分子複製システムの進化と改良

原始生命を模した分子複製システムの進化と改良　 https://t.co/qthnYOAoSp 今年3月の講演＠生命の起源および進化学会についての解説記事 (日本語総説) が学会誌に掲載されました。原始生命の進化を紐解くための一つのアプローチについて簡単にまとめています。よろしければご覧ください。

10 0 0 0 OA 生物物理学の概念と展望

「生物物理」刊行60周年記念　連続座談会Ⅲ 生物物理学の概念と展望 今井 正幸, 古賀 信康, 佐甲 靖志, 原田 慶恵, 古澤 力, 澤井 哲, 田口 英樹 https://t.co/6ARHiqGI2y

6 0 0 0 OA 広がる生物物理学の研究対象

J-STAGE Articles - 広がる生物物理学の研究対象 出席者：岡田眞里子（阪大），津本浩平（東大），永井健治（阪大），野地博行（東大），坂内博子（早大） 司会：須藤雄気（岡山大），柳澤実穂（東大）https://t.co/t4vHz7AtT4

1 0 0 0 OA タンパク質結晶化に応用可能な新規小型抗体フォーマットFv-claspの開発

日本結晶学会誌「タンパク質結晶化に応用可能な新規小型抗体フォーマット Fv-clasp の開発」https://t.co/rybl3I1AvD VC と VL を antiparallel helix bundle でつなぎ、S-S 結合も導入して、従来の Fv より安定化。結晶化シャペロンとして役立つことも実証。賢い。SPA にも応用中とのことで、楽しみ。

1 0 0 0 OA キャリアデザイン談話室(4) 研究分野を変える「勇気」~自身の研究ワールドを築こう~

生物物理学会誌「キャリアデザイン談話室(4) 研究分野を変える「勇気」～自身の研究ワールドを築こう～」(稲葉謙次) https://t.co/GoTVxFzEW1 Cambridge の Alan Fersht のラボにいたらしいが、「スタッフを合わせると 50 人を超える大所帯」と LMB では考えにくい状況。大学側と兼任だったのかな。

394 0 0 0 OA 塩化カリウム施肥圃場で栽培された稲の土壌からの放射性セシウムの移行係数の経年減少(2015~2019年)

「セシウムは年々土壌に固定され稲に吸収されにくくなる」 ふくしま再生の会と東大農学部で地道に続けてきた研究の成果が論文公開されました。 https://t.co/m3UH5HY3X5

46 0 0 0 OA 表現型システムの生物物理

生物物理「表現型システムの生物物理」https://t.co/D3cUWGhRpy 面白そうなテーマなのに解説が抽象的で消化不良。とくに、要素の相互作用をどう定義しているのか分からなかった。蝶の羽の模様の例を詳しく書いてほしかった。

11 0 0 0 OA タンパク質の立体構造情報はどのようにアミノ酸配列に埋めこまれているか?

フォールディング関係だと金城さんが2006年に書いた総説が今読んでも面白いしおすすめ。 https://t.co/w96cB0IZcA

6 0 0 0 OA アミロイドの代謝制御と構造多型

生物物理「アミロイドの代謝制御と構造多型」https://t.co/5MvWw3HXuq 面白かった。amyloid を脱凝集させるとかえって seed を作って propagation を促進しうるということは重要だと思う。あと、構造多型の由来についての仮説も面白い。 酵母プリオンのアミロイドも電顕で構造が解かれるべき。

22 0 0 0 OA エンドセリンB型受容体の結晶構造と活性化機構の解明

志甫谷渉 @shihoya1 さんの記事にはグッときた。和文総説では、みんなもっと苦労話とか裏話を書いたらいいよ。 すごい研究成果を出す人は超人のように思えてくるけど、当然ながら、みんな、普通の人、なんだよね。 @t2438 さんや幾多の恩師への感謝も綴られている。 https://t.co/jZqp2vbsVL

12 0 0 0 OA スピロヘータの形と運動

スピロヘータの運動面白いですよね。実はこれもべん毛なんです！ 実は細胞内にべん毛があるんですよ！！変態ですね！！ みんなこれを読もう↓↓ https://t.co/0LsieS72s7

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