著者

Shigeharu Ishida Hideaki Umeyama Mitsuo Iwadate Y-h.Taguchi

雑誌

研究報告バイオ情報学(BIO)

巻号頁・発行日

vol.2012, no.12, pp.1-6, 2012-06-21

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Drug discovery for autoimmune diseases is recently recognized to be an important task. In this study, we try to perform structure prediction of proteins whose gene promoter regions were previous reported to be specifically methelysed or de-methylased commonly for three autoimmune diseases, systemic lupus erythematosus, rheumatoid arthritis, and dermatomyositis. FAMS were employed for this purpose and we can predict three dimensional structure with significantly small enough P-values. Most of them are suggested to be self immunology related proteins and will be important drug target candidates. We also found some proteins which form complex with each other. The possibility of a new drug target, i.e., suppression of protein complex formation is suggested.Drug discovery for autoimmune diseases is recently recognized to be an important task. In this study, we try to perform structure prediction of proteins whose gene promoter regions were previous reported to be specifically methelysed or de-methylased commonly for three autoimmune diseases, systemic lupus erythematosus, rheumatoid arthritis, and dermatomyositis. FAMS were employed for this purpose and we can predict three dimensional structure with significantly small enough P-values. Most of them are suggested to be self immunology related proteins and will be important drug target candidates. We also found some proteins which form complex with each other. The possibility of a new drug target, i.e., suppression of protein complex formation is suggested.

著者

西川 智太郎 PARK Y-J PARK Young-Jun

出版者

独立行政法人農業生物資源研究所

雑誌

特別研究員奨励費

巻号頁・発行日

2011

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アマランサスにおけるデンプン合成酵素遺伝子群の解明及びアマランサスの利用の高度化を目的として、以下の研究を実施した。1.アマランサスにおける低アミロース性の合成メカニズム解明:GBSSII遺伝子を確認することはできなかった.現在,デンプン呈色反応で低アミロース性を示す原因として,アミロペクチンの超長鎖の確認を進めている.A. cruentus(PI 433228)のSSSII,SBE遺伝子を同定した.SSSII,SBEは種子発達過程を通じて,貯蔵器官および非貯蔵器官において継続的に発現していた.世界各地に由来する68系統の子実用アマランサスのSSSIを同定し,GBSSIの多様性情報と合わせてそれぞれの種に固有な制限酵素認識配列を検索し,栽培3種の同定が可能なマーカーを作成した.2.低アミロース性品種の作出:M3栽培および調査を行い,これまでに早生性を示す3系統を確認した.今後,残りの系統の形質調査を継続して行うと共に,早生変異系統については早生形質の安定性について確認する.3.加工適性および食味試験評価:性質の異なるアマランサス(モチ性,ウルチ性,低アミロース性)の,生粉およびポップ粉の物性の違いを明らかにした.その結果,モチ性の生粉は小麦粉に非常に類似した特性を示し,小麦粉代替素材として利用できる可能性があること,モチ性ポップ粉は,水を加えてこねると小麦粉のパン生地のような状態になるため,パン加工やクッキーの生地等への応用できる可能性があること等を明らかにした。食味試験評価を,モチ性,低アミロース性およびウルチ性の3系統で,白米との混炊による食味評価試験を行った結果,低アミロース性の評価が高かった.今後嗜好性の高い品種を普及させることにより,消費者の利用拡大に繋がる可能性がある.

著者

MATSUHISA Y.

雑誌

Geochim. Cosmochim. Acta

巻号頁・発行日

vol.43, pp.1131-1140, 1979

被引用文献数

38

著者

TAI Y. C.

雑誌

Phys Med Biol

巻号頁・発行日

vol.46, pp.1845-1862, 2001

被引用文献数

8 237

著者

Y-H.Taguchi Yoshiki Murakami

雑誌

研究報告バイオ情報学(BIO)

巻号頁・発行日

vol.2012-BIO-28, no.13, pp.1-6, 2012-03-21

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Disease biomarker using blood is clinically important, since blood is easy to obtain from patients, thus it requires relatively less stress. However, blood generally reflects not only targeted diseases but also whole body status of patients. Thus, it is important which contents of blood are considered. Recently, miRNAs in blood, blood-borne miRNome, turns out to be promising candidates for blood based biomarker for diseases. In this paper, we propose a new method based upon principal component analysis to identify better candidates for miRNAs as blood based biomarker using miRNA expression profiles of patients. Our method based upon principal components analysis provides us better blood-borne miRNome to discriminate diseases from healthy controls. They are hsa-miR-425,hsa-miR-15b,hsa-miR-185, hsa-miR-92a, hsa-miR-140-3p, hsamiR-320a, hsa-miR-486-5p, hsa-miR-16, hsa-miR-191, hsa-miR-106b, hsa-miR-19b, and hsa-miR-30d and are previously extensively reported to be cancer/disease related miRNAs. We have found that these common miRNAs are expressive or suppressive significantly in most of diseases/cancers, but in diseases/cancers specific combinatory manner. It enables us to discriminate cancers/diseases from healthy control well.

著者

Y-HTaguchi

雑誌

研究報告バイオ情報学(BIO)

巻号頁・発行日

vol.2012-BIO-28, no.3, pp.1-6, 2012-03-21

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MiRNAs are recently known to be critical players causing cell senescence, by regulating target genes. Thus inference of miRNAs critically regulating target genes is important. However, miRNAs critically regulating target genes are believed to have significant fold changes, typically upregulations, during cell senescence. In this study, we consider the target gene regulation by miRNAs together with miRNAs expression change during fibroblast IMR90 cell senescence. Then we found that the simultaneous consideration of two criterion lists more feasible miRNAs: i.e., miRNAs being more often reported to be down/upregulated and/or having biological backgrounds inducing cell senescence. Thus, the amount of target gene regulation, which can be inferred by the recently developed MiRaGE Server, is recommended to be considered together for the estimation of miRNAs critically contributing to cell senescence.

著者

Y-HTaguchi Akira Okamoto

雑誌

研究報告バイオ情報学(BIO)

巻号頁・発行日

vol.2012-BIO-28, no.16, pp.1-6, 2012-03-21

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Proteomic analysis is very useful procedure to understand the bacterial behavior changes with reaction to the external environment. This is because most of genomic information of bacteria is devoted to code enzyme to control metabolic networks inside the individual cell. In this paper, we have performed proteomic analysis of Streptococcus pyogenes, which is known to be a flesh-eating bacteria and can cause several human life-threatening diseases. Its proteome during growth phase is measured for four time points under two different incubation conditions; with and without shaking. The purpose of it is to understand adaptivity to oxidative stress. Principal component analysis is applied and turns out to be useful to depict biologically important proteins for both supernatant and cell components.

著者

Y-h.Taguchi Kazunari Yokoyama

雑誌

研究報告バイオ情報学(BIO)

巻号頁・発行日

vol.2012-BIO-28, no.10, pp.1-6, 2012-03-21

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Soil disease suppression is a worldwide important issue in order to realize stable food supply to people. In spite of that, no established indicators of soil disease suppression have been found out yet. This prevents us from controlling well soil state such that no diseases take place. In this paper, we have proposed a new biological indicator of soil disease suppression; the ability of bacteria to consume carbon resources, which can be automatically observed by Omunilog ID system during a duration of one or two days. This indicator turned out to distinguish disease suppressive soils from others. We have modeled these characteristic time developments of consumption of carbon resources by the simple ecological model where bacteria compete with each other for carbon resources. Measured ecological structure of soil bacteria can fit with the theoretical prediction well. In order to find characteristic features for each of soils, observed time developments are embedded into two dimensional space by non-metric multidimensional method. It results in the almost one dimensional arrangements of embedded points. By analyzing spacial distributions of each carbon resources in the embedded space, healthy soil turns out to have mostly uniform distribution along this one dimensional arrangement. Since sick soil and non-soil example have rather localized distributions, the ecological systems in more disease suppressive soil are both more diverse and more uniform. Since this indicator can be extremely easily and quickly obtained automatically, it is expected to use in order to validate many efforts to try to improve soil before any harvests very much.

著者

高幡 泰 Takahata Y.

出版者

神奈川大学

雑誌

商経論叢

巻号頁・発行日

vol.40(4), pp.23-36, 2005-03-20

著者

M. R. Naghii P. Darvishi Y. Ebrahimpour G. Ghanizadeh M. Mofid M. Hedayati A. R. Asgari

出版者

Japan Oil Chemists' Society

雑誌

Journal of Oleo Science (ISSN:13458957)

巻号頁・発行日

vol.61, no.2, pp.103-111, 2012 (Released:2012-01-24)

参考文献数

39

被引用文献数

7 8 4

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The effect of consumption of fatty acids and selected nutrients, along with regular physical activity, on cardiovascular risk factors in rats was investigated.Male rats were divided into the seven groups: Group 1: regular food and drinking water, Group 2: same as Group. 1 + physical activity (whole body vibration; WBV), Group 3: same as Group. 2 + calcium, vitamin D, boron, Group 4: same as Group. 3 + canola oil, Group 5: same as Group. 3 + sunflower oil, Group 6: same as Group. 3 + mix of sunflower oil and canola oil, Group 7: same as Group. 3 + coconut oil. Rats were treated for 8 weeks, and analysis of the frozen plasmas was performed. A- Analysis between the treatment groups and control revealed that vibration training in Group 2 increased body weight (P = 0.04), plasma creatin kinase (CK), (P = 0.02), and estradiol (E2), (P = 0.03). Rats in Group 5 consumed less food and plasma levels of cholesterol and LDL-cholesterol (LDL-C) increased significantly (P = 0.02) in Group 6 and in Group 7 (p

著者

Yamazaki K. Teraishi M. Komatsu S. Sonoda Y. Kano Y.

出版者

European Geosciences Union

雑誌

Natural Hazards and Earth System Science (ISSN:15618633)

巻号頁・発行日

vol.11, no.9, pp.2655-2661, 2011-09

被引用文献数

6

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The Shinmoe-dake volcano in southwest Japan, which produced its first major eruption in 52 yr on 26 January 2011 but had been quiescent since 1 March, re-erupted on 13 March. It was only two days after the occurrence of the M = 9.0 Tohoku-oki earthquake in eastern Japan. The coincidence of the two events raises the question of whether the earthquake triggered the volcanic activity. As a provisional but rapid assessment of this question, we examined high-resolution strain data at a site located 18 km from Shinmoe-dake. In terms of the Tohoku-oki earthquake, three points can be drawn from the strain data: (1) static strain changes were less than 0.05 × 10[−6], which is too small to trigger an eruption; (2) the amplitudes of dynamic strain changes are on the order of 10[−6], which may trigger seismicity or volcanic eruption; and (3) strain rates were not accelerated, which indicates no significant change in magma pressure. Comparing these results with reports of other eruptions coincident with seismic events, and considering a scenario in which a seismic event triggered an eruption, we tentatively conclude that the eruption on 13 March was not a triggered event. However, this conclusion may be revised after analyzing seismic data.

著者

杉本 雅子 Sugimoto M. 飯島 幸久 Iijima Y. 中野 和之 Nakano K. 鈴木 克彦 Suzuki K. 山﨑 辰雄 Yamazaki T.

出版者

名古屋大学教育学部附属中学校 : 名古屋大学教育学部附属高等学校

雑誌

名古屋大学教育学部附属中高等学校紀要 (ISSN:03874761)

巻号頁・発行日

vol.49, pp.27-34, 2004-11-30 (Released:2007-04-06)

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国立情報学研究所で電子化したコンテンツを使用している。

著者

H. Takagi T. Saeki T. Oda M. Saito V. Valsala D. Belikov R. Saito Y. Yoshida I. Morino O. Uchino R. J. Andres T. Yokota S. Maksyutov

出版者

Meteorological Society of Japan

雑誌

SOLA (ISSN:13496476)

巻号頁・発行日

vol.7, pp.161-164, 2011 (Released:2011-10-29)

参考文献数

32

被引用文献数

43 54

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We assessed the utility of global CO2 distributions brought by the Greenhouse gases Observing SATellite (GOSAT) in the estimation of regional CO2 fluxes. We did so by estimating monthly fluxes and their uncertainty over a one-year period between June 2009 and May 2010 from 1) observational data collected in existing networks of surface CO2 measurement sites (GLOBALVIEW-CO2 2010; extrapolated to the year 2010) and 2) both the surface observations and column-averaged dry air mole fractions of CO2 (XCO2) retrieved from GOSAT soundings. Monthly means of the surface observations and GOSAT XCO2 retrievals gridded to 5° × 5° cells were used here. The estimation was performed for 64 subcontinental-scale regions. We compared these two sets of results in terms of change in uncertainty associated with the flux estimates. The rate of reduction in the flux uncertainty, which represents the degree to which the GOSAT XCO2 retrievals contribute to constraining the fluxes, was evaluated. We found that the GOSAT XCO2 retrievals could lower the flux uncertainty by as much as 48% (annual mean). Pronounced uncertainty reduction was found in the fluxes estimated for regions in Africa, South America, and Asia, where the sparsity of the surface monitoring sites is most evident.

著者

伊東 正博 山下 俊一 ABROSHIMOV S BOGDANOVA T LIVOLSI V ROSAI J SIDROV Y THOMAS G WILLIAMS Ed

雑誌

ホルモンと臨牀 (ISSN:00457167)

巻号頁・発行日

vol.50, pp.85-89, 2002-06-25

参考文献数

2

著者

鳥居 祐樹 熊沢 隆平 武藤 敬 関 哲夫 渡利 徴夫 渡辺 二太 斉藤 健二 山本 太郎 竹内 伯夫 新保 富士夫 野村 吾郎 Zhao Y. Zhang C. Hartman D.

出版者

社団法人プラズマ・核融合学会

雑誌

プラズマ・核融合学会年会予稿集

巻号頁・発行日

no.17, 2000-11-20

著者

魚崎 浩平 SHEN Y.R. OCKO Benjami DAVIS Jason DOBSON P. HILL H.A.O. 佐藤 縁 水谷 文雄 叶 深 近藤 敏啓 中林 誠一郎 YE Shen DAVIS Jason.

出版者

北海道大学

雑誌

国際学術研究

巻号頁・発行日

1995

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まず研究開始時に2年間の研究を効率的に実施するために、国内側のメンバーの間で研究方針を十分検討し確認した。ついで、研究代表者がオックスフォード大学を訪問し、研究方針の確認を行った。以後、これらの打ち合わせで決定した内容に基づき、以下の通り研究を実施した。なお、2年目には新規メンバー(オックスフォード大Jason J.Davis、ブルックヘブン国立研究所Benjamin Ocko、カリフォルニア大Y.R.Shen)を加え研究をより効率的に実施した。初年度1.オックスフォード大における生物電気化学研究のレベルを十分に理解するために、北大において、オックスフォード大研究者による情報交換セミナーを実施した。2.本研究では自己組織化法のセンサーへの応用を念頭に置いており、そのために最適な構造をもったマイクロ電極の設計とその形成法の検討を行った(オックスフォード大)。さらに、このようにして形成したマイクロ電極の電子間力顕微鏡(Atomic Force Microscopy:AFM)による評価を行った。さらに、より高度な評価をめざして、新しい走査プローブ顕微鏡を考案、設計、製作を行い、性能確認を行った(北大)。3.また、本研究では生体機能を念頭においており、チトクロームcと電極との間の電子移動を促進するための界面構造の設計を目標に、種々の混合自己組織化膜表面での電気化学特性を調べた(生命研)。4.界面機能の動的評価を目的に、自己組織化分子層の電気化学反応に伴う構造変化をその場追跡可能な反射赤外分光システムを構築し、生体機能との関連でも重要なキノン/ヒドロキノン部位を持つ自己組織化単分子層に適用した。酸化還元に伴う構造変化を明確に検出できた(北大)。2年度1.新しい界面敏感な手法である和周波発生分光法(Sum Frequency Generation:SFG)および表面X線回折法(Surface X-Ray Diffraction:SXRD)の本研究への導入の可能性を各々Shen教授、Ocko教授の研究室への訪問と討論を通して検討し、その有用正を確認した(カリフォルニア大、ブルックヘブン研究所)。2.水晶振動子マイクロバランス法(Quarts Crystal Microbalance:QCM)および走査型トンネル顕微鏡(Scanning Tunneling Microscopy:STM)によるアルカンチオールの自己組織化過程の追跡を行った(北大)。3.STMによるプロモータ分子の自己組織化過程の追跡をオックスフォード大Jason J.Davis氏が北大の装置を用いて行い、世界で初めて当該分子層の分子配列をとらえた(北大、オックスフォード大)。4.昨年度に引き続き、生体機能を念頭において、チトクロームcと電極との間の電子移動を促進するための界面構造の設計を目標に、種々の混合自己組織化膜表面での電気化学特性を調べた。また、この時の界面構造を詳細に調べるために、アルカリ溶液中での還元脱離およびSTMによる表面構造観察を行った(北大、生命研)。5.以上の成果を国際学術誌をはじめ、国内外の学会で発表した。

著者

松沢 佑次 PARK Y.B. KOSTNER G.M FUJIMOTO W.Y 山下 静也 KYUNG Y.B.Park KOSTNER G.M.

出版者

大阪大学

雑誌

国際学術研究

巻号頁・発行日

1996

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最近、動脈硬化の最も大きな基盤である脂質代謝異常に人種的・地域的な特徴が存在することが明らかになった。本研究では、コレステロールエステル転送蛋白(CETP)の遺伝子異常と、LDL受容体の遺伝子異常の各タイプ別頻度を国内外で調査し、動脈硬化の国別の遺伝子基盤の相違を明らかにするために以下の検討をした。1.CETP欠損症CETP欠損症の変異は従来6種発見されているが、この中で比較的頻度が高いことが推察されるイントロン14の異常(IN14)及びエクソン14変異(EX15)を中心とする4変異について検討した。CETP欠損症の遺伝子異常としては、6種類発見されているが、IN14とEX15が大部分を占め、G181X変異も頻度は少ないながら、共通変異であった。IN14のホモ接合体は、全例がHDL-C100mg/dl以上を呈し、EX15のホモ接合体ではこれより低値を示す例が多かった。また、CETP遺伝子変異を有しても、HDL-C値が正常のものもあった。これに対して、国外ではCETP欠損症の頻度は極めて少なかった。日系米人の調査では、HDL-Cが90mg/dl以上のものが計27人あり、その中で、EX15のヘテロ接合体が4人、EX15とIN14の複合ヘテロ接合体が1人発見された。また、韓国においても日本人の共通変異が2種見出された。日系米人でも変異は日本人と共通していた。また、ドイツ人の高HDL血症例で新たな変異が見出され、これは日本人には存在しない変異であった。一方、米国及び欧州ではCETP活性の正常な高HDL血症例が存在し、そのリポ蛋白像はCETP欠損症と異なり、CETP欠損症以外の成因による高HDL血症の存在が示唆された。2.LDL受容体異常(家族性高コレステロール血症、FH)LDL受容体異常に関しては、我が国での遺伝子異常として見つかっているものには、約26種類の変異があったが、この中5つは共通変異で、日本人のFHの約1/3がこれらの変異で説明できた。これらの共通は日本全国で分布し、特定の地域への集積は認められていない。一方、欧米のFHではわが国で見出された変異は見つかっておらず、日本人の起源を推定する上で、アジア地区にも対象を広げて解析する必要がある。

著者

Sud Y.C. Mocko D.M.

出版者

社団法人日本気象学会

雑誌

気象集誌 (ISSN:00261165)

巻号頁・発行日

vol.77, no.1, pp.335-348, 1999-03-26

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ISLSCP Initiative-Iデータを用いた全球土壌水分プロジェクトでの評価で、SSiBモデルによるロシア小麦地帯(RWB)での融雪が観測と比べて非常に遅れ融雪水の浸透が極端に少ないことが示された。さらに、融雪水の多くが土壌水分増加ではなく流出となった。この欠点はSSiBの雪モデルと土壌層のモデル化の不十分のためであった。本研究では独立の雪層を考慮した新雪モデルを採用している。雪は入射太陽フラックスを吸収・射出し冬と融雪期を通じて雪温・地温に影響する。ISLSCP Initiative-Iデータによる評価で、新雪モデルはRWB域での融雪が2〜3週間早くなり、融雪期の初期に土壌が融け、より多くの融雪水が土壌に浸透する。このように新モデルは土壌水分やボルガ河流出をより現実的に再現する。融雪の遅れ(1〜4週間)の理由として、(1)密な森林での衛星による雪観測の不正確さ、(2)モデリングの仮定、例えば雪の年齢の影響を無視していることや雪による太陽放射吸収の簡単化のために雪面温度と平均気温の区別が不適切になること、(3)ISLSCP気温データの低温バイアスの可能性、が考えられる。

著者

Dorochenko M. Inagaki T. Ishihara N. Lim G. Y. Morimoto T. Okuno H. Omata K. Sato T. Sakimoto M. Yamaga M. Yoshimura Y. Ajimura S. Ikei T. Ikemoto Y. Mizuhashi T. Nomachi M. Oba T. Sakashita K. Shibata Y. Sugaya Y. Tanaka E. Yamanaka T. Itaya M. Iwata T. Hariu T. Moriya M. Tajima Y. Yamamoto M. Yoshida H. Yoshida Y. Lednev A. Nix J. Perdue G. Pod E. Raqtajizak M. Wah Y. Watanabe H. Baranov V. Khomoutov N. Kurilin A. Macharashvili G. Moiseenko A. Tsamalaidze Z. Akune Y. Fujioka Y. Kawakubo N. Kobayashi S. Kojima T. Ahn J. K. Lee H. S. Lee S. Y. Shinkawa T. Hsiung Y. B. Nakano T.

出版者

一般社団法人日本物理学会

雑誌

日本物理学会講演概要集 (ISSN:13428349)

巻号頁・発行日

vol.58, no.1, 2003-03-06

著者

東郷 敬一郎 JIANG Y.P. JIANG Y. P.

出版者

静岡大学

雑誌

特別研究員奨励費

巻号頁・発行日

2008

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平成21年度は,以下の2項目について研究を進めた.1.ナノ粒子分散複合材料の増分形損傷力学モデルの開発申請者らが開発している粒子分散複合材料の損傷理論を基に,粒子近傍のひずみ勾配効果による変形特性の粒子寸法効果と損傷過程の粒子寸法効果を考慮した力学モデルを開発した.また,新たなモデルとして,粒子-マトリックス界面層を考慮した微視力学モデルを開発し,界面層による粒子寸法効果を明らかにした.これらの開発したモデルを有限要素法に組込み,ナノ粒子分散複合材料中の切欠き・き裂など構造部材の解析を可能とした.2.ナノ粒子分散複合材料の作成粒子寸法の異なるシリカ粒子とエポキシからなる数種類の粒子分散複合材料を遠心遊星混練機,超音波分散器あるいは射出成形機を用いて作製した.強化材の樹脂マトリックス内への分散度について走査型電子顕微鏡について観察した結果、一様に分散している部分と凝集している部分が観察された。作製した複合材料について,強度特性を調べた結果、粒子体積率の影響は認められたが、粒子寸法の影響は顕著ではなかった。ナノ粒子分散複合材料の特性発現機構を明らかにするためには、さらに細かなナノオーダーの粒子を分散させた複合材料を作製し、検討することが必要である。