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Akira Kitamura (@akitatoratora)

投稿一覧（最新100件）

95 0 0 0 OA 久保亮五先生「基礎と応用」(歴史の小径)

RT @yuuri_eguchi: 久保亮五「基礎と応用」 https://t.co/hPYldzvsfE 「日本は応用科学に力を入れるが、基礎科学への努力は甚だ乏しい」という批評を聞き感じた違和感から、基礎科学と応用科学の意味とその関係、そしてその日本的意義が語られている…

1 0 0 0 OA Physico- and chemical biology using nanomanipulation and micromanipulation technologies

9月・生物物理学会でオーガナイザーを務めたシンポジウムの報告です。BPPB誌。 J-STAGE Articles - Physico- and chemical biology using nanomanipulation and micromanipulation technologies https://t.co/qt9dp5tQrn

153 0 0 0 OA AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから

RT @biomedicalhacks: AlphaFold2について、日本語で書かれたオープンアクセスの総説が発表されました。AF2が登場する前の手法も含めて詳細に解説されています。 https://t.co/vXvPprumC3

11 0 0 0 OA 翻訳伸長ダイナミクスと新生鎖フォールディング

RT @TNojima1: @rei_nari 十分あり得る話と思いました。同義置換とタンパク質フォールディングについては田口さんがここで少し書いています。 https://t.co/EfuVYMBL6b

478 0 0 0 OA 科学技術の状況に係る総合的意識調査(NISTEP定点調査2018)報告書

RT @norionakatsuji: 日本の科学の状況報告書：惨憺たる現状及び原因の失策が明瞭。「特定分野・特定グループへの集中が進んで」「社会ニーズを満たす(役に立 つ)研究や成果がすぐに見える研究に偏って」「選択と集中が過度」「日本の基礎研究は全ての分野・レベルにおいて急…

36 0 0 0 OA 生物物理学の源:大沢文夫先生のこと

RT @ryotaiino: 大沢文夫さんのラボは「大沢牧場」で有名だけど、イメージしてたのとだいぶ違った。「毎週月曜日は朝から遅くまで，研究室会議と研究セミナーが組まれていた．全員が毎週（やらなくても自由）の研究報告をするのだが，皆の面前で徹底的に鍛えられた」 https:/…

115 0 0 0 OA 植物ウイルス病に関するもっとも古い記録とみられる万葉集の歌について

RT @biochem_fan: さきほど RT した geminivirus の構造論文 https://t.co/BjKrCQjt5U、冒頭で万葉集の孝謙天皇の歌が紹介されており、世界最古(752)の植物ウィルスの記載とある。この歌とは「この里は継ぎて霜や置く夏の野に我が見…

157 0 0 0 OA やる気を下さい 君は研究に何を望む?

RT @ryotaiino: そうなんだ。→「最近，名古屋大学大学院理学研究科生命理学で博士課程に進学する学生が減っている．約 30 人の修士修了者の中の 2 ～ 3 人しか進学しない．」 https://t.co/S2CEdZpYwS

お気に入り一覧（最新100件）

62 0 0 0 OA AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測(実践編)

生物工学会誌2023年8月号に、「AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測（実践編）」を寄稿しました。 https://t.co/ujK0nXSCPf 先月号の富井先生の「基礎編」と合わせて、ぜひご覧ください！https://t.co/x6nKpLKCPG

6 0 0 0 モレキュラーシーブの新たな使用法

有機合成化学協会誌に論文が出版されました。知っているようで知らない？モレシーのTIPS、フロー反応での応用についてあれこれまとめました。是非御一読ください。 J-STAGE Articles - モレキュラーシーブの新たな使用法 https://t.co/RIppH8yEmM

95 0 0 0 OA 久保亮五先生「基礎と応用」(歴史の小径)

久保亮五「基礎と応用」 https://t.co/hPYldzvsfE 「日本は応用科学に力を入れるが、基礎科学への努力は甚だ乏しい」という批評を聞き感じた違和感から、基礎科学と応用科学の意味とその関係、そしてその日本的意義が語られている。 1979年、東大物理学科の卒業文集に寄稿された文章のようだ。

101 0 0 0 OA 蒸発と乾燥の物理学:蒸発による液体の運動と構造形成

日本物理学会誌は宝の山。積ん読ではもったいない。 https://t.co/PPAmhnkLII 皿にこぼしたコーヒーの滴が乾くと円環状にあとが残る。なぜか。蒸発にともなう液滴中の水の流れのせい。蒸発とは何か。流体、相転移、拡散... 。身近な問題に微分方程式をあてはめて解く物理学の王道。

86 0 0 0 OA オリゴヌクレオチド(プライマー)合成,早さの秘密

これは全員読むべし。 オリゴヌクレオチド（プライマー）合成，早さの秘密 https://t.co/zqqybph5Y2

10 0 0 0 OA Protein dynamics of a light-driven Na+ pump rhodopsin probed using a tryptophan residue near the retinal chromophore

阪大・水谷先生、名工大・神取先生のチームとのNa+ pump型ロドプシンのUV共鳴時間分解Raman分光の共同研究がBPPB誌で公開されました。筆頭著者は現在分子研・飯野研で更にご活躍中の大友さんで、光反応中にRetinal近傍のTrp周辺の疎水性が下がることを明らかとされました。 https://t.co/12ekpX9Vn2 https://t.co/vJ4QKr7JKX

65 0 0 0 OA 生命の定義と生物物理学

学会誌「生物物理」は1961年の創刊号からのPDFが見られるので、時代を超えた様々の記事が読めておもしろいな。 今日は、郷先生の記事と同じ号に掲載されていた大島泰郎先生の「生命の定義と生物物理学」も楽しく読んだのだった☺︎ https://t.co/MtBtgqM0ot

89 0 0 0 OA 大卒・大学院卒者の所得関数分析 —大学教育経験・学習有効性認識・自己学習投資に注目して—

これを見て少し調べてみた。以下、「大卒・大学院卒者の所得関数分析」という論文が出ていて、p28に学位別の生涯所得推定として学部卒2億5600万円、修士卒2億8708万円、博士卒3億6297万円と出ている。学生のみなさんはこういうのも考えて進路選択しましょう。 https://t.co/yQyp7vdALC https://t.co/tJ5agLNvPp

10 0 0 0 OA 精子鞭毛運動に関わる糖代謝

大学院時代にそのあたりの研究をしていたけど奥が深く「無限の可能性」は実際あると思います。そしてミトコンドリアエンジンという発想はおもしろいのですが実は哺乳類精子では呼吸系ではなく解糖系が主なエネルギー供給源であるという話があります https://t.co/vmpHt91P33 https://t.co/uL0a6KJ6ij

10 0 0 0 OA 粘菌の経路探索における最適化

オートミールが好きすぎて、脳が粘菌になっちゃったので、いつも最短距離で移動考えちゃって、早稲田ー羽田空港行くお客さんが日本橋乗り換えって発想が全然でてこなかった

153 0 0 0 OA AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから

AlphaFold2について、日本語で書かれたオープンアクセスの総説が発表されました。AF2が登場する前の手法も含めて詳細に解説されています。 https://t.co/vXvPprumC3

153 0 0 0 OA AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから

JSBi Bioinformatics Review「AlphaFold2 までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」https://t.co/klAz7cZOnG ありがちな内容かなと軽い気持ちで読み始めたら、evoformer や structure module など仕組みにも踏み込んでいるし、AlphaFold2 以前・以後のツールもよく紹介した大作で関心した。

3 0 0 0 原子分解能でみた概日時計の朝夕昼夜/Visualizing a Day of Circadian Clock at Atomic Resolution

古池さんと米田さんが日本生物物理学会若手奨励賞を受賞されました。分子研研究者の２名同時受賞は初の快挙です！おめでとうございます！ [1YF0915] 原子分解能でみた概日時計の朝夕昼夜 https://t.co/lzum3FNu9v [1YF1115] 励起子電荷分離混成が酸素発生型光合成を駆動する https://t.co/KyMjw3WMwo https://t.co/aEI6sb7xH1

3 0 0 0 励起子電荷分離混成が酸素発生型光合成を駆動する/Exciton-charge transfer mixing drives oxygenic photosynthesis

古池さんと米田さんが日本生物物理学会若手奨励賞を受賞されました。分子研研究者の２名同時受賞は初の快挙です！おめでとうございます！ [1YF0915] 原子分解能でみた概日時計の朝夕昼夜 https://t.co/lzum3FNu9v [1YF1115] 励起子電荷分離混成が酸素発生型光合成を駆動する https://t.co/KyMjw3WMwo https://t.co/aEI6sb7xH1

1 0 0 0 OA 蛍光相関分光の発展と応用,その最新動向

FCS使いたいなと調べていたら北村さん（@akitatoratora）が著者に入っているこの総説が勉強になった。Inverse FCSとか知らなかったけど面白い。 J-STAGE Articles - 蛍光相関分光の発展と応用，その最新動向 https://t.co/q95HlPS1z4

6 0 0 0 タンパク質活性を隔離・放出する人工相分離ドロップレット

吉川君と共同執筆した人工相分離ドロップレット（SPREC）に関する解説記事が、MEDCHEM NEWS 最新号「ESSAY 特集：液－液相分離を標的とする疾患制御」に掲載されました✏️ https://t.co/3GwdfYjtAL

1 0 0 0 OA Synthesis and Evaluation of Oligonucleotide-Containing 2’-O-{[(4,5’,8-trimethylpsoralen)-4’-ylmethoxy]ethylaminocarb-onyl}adenosine as Photo-crosslinkable Gene Targeting Tools

A02-1・三瓶らの原著論文が出版されました。 複数種のソラレン結合オリゴヌクレオチド（APs-Oligo）について、DNA・RNAへの架橋特性の評価などをしています。 https://t.co/wvo6YZ0vqO

3652 0 0 0 OA On the origin and evolution of the asteroid Ryugu: A comprehensive geochemical perspective

はやぶさ2が持ち帰った小惑星の砂から取れたアミノ酸の中に昆布出汁に含まれる旨味成分であるグルタミン酸が含まれていたので、やはり小惑星は煮れば出汁が取れる。 https://t.co/lXJtuJw8dD https://t.co/OVoYKVJPZy

3652 0 0 0 OA On the origin and evolution of the asteroid Ryugu: A comprehensive geochemical perspective

On the origin and evolution of the asteroid Ryugu: A comprehensive geochemical perspective "Ryugu aliquot (C0008-18) was found to contain at least 23 amino acids..." https://t.co/yX3G8XzUU8 はやぶさ2試料からアミノ酸23種　論文「太陽系の化石」: 日本経済新聞 https://t.co/5YnIZXTIZ0

11 0 0 0 OA 翻訳伸長ダイナミクスと新生鎖フォールディング

@rei_nari 十分あり得る話と思いました。同義置換とタンパク質フォールディングについては田口さんがここで少し書いています。 https://t.co/EfuVYMBL6b

6 0 0 0 OA 論文を書くにあたって

矢印の頭を英語でarrowheadと呼び、対応する日本語は鏃（やじり）で、矢尻とも表記されたりする。これを、英語の略として矢頭と呼ぶ例が見受けられるが、日本語では矢頭という言葉は本来ない。とはいえ、言葉は時代とともに変わるものなので、矢頭が定着するかも、とのこと https://t.co/AmIXYuqtvS

7 0 0 0 OA Unique Cl– pump rhodopsin with close similarity to H+ pump rhodopsin

シアノバクテリア由来のCl-ポンプロドプシンについての総説 "Unique Cl– pump rhodopsin with close similarity to H+ pump rhodopsin" が、Biophys. Physicobiol. から公開になりました。執筆の機会を頂きまして、誠に有難うございました。https://t.co/wJSTKkAXWl https://t.co/cv5WwFmeXw

10 0 0 0 OA 生物物理学の概念と展望

「生物物理」刊行60周年記念　連続座談会Ⅲ 生物物理学の概念と展望 今井 正幸, 古賀 信康, 佐甲 靖志, 原田 慶恵, 古澤 力, 澤井 哲, 田口 英樹 https://t.co/6ARHiqGI2y

277 0 0 0 OA 分子系統解析の最前線

私が執筆した「分子系統学」の総説が出版になりました！ https://t.co/q0G3cJS3hE… 分子系統学の基礎から始まり、ソフトウェアの紹介、最近の議論のまとめなど、分子系統学に入門し、より良い系統樹推定をするために必要な知識をぎゅっとまとめています。ぜひ、ご一読いただけましたら幸いです。

23 0 0 0 OA 学会におけるダイバーシティ(3) 日本のアカデミアにおける女性活躍促進 男性の積極的行動で明日から変えられる

「生物物理」誌　61 巻 (2021) 2 号 京都大学　杉村 薫先生による記事。 学会におけるダイバーシティ（3）　日本のアカデミアにおける女性活躍促進　男性の積極的行動で明日から変えられる データに裏付けられた力強い記事。必読です！ https://t.co/5Vf4zh60wX

43 0 0 0 OA 生きものが機械でもいいじゃない

生物物理誌の巻頭言に寄稿させて頂きました。よろしければご一読ください。 「生きものが機械でもいいじゃない」 https://t.co/HG9srEz13e pdf直リンク https://t.co/L57nojsQKv https://t.co/J6AytfYjyy

43 0 0 0 OA 生きものが機械でもいいじゃない

生物物理誌の巻頭言に寄稿させて頂きました。よろしければご一読ください。 「生きものが機械でもいいじゃない」 https://t.co/HG9srEz13e pdf直リンク https://t.co/L57nojsQKv https://t.co/J6AytfYjyy

5 0 0 0 OA 単一分子蛍光分光で見える光合成アンテナ系の揺らぐエネルギー移動経路

今月号の生物物理学会誌より　単一分子蛍光分光で見える光合成アンテナ系の揺らぐエネルギー移動経路 https://t.co/94Sh42pOsu 　　分子の思いやり？特定の色素だけに光エネルギーが集中しないよう、エネルギーを色んな色素にたらい回しにする、という考察がおもしろかった。

16 0 0 0 OA キャリアデザイン談話室(3) キャリアの分岐点で考えたこと

生物物理学会誌に、依頼を頂き「キャリアの分岐点で考えたこと」という文章を書きました。参考になれば幸いです。"Turning Points in My Career Path" Seibutsu Butsuri, (2021) https://t.co/b9anF5Z8Ra

11 0 0 0 OA 学会におけるダイバーシティ(1) 視野狭窄という不思議な視覚障害

『生物物理』」寄稿したエッセイが公開されました。 談話室 学会におけるダイバーシティ（1）　視野狭窄という不思議な視覚障害 島袋 勝弥 https://t.co/cLNs50X1L2

60 0 0 0 OA 微細藻類脂質とその応用

よく話題になる魚油のDHAは微細藻類などに由来するという話。魚の体内で生合成されるものだと思っていたのでびっくり。 「微細藻類脂質とその応用」 https://t.co/zuPBcYGzml

18 0 0 0 OA 正準相関分析入門

赤穂先生が２０１３年に書かれた J-STAGE Articles - 正準相関分析入門 https://t.co/bxH8oz8NFj には、SN比がノイズリッチな場合、主成分分析ではシグナルが取り出せないが、正準相関分析ではシグナルが取り出せるので正準相関分析は主成分分析より優れている、という例が出てきます。（続）

14 0 0 0 OA Snake cube puzzle and protein folding

田口さんのブログで紹介されていた郷先生の単著論文。私もよくいじっていた3x3キューブパズルのフォールディング様モデルの解析。acknowledgementに"This work has been done by using author’s home PC"とある。 https://t.co/T8Z01JjH5j https://t.co/HjAmOiw4Rn

5 0 0 0 OA リブロースジリン酸カルボキシラーゼ(RuBisCO)をめぐって

ルビスコ機能強化は古くから試みられてきたが、当初から劇的改善は難しいされ、実際に芳しくないのが現状。以下2つの総説が分かりやすい。後者で言及されている「炭酸固定反応の比活性とO2に対するCO2の基質特異性にトレードオフの関係」がネックか https://t.co/72lQlIm1pz https://t.co/4ZjHi1vSt5 https://t.co/bPdFLyhTd0

20 0 0 0 OA 光学顕微鏡技術の過去・現在・未来

光学顕微鏡を用いて分子や超分子複合体の動態を定量的に計測することは、今では一般的な手法となったが、その端緒となる研究を行ったのが宝谷紘一さん。その後の発展も含めて、この記事に詳しいので一読を薦めます。 https://t.co/hUD0YrPsy5

36 0 0 0 OA 生物物理学の源:大沢文夫先生のこと

大沢文夫さんのラボは「大沢牧場」で有名だけど、イメージしてたのとだいぶ違った。「毎週月曜日は朝から遅くまで，研究室会議と研究セミナーが組まれていた．全員が毎週（やらなくても自由）の研究報告をするのだが，皆の面前で徹底的に鍛えられた」 https://t.co/w3BvZxyBVP https://t.co/CMwv1JEU8M

6 0 0 0 OA 高速原子間力顕微鏡によるタンパク質の動態可視化と画像解析

内橋さんの総説。 J-STAGE Articles - 高速原子間力顕微鏡によるタンパク質の動態可視化と画像解析 https://t.co/8S9iWXtpdQ

157 0 0 0 OA やる気を下さい 君は研究に何を望む?

そうなんだ。→「最近，名古屋大学大学院理学研究科生命理学で博士課程に進学する学生が減っている．約 30 人の修士修了者の中の 2 ～ 3 人しか進学しない．」 https://t.co/S2CEdZpYwS

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