著者

団藤 重光

出版者

判例時報社

雑誌

判例時報 (ISSN:04385888)

巻号頁・発行日

no.617, pp.3-12, 1971-02-21

著者

秋島 信二 桜井 淳一

雑誌

日本血管外科学会雑誌 = The Japanese journal of vascular surgery : official journal of the Japanese Society for Vascular Surgery (ISSN:09186778)

巻号頁・発行日

vol.12, no.5, pp.557-561, 2003-08-25

被引用文献数

1

著者

Churchill Eton

出版者

JALT

雑誌

JALT journal (ISSN:02872420)

巻号頁・発行日

vol.31, no.2, pp.141-158, 2009-11

著者

枝澤 康代

出版者

同志社女子大学

雑誌

総合文化研究所紀要 (ISSN:09100105)

巻号頁・発行日

vol.22, pp.64-74, 2005-03-31

---

研究プロジェクト・論文 (Final research project reports)

著者

吉田 梓

出版者

横浜女子短期大学

雑誌

横浜女子短期大学研究紀要 (ISSN:0389830X)

巻号頁・発行日

vol.12, pp.69-79, 1997-03-25

著者

八島 智子 ノエルズ・キンバリー 靜 哲人

出版者

関西大学

雑誌

関西大学外国語教育研究 (ISSN:13467689)

巻号頁・発行日

vol.17, pp.41-64, 2009-03

著者

植松 茂男

出版者

Division of English, Faculty of Foreign Studies, Setsunan University

雑誌

SJEE (ISSN:18816185)

巻号頁・発行日

no.4, pp.105-117, 2010

著者

福智 佳代子

出版者

神戸海星女子学院大学

雑誌

神戸海星女子学院大学研究紀要 (ISSN:13468154)

巻号頁・発行日

vol.50, pp.95-100, 2011

出版者

姫路独協大学外国語学部

雑誌

姫路独協大学外国語学部紀要 (ISSN:09146784)

巻号頁・発行日

no.14, pp.298-300, 2001-01

著者

DEFANT M. J.

雑誌

Nature

巻号頁・発行日

vol.347, pp.662-665, 1990

被引用文献数

76 3362

著者

槇原 寛 遠山 雅男

出版者

日本応用動物昆虫学会

雑誌

日本応用動物昆虫学会大会講演要旨

巻号頁・発行日

no.34, 1990-03-15

著者

黒田 長久 米田 重玄

出版者

山階鳥類研究所

雑誌

山階鳥類研究所研究報告 (ISSN:00440183)

巻号頁・発行日

vol.15, no.3, pp.p177-333, 1983-12

被引用文献数

1

著者

大熊 祐太 瀬尾 茂人 竹中 要一 松田 秀雄

雑誌

研究報告バイオ情報学(BIO)

巻号頁・発行日

vol.2012, no.26, pp.1-7, 2012-06-21

---

遺伝子の機能は研究され, 遺伝子に付加される機能情報は日々増加し続けている.こうした遺伝子機能情報を利用した解析手法の一つに, 2つの実験条件の比較を目的とした遺伝子機能グループ解析がある.しかし, この解析手法では遺伝子機能の時間変化を解析することができない.そこで本研究では, 時系列データをスライディングウィンドウ方式で分割し, すべての分割期間に対して遺伝子機能グループ解析手法を実行することで時系列に対応できる遺伝子機能グループ解析を提案する.その結果, ある遺伝子機能が特定の期間で有意に発現していることを示した.Gene function is researched and gene functional information which is annotated on gene is increasing continuously. Gene Set Analysis is one of a method using gene functional information, and we use it when we want to compare two groups. However, this method can not be applied to time-series gene expression profile. In this reserch, I propose a method to analyze gene function groupsand handle time-series data. The method extracts a time period in which works from a time-series gene expression profile.

著者

地井 武男 鈴木 亮

出版者

日経BP社

雑誌

日経マネー (ISSN:09119361)

巻号頁・発行日

no.337, pp.88-90, 2010-12

---

あっという間でした。1000回とか、歩いた場所が700カ所、1600キロなんて言われてもピンとこなくて、そんなに歩いたかなって感じです。──最近は長寿番組があまり出ない中、ラジオの『音楽旅行』も12年目と、地井さんが手がける番組は長寿になります。 ありがたいです。確かに長寿の番組にかかわる機会は多いです。

著者

杉浦 典和 石田 貴士 関嶋 政和 秋山 泰

雑誌

研究報告バイオ情報学(BIO)

巻号頁・発行日

vol.2012, no.25, pp.1-7, 2012-06-21

---

代表的な de novo アセンブラの一つである Velvet は,大規模なゲノムのアセンブリにおいて消費メモリ量の多さが課題とされている.本稿ではハッシュテーブルを分割することで,特に消費メモリ量の多い前半の velveth の消費メモリを削減する手法を提案した.またハッシュテーブルを分割する手法として,新たにリード分割法を提案した.リード分割法の提案により,従来より提案されている k-mer 値に応じた分割法に比べ,少数計算機で実行する際の実行時間の削減に成功した.Velvet is one of the most representative de novo assembler. However it has a problem that its memory consumption is too large for large scale assembling. Here, we propose a method to decrease the memory consumption of velveth which is the first half of Velvet and requires generally larger memory than the remaining half part. We propose a novel hash dividing method by dividing reads. By using this method, we have succeeded to decrease the elapsed time compared to the existing method, which divides a hash table corresponding the k-mer value.

著者

平井 啓 坂口 幸弘 ヒライ ケイ サカグチ ユキヒロ

出版者

大阪大学人間科学部臨床老年行動学研究室

雑誌

大阪大学臨床老年行動学年報

巻号頁・発行日

vol.2, pp.36-42, 1997

著者

大上 雅史 石田 貴士 秋山 泰

雑誌

研究報告バイオ情報学(BIO)

巻号頁・発行日

vol.2012, no.21, pp.1-3, 2012-06-21

---

タンパク質間ドッキング予測ソフトウェア MEGADOCK では,従来は形状相補性と静電相互作用の 2 つの効果を評価関数としていたが,本研究では新たに Atomic Contact Energy による疎水性相互作用モデルを提案し,MEGADOCK に追加した.MEGADOCK などの FFT を用いて計算されるグリッドベースのドッキング予測では,通常 3 つの効果を計算するために 2 回以上の相関関数計算を要するが,提案手法ではレセプターのみを考慮する新しい簡易型スコア関数によって,3 つの効果を 1 回の FFT 計算で同時に計算することが可能となり,高速性を損なわずに精度を向上させることに成功した.In this study, we proposed a new hydrophobic interaction model which applied Atomic Contact Energy for our protein-protein docking software called MEGADOCK in which we previously used only two score terms, namely, shape complementarity and electrostatic interaction. Using the proposed score function, MEGADOCK can calculate three phisico-chemical effects with only one correlation function. Therefore we succeeded improvement of accuracy without loosing speed.

著者

下田 雄大 石田 貴士 秋山 泰

雑誌

研究報告バイオ情報学(BIO)

巻号頁・発行日

vol.2012, no.20, pp.1-3, 2012-06-21

---

タンパク質ドッキング計算では,高速フーリエ変換 (Fast Fourier Transform,FFT) を応用した高速計算法が知られているが,FFT を用いる場合,評価関数が畳込み和の形式に限定され,設計の自由度が低くなるという欠点がある.そこで,本研究ではより複雑な評価関数を用いることを想定し,FFT を用いない実空間上でのドッキング計算を考える.FFT を利用しないことで生じる計算コストの増大に対し,高スコアの複合体構造の偏在を利用してヒューリスティックに高スコアの複合体構造のみを階層的に探索することで計算結果を変えずに計算時間を短縮するための手法を提案する.In protein-protein docking, a fast calculation method using fast Fourier transform (FFT) is well known, but the form of the evaluation function is limited to the sum of convolution. In this study, we developed an efficient docking calculation method without using FFT in order to use various evaluation functions. Against the increase of computational cost, we proposed the heuristic method that hierarchically searches only high-score complex structures using the locality of high-score complex structures.

著者

藤原 隆之 松崎 由理 石田 貴士 秋山 泰

雑誌

研究報告バイオ情報学(BIO)

巻号頁・発行日

vol.2012, no.19, pp.1-3, 2012-06-21

---

タンパク質間ドッキング予測ソフトウェア "MEGADOCK" では,目的関数に形状相補性と静電相互作用の 2 つの項を用いているが,その最適なバランスは対象毎に一定ではなく,それを決定することは困難である.そのため,先行研究として予測精度改善のため目的関数のうち静電相互作用項の重みをタンパク質の表面電荷等の特徴から動的に調整する手法が提案されたが,いくつかの問題を含んでいた.そこで,本研究では従来手法の再検証を行い,サポートベクター回帰を用いた改良を提案する.改良された手法では従来使用されたデータセットにおいて予測性能の向上が確認され,その上で新たなデータセットへの適用も行った。The protein-protein docking software "MEGADOCK" uses the two terms in its target function; shape complementarity and electrostatic. However, the optimal balance between those two terms is defferent for each protein. Thus, dynamic adjustment of the weight of the electrostatic term based on the surface charge of a protein was proposed in a previous work. In this work, we improved the method by using support vector regression and additional characteristics of a protein. By using our new method, we achieved the better prediction performance for the data used in the previous study. We also applied the method to new data set.

著者

Kohei Iijima Y-h.Taguchi

雑誌

研究報告バイオ情報学(BIO)

巻号頁・発行日

vol.2012, no.18, pp.1-2, 2012-06-21

---

Gene expression development during cell differentiation is a key factor to understand the mechanism of development. However, conventional gene expression analysis cannot distinguish among individual cell expression. In this paper, we re-analyze single cell gene expression measurements obtained by next gene sequencing technology during differentiation from mouse ES cell to MEF.Gene expression development during cell differentiation is a key factor to understand the mechanism of development. However, conventional gene expression analysis cannot distinguish among individual cell expression. In this paper, we re-analyze single cell gene expression measurements obtained by next gene sequencing technology during differentiation from mouse ES cell to MEF.