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Honda Naoki (@HondaNaoki)

投稿一覧（最新100件）

96 0 0 0 OA Phenotypic systems biology for organisms: Concepts, methods and case studies

RT @HomareZuki: 昨年出した論文がBiophysics and Physicobiology Editors' Choice Award 2023を受賞しました！ https://t.co/5p2cQVpHcp Phenotypic systems biology…

36 0 0 0 OA 2017年度時限研究会「脳の理論から身体・世界へ:行動と認識への再挑戦」実施報告

RT @h_shimazaki: 学会で自由エネルギーが普通に語られるようになったんだなあ 初めて自由エネルギー主体で回路学会の時限研究会をしたのが2017年　伊藤さんの情報熱力学も https://t.co/8tRVpbTRan 乾先生も含めて，吉田さん・磯村さんらと特集…

120 0 0 0 OA 特集「自由エネルギー原理入門」

RT @h_shimazaki: 学会で自由エネルギーが普通に語られるようになったんだなあ 初めて自由エネルギー主体で回路学会の時限研究会をしたのが2017年　伊藤さんの情報熱力学も https://t.co/8tRVpbTRan 乾先生も含めて，吉田さん・磯村さんらと特集…

8 0 0 0 OA Mathematical model of structural changes in nuclear speckle

RT @AwaGensho: 先月修士を出た若尾君が作った「核スペックルの数理モデル」論文が、生物物理学会の欧文誌(BPPB)から出ました。 https://t.co/mKOEHFeqhu 核スペックルは「IncRNA-タンパク質複合体」が「液液相分離」した「核内構造体」。 上…

5 0 0 0 OA ニューラルネットワーク研究の過去,現在,将来 (<特集>「ニューラルネットワーク」)

RT @tweet_taiki: @gongonKS ３０年ちょっと前のAIとニューロ対比。甘利先生の文章です。 https://t.co/bKk4iKnfQF 「ニューロ技術はそれほど有望なものであろ うか．“ブーム’'とは人為的なものにすぎないことは， AIブームがよく示し…

96 0 0 0 OA Phenotypic systems biology for organisms: Concepts, methods and case studies

RT @HomareZuki: 論文が出ました Phenotypic systems biology for organisms: Concepts, methods and case studies 表現型システム生物学：概念、方法、ケーススタディ https://t.co/…

23 0 0 0 OA 学会におけるダイバーシティ(3) 日本のアカデミアにおける女性活躍促進 男性の積極的行動で明日から変えられる

RT @SugimuraLab: 生物物理誌の「学会におけるダイバーシティ企画」の記事のリンクが切れていたので再送します。マジョリティー側の典型的なコメントを踏まえながら論じています。 https://t.co/sVTd1m4q35

55 0 0 0 OA 生物物理学事始(6.生物物理学への発展,学問の系譜-アインシュタインから湯川・朝永へ-,研究会報告)

RT @SingleMolBio: 大沢さんが亡くなって１年が経ちました。「生物物理学事始」はこちらから読めます。 https://t.co/ZJNUjkTWWL https://t.co/6PwZHmNwEd

6 0 0 0 OA 軸索の走化性から神経回路形成に至る配線原理

研究の解説記事が生物物理６月号に掲載されました。 軸索の走化性から神経回路形成に至る配線原理 https://t.co/YrFGBehB3S

お気に入り一覧（最新100件）

42 0 0 0 OA コミュニケーションにおける曖昧さとその機能

会社を歩いていたら，ミーティングをしている他グループの集団が僕をみて笑い出したので，何かと思ったら，僕が太古に書いた論文を題材にみなさん議論していた（直接，説明して！，言われた） キティちゃん研究！ コミュニケーションにおける曖昧さとその機能 https://t.co/hd8uJQ2PoM https://t.co/OB1DhFnH5a

1 0 0 0 OA Robust Recursive Identification of ARX Models Using Beta Divergence

ARXモデルのロバスト同定に関する論文が出版されました。 Robust Recursive Identification of ARX Models Using Beta Divergence https://t.co/yM5FsYU3Lp

96 0 0 0 OA Phenotypic systems biology for organisms: Concepts, methods and case studies

昨年出した論文がBiophysics and Physicobiology Editors' Choice Award 2023を受賞しました！ https://t.co/5p2cQVpHcp Phenotypic systems biology for organisms:Concepts, methods and case studies 表現型システム生物学：概念、方法、ケーススタディ https://t.co/cuOpsBESp8 より一層励みます。 https://t.co/K5fAX6wTEc

54 0 0 0 自由エネルギー原理と物理学

自由エネルギー原理を数学（彼岸）の理論から物理学（此岸）の理論にするための議論を展開した論文が『人工知能』に掲載されました．Amazon Kindle版も発売中です． 自由エネルギー原理と物理学 https://t.co/5WEeY2rIq9 人工知能 Vol.38 No.6 (2023年11月号) https://t.co/32IAaDbkNB

54 0 0 0 自由エネルギー原理と物理学

＜強い推奨＞ 人工知能学会誌『人工知能』（38巻6号・2023年11月） --- 特集　「自由エネルギー原理とAI」 --- 林祐輔「自由エネルギー原理と物理学」 https://t.co/jSblz23FGi まず、「自由エネルギー原理と物理学」を読む機会を与えて下さった林さんには心より御礼申し上げますm(_ _)m (1/n)

36 0 0 0 OA 2017年度時限研究会「脳の理論から身体・世界へ:行動と認識への再挑戦」実施報告

学会で自由エネルギーが普通に語られるようになったんだなあ 初めて自由エネルギー主体で回路学会の時限研究会をしたのが2017年　伊藤さんの情報熱力学も https://t.co/8tRVpbTRan 乾先生も含めて，吉田さん・磯村さんらと特集号を出したのが2018年 https://t.co/D9AWkINa8F

120 0 0 0 OA 特集「自由エネルギー原理入門」

学会で自由エネルギーが普通に語られるようになったんだなあ 初めて自由エネルギー主体で回路学会の時限研究会をしたのが2017年　伊藤さんの情報熱力学も https://t.co/8tRVpbTRan 乾先生も含めて，吉田さん・磯村さんらと特集号を出したのが2018年 https://t.co/D9AWkINa8F

34 0 0 0 OA 動的モード分解の概要と活用法―神経システムの制御問題への応用を目指して―

私の研究室の神谷俊輔さん@mathmrk_neusci と執筆した「動的モード分解の概要と活用法―神経システムの制御問題への応用を目指して」という解説記事が神経回路学会誌に公開されています。我々も検討し始めて間もないトピックです。皆さまよりご意見いただけますと幸いです。 https://t.co/iLDwwI929o

43 0 0 0 OA 生きものが機械でもいいじゃない

生きものが機械でもいいじゃない https://t.co/OiuHS4D2nk

5 0 0 0 OA 合理性の地図:歴史的・理論的観点からの考察

中村・斎藤 (2022) 合理性の地図，読んだ。 合理性に関する多様な概念や論争について整理されていて勉強になった。 数理モデルの仮定や制約が，どのような（非）合理性を想定することになるのかを考慮することは，合理性の地図の中にモデルを位置づけることに繋がると感じた https://t.co/h9WxHc2t1a

1521 0 0 0 OA 教育系YouTuberのまなざし

教育系YouTuberのまなざし ヨビノリ たくみ, 雨宮 智宏 https://t.co/gb7NxLiHC4 なるほでうす https://t.co/TfKBlCypWH

47 0 0 0 OA タンパク質の言語モデル

総説1編目は、東大・山口さんらによる「タンパク質の言語モデル」です。大規模言語モデルが世間を賑わしていますが、言語モデルの応用は自然言語処理にとどまりません。本稿ではタンパク質に対しても言語モデルが利用でき、かつそのポテンシャルを解説いただきました。https://t.co/8cdjtV2MjV

32 0 0 0 OA 物理屋のための深層学習

日本物理学会誌は宝の山。私には一番しっくりくる機械学習の解説。https://t.co/jtrJzklULk 結局は大規模なフィットの問題で、いつもやるように勾配降下法を使う。データを部分に分けて順番に最適化する作戦も。全データを同時に使うと進みが遅くなる。高次元ランダムウォークの問題。親近感ありあり。

149 0 0 0 OA 行動とは何か

松井大（@HeathRossie）さんによる「行動」の定義をめぐる論考。分野や研究者により異なる「行動」の定義をすり合わせることは有意義ではない。定義の違いには分野や研究者の目指すもの、方向性の違いが反映されていると捉え、それらを見極めるべし。https://t.co/OtaRTxI5L9

15 0 0 0 偏微分方程式の性質に適した学習物理学手法の構築

今更ですが、「学習物理学」公募研究に採択していただきました！機械学習で数値解析をアップデートしていくぞい https://t.co/tyTSKR1ywA

7 0 0 0 OA 1. クロスモーダル知覚のインタフェース応用

鳴海先生のお話が面白い・・・ 認知神経科学がこういう情報工学的な研究に役立つことってどういうところだろう。と考える機会が増える今日この頃。。。 https://t.co/9XUxoH5b5D

8 0 0 0 OA Mathematical model of structural changes in nuclear speckle

先月修士を出た若尾君が作った「核スペックルの数理モデル」論文が、生物物理学会の欧文誌(BPPB)から出ました。 https://t.co/mKOEHFeqhu 核スペックルは「IncRNA-タンパク質複合体」が「液液相分離」した「核内構造体」。 上記ワードに関連する方々、是非！ (更に引用もしてBPPBを盛り上げましょう！)

56 0 0 0 OA 深層学習を用いた構造モデリングと評価,その最近の展開

AlphaFold2の登場で深層学習による構造モデリングの有用性が広く知られるようになりました。そうした発展を学べる日本語で書かれた総説で、AlphaFold2の原理と限界についても解説されています。 https://t.co/z4gNd22fSd

109 0 0 0 OA 機械学習のコモディティ化

https://t.co/IERd8snakM 3年くらい前に機械学習のコモディティ化という原稿を書いた。 物理学者がぼけーっとしてる間に機械学習の専門家がどんどん課題を解いてしまうよという記事を書いたんだけど物理学でこれが起きるのに自然言語処理でこれが起きているのを目の当たりにしている。

248 0 0 0 OA 因果推論の道具箱

因果推論についての総復習のような論文。 https://t.co/KaoZqL8e2B

153 0 0 0 OA AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから

AlphaFold2について、日本語で書かれたオープンアクセスの総説が発表されました。AF2が登場する前の手法も含めて詳細に解説されています。 https://t.co/vXvPprumC3

153 0 0 0 OA AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから

AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから 森脇 由隆 https://t.co/zdcgcPG6Kx

9 0 0 0 OA がんゲノム研究における変異シグネチャー解析の展開

4編目は、早稲田大・松谷さんによる「がんゲノム研究における変異シグネチャー解析の展開」です。がんゲノムにおける変異のパターンである変異シグネチャーに関し、その歴史から生物学的意義、最新の手法に渡って解説いただきました。https://t.co/VRRXEd3ZCS

53 0 0 0 OA シングルセル解析の動向と展望

3編目は、東大・仲嶋さんによる「シングルセル解析の動向と展望」です。1細胞RNA-seqに求められる一通りの解析を、現在利用される多様なツールを列挙いただきながらい解説いただきました。https://t.co/Cct50ROlJ6

153 0 0 0 OA AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから

2編目は、東大・森脇さんによる「AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」です。急激な発展と展開を見せているタンパク質立体構造予測の関連問題に関して、トップランナーの森脇さんに歴史的経緯からこれからの展望までを執筆いただきました。https://t.co/dwU5lGqB77

9 0 0 0 OA 行列・テンソル分解によるヘテロバイオデータ統合解析の数理 ―第4回 質的データ、距離、グラフ―

1編目は、理研・露崎さんによる「行列・テンソル分解によるヘテロバイオデータ統合解析の数理―第4回 質的データ、距離、グラフ―」です。今回はこれまでの記事で扱わなかった特殊なデータ構造に焦点を当てた記事です。ぜひ第1回からお楽しみください。https://t.co/ET6bahqVVS

8 0 0 0 OA 速度論的・熱力学的解析によるタンパク質凝集・アミロイド線維化機構の解明

生物物理「速度論的・熱力学的解析によるタンパク質凝集・アミロイド線維化機構の解明」 https://t.co/XBYKOWTbpw in vitro で凝集させたアミロイド線維と病理組織から抽出したもので構造が違う例が多数指摘されている今、こういう解析の relevance はどうなんだろう。

46 0 0 0 OA 表現型システムの生物物理

鈴木先生 @HomareZuki のセミナー終了。ご参加くださった方、ありがとうございました。 系統比較法の強さというか、適用範囲の広さを知りました。自分の研究にも何とか使えないかと思わせる、魅力的なセミナーでした。 参考　表現型システムの生物物理 https://t.co/oVbg41VMLW https://t.co/SLM2zxMibd

229 0 0 0 OA 《PID制御》第11回: PID制御の歴史

PID制御おじいちゃんが今年なんと生誕100周年であるという事実に今更気付く。みんな祝え！チューニングしろ、すばやく静定させろ！（計測と制御の解説記事「PID制御の歴史」より） https://t.co/nlBCcXCf08 https://t.co/xLVJLzWIso

9 0 0 0 OA 無謀な賭けと合理性: 合理的な情報処理スタイルは無謀な賭けを抑制するか

「認知科学」第29号3巻の特集号「合理性をめぐる認知科学」に採択された論文が，J-STAGEに公開されました。 査読過程では，編集者ならびに査読者の方々から示唆に富むコメントを多数いただきました。編集，査読，出版に携わられた方々に感謝申し上げます。 https://t.co/ZPl1uZiRa6

57 0 0 0 OA 強化学習を用いた依存症の計算論的精神医学研究

日本神経回路学会誌の最新号は計算論的精神医学の特集です！ 片平先生にお声がけいただき「強化学習を用いた依存症の計算論的精神医学研究」と題して、CPSYMAPの紹介から始まり、EJN論文の和文解説を寄稿しました。オープンアクセスなのでご興味ある方はぜひご覧ください。https://t.co/mkCsycbnpS

57 0 0 0 OA 単語分割の最適化に関する研究は雑談と偶然の出会いに育まれた

いい話「発想は，著者が NAIST の 修士課程在学中に研究室内で雑談をする中で生まれた．当時の松本研究室では，特定曜日の19時頃から一部の学生がゼミ室に集まって勉強会を開く文化があり，勉強会終了後も 0 時頃までだらだらとゼミ室で雑談に耽ることが多かった．」 https://t.co/coIfJ57JK0

5 0 0 0 OA ニューラルネットワーク研究の過去,現在,将来 (<特集>「ニューラルネットワーク」)

@gongonKS ３０年ちょっと前のAIとニューロ対比。甘利先生の文章です。 https://t.co/bKk4iKnfQF 「ニューロ技術はそれほど有望なものであろ うか．“ブーム’'とは人為的なものにすぎないことは， AIブームがよく示している． 」 「末路が ‘‘AIフレーバーのエアコン'’や “AI電気釜”と同じでは困るのである」

96 0 0 0 OA Phenotypic systems biology for organisms: Concepts, methods and case studies

論文が出ました Phenotypic systems biology for organisms: Concepts, methods and case studies 表現型システム生物学：概念、方法、ケーススタディ https://t.co/WAYmUQnYf3 遺伝子中心のシステム生物学を、表現型（形態、行動、生活史など）に拡張する野心的な試みです。新分野の創出を目論みます https://t.co/JC8nJpfuQr

48 0 0 0 OA 薬学・科学で用いられる英単語の接尾語に関する基本的理解の試み

科学用語については、接頭辞や接尾辞などに精通し、英単語をいくつかに分解して理解すると良いと思っているが、こちらの二つのPDFには接頭辞と接尾辞がそれぞれまとまっていて素敵 https://t.co/3VIpPCYrTB https://t.co/uT8DnLlA2q

44 0 0 0 OA 薬学・科学に用いられる英単語の接頭語に関する基本的検討

科学用語については、接頭辞や接尾辞などに精通し、英単語をいくつかに分解して理解すると良いと思っているが、こちらの二つのPDFには接頭辞と接尾辞がそれぞれまとまっていて素敵 https://t.co/3VIpPCYrTB https://t.co/uT8DnLlA2q

1 0 0 0 OA 興奮性脂質膜を用いた人工神経素子モデルの研究

今日仕事中に発見し、某氏の2本目のD論かと思ってしまった案件。 斎藤稔『興奮性脂質膜を用いた人工神経素子モデルの研究』 https://t.co/KoAuymAsM9

266 0 0 0 OA 応用数理の遊歩道(26) : 情報幾何の生い立ち

甘利俊一氏、 情報幾何の生い立ち https://t.co/4koDBgQ8OT より： 「大型研究は，大勢の人を結集し指導者の構想の下に人々を歯車のように使い，3年とか5年の短期間で勝負をつけようとする．こうした研究も必要であろう．また，この中から優秀な人材が育つこともあるだろう…（続く）

27 0 0 0 OA Proccedings of the conference on New Aspects of High-dimensional Nonlinear Dynamics

知り合いから、山本知幸さんが編纂した複雑系の歴史についての文章を教えてもらいました。日本の複雑系の歴史などをたどる貴重な資料です。私は基研複雑系や東京複雑系に参加できていないので、こちらのほうが遥かに正確ですhttps://t.co/rFuAwcVSJa

50 0 0 0 OA 人の心に似た機械を設計できるか

PFNの丸山先生の論文、『人の心に似た機械を設計できるか』という挑発的なタイトルで、かつ、出だしもかっこよい https://t.co/e3cWdg5pC5 https://t.co/Mv1XkeqDrK

307 0 0 0 OA 心理学的研究における重回帰分析の適用に関わる諸問題

重回帰論文が話題ですね。個人的にはこの問題を研究者がこれ以上続けないように提言・実施すべきはこの論文の著者ではなく学会や教育組織だと思う。だからこそ冒頭にあるようにあえてこの論文を最も目立つ心理学研究に出されたんだろうし，今こうして実際やいやいなってる。 https://t.co/ARyp1kyZFT

23 0 0 0 OA 学会におけるダイバーシティ(3) 日本のアカデミアにおける女性活躍促進 男性の積極的行動で明日から変えられる

生物物理誌の「学会におけるダイバーシティ企画」の記事のリンクが切れていたので再送します。マジョリティー側の典型的なコメントを踏まえながら論じています。 https://t.co/sVTd1m4q35 https://t.co/2lWpCmXw86

43 0 0 0 OA 生きものが機械でもいいじゃない

生物物理誌の巻頭言に寄稿させて頂きました。よろしければご一読ください。 「生きものが機械でもいいじゃない」 https://t.co/HG9srEz13e pdf直リンク https://t.co/L57nojsQKv https://t.co/J6AytfYjyy

43 0 0 0 OA 生きものが機械でもいいじゃない

生物物理誌の巻頭言に寄稿させて頂きました。よろしければご一読ください。 「生きものが機械でもいいじゃない」 https://t.co/HG9srEz13e pdf直リンク https://t.co/L57nojsQKv https://t.co/J6AytfYjyy

70 0 0 0 OA 感情って科学の概念なんだろうか

自然種の説明がわかりやすい 感情って科学の概念なんだろうか 戸田山 和久 https://t.co/xLT3V2qvNs

31 0 0 0 IR 徹底的行動主義について (特集 坂上貴之教授 退職記念号)

とても勉強になった。自分も徹底的行動主義かも CiNii 論文 -  徹底的行動主義について (特集 坂上貴之教授 退職記念号) https://t.co/scvfa41WAY #CiNii

31 0 0 0 OA 生物画像解析のネットワーク

日本の生物物理学会誌に生物画像解析のことを書きました。PDFをリンクします。 https://t.co/uTxUuRogol

143 0 0 0 ハンマロビクスエクササイズの運動特徴の解明

「室伏広治，科研費を取る」というパワーワード >申請者は、現役時代に腰や股関節などの負傷による困難を打開するため、「ハンマロビクスエクササイズ」を考案し, 負傷部位への過度な負担なくトレーニングの継続が可能となり、38歳でオリンピック銅メダルを獲得できた。 https://t.co/fqVYWXLiKG

19 0 0 0 OA 脳を理解するとはどういうことなのか:外野からの一考察

神経回路学会誌へ昨年寄稿した文章がオープンアクセスになりました。多元的で可変的な脳の理解へ。よろしければご覧ください。https://t.co/cteHJaHsjq「脳を理解するとはどういうことなのか：外野からの一考察」丸山隆一（2020）

53 0 0 0 OA ベイズファクターによる心理学的仮説・モデルの評価

(いわゆる”ベイズ＝信念解釈”に異論があることを抜きにしても)ベイズファクターに様々な弱点があることはよく知られているので、下記の和文解説の方がフェアだと思う https://t.co/5dchyxRXuq

55 0 0 0 OA 生物物理学事始(6.生物物理学への発展,学問の系譜-アインシュタインから湯川・朝永へ-,研究会報告)

大沢さんが亡くなって１年が経ちました。「生物物理学事始」はこちらから読めます。 https://t.co/ZJNUjkTWWL https://t.co/6PwZHmNwEd

266 0 0 0 OA 応用数理の遊歩道(26) : 情報幾何の生い立ち

最初に情報幾何考えてた経緯とかわくわく感がスゴイ．大型予算とか「優秀な人材はどこにいても育つのである」あたりの話は今でも通用するね．個人研究万歳！ 「情報幾何の生い立ち」甘利俊一 応用数理 (2001) https://t.co/8d0uXLLmtl

22 0 0 0 ゆらぎと応答の基本限界から探索する生体分子の設計原理

新学術領域「情報物理学でひもとく生命の秩序と設計原理」:https://t.co/PH6Jj0fKf1の計画研究班「ゆらぎと応答の基本限界から探索する生体分子の設計原理」では、東大・理研の岡田康志さん、理研の川口 喬吾さんと佐々がチームを組む、という、何というか、、はぁ、身が引き締まる。

3 0 0 0 OA 隠れマルコフモデルを用いた行動・神経活動からの状態遷移抽出

そういう意味では片平さんの以前の仕事(HMMでの変分ベイズを用いた推定) https://t.co/FoZJugGj25 も理解したいんだけど、時間がない。

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