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Haruka Ozaki (尾崎遼) (@yuifu)

投稿一覧（最新100件）

35 0 0 0 OA メタゲノムデータからのウイルス探索とバイローム構築

RT @nishimura_luca: バイオインフォマティクスを駆使したウイルス探索やバイロームに関する初学者向けの日本語総説をボスの井ノ上先生と執筆しました

18 0 0 0 OA クライオEMにおける生体分子構造のモデル評価とモデリング手法

RT @d_kihara: 最近のうちのラボの主な研究プロジェクトである、クライオ電子顕微鏡のための構造モデリングの日本語の総説です。主な手法を網羅していますので見てみてください。 Japanese review of our cryo-EM tools. 「クライオEMにお…

18 0 0 0 OA クライオEMにおける生体分子構造のモデル評価とモデリング手法

RT @gggtta: 総説2編目は、パデュー大・寺師さんらによる「クライオEMにおける生体分子構造のモデル評価とモデリング手法」です。発展著しいクライオ電子顕微鏡とその解析のための計算科学の手法を解説いただきました。https://t.co/LK5GSnJhdS

5 0 0 0 OA ゲノム医療と日本における取り組みについて

RT @gggtta: 総説1編目は、京大・鎌田さんらによる「ゲノム医療と日本における取り組みについて」です。ゲノム医療の現在の潮流および今後の展開を、日本における取り組みと課題も併せながら解説いただきました。https://t.co/ndowYBkY9q

35 0 0 0 OA メタゲノムデータからのウイルス探索とバイローム構築

RT @gggtta: Primers1編目は、総研大・西村さんらによる「メタゲノムデータからのウイルス探索とバイローム構築」です。メタゲノムデータからウイルスを見つけるためのバイオインフォ技術を広く解説いただきました。https://t.co/WUrV0uWKqC

277 0 0 0 OA 分子系統解析の最前線

RT @eDNA_startup: 最近何回も見てるけど改めて情報の充実度とわかりやすさピカイチのレビューだと思う。 日本語で無料なのもありがたい。 https://t.co/gbY0vmMbw5

25 0 0 0 OA 難病・希少疾患のためのゲノム医療とバイオインフォマティクス

RT @mishimahryk: 正直にいうと自分の書いた、「難病・希少疾患のためのゲノム医療とバイオインフォマティクス https://t.co/EHnWgLcDVF　」では、（LLMによる手法を含む）VUSの解決についての議論がすっぽり抜けていますので、他のレビュー論文もぜ…

47 0 0 0 OA タンパク質の言語モデル

RT @gggtta: 総説1編目は、東大・山口さんらによる「タンパク質の言語モデル」です。大規模言語モデルが世間を賑わしていますが、言語モデルの応用は自然言語処理にとどまりません。本稿ではタンパク質に対しても言語モデルが利用でき、かつそのポテンシャルを解説いただきました。ht…

10 0 0 0 OA ゲノムワイド関連解析のその先へ:統計的fine-mappingの基礎と発展

RT @gggtta: Primers4編目は、東大・王さんによる「ゲノムワイド関連解析のその先へ：統計的fine-mappingの基礎と発展」です。GWASで検出される関連ゲノム領域を精緻に理解するためのfine-mappingの技術と、これからの話をしていただきました。過去…

25 0 0 0 OA 難病・希少疾患のためのゲノム医療とバイオインフォマティクス

RT @gggtta: Primers3編目は長崎大・三嶋さんによる「難病・希少疾患のためのゲノム医療とバイオインフォマティクス」です。難病及び希少疾患の理解に対し、ゲノム情報を調べることがどのように貢献できるか、どのようなバイオインフォマティクスが求められているかを解説いただ…

32 0 0 0 OA COVID-19パンデミック下におけるウイルスゲノム疫学の発展

RT @gggtta: Primers2編目は、早稲田大・川崎さんらによる「COVID-19パンデミック下におけるウイルスゲノム疫学の発展」です。昨今のパンデミックに伴うウイルスゲノム疫学の発展を概観していただきました。https://t.co/jhWpUJEfeE https…

8 0 0 0 OA ChIP-Atlas 〜転写制御ランドスケープの歩き方〜

RT @gggtta: Primers1編目は、京大・鄒さんらによる「ChIP-Atlas 〜転写制御ランドスケープの歩き方〜」です。単にChIP-seqなどのデータを収集したデータベースにとどまらない、ChIP-Atlasの秘めた力の片鱗をご覧ください。これを読めば、皆さんの…

60 0 0 0 OA ヒトゲノム計画とヒトゲノム完全解読

RT @nbrp_info: T2Tに20年と書いてしまいましたが、ヒトゲノム解読宣言の前まで入れると30年以上なんですよね。T2Tの20年についてはヒトゲノム解読プロジェクトの初期より参加されている岩手医科大・清水 厚志さんの「ヒトゲノム計画とヒトゲノム完全解読」の総説も是非…

141 0 0 0 OA 生物多様性と文化へと繋がるバイオインフォマティクス

RT @gggtta: おまたせしました、Primersに追加記事として、東海大・松前さんらによる「生物多様性と文化へと繋がるバイオインフォマティクス」を公開しました。様々な広がりを見せる生物多様性情報や文化情報の研究に関する非常に充実した紹介記事となっています。 https:…

19 0 0 0 バイオイメージインフォマティクスにおける機械学習技術の活用

2017年の福永さんの総説「バイオイメージインフォマティクスにおける機械学習技術の活用」でもKaggleに触れている https://t.co/rhi9DC79FI 後、最後の結びで「決して容易な学問分野ではない」とされているが、他の画像処理（メディカルとか）でも同じ気がするので、やはりお金の違い？ https://t.co/VTI4RRlo7e

153 0 0 0 OA AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから

RT @biochem_fan: JSBi Bioinformatics Review「AlphaFold2 までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」https://t.co/klAz7cZOnG ありがちな内容かなと軽い気持ちで読み始めたら、evoformer や s…

9 0 0 0 OA がんゲノム研究における変異シグネチャー解析の展開

RT @gggtta: 4編目は、早稲田大・松谷さんによる「がんゲノム研究における変異シグネチャー解析の展開」です。がんゲノムにおける変異のパターンである変異シグネチャーに関し、その歴史から生物学的意義、最新の手法に渡って解説いただきました。https://t.co/VRRXE…

53 0 0 0 OA シングルセル解析の動向と展望

RT @gggtta: 3編目は、東大・仲嶋さんによる「シングルセル解析の動向と展望」です。1細胞RNA-seqに求められる一通りの解析を、現在利用される多様なツールを列挙いただきながらい解説いただきました。https://t.co/Cct50ROlJ6

153 0 0 0 OA AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから

RT @gggtta: 2編目は、東大・森脇さんによる「AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」です。急激な発展と展開を見せているタンパク質立体構造予測の関連問題に関して、トップランナーの森脇さんに歴史的経緯からこれからの展望までを執筆いただきました。…

9 0 0 0 OA 行列・テンソル分解によるヘテロバイオデータ統合解析の数理 ―第4回 質的データ、距離、グラフ―

RT @gggtta: 1編目は、理研・露崎さんによる「行列・テンソル分解によるヘテロバイオデータ統合解析の数理―第4回 質的データ、距離、グラフ―」です。今回はこれまでの記事で扱わなかった特殊なデータ構造に焦点を当てた記事です。ぜひ第1回からお楽しみください。https://…

15 0 0 0 OA 行列・テンソル分解によるヘテロバイオデータ統合解析の数理 ―第3回 テンソル分解―

RT @gggtta: 総説1篇目は、理研・露崎さんによる「行列・テンソル分解によるヘテロバイオデータ統合解析の数理―第3回 テンソル分解―」です。今回からついに皆様お待ちかねのテンソル分解です！本連載を読まれたことがない方はぜひ第1回からお楽しみください。https://t.…

60 0 0 0 OA ヒトゲノム計画とヒトゲノム完全解読

RT @gggtta: 2篇目は岩手医科大・清水さんによる「ヒトゲノム計画とヒトゲノム完全解読」です。ヒトゲノム完全解読論文が公開されたことを受け、ヒトゲノム計画の発足から完全解読に至るまでの経緯を解説いただきました。急遽の執筆にも関わらずとてもわかりやすく読み応え抜群です。…

5 0 0 0 OA 大規模配列データにより加速するノンコーディングRNA研究

RT @gggtta: Primers1篇目は東大・岩切さんによる「大規模配列データにより加速するノンコーディングRNA研究」です。ノンコーディングRNAに関して、歴史的な経緯を踏まえつつその種類や機能に関してわかりやすく概説したいただきました。本総説を読んでncRNA研究を始…

277 0 0 0 OA 分子系統解析の最前線

RT @ultrabemub: 「分子系統解析の最前線」 こういう日本語総説が昔から探していた。原理からメジャーなソフトウェアまで網羅。 https://t.co/02oarLaTgt

277 0 0 0 OA 分子系統解析の最前線

RT @motomu_matsui: 私が執筆した「分子系統学」の総説が出版になりました！ https://t.co/q0G3cJS3hE… 分子系統学の基礎から始まり、ソフトウェアの紹介、最近の議論のまとめなど、分子系統学に入門し、より良い系統樹推定をするために必要な知識を…

3 0 0 0 OA 機械学習を用いたタンパク質デザイン

#IIBMP2021 生体分子設計は配列空間の探索問題 機械学習は配列空間の案内人 Machine-learning guided directed evolution (フランシスアーノルドの言葉) https://t.co/QsiGzsleLT

12 0 0 0 ウェブサイト「(Rで)塩基配列解析」の情報更新・拡充

RT @fukunagaTsu: そんな中、(先生に責める意図はないのかもしれませんが)、「デジタルで無償で貢献するというような人がほとんどいない」と言われますと、まるでBIの研究者の怠慢を糾弾されているように感じる部分もあります。本来このようなことは、研究費をいただいてする事…

23 0 0 0 OA ネットワーク伝播による生物ネットワーク解析

RT @kztakemoto: 千代丸さん（博士学生）によるネットワーク伝播の総説が公開されました。ネットワーク伝播は、理論が平易、異質データの取り扱いが簡単、様々な問題設定に使える、結果の解釈性が高いなどの利点から、近年注目されています。コードもありますので、ご参考頂ければ幸…

15 0 0 0 OA 複数の表現型を用いた人類遺伝統計学の大規模情報解析

RT @yk_tani: 「複数の表現型を用いた人類遺伝統計学の大規模情報解析」の執筆の機会をいただき、 #DNADay21 の週末に出版となりました。GWAS, polygenic risk score, 高次元データセットでの penalized regression (L…

12 0 0 0 OA 逆イジング法の生命情報データ解析への応用

RT @fukunagaTsu: JSBi Bioinformatics Reviewにて和文総説「逆イジング法の生命情報データ解析への応用」を執筆いたしました。https://t.co/ejomBOVnHt 行列データの相関分析に興味のある方は是非ご覧ください

17 0 0 0 bioRxivとは何か?

RT @bonohu: 夜遅い時間からですが「bioRxivとは何か?」で話します。 [RE-1] 研究倫理委員会企画・研究倫理フォーラム 「研究成果発表のあるべき姿：オープンサイエンス推進の潮流」 2019年12月3日(火) 18:30 〜 20:00 第12会場 (福岡国際…

19 0 0 0 バイオイメージインフォマティクスにおける機械学習技術の活用

RT @fukunagaTsu: もう１個あります。 バイオイメージインフォマティクスにおける機械学習技術の活用 https://t.co/ax6RIyboDb

25 0 0 0 OA 科学技術指標2019

RT @BiotechMania: こちらが元データとなる「科学技術指標2019」の表。 日本でも博士号取得者が2000年代初頭は増え、その後減少に転じたのが分かります。 https://t.co/S51RngijO0 https://t.co/fLQxtnIQMx

124 0 0 0 OA ハンセン病の歴史に学ぶ ─ハンセン病療養所医療100年をふりかえる─

ハンセン病に偏見がなかったという渋沢栄一がらい予防法成立に果たしてしまった役割を考えると、新しい時代を作り出せるパワフルな人物の周辺にはバランス感覚を持った科学者が必要なのだと思いました https://t.co/2NymqGr8HJ

206 0 0 0 OA 耳石安定同位体比分析と文献調査に基づく日本におけるニホンウナギの自然分布域

RT @NecoBus_8110: ニホンウナギは日本のどこに分布しているのか？この問題に対して、全国から採集した個体を天然遡上個体と放流個体に判別し、天然個体の分布を調べることで明らかにした論文が日本水産学会誌より公開されました！https://t.co/JnOCFZD9WQ…

179 0 0 0 OA 中国でラボをはじめるということ

“「コアファシリティ―(共通機器室)」と「大学院生へ のサポート」の 2 点が充実しているのが大きな特徴” “中国では，1984 年から現在に至るまで続く「国家重点実験室」と呼ばれるコアファシリティ―の制度が各有力大学には整備” https://t.co/OhqhiQcIms

2 0 0 0 OA 日本における生物多様性情報概況 ―生物多様性情報概況GBIO の和訳公開と国内動向―

日本における生物多様性情報概況 ―生物多様性情報概況GBIO の和訳公開と国内動向― https://t.co/4VDOhvxQNm

272 0 0 0 動詞活用の乱れは、音韻、意味の乱れと、悪い友達

RT @kaneda_junko: (RT)「動詞活用の乱れは、音韻、意味の乱れと、悪い友達」やばいこの科研費研究、420万円かけて3年間続けられる予定だ…すげえ読みてえ… https://t.co/43YbK4VFWN

19 0 0 0 バイオイメージインフォマティクスにおける機械学習技術の活用

RT @fukunagaTsu: 日本画像学会誌に寄稿しました「バイオイメージインフォマティクスにおける機械学習技術の活用」が出版されました。 https://t.co/ax6RIysZuJ

14 0 0 0 OA 生命情報科学若手の会

RT @tonets: 人工知能学会の学会誌「人工知能」に生命情報科学若手の会の紹介記事が掲載されました。https://t.co/pTIntDWxXZ https://t.co/IMVQENGgVj (PDF)

14 0 0 0 OA 生命情報科学若手の会

RT @tonets: 人工知能学会の学会誌「人工知能」に生命情報科学若手の会の紹介記事が掲載されました。https://t.co/pTIntDWxXZ https://t.co/IMVQENGgVj (PDF)

14 0 0 0 OA 生命情報科学若手の会

人工知能学会の学会誌「人工知能」の小特集「日本のAI 元気な若手の動き」で、生命情報科学若手の会を紹介した共著記事が掲載されました https://t.co/L3qfkJ1dpc

98 0 0 0 OA 西洋アカデミアを理解するために:求職者と推薦書執筆者へのアドバイス

RT @leeswijzer: ［欹耳袋］エヴァン・P・エコノモ（Evan P. Economo） 2016. ［国外で研究職に就くには（2）］西洋アカデミアを理解するために：求職者と推薦書執筆者へのアドバイス. 日本生態学会誌, 66: 735-742. https://t.…

6 0 0 0 OA The effects of early postnatal exposure to a low dose of decabromodiphenyl ether (BDE-209) on serum metabolites in male mice

RT @siero5335: 論文公開されました: The effects of early postnatal exposure to a low dose of BDE-209 on serum metabolites in male mice: https://t.co/…

44 0 0 0 OA 生態学におけるAICの誤用 : AICは正しいモデルを選ぶためのものではないので正しいモデルを選ばない(<特集2>生態学におけるモデル選択)

RT @monotropastrum: 去年の生態学会誌 > 粕谷 (2015) 生態学におけるAICの誤用 : AICは正しいモデルを選ぶためのものではないので正しいモデルを選ばない(<特集2>生態学におけるモデル選択) https://t.co/yN5DjoRj3Q

2 0 0 0 OA 小学生における体力の向上に関連する基本的生活習慣の改善 : 3 年間の追跡調査による検証

小学生における体力の向上に関連する基本的生活習慣の改善 : 3 年間の追跡調査による検証 https://t.co/N5rO729YVh

2 0 0 0 OA 夏季高温時のトラック輸送が豚ストレス感受性遺伝子ヘテロ接合体保有豚と正常豚の直腸温度, 呼吸数, 血清中成分に及ぼす影響

「呼吸数　トラック」で検索したら全然違うものが引っかかった 夏季高温時のトラック輸送が豚ストレス感受性遺伝子ヘテロ接合体保有豚と正常豚の直腸温度, 呼吸数, 血清中成分に及ぼす影響 https://t.co/rSFUXR2jWj

1 0 0 0 分子生物学に基づくバーチャル線虫モデルの構築とその工学的応用に関する研究

多種類のサンプルの動画解析は、こういう研究をつなげると解釈の出口の一つにならないかな https://t.co/DdOjxlIJo1

220 0 0 0 OA PLOS ONEのこれまで,いま,この先

RT @Fm7: “PLOS ONEのこれまで，いま，この先” http://t.co/xK0gXcolaP

51 0 0 0 OA わが国におけるバイオインフォマティクス人材を取り巻く現状 人材に関するアンケート調査結果

RT @leeswijzer: ［欹耳袋］佐藤恵子他 2013. わが国におけるバイオインフォマティクス人材を取り巻く現状　人材に関するアンケート調査結果. 情報管理, 56(11): 782-789. http://t.co/iI14KTncsH ※「人材が不足している」のは…

1 0 0 0 OA 政策と研究の連携を目指して研究開発現場との連携のあり方(<特集>科学技術イノベーション政策の科学)

CiNii 論文 -  政策と研究の連携を目指して研究開発現場との連携のあり方(<特集>科学技術イノベーション政策の科学) http://t.co/O1iM3rRabe //大型プロジェクトの評価，をどのように行うかということ自体が研究になっているということがわかった

2 0 0 0 OA 科学技術指標2013

NISTEP Repository: 科学技術指標2013 http://t.co/v72A5fvlu6 //図表に「国際比較注意」「時系列注意」マークがついているのが，とても良いと思った．

2 0 0 0 米国ポスドクからスイスでの研究室立ち上げへ (<連載1>えころじすと@世界(8))

CiNii 論文 -  米国ポスドクからスイスでの研究室立ち上げへ(<連載1>えころじすと@世界(8)) http://t.co/140lflDS //

3 0 0 0 IR 学校運動部活動における体罰に関する調査研究

CiNii 論文 -  学校運動部活動における体罰に関する調査研究 http://t.co/GzU0xiW3 //抄録によると，体罰肯定は「男子＞女子」「経験者＞非経験者」．2008年．

1 0 0 0 OA 体育専攻学生と体罰に関する研究(1) : 被体罰経験と意識

CiNii 論文 -  体育専攻学生と体罰に関する研究(1) : 被体罰経験と意識 http://t.co/YQvsyyal //体罰を受けた学生では，体罰を受けてない学生に比べ，体罰を容認する傾向が高かった，という結果．1997年

34 0 0 0 企業においてデータからの情報形成力を強化するのに必要なミッションと推進体のあり方(<特集>知の社会的構築)

CiNii 論文 -  企業においてデータからの情報形成力を強化するのに必要なミッションと推進体のあり方(<特集>知の社会的構築) http://t.co/WX64zk8a //これもバイオインフォ人材育成のヒントになると思う．

1 0 0 0 OA 時空間変動遺伝子の網羅的解析:ゲノム解読から個体群動態まで

@fukunagaTsu 同じことが気になっていました．この書き方だと，これで雇うのかな？ http://t.co/qM0SI9lv 2015年3月だけど…最大2016年3月までというのは任期付の規定ギリギリという意味だっけ？

61 0 0 0 OA 機械学習研究におけるプログラム開発と検証

RT @dritoshi: 「機械学習研究におけるプログラム開発と検証　モンテカルロ法に基づく確率推論計算を例として」 http://t.co/vy64psZY

34 0 0 0 企業においてデータからの情報形成力を強化するのに必要なミッションと推進体のあり方(<特集>知の社会的構築)

RT @dritoshi: CiNii 論文 -  企業においてデータからの情報形成力を強化するのに必要なミッションと推進体のあり方(<特集>知の社会的構築) http://t.co/Pq629XfA

8542 0 0 0 皇居におけるタヌキの食性とその季節変動

RT @ayatsuka_yuji: すさまじ。 QT @hikita: この論文凄い RT @a_saitoh: 所属もなかなか・・・。それ所属じゃなくて居所では？ RT: @zu2: 著者名が / / “CiNii 論文 - 皇居におけるタヌキの食性とその季節変動” ...

11 0 0 0 打ち上げ花火のCAD

RT @ronbuntter: こんな論文どうですか？ 打ち上げ花火のCAD(木本 豪ほか),1993 http://t.co/TEeYdxPY 日本の伝統文化であり芸術としても世界的に評価の高い打ち上げ花火は…

4 0 0 0 録音データの解析により明らかになった軽井沢の鳥類の減少

RT @ronbuntter: こんな論文どうですか？ 録音データの解析により明らかになった軽井沢の鳥類の減少(峯岸 典雄),2007 http://t.co/upxrmp2J

27 0 0 0 IR 日本における球体関節人形の系譜

RT @ronbuntter: こんな論文どうですか？ 日本における球体関節人形の系譜(田中 圭子),2008 http://t.co/9lBoEOig 日本の球体関節人形は、196…

2 0 0 0 近隣剪定法:進化系統樹を利用した配列リサンプリングアルゴリズム

RT @Yh_Taguchi: 午前後半セッションその１：近隣剪定法:進化系統樹を利用した配列リサンプリングアルゴリズム http://t.co/3RiRiZoD

2547 0 0 0 ポスドクからポストポスドクへ(<シリーズ>"ポスドク"問題 その12)

CiNii 論文 -  ポスドクからポストポスドクへ(<シリーズ>"ポスドク"問題 その12) http://t.co/nZAXMa0D //円城塔の寄稿文。 "生きていくのに必要な対価．この数値やら成分やらが異様に低く見積もられているのが現在の大学周辺の状況だろう．"

お気に入り一覧（最新100件）

「バイオバンク」という活動の起源と未来 増井 徹（慶應義塾大学医学部臨床遺伝学センター教授） https://t.co/CtDsnpImqc https://t.co/NdBs4WvzYH

245 0 0 0 OA 博士課程進学のメリット・デメリット

博士課程に関して昔から一貫して言ってるのは「職業研究者を輩出したい」よりも「博士号を取れる実力のある人を随所に輩出したい」である。ITならエンジニアやコンサルタントも含めて色んな人が博士を志す社会を目指していて現に研究室運営はそっちに向かっている。 （参考: https://t.co/BEoD17Gj29） https://t.co/qJz8J0oWmm

60 0 0 0 OA ヒトゲノム計画とヒトゲノム完全解読

T2Tに20年と書いてしまいましたが、ヒトゲノム解読宣言の前まで入れると30年以上なんですよね。T2Tの20年についてはヒトゲノム解読プロジェクトの初期より参加されている岩手医科大・清水 厚志さんの「ヒトゲノム計画とヒトゲノム完全解読」の総説も是非　https://t.co/3z3l8E4IUp https://t.co/vrk8rc9Mtg

153 0 0 0 OA AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから

JSBi Bioinformatics Review「AlphaFold2 までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」https://t.co/klAz7cZOnG ありがちな内容かなと軽い気持ちで読み始めたら、evoformer や structure module など仕組みにも踏み込んでいるし、AlphaFold2 以前・以後のツールもよく紹介した大作で関心した。

5 0 0 0 OA Diversity of Na+ allocation in salt-tolerant species of the genus Vigna

論文がオンラインで公開されました。放射性ナトリウムを使って、海辺に適応したアズキの仲間のナトリウム吸収や蓄積部位を調べてみたら、種によって全然違うパターンになったよという話です。 https://t.co/WAXdTvTRYb

199 0 0 0 OA ARKitを用いた地下埋設物のAR可視化システムの構築と重畳の高精度化の検討

地下埋蔵物をAR表示すると浮いてるように見えちゃうのはどうしたものかと悩んでいたのだが、なるほど開口部つけて表面部分の透明度を徐々に変えていけばいいのか　https://t.co/E4yczcM43h https://t.co/LY4LeC4kxt

57 0 0 0 OA 強化学習を用いた依存症の計算論的精神医学研究

日本神経回路学会誌の最新号は計算論的精神医学の特集です！ 片平先生にお声がけいただき「強化学習を用いた依存症の計算論的精神医学研究」と題して、CPSYMAPの紹介から始まり、EJN論文の和文解説を寄稿しました。オープンアクセスなのでご興味ある方はぜひご覧ください。https://t.co/mkCsycbnpS

38 0 0 0 OA 細菌叢のシングルセル解析

生物工学会誌の特集にて「細菌叢のシングルセル解析」が公開されました。最近話題の2cmの巨大細菌ですが、このゲノムは実はシングルセル解析で読まれています。今何ができるようになったのか、こちらから知っていただけば幸いです。https://t.co/spwnS4Hux5

3 0 0 0 OA 類人猿はなぜウリケースを失ったか?

実験医学続き：図3は元論文(Oda et al, Mol. Biol. Evol. 2002)と同じ内容で、旧世界ザル（アカゲザル・ヒヒ）は変異を持っていないことが分かります。総研大の学長を務められた高畑尚之先生らの報告で日本語総説もあります。https://t.co/vTboaOiXS9

45 0 0 0 OA 計測・解析技術の進歩とサイエンス

生物物理学会誌「計測・解析技術の進歩とサイエンス」https://t.co/fN312X6eGS 測定機器や解析ソフトウェアのブラックボックス化に対する懸念。同意。

96 0 0 0 OA Phenotypic systems biology for organisms: Concepts, methods and case studies

論文が出ました Phenotypic systems biology for organisms: Concepts, methods and case studies 表現型システム生物学：概念、方法、ケーススタディ https://t.co/WAYmUQnYf3 遺伝子中心のシステム生物学を、表現型（形態、行動、生活史など）に拡張する野心的な試みです。新分野の創出を目論みます https://t.co/JC8nJpfuQr

143 0 0 0 OA 制御工学者のための強化学習入門

京大加嶋先生et al.のこの強化学習の解説はすばらしい。 https://t.co/jXLQHjFIKh 既存の強化学習の解説の大半は、たぶんゲームとかの応用が頭に入っている人はいいのかもしれないけど、ゲーマーじゃないおれには理解不能だった。こういう風にズバっと問題設定を言ってほしかった。さすが。

18 0 0 0 OA A Japanese history of the Human Genome Project

多くの方にヒトゲノム完全解読に至るまでの僕の主観的な振り返りを目に止めて頂いたようですが、日本のヒトゲノム研究をPIとして永年牽引した榊 佳之先生の総説がオープンアクセスで読めますのであまり光が当たらない日本のHGPへの貢献を知りたい方はぜひこちらを一読下さい。 https://t.co/h38Hei6sb1

23 0 0 0 OA 鳥類の採餌行動の比較研究:運動制御と形態学的側面に着目して

こういう発想で比較認知ができないかというのはずっと関心があって、2019年に書いた総説でしれっとPfeiferを引用してこんな段落を差し込んでいたりする。将来の宿題って感じだけど・・・ https://t.co/5Ikc9ml6DL https://t.co/kA66Y7Pwpi

13 0 0 0 OA 深層学習による「幻の源氏物語絵巻」の流派推定に関する考察 ‐AI 技術による「絵師の流派」概念の再構築-

J-STAGE Articles - 深層学習による「幻の源氏物語絵巻」の流派推定に関する考察 https://t.co/ByGWe0yXY3 今後はこういう研究も増えてくると思うので「文系だから数学学ばなくても」みたいな時代はもうおわったのかな、と。

19 0 0 0 OA Predicting Strategies for Lead Optimization via Learning to Rank

公開されてるから言えるのか。武田にいた力丸さんとの仕事がこれです→https://t.co/fQMg1sVqFw この当時は、製薬企業データが外に出ることがなく、この研究で用いたリード最適化のプロジェクトの化合物ハッシュとはいえ、外に出たのは大きいことでした。 https://t.co/FtmOY9u0cH

16 0 0 0 OA キャリアデザイン談話室(3) キャリアの分岐点で考えたこと

生物物理学会誌に、依頼を頂き「キャリアの分岐点で考えたこと」という文章を書きました。参考になれば幸いです。"Turning Points in My Career Path" Seibutsu Butsuri, (2021) https://t.co/b9anF5Z8Ra

6 0 0 0 知識グラフ,セマンティックウェブを構成するRDFと問い合わせ言語SPARQL

本記事執筆しました。質問やご意見ありましたら私宛よろしくお願いします。 https://t.co/klWNqKC0Fv https://t.co/A8Z155jcmb

1 0 0 0 OA 一般ポスドクのMIT留学体験記 : 海外でしか得られない情報・技術なんてほとんどない時代に留学って必要?(扉を拓く-活躍する若手)

yszwさんのボストン留学体験記にぶちあたった。語学の必要性？が家族連れと単身で違うってのは確かに、高家賃地域では単身だとお家はシェアになりやすいし、パーティーなんかにも気軽に参加できるしなぁ。でも日本語が恋しくなってゲーム実況とかめっちゃ聞いてまう(T ^ T) https://t.co/2mVG8RmLve

1 0 0 0 続・生物工学基礎講座 バイオよもやま話 大腸菌の菌株の特徴を知ろう

夫婦で日曜日の朝から勉強をしている CiNii 論文 -  続・生物工学基礎講座 バイオよもやま話 大腸菌の菌株の特徴を知ろう https://t.co/PB6m4ENfRR #CiNii

4 0 0 0 OA Multidomain protein structure prediction using information about residues interacting on multimeric protein interfaces

秋山研M1松野さんの卒業研究の成果をまとめた論文がBPPB誌よりpublishされました！ Multidomain protein structure prediction using information about residues interacting on multimeric protein interfaces https://t.co/nbcuVB92kw

17 0 0 0 bioRxivとは何か?

夜遅い時間からですが「bioRxivとは何か?」で話します。 [RE-1] 研究倫理委員会企画・研究倫理フォーラム 「研究成果発表のあるべき姿：オープンサイエンス推進の潮流」 2019年12月3日(火) 18:30 〜 20:00 第12会場 (福岡国際会議場 2階 201) https://t.co/4f07sM5Zv2 #MBSJ2019 https://t.co/l9mOMyRvU3

3 0 0 0 OA 記述子の不要な物性予測手法

#CICSJ42 第４２回ケモインフォマティクス討論会 ポスター賞 1P12 加藤涼太さん（東京大学） 「記述子の不要な物性予測手法」 https://t.co/X3NKzlU1HU

18 0 0 0 OA Presence of a Haloarchaeal Halorhodopsin-Like Cl− Pump in Marine Bacteria

M&E掲載された2018年度論文の委員会推薦優秀論文の1つに選んで頂きました！ ありがとうございます！ https://t.co/BlE6CDloEl (結果講評) https://t.co/jnmKoIMkDf (論文 open access)

31 0 0 0 OA 研究の個人史 ─言語処理,言語理解,人工知能─(<レクチャーシリーズ>つながりが創発するイノベーション〔第8回〕)

私の指導教官であった辻井先生の個人史。日本の情報科学黎明期の雰囲気、国際コミュニティでは組織力と政治力が必要、独創性と孤立化、英語が苦手だったという話（私ももともと苦手でそれをバネに最近使えるようになったのでよく共感できる）https://t.co/mNnA6ggFCf

3 0 0 0 テンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法のヒストン修飾解析への応用

繰り上げ当選した公募研究、もうネットにあがっていた。 テンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法のヒストン修飾解析への応用 https://t.co/UO6Q6a2WtQ 対応、早っ。 研究期間が本当に６／２８からになっていて笑った。 繰り上げ当選なのがバレバレ。

19 0 0 0 OA Predicting Strategies for Lead Optimization via Learning to Rank

武田薬品工業株式会社との共同研究で、過去のリード最適化のプロジェクトのデータを学習することで別のプロジェクトの最適化を予測できるか、という論文を書きました。この時は、ECFPを用いました。 / Predicting Strategies for Lead Optimization via Learning to Rank https://t.co/oq9i2p2wxY

9 0 0 0 テンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法のバイオインフォマティクスへの応用

第41回日本分子生物学会年会（パシフィコ横浜）でポスター発表します。 「テンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法のバイオインフォマティクスへの応用」 https://t.co/s1ybFUR27f 2018年11月29日(木) 2P-0752／[2P_6-f] 6-f 方法論・技術 - バイオインフォマティクス

25 0 0 0 OA 古くて新しいカルマンフィルタ

慶應足立先生の「古くて新しいカルマンフィルタ」がいい。カルマンがIEEEに投稿した論文はリジェクトされていたんだ… https://t.co/LbZTp0jgna (PDF) > RT

4 0 0 0 OA 芸は身を助く?

『芸は「身を助く」だけでなく，ときに「身の仇」となることもある』 生物物理誌最新号の秋山さんの巻頭言、同意です。 手段が目的になってはいけない。そして新しいことにどんどん挑戦したい。 https://t.co/qlownMZYmo

27 0 0 0 OA 連載解説: 生物学のための情報論

再度、「生物学のための情報論」から。確率論の基礎の勉強をしていると、同時分布、事前分布、事後分布などの数学用語で<時間の前後関係>という日常の言葉の意味が理解を邪魔することがある。モデリングをするとき、すべての事象にタイムスタンプがついているからやっかいだ。https://t.co/CHxFBn1P3I https://t.co/CGvfPvZUAY

43 0 0 0 OA 大英博物館所蔵日本美術コレクションの基礎研究

彬子女王 若手研究(B) 2013 年度 研究成果報告書 (KAKENHI-PROJECT-23720057) https://t.co/zq5ulpSu5N “［学会発表］彬子女王「英国人医師に教えられた日本美術史－ウィリアム・アンダーソンと大英博物館の日本美術コレクション－」消化器内視鏡学会総会” ↑消化器内視鏡学会！？！？

22 0 0 0 OA A New Variety of the Mycoheterotrophic Plant Lecanorchis triloba (Orchidaceae) from Okinawa Island, Ryukyu Islands, Japan

やんばるのオキナワムヨウラン個体群の中で，何度通っても咲いていないものがあるとお聞きして，インターバル撮影で実際に咲かないことを確認し，さらに花の形態を精査し変種として記載しました．和名はオキナワムヨウランモドキです．こちらもオープンアクセスです．https://t.co/fMnEco0D17 https://t.co/QQpQ248T9C

10 0 0 0 OA 集会報告 BioHackathon 2017報告

集会報告　BioHackathon 2017報告 片山 俊明 情報管理 60 巻 (2017) 10 号 p. 744-747 DOI https://t.co/O6rtdUk7iV #DBCLS #NBDC

36 0 0 0 OA 博士人材の研究公正力(3):博士の意識と研究倫理教育

オハイオ州立大学Weinberg教授（経済学）の「人材が研究の最も重要な成果物の一つである」という言葉が紹介されています。どこに出しても恥ずかしくない立派な研究者を養成するという意識が我が国では弱いのではないでしょうか。 「博士の意識と研究倫理教育」松澤孝明https://t.co/hTYS4HWba2

7 0 0 0 RefEx and AOE: Tools for utilizing public gene expression data

本日ポスター発表します。公共データを使えば、仮説構築や予備実験の減少、自分のデータの補強などが効率的に行なえますが、それを支援するツールの紹介です。 [3P-1317（4AT27-15）] 公共遺伝子発現データを活用するためのツール: RefExとAOE https://t.co/SOszVMhP1z #ConBio2017

2 0 0 0 Mixed Realityによる創薬支援システムの開発と応用

Mixed Realityの実演すごい。 Mixed Realityによる創薬支援システムの開発と応用 坂本 亘, 関嶋 政和 https://t.co/9lS5q1TAwf

7 0 0 0 トピックモデルを用いたがんゲノムの変異シグネチャー解析

@hamada_lab 浜田研の松谷さん、これで卒研レベルとは末恐ろしい。 トピックモデルを用いたがんゲノムの変異シグネチャー解析 松谷 太郎 , 宇恵野 雄貴 , 福永 津嵩 , 浜田 道昭 https://t.co/W7nFY3AAIq 発表はこれより先に進んでいた...

2 0 0 0 OA Multiple organ gigantism caused by mutation in VmPPD gene in blackgram (Vigna mungo)

敗戦処理論文がリリースされた模様。本文一切読まなくても、図だけ見れば内容が分かると思う。詳しく読んで頂けると10年間の努力が分かってもらえるかも（笑）https://t.co/yp4PVmtJHL

8542 0 0 0 皇居におけるタヌキの食性とその季節変動

私たちの国の象徴が「生物学者として地道な研究をなさっている」って、誇らしいし、嬉しい。＞CiNii 論文 -  皇居におけるタヌキの食性とその季節変動 https://t.co/MlSabRdOMt #CiNii

6 0 0 0 OA The effects of early postnatal exposure to a low dose of decabromodiphenyl ether (BDE-209) on serum metabolites in male mice

論文公開されました: The effects of early postnatal exposure to a low dose of BDE-209 on serum metabolites in male mice: https://t.co/oitNorKUDc

18 0 0 0 OA Reconstitution of intracellular environments in vitro and in artificial cells

細胞内環境の再現についての野村さんらの総説。粘度チョー高いらしい。面白そう。Reconstitution of intracellular environments in vitro and in artificial cells https://t.co/1AYeZWLjEP

106 0 0 0 OA 愛ちやんの夢物語

PIが突如無茶な研究プランを思いついてしまい、ラボメンに失笑されることが多かれ少なかれあるものだが、俺がそのようなことを言い出したら「愛ちゃんの夢物語」めいている、のように 俺を dis るのをラボでは流行らせていきたい。 http://t.co/0W7XABAl5Z

385 0 0 0 OA 某ファミリーレストラングループにおける客席禁煙化前後の営業収入の相対変化 未改装店,分煙店の相対変化との比較

禁煙にしたら有意に売り上げ増えるよ論文。分煙だと有意差確認できず。 / 某ファミリーレストラングループにおける客席禁煙化前後の営業収入の相対変化　未改装店，分煙店の相対変化との比較 http://t.co/faTrpn64Oo

1978 0 0 0 マイクロブログの投稿時間に着目したユーザの職業推定に関する研究

そこまで来てるのね感ある。 / “CiNii 論文 -  マイクロブログの投稿時間に着目したユーザの職業推定に関する研究” http://t.co/bh9tSBFRiq 他34コメント http://t.co/xkRc9MUqkV

1978 0 0 0 マイクロブログの投稿時間に着目したユーザの職業推定に関する研究

そこまで来てるのね感ある。 / “CiNii 論文 -  マイクロブログの投稿時間に着目したユーザの職業推定に関する研究” http://t.co/bh9tSBFRiq 他34コメント http://t.co/xkRc9MUqkV

13 0 0 0 脂肪酸合成酵素阻害剤による,肺癌治療--新化学療法薬の開発と研究 (特集 医学研究のUP-TO-DATE)

肪酸合成酵素阻害剤による,肺癌治療 : 新化学療法薬の開発と研究(<特集>医学研究のUP-TO-DATE)　http://t.co/WVTUaWoaIX　

211 0 0 0 幼児におけるサンタクロースのリアリティに対する認識

CiNii 論文より。「4歳児は大人が扮装したサンタを"本物"と判断する傾向があるのに対し,6歳児は"偽物"と判断する傾向があることが示された。他方,6歳児は夜中にプレゼントを届けてくれるサンタを"本物"と判断していることが示唆された。」http://t.co/sIoOxNPM

41 0 0 0 国家の装置としてのPTA (共同研究 民俗学における現代文化研究)

これ杉並の話なんです。わりと「開けた」ところがある地域である反面……RT @murmurmia: お知らせくださったのはこれですね。職場で入手します。 RT @Rsider: 「国家の装置としてのPTA」、民俗学者・岩竹美加子さんが　http://t.co/bdHbkzDP　

41 0 0 0 国家の装置としてのPTA (共同研究 民俗学における現代文化研究)

「国家の装置としてのPTA」という論考を、民俗学者・岩竹美加子さんが書いていて、http://t.co/bdHbkzDP　専門分野の訓練を受けた人がＰＴＡを見るとちょっと違った景色が見えると感心したのを思い出すです。国立歴史民俗博物館研究報告にＰＴＡネタって……な文章。

1 0 0 0 時系列発現プロファイルのための遺伝子機能グループ解析手法

SIGBIO 最後の発表：時系列発現プロファイルのための遺伝子機能グループ解析手法 http://t.co/44DhX0f0

16 0 0 0 OA 入試広報としての学部名称を考える : 高校生はどう捉えたか

興味深い。大学の学部名称も「キラキラネーム」は印象悪いってことですね。 RT @hiroshi_gunji: 「入試広報としての学部名称を考える : 高校生はどう捉えたか」 http://t.co/4xbR3Yuq

3 0 0 0 パズルマップ法による病院の内部空間の分析 : 新しい認知マップ実験法の開発とその適用

お、なんかおもしろそう RT: @ronbuntter: こんな論文どうですか？ パズルマップ法による病院の内部空間の分析 : 新しい認知マップ実験法の開発とその適用(船越 徹ほか),1998 http://id.CiNii.jp/Tg7sL

12 0 0 0 OA Influences of Brassiere on Bust Silhouette in Knit Shirt

サーベイしてて、こんなの見つけてしまった。キャミソールで一発解決するんじゃ…：「ニットシャツの着衣バストシルエットに及ぼすブラジャーの影響」　http://www.jstage.jst.go.jp/article/jte/55/2/55_45/_article/-char/ja

12 0 0 0 OA Influences of Brassiere on Bust Silhouette in Knit Shirt

サーベイしてて、こんなの見つけてしまった。キャミソールで一発解決するんじゃ…：「ニットシャツの着衣バストシルエットに及ぼすブラジャーの影響」　http://www.jstage.jst.go.jp/article/jte/55/2/55_45/_article/-char/ja

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